Донские козаки, надеясь на безнаказанность вдали от государства, не ограничивались тем, что не исполняли царских и посольских приказаний или исполняли их вполовину; они нападали не на одних ногаев, азовцев и крымцев, но, разъезжая по Волге, грабили суда царские, били людей, разбивали персидских и бухарских послов, русских торговых людей. Царь принужден был выслать против них воевод с большим числом ратных людей; козаков казнили и ловили, другие разбежались, как волки, по выражению летописца, и одна толпа их отправилась вверх по Волге, где получила приглашение от Строгановых вступить к ним в службу и согласилась с радостию. Это предложение пришло не ранее весны 1579 года, хотя, собственно, можно было ожидать, что Строгановы станут прибирать охочих козаков гораздо ранее, именно с 1574 года, когда они получили царскую грамоту, дававшую им право распространять свои промыслы и по ту сторону Уральских гор. Но эта медленность объясняется легко событиями в роде Строгановых. Яков и Григорий Аникиевы умерли; остался третий брат, Семен, с двумя племянниками, Максимом, сыном Якова, и Никитою, сыном Григория, причем, как видно, Никита не жил в большом согласии с дядею Семеном и двоюродным братом Максимом. Козаки явились к Строгановым в числе 540 человек под главным начальством атамана Ермака Тимофеева; другие атаманы были: Иван Кольцо (который, по словам царской грамоты к ногаям, был присужден к смертной казни), Яков Михайлов, Никита Пан, Матвей Мещеряк. Они пришли в Чусовские городки в конце июня 1579 года и оставались здесь до сентября 1581 года. В это время, по словам летописца, они помогали Строгановым защищать их городки от нападения дикарей: в июле 1581 года 680 вогуличей под начальством мурзы Бегбелия Агтакова напали нечаянно на строгановские владения и начали жечь деревни, забирая в плен людей, но ратные люди из городков с успехом напали на них и взяли в плен самого мурзу Бегбелия. Из слов же царской грамоты 1582 года оказывается, что Строгановы не довольствовались только обороною своих городков, но посылали отряды воевать вогуличей, вотяков и пелымцев. После поражения Бегбелия Строгановы решились отпустить козаков, Ермака с товарищами, за Уральские горы для достижения той цели, с какою отцы их испросили царскую грамоту в 1574 году. По словам летописи, 1 сентября 1581 года Строгановы, Семен, Максим и Никита, отпустили на сибирского салтана козаков, Ермака Тимофеева с товарищами, придавши к ним ратных людей из городков своих — литовцев, немцев (пленных), татар и русских, всего 300 человек, а в целом отряде с козаками было 840 человек; Строгановы дали им жалованье, снабдили съестными запасами одеждою, оружием, пушечками и пищалями, дали проводников знающих сибирский путь, и толмачей, знающих бусурманский язык.
Но в тот самый день, первого сентября, когда Ермак с своею дружиною пошел на очищение Сибирской земли, толпы дикарей, собранных пелымским князем, напали на пермские места, на Чердынь и на строгановские владения. Семен и Максим отправили в Москву грамоту с жалобою, что вогуличи поняли их слободки и деревни, усольские варницы и мельницы, хлеб всякий и сено, крестьян с женами и детьми в плен взяли, и просили, чтоб царь велел им дать на помощь ратных людей с ружьем. Иоанн велел пермскому наместнику князю Елецкому распорядиться, чтоб земские старосты и целовальники собрали с пермских волостей и Соли-Камской ратных людей со всяким оружием, человек 200; в головах были бы у них земские же люди; пусть ратных людей пермичи и усольцы собирают сами между собою, чтоб им от наместника убытков не было; собранное таким образом ополчение должно было помогать Семенову и Максимову острогу; если же вогуличи придут на пермские и усольские места, то строгановские люди должны помогать этим местам. Царь писал и Никите Строганову, чтоб он помогал своим родственникам.
Но в следующем году чердынский воевода Пелепелицын, вероятно не поладивший с Строгановыми, донес царю, что в то самое время, как пелымский князь напал на Пермь, Строгановы, вместо того чтоб защищать эту область, отправили своих козаков воевать сибирского салтана. Вследствие этого донесения царь велел отправить к Строгановым такую грамоту: «Писал к нам из Перми Василий Пелепелицын, что вы из своих острогов послали волжских атаманов и козаков, Ермака с товарищами, воевать вотяков и вогуличей, пелымские и сибирские места 1 сентября и в тот же самый день пелымский князь, собравшись с сибирскими людьми и вогуличами, приходил войною на наши пермские места, к городу Чердыни, к острогу приступал, наших людей побил и много убытков нашим людям наделал. Это случилось по вашей измене: вы вогуличей, вотяков и пелымцев от нашего жалованья отвели, их задирали, войною на них приходили, этим задором ссорили нас с сибирским салтаном; потом, призвавши к себе волжских атаманов, воров, наняли их в свои остроги без нашего указа, а эти атаманы и козаки и прежде ссорили нас с Ногайскою ордою послов ногайских на Волге, на перевозах, побивали, ордобазарцев грабили и побивали и нашим людям много грабежей и убытков чинили. Им было вины свои покрыть тем, что нашу Пермскую землю оберегать, а они вместе с вами сделали точно так же, как на Волге: в тот самый день, в который приходили к Чердыни вогуличи 1 сентября от тебя из острогов Ермак с товарищами пошли воевать вогуличей, а Перми ничем не пособили. Все это сделалось вашим воровством и изменою: если бы вы нам служили, то вы бы козаков в это время на войну не посылали, а послали бы их и своих людей из острогов Пермскую землю оберегать. Мы послали в Пермь Воина Оничкова, велели ему этих козаков, Ермака с товарищами, взять и отвести в Пермь и в Камское Усолье, тут велели им стоять, разделясь, и зимою на нартах ходить на пелымского князя вместе с пермичами и вятчанами; а вы, обославшись с Пелепелицыным и Оничковым, посылали бы от себя воевать вогуличей и остяков. Непременно по этой нашей грамоте отошлите в Чердынь всех козаков, как только они к вам с войны возвратятся, у себя их не держите; а если для неприятельского прихода вам в остроге пробыть нельзя, то оставьте у себя немного людей, человек до ста, с каким-нибудь атаманом, остальных же всех вышлите в Чердынь непременно тотчас. А не вышлете из острогов своих в Пермь волжских козаков, атамана Ермака Тимофеева с товарищами, станете держать их у себя и пермских мест не будете оберегать и если такою вашею изменою что вперед случится над пермскими местами от вогуличей, пелымцев и от сибирского салтана, то мы за то на вас опалу свою положим большую, атаманов же и козаков, которые слушали вас и вам служили, а нашу землю выдали, велим перевешать».
Ясно, что выражения грамоты: «Вы вогуличей, вотяков и пелымцев от нашего жалованья отвели, их задирали, войною на них приходили» — никак не могут относиться к знаменитому походу Ермака на Сибирь 1 сентября 1581 года; не могут относиться уже грамматически, по многократным формам; не могут относиться и потому, что известие о призыве Ермака помещено после, без связи с прежними нападениями Строгановых на вогуличей, вотяков и пелымцев; наконец, Ермак своим последним походом не мог возбудить пелымского князя, который не знал об этом походе, а когда узнал, то ушел назад; следовательно, прежде посылки Ермака 1 сентября 1581 года Строгановы уже пользовались царскою грамотою и предпринимали наступательные движения на сибирских народцев. Царь обнаруживает неудовольствие, зачем Строгановы призвали к себе волжских козаков без его указу; но это неудовольствие выражено несильно, да и гнев царский на козаков за их прежние дела на Волге выражен также несильно; непосредственно следуют слова, в которых выражается, что козаки совершенно покрыли бы свою вину, если б защищали Пермскую землю от сибирских дикарей, и сейчас следуют распоряжения об употреблении козаков для этой защиты, причем и Строгановым позволяется удержать часть их в своих острожках. Царь выражает гнев свой не за то, следовательно, что Строгановы призвали волжских охочих козаков, и не за то, что послали их за Уральские горы, на что имели полное право по прежней грамоте; он сердится за то, что они предпочли, по его мнению, свои выгоды выгодам царским; нападениями раздражили дикарей, и, в то время как эти дикари напали на Пермскую землю и на владения Строгановых, у последних не оказалось средств для защиты своих земель и для помощи царским воеводам, потому что войско, необходимое для защиты, они отослали для завоеваний в Сибири; царь грозит Строгановым большою опалою только в том случае, когда они будут продолжать подобное поведение, продолжать заботиться только о своих выгодах, грозит перевешать козаков только в том случае, когда они будут предпочитать службу частным людям службе царской, слушать Строгановых и служить им, а царскую землю выдавать.
Отправленный царем Оничков не мог исполнить его приказаний: Ермак с товарищами не возвратился к Строгановым из своего похода. Четыре дня шел он вверх по Чусовой до устья реки Серебряной; по Серебряной плыли два дня до Сибирской дороги; здесь высадились и поставили земляной городок, назвавши его Ермаковым Кокуем-городом; с этого места шли волоком до реки Жаровли; Жаровлею выплыли в Туру, где и начиналась Сибирская страна. Плывя вниз по Type, козаки повоевали много татарских городков и улусов; на реке Тавде схватили несколько татар, и в том числе одного из живших при Кучуме, именем Таузака, который рассказал козакам подробно о своем салтане и его приближенных. Ермак отпустил этого пленника к Кучуму, чтоб он рассказами своими о козаках настращал хана. Таузак, по словам летописца, так говорил Кучуму: «Русские воины сильны: когда стреляют из луков своих, то огонь пышет, дым выходит и гром раздается, стрел не видать, а уязвляют ранами и до смерти побивают; ущититься от них никакими ратными сбруями нельзя: все навылет пробивают». Эти рассказы нагнали печаль на хана и раздумье; он собрал войско, выслал с ним родственника своего, Маметкула, встретить русских, а сам укрепился подле реки Иртыша, под горою Чувашьею. Маметкул встретил Ермака на берегу Тобола, при урочище Бабасан, и был разбит: ружье восторжествовало над луком. Недалеко от Иртыша один из вельмож, или карачей, защищал свой улус: козаки разгромили его, взяли мед и богатство царское; неприятели настигли их на Иртыше, завязалась новая битва, и опять Кучумово войско было разбито; козаки поплатились за свою победу несколькими убитыми и все были переранены. К ночи козаки взяли город Атик-мурзы и засели в нем; на другой день должна была решиться их участь, надобно было вытеснить Кучума из его засеки. Козаки собрали круг и стали рассуждать, идти ли назад или вперед. Осилили те, которые хотели вперед во что бы то ни стало. «Братцы! — говорили они. — Куда нам бежать? Время уже осеннее в реках лед смерзается; не побежим, худой славы не примем, укоризны на себя не положим, но будем надеяться на бога: он и беспомощным поможет. Вспомним, братцы, обещание, которое мы дали честным людям (Строгановым)! Назад со стыдом возвратиться нам нельзя. Если бог нам поможет, то и по смерти память наша не оскудеет в тех странах, и слава наша вечна будет». На рассвете 23 октября козаки вышли из города и начали приступать к засеке; осажденные, пустивши тучи стрел на нападавших, проломили сами засеку свою в трех местах и сделали вылазку. После упорного рукопашного боя козаки победили: царевич Маметкул был ранен; остяцкие князья, видя неудачу, бросили Кучума и разошлись по своим местам. Тогда и старый хан оставил засеку, прибежал в свой город Сибирь, забрал здесь сколько мог пожитков и бежал дальше. Козаки вошли в пустую Сибирь 26 октября. На четвертый день пришел к Ермаку один остяцкий князь с дружиною, привез много даров и запасов; потом стали приходить татары с женами и детьми и селиться в прежних своих юртах.