Тем не менее, утрата целого корпуса прямых источников по истории университета за данный период не делает ее создание невозможной, поскольку существует большое количество взаимодополняющих материалов, как архивных, так и опубликованных, которые с той или иной степенью близости оказались связаны с деятельностью университета.
Приступая к обзору архивных фондов, относящихся к университетской истории начала XIX века, отметим, что они естественно разделяются на фонды, связанные с деятельностью правительственных структур, в составе которых университет находился, и фонды личного происхождения. Фонды первой группы очень велики по объему, имеют сложный состав, однако в силу утраты значительного количества документов Московского университета из-за пожара и некоторых других причин, содержат, по большей части, лишь редкие, разрозненные дела интересующего нас периода. Определенной широтой охвата материала отличается лишь фонд Департамента народного просвещения, находившегося в Петербурге, где можно было бы надеяться найти копии многих документов, утраченных в Москве, однако и эта надежда оправдывается лишь частично.
Напротив, фонды личного происхождения, даже и очень небольшие в количественном отношении, содержат интереснейшие материалы, проливающие свет на многие важные страницы истории университета. По характеру фондообразователей их условно можно разделить на фонды, отразившие деятельность университетского руководства — директора, кураторов (здесь бесценным источником являются фонды, связанные с попечителем М. Н. Муравьевым), фонды, в которых сохранились документы профессоров и преподавателей университета того времени (наиболее интересным по содержанию из обнаруженных нами бесспорно является фонд Каменецких, вобравший в себя переписку профессора И. А. Гейма), и, наконец, несколько личных фондов и коллекций, включивших материалы выдающихся людей этой эпохи — студентов или слушателей Московского университета, их воспоминания и переписку (назовем здесь М. А. Дмитриева, И. Д. Якушкина, Н. И. Тургенева, Н. Ф. Грамматина).
Четыре из исследованных нами архивных фондов представляют собой собрания делопроизводственных документов, обращавшихся в составе Министерства народного просвещения, которые отражают повседневную жизнь Московского университета с ее официальной стороны. Это, прежде всего, собственно фонд канцелярии Московского университета (ЦГА г. Москвы, ф. 418). Из-за понесенных утрат при пожаре материалы этого фонда фактически (за исключением нескольких отрывочных документов последней четверти XVIII в.) начинаются с 1813 года. Тем не менее, журналы временной комиссии по управлению учебным округом, созданной после пожара, совета университета (оп. 249) и советов отдельных факультетов (оп. 332, 477) и особенно университетского правления (оп. 109) за 1813 год дают нам некоторые сведения о происходившей осенью 1812 года эвакуации университета, о понесенном им ущербе, судьбе его членов, вступивших в московское ополчение, и др. Здесь нами обнаружены новые биографические данные, касающиеся пребывания в университете декабриста Н. М. Муравьева.
В лучшей сохранности, чем допожарный архив Московского университета, оказались бумаги канцелярии попечителя Московского учебного округа (ЦГА г. Москвы, ф. 459). Дело в том, что в конце августа 1812 года попечитель П. И. Голенищев-Кутузов, спешно уезжая из Москвы, оставил канцелярию в подвале собственного дома, который затем хотя и пострадал от грабителей, но уцелел при пожаре. В книгах исходящих дел канцелярии Московского учебного округа, которую организовал вместе с созданием самого округа попечитель М. Н. Муравьев, отражались названия и краткое содержание всех официальных писем и документов, проходивших через руки попечителя. В фонде (оп. 11) сейчас хранятся пять книг исходящих дел за 1803–1807 годы, вышедших из канцелярии Муравьева, но отсутствуют аналогичные тома из канцелярий попечителей А. К. Разумовского и П. И. Голенищева-Кутузова, (появляясь вновь только при попечителе А. П. Оболенском). Зная отношение обоих названных попечителей (особенно Голенищева-Кутузова) к канцелярской работе (см. ниже воспоминания канцеляриста М. П. Третьякова), можно предположить, что такие книги при них не велись, а соответствующие дела оказались просто списаны через некоторое время и, таким образом, утрачены для исследователей. Однако и дошедшие до нас канцелярские книги времен попечительства М. Н. Муравьева дают обильный материал по управлению университетом и становлению его деятельности в первые годы университетских реформ, рассказывают о приглашении немецких ученых и поощрении собственных профессоров, которыми с равной энергией занимался Муравьев, о первых шагах университетских ученых обществ и научных журналов, успехах молодых студентов и научных работах заслуженных профессоров этого времени.
С момента основания Министерства народного просвещения в сентябре 1802 года Московский университет вел интенсивную переписку с петербургскими ведомствами этого министерства: собственно Департаментом народного просвещения и Главным правлением училищ. В делах Главного правления училищ (РГИА, ф. 732, on. 1) мы находим документы о служебных производствах в Московском университете, которые должны были проходить здесь обсуждение, — представления к производству в званиях ректора, деканов, ординарных и экстраординарных профессоров, адъюнктов, докторов, магистров и кандидатов, а также канцелярских чиновников университета. Большая часть этих документов дублирует материалы Департамента народного просвещения, поскольку через него поступала на утверждение министру.
Именно в фонде этого департамента (РГИА, ф. 733) должно было находиться большое количество различного рода документов, повторяющих материалы сгоревшего архива Московского университета и таким образом восполняющих его утрату. Особенно важным при этом было бы обнаружение корпуса официальной переписки попечителя Московского учебного округа с министром народного просвещения (как мы увидим ниже, такого же рода частная переписка между П. И. Голенищевым-Кутузовым и А. К. Разумовским за 1810–1812 годы значительно расширяет наши представления об университетской истории тех лет). Однако в первые годы работы министерства такие своды писем не составлялись, причем большая часть разрозненных документов, не вошедших в законченные дела, была списана при реорганизации канцелярии департамента в 1817 году. Таким образом, от периода 1803–1812 гг. по Московскому учебному округу в фонде остался лишь набор из нескольких десятков никак не связанных друг с другом дел (оп. 28). В действительности, даже эти документы представляют огромный интерес для исследователя. Среди них — письмо поэта И. И. Дмитриева, в котором он отказывается от должности попечителя Московского университета, предложенной ему императором после смерти М. Н. Муравьева, собственноручный послужной список учителя Грибоедова, немецкого профессора И. Т. Буле, и его переписка с Департаментом народного просвещения, дела об утверждении ректоров и деканов университета, содержащие любопытные подробности их избрания, документы, связанные с приглашением в университет студентов из Финляндии, и т. д.
Отсутствие систематического собрания текущей официальной документации, относящейся к Московскому университету, отчасти компенсируется полным корпусом отчетов по университету, которые ежегодно с конца 1802 г. поступали в Петербург, обнаруженных нами в том же фонде (оп. 95). С принятием университетского устава определяется постоянная форма этих отчетов. В соответствии с разделами устава в них приводится полный состав профессоров и преподавателей Московского университета по факультетам, списки новопроизведенных или выбывших профессоров, адъюнктов, докторов, магистров и кандидатов, а также избранных в этом году почетных членов университета. Университет сообщал о представленных им конкурсных задачах и сделанных новых открытиях, выпущенных им сочинениях и переводах, пополнении библиотеки и музея, состоянии ботанического сада, физической, химической и астрономической лаборатории, медицинских учреждений при нем, ходе дел в университетском суде, числе и характере занятий магистров и кандидатов в педагогическом институте. Приводилось число обучавшихся в этом году студентов, с разделением по факультетам, а также число поступивших и выбывших, те же сведения сообщались и об академической гимназии и благородном пансионе. Отдельная глава была посвящена деятельности ученых обществ, издаваемым ими журналам, проведенным экспедициям, состоявшимся открытиям. В отчете рассказывалось также об управлении и надзоре за училищами Московского учебного округа, о визитаторских поездках профессоров. В целом отчеты содержат уникальную информацию по истории университета, в особенности связанную со студентами, произведенными в течение года в ученые степени, полные списки которых с указанием даты и научной отрасли здесь приводятся. Эти списки по информативности превосходят более известные исследователям отчеты в «Московских ведомостях» (см. ниже), и мы находим в них немало имен, дорогих русской культуре.