Правительство Годунова нашло общий язык и с другими казачьими ватагами, ранее промышлявшими разбоем. Где кнутом, где пряником оно смогло переориентировать их энергию на служение Отечеству в качестве пограничной стражи и авангарда в освоении новых земель на юге и юго-востоке. К этому времени относится и основание теперешнего Уральска на реке Яик (Урал). Оставаясь внешне самостоятельными и независимыми от Москвы, казачьи отряды беспрестанно тревожили владения турецкого султана, угрожали набегами крымскому хану, обуздывали ногаев. Если им удавалось закрепить за собой какую-то территорию, то в конечном итоге она отходила русскому государству, а если они терпели фиаско, то у Москвы была всегда «дежурная» отговорка: мол, казаки «беглецы, бродяги и воры, царю они не подчиняются, и он, как султан и хан, сам с ними ничего поделать не может».
Оборонная линия Московского царства от набегов крымских татар, веками существовавшая по течению Оки, постепенно теряла свое значение. Новой оборонительной линией, вдоль которой ежегодно развертывались войска, охранявшие границу, стал треугольник Мценск — Новосиль — Орел. Одновременно с этим возводились Ливны, Воронеж, Кромы, Елец, восстанавливался Курск. После воцарения Годунов предпринял еще один смелый шаг. На Нижнем Осколе, вблизи места его впадения в Донец, он начал возводить город Царев-Борисов — не только для защиты, но и в качестве базы для потенциального русского похода на Крым.
В 1586 году кахетинский царь Александр, желая заручиться поддержкой единоверного монарха, отдался в подданство Москве, которая от такого несвоевременного и недолговременного приобретения получила одну лишь головную боль. Вскоре кахетинский царь был убит своим же сыном Константином. Русским войскам, теснимым со всех сторон, пришлось покинуть Кахетию и Тарки, потеряв при этом около трех тысяч воинов. Тем не менее это было «два шага вперед, один шаг назад». На Тереке восстановили и укрепили город-крепость Тарку — с тех пор русские ратные люди его уже не покидали.
Относительно благополучно складывались и отношения с Крымом. Поражение при Молодях надолго отбило желание у крымских татар совершать походы на Московские земли. Теперь они предпочитали более короткие набеги на южные украинские области, входившие тогда в состав Польши, либо нанимались на службу к московскому царю. Правда, не последнюю роль здесь играли и «поминки», регулярно посылаемые Москвой крымскому хану. «Сюда не ходи, ходи туда». События же 1591 года, когда новый крымский хан Казы-Гирей подступил к Москве чуть ли не со 150-тысячным войском, были больше похожи на маневры или на фарс, обставленный мистическими атрибутами, если, конечно, не признать, что действительно произошло чудо, благодаря иконе Божьей Матери, бывшей с Дмитрием Донским на Куликовом поле. Не вступая в сражение, Казы-Гирей в ночь на 5 июля внезапно снялся и, теряя людей в арьергардных стычках, поспешно удалился в Крым.
Постепенно утряслись и русско-польские отношения. Высокомерие и воинственность Батория остужались польской же шляхтой, не желавшей ни воевать, ни денег на войну давать. Перемирие было продлено на два года, а после смерти короля (декабрь 1586 г.) ситуация десяти-четырнадцатилетней давности повторилась. Московский царь вновь рассматривался как реальный претендент на польский трон, и даже на более выгодных условиях. Уже никто не требовал ни Новгорода, ни Смоленска, нужны были только деньги для подкупа шляхты и демонстрации серьезности московских намерений. Но денег у послов не оказалось. В результате трон занял Сигизмунд, сын шведского короля Иоанна III и Екатерины Ягеллонки, дочери польского короля Сигизмунда I. В январе 1591 года договор о перемирии между Польшей и Москвой был продлен еще на двенадцать лет.
Но как ни хотелось мира, а войны избежать не удалось. Срок перемирия со шведами истекал, а условия мирного договора, выдвигаемые послами, не устраивали ни ту, ни другую сторону. В результате накопившая силы Москва объявила Швеции войну, продолжавшуюся более двух лет, хотя проявления ее были довольно умеренны. Русские возвратили себе Иван-город, Ям-город и Копорье, но Нарвы взять так и не удалось. На том и порешили, заключив в мае 1595 года «вечный мир», по которому Москва дополнительно присоединила к своим владениям Корелу и города Колы. Причем и шведы, и русские праздновали это событие как победу.
Замыкая круг, нельзя не сказать об Архангельске, строительство которого началось в 1584 году. К тому времени город был основным морским портом в торговых сношения с европейскими странами, и в первую очередь с Англией.
Не следует забывать и того обстоятельства, что Борис Годунов был одним из первых западников на русском троне. Приняв в наследство от Ивана Грозного дружеские отношения с представителями туманного Альбиона, он их развивал и углублял, отклоняя при этом стремление английских купцов к монополии и сдерживая их продвижение в Поволжье и на Каспий. Однако не только купцы приходили в Московию. Среди иностранцев, кстати не только англичан, были и архитекторы, и лекари, и инженеры, и воины. Поступая на московскую службу, немцы, шведы, ливонцы и те же англичане получали льготы от податей и повинностей, которые превосходили льготы, предоставляемые местным дворянам и детям боярским. Многие иностранцы удостаивались даже права беспошлинной торговли, а те из них, кто нанимался на военную службу, получали поместье и щедрое жалованье. Современники отмечали, что в телохранителях у Бориса Годунова служили только иностранцы, преимущественно немцы из Ливонии. Их услуги оценивались так высоко, что даже их слуги при поступлении на службу получали «по 15 рублей в подарок, столько же в жалованье, разные ткани, небольшую связку соболей и по 300 четвертей земли с 20 крестьянами». Ну чем не дворяне-помещики!
В Москве разрасталась Немецкая слобода, где царь Борис по просьбе своих врачей-иностранцев позволил им построить даже протестантскую церковь, первую инославную церковь в русской столице. Будучи сам неграмотным, Годунов тем не менее планировал открыть в Москве учебное заведение с иностранными профессорами, но, встретив сопротивление со стороны духовенства, ограничился тем, что послал за границу два десятка молодых людей, из которых в Россию, кстати, так никто и не вернулся.
Ко времени царствования Федора Иоанновича Русская православная церковь, отказавшаяся подчиняться Флорентийскому объединительному собору, вот уже более ста пятидесяти лет самостоятельно решала все свои внутрицерковные вопросы, в том числе и избрание митрополита. После захвата Константинополя турками (1453 г.) ее автокефальность получила новое и во многом бесспорное обоснование. При Иване III Москва провозгласила себя уже Третьим Римом, дав понять православному миру, что именно она, свободная и независимая от иностранного владычества, является восприемницей истинной веры. Тем не менее это возвышенное самоощущение не испортило связи Русской церкви с другими православными церквами. Их взаимоотношения просто получили другое содержание. Теперь уже не они помогали Москве, а Москва оказывала помощь и поддержку патриархам древних церквей, находившимся в условиях недружественного мусульманского окружения и терпящим нужду. В этих условиях на Руси зрело убеждение, что с учетом нового статуса великого князя московского, увенчанного царской короной, было бы логично, если бы и митрополит Московский получил сан патриарха. Решение же этого вопроса целиком зависело от волеизъявления Вселенского Патриарха Константинопольского и согласия трех других православных патриархов — Александрийского, Иерусалимского и Антиохийского. Первый шаг по учреждению Московской патриархии был сделан в 1586 году во время первого визита одного из восточных патриархов. За защитой от турецкого угнетения и материальным вспомоществованием в Москву прибыл патриарх Антиохийский Иоаким. Соответствующая помощь была оказана, но во время встречи с Годуновым патриарху было высказано пожелание царя Федора учредить патриаршество и в Москве. Нужно полагать, что «зерна попали на подготовленную почву». Через два года Москву без предупреждения посетил уже Вселенский Патриарх Иеремия II. Все ожидали, что он начнет говорить об учреждении русского патриархата, но этого не произошло. Тогда ему предложили самому остаться в Москве в качестве патриарха. Он согласился, тем самым подтвердив, что СевероВосточная Русь достойна патриаршего окормления. На самом деле это была западня: Москве Иеремия был не нужен. Здесь был свой кандидат на это место. Но куда девать уже согласившегося патриарха? Как понудить его отказаться от сана? Вопрос решился на удивление просто: Иеремии предложили в качестве патриаршей резиденции заштатный к тому времени город Владимир. Он посчитал это унижением и запросился домой. Только вот давать обратный ход процессу учреждения новой патриархии Иеремия уже не мог, ибо это означало бы охлаждение межцерковных отношений и лишало бы восточных патриархов, находившихся в зависимости от мусульманских правителей стран своего пребывания, весьма существенной материальной помощи царя московского. Поэтому 26 января 1589 года в Покровском соборе Кремля состоялось торжественное возведение в патриаршее достоинство митрополита Иова, ставленника Бориса Годунова. Иеремия же, получив богатые дары, в мае того же года отбыл из Москвы. Весной следующего года созванный им Церковный совет согласился признать патриаршеский статус Русской православной церкви. Это событие повысило не только и не столько статус Церкви, сколько авторитет московских правителей как на международной арене, так и внутри страны.
