После перевода в состав Учебного отряда ЧФ на школу младшего начсостава сторожевых катеров была возложена задача готовить младших командиров и специалистов для береговой и противовоздушной обороны флота. Для организации учебы по этому профилю школа была доукомплектована офицерами и старшинами – специалистами ПВО, со складов выделена материальная часть и приборы управления стрельбой зенитной артиллерии, соответствующие средства связи и учебная литература по новой специальности.
В начале июля 1941-го в школу пришли на обучение около 2500 человек мобилизованных из запаса и молодых призывников. С этим набором курсантов в течение шести недель шли занятия по программе рядового бойца, затем личный состав, отобранный для дальнейшей подготовки в качестве специалистов ПВО, был сведен в пять учебных рот, а остальные направлены в сухопутные части береговой обороны.
В августе 1941-го школе была поставлена задача сформировать батальон морской пехоты, для чего было получено пополнение в количестве еще 250 человек, в числе которых были офицеры и младшие командиры, предназначенные на командные должности батальона, а также старослужащие красноармейцы и краснофлотцы для повышения боеспособности этой новой части морской пехоты. Командиром батальона был назначен начальник продовольственного обеспечения школы капитан Бондарь, военным комиссаром – старший политрук Кондрашов. В этом батальоне начали подготовку сержантов и старшин для частей морской пехоты.
Кроме боевой подготовки, личный состав учебного батальона вместе с курсантами школы участвовали в строительстве оборонительных линий в районе сел Новые и Старые Шули (Штурмовое, Терновка), Нижнего и Верхнего Чоргуня (ныне на их месте село Чернореченское).
Некомплект личного состава до полного штата был пополнен из числа курсантов учебных рот. Теперь школа вела подготовку по двум направлениям: курсантов – как специалистов ПВО и бойцов батальона – по программам морской пехоты. Одновременно школа и батальон занимались строительством оборонительного рубежа в районе населенных пунктов Новые и Старые Шули, Нижний и Верхний Чоргунь.
До начала обороны Севастополя, в период июля – сентября 1941-го, школа неоднократно выделяла команды, всего более 500 человек, в формируемые флотом части морской пехоты, направлявшиеся в Одессу, Ростов, под Москву. Обычно в такие команды включалось 30 % постоянного и переменного состава школы и 70 % прибывшего пополнения. Для формируемой в Симферополе дивизии погранвойск НКВД тоже было выделено пополнение, а также 400 винтовок, станковые и ручные пулеметы со складов школы.
К началу обороны Севастополя в школе и батальоне морской пехоты было около 2000 человек, вооруженных, кроме учебно-боевых зенитных орудий, также 6 станковыми и 12 ручными пулеметами, 400 винтовками.
Формирование первых боевых частей морской пехоты ЧФ началось 15 июля 1941 года, когда в городе Измаиле, являвшемся главной базой дунайской флотилии, для его обороны с суши из личного состава береговых частей флотилии был создан «Сводный полк морской пехоты» под командованием полковника Комарова.
К сожалению, боевой путь этой первой части морской пехоты, сформированной вскоре после начала Великой Отечественной войны, практически не известен. Единственным упоминанием о нем является весьма краткая информация о том, что осуществляя прикрытие переправ 9-й и 18-й армий Южного фронта через реку Южный Буг 8 августа 1941 года, монитор «Ударный» и отряд бронекатеров, имея на борту десант в составе 7-й роты этого полка, начали движение вверх по реке Южный Буг и 12 августа в 5 часов утра высадили эту роту у деревни Сливны для обороны находящегося там аэродрома. Выйдя к аэродрому, рота разгромила высадившийся там немецкий воздушный десант, но вскоре была атакована немецкой пехотой и танками и под их натиском отошла в район Варваровского моста, где вновь заняла оборону (Береговые войска черноморского флота. Саратов, 2001. С. 49.).
В Одессе, в последних числах июля 1941 года, командование Одесской военно-морской базы сформировало первую в ее составе часть морской пехоты – «Сводный сухопутный отряд моряков» под командованием майора И. А. Морозова. Спустя неделю, 5 августа 1941 года, в составе Одесской ВМБ на основе этого отряда начали формироваться два полка морской пехоты (1-й и 2-й). Источники формирования у обоих полков были те же, что и у первоначального отряда: береговые части, в том числе и базовая школа старшин (школа младших командиров), экипажи кораблей и вспомогательных судов, входивших в состав Одесской ВМБ, а также жителей города, служивших до войны во флоте и призванных из запаса. К середине августа 1941 года 1-й полк морской пехоты под командованием майора И. А. Морозова имел 1300 человек личного состава, 2-й полк морской пехоты насчитывал 700 человек.
В связи с обострением ситуации на фронте вокруг Одессы 1-й Черноморский полк морской пехоты, как наиболее многочисленный и имевший к тому времени более-менее полный комплект ручного стрелкового оружия, 8 августа 1941 года был направлен на передовую, где занял один из участков обороны. Там полк, не имевший до этого ни пушек, ни минометов, был усилен трехорудийной батареей 45-мм пушек, созданной в артиллерийских мастерских путем использования стволов учебных орудий калибра 45 мм из состава материальной части ряда береговых батарей Одесской ВМБ. Вскоре подобным же образом для этого полка была сформирована еще одна артиллерийская батарея с орудиями аналогичного калибра.
2-й полк морской пехоты, как очень малочисленный и имевший на вооружении только небольшое количество винтовок, был оставлен в Одессе для охраны порта и ряда других военных объектов.
В связи с рядом неудач и понесенными 1-м ПМП на фронте потерями 15 августа командованием Одесского оборонительного района было решено сменить командира полка и для пополнения влить в его состав 2-й полк морской пехоты. Новым командиром 1-го ПМП стал заместитель начальника тыла Одесской ВМБ интендант 1-го ранга (подполковник) Я. И. Осипов, который имел большой опыт боевых действий на сухопутном фронте в годы Гражданской войны, когда он командовал сначала рядом матросских отрядов, а затем 29-м Бирским стрелковым полком.
Сразу после этого назначения под командованием Я. И. Осипова 1-й Черноморский ПМП в ходе боев за село Шицли 16–18 августа 1941 года разгромил румынский пехотный батальон, полностью уничтожив две его роты и захватив в плен 200 оставшихся в живых румынских солдат и офицеров. Также было уничтожено два танка противника. В качестве трофеев были захвачены в этом бою 1 броневик, 3 танкетки и 18 противотанковых пушек. Вскоре после этого боев Я. И. Осипову было присвоено звание полковника.
В дальнейшем, в начале сентября 1941 года, 1-й Черноморский полк морской пехоты был включен в состав сформированной в Восточном секторе Одесского оборонительного района 421-й стрелковой дивизии как ее 1330-й стрелковый полк. Под этим наименованием он участвовал в обороне Одессы, Крыма и в начальном периоде обороны Севастополя. Затем стал 381-м стрелковым полком 109-й стрелковой дивизии, оборонявшей Севастополь.
Кроме 1-го и 2-го полков морской пехоты, сформированных в Одессе, в Севастополе из числа матросов кораблей и вспомогательных судов ЧФ был 15 августа 1941 года сформирован и направлен в Одессу «1-й Добровольческий отряд морской пехоты» под командованием майора А. С. Потапова численностью 600 человек. 4 сентября 1941 года этот отряд был направлен на пополнение 161-го стрелкового полка 95-й стрелковой дивизии.
В дальнейшем, будучи полковником, А. С. Потапов, командуя 79-й морской стрелковой бригадой, участвовал в обороне Севастополя. Затем, уже в звании генерал-майора, командуя 255-й бригадой морской пехоты, участвовал в обороне и освобождении Новороссийска и Таманского полуострова в 1942–1943 годах.
Следом за отрядом Потапова в Севастополе в период с 19-го по 26 августа 1941 года были сформированы и направлены затем в Одессу еще пять отрядов морской пехоты: 2-й отряд (700 человек) под командованием майора И. М. Денщикова (4 сентября 1941 года он был направлен на пополнение 25-й Чапаевской дивизии), 3-й (270 человек) – командир майор П. Е. Тимошенко (4 сентября был направлен на пополнение 1-го Черноморского полка морской пехоты), 4-й – командир капитан А. И. Жук (4 сентября направлен на пополнение 1-го Черноморского ПМП), 5-й – командир капитан В. В. Спильняк (4 сентября был направлен на пополнение 54-го стрелкового полка 25 СД) и 6-й (720 человек) – командир майор А. И. Щекин (4 сентября был направлен на пополнение 54 СП 25 СД).
Также при подходе немецких войск к Очакову для обороны этой военно-морской базы Черноморского флота к 13 августа 1941 года в дополнение к находившемуся там еще до войны 141-му Местному стрелковому (караульному) батальону из части личного состава находившейся там 2-й бригады торпедных катеров Черноморского флота был сформирован отдельный отряд морской пехоты. Всего к началу обороны Очакова в его гарнизоне помимо уже упомянутых частей морской пехоты имелись саперная рота и подразделение пограничников, сформированное из личного состава пограничных застав Очаковской пограничной комендатуры.
