По известиям одного современника, православного, но ополяченного шляхтича Ерлича, Петр Могила, прибывши в Киев в 1633 г., обращался грубо и жестоко со своим предместником Исаиею Копинским: дряхлого и хворого старика схватили в Златоверхо-Михайловском монастыре в одной волосянице, положили на лошадь, словно мешок, и отправили в Печерский монастырь, где он скоро и скончался в нужде. По известию того же Ерлича, Петр Могила был человек жадный и жестокий, истязал бичами монахов Михайловского монастыря, допытываясь, где у них спрятаны деньги; одного печерского монаха Никодима обвинил в наклонности к унии и отослал к казакам, которые приковали его к пушке и продержали таким образом шестнадцать недель. Эти известия не могут быть признаны вполне достоверными. В 1635 году в городском овруцком суде происходил процесс между иноками Михайловского Златоверхого монастыря и Исаиею Копинским. Иноки жаловались, что Исаия Копинский в 1631 году, — опираясь на то, будто все монахи Михайловского монастыря избрали его игуменом, — выгнал, при содействии казацкого гетмана Гарбузы, игумена Филофея Кизаревича и оставался в монастыре до 10 августа 1635 года, а в этот день, уехавши из монастыря, взял с собою документы на монастырские имения и захватил также разные вещи из ризницы. Это показание противоречит известию Ерлича, относящего это событие к 1633 году, так как из показания монахов видно, что Исаия оставался в Михайловском монастыре гораздо долее 1633 года. Существует протестация самого Исаия Копинского, который показывает, будто он уехал из монастыря потому, что Могила притеснял монастырь, делал разорение монастырским местностям и после удаления его, Исаии, неправильно отдал монастырь во власть Филофея Кизаревича, окрестивши его игуменом. Но протестация Исаии заключает в себе неверность. Не Могила, после удаления Исаии из Михайловского монастыря, окрестил игуменом этого монастыря Филофея Кизаревича. Кизаревич был избран михайловским игуменом еще прежде, чем Исаия овладел монастырем в 1631 году. Это несомненно из актов того времени, на которых Кизаревич подписывался игуменом Михайловского монастыря. Оказывается, что в самом монастыре было две партии, из которых одна хотела дать игуменство Кизаревичу, другая — Копинскому, и Могила, как кажется, благоприятствовал первому. После протестации, поданной Исаиею, Могила февраля 1637 года пригласил Исаию в Луцк и там, в присутствии многочисленнюго духовенства, примирился с ним. Исаия дал Петру Могиле «квит», т.е. отказался от своего иска. Но вслед за тем Исаия, через своего поверенного, возобновил свой иск, заявивши, что Петр Могила насилием принудил дать ему квит. Жалоба дошла до короля. Исаия внес в градские владимирские книги королевское письмо к волынскому воеводе о назначении комиссии для разбирательства спора между Петром Могилою и Исаиею. Из этого письма видно, что к королю поступила жалоба, будто Петр Могила не только ограбил церковное и частное достояние Копинского, но и самого Исаию бил до крови и подвергал тяжелому заключению. Так как производство дела этой комиссии до нас не дошло, то и нет возможности для истории произнести приговор по этому делу. Но у Ерлича встречается еще одно известие о Могиле, также несправедливое. Ерлич говорит, будто Могила, желая завести школу в Печерском монастыре, выгнал монахов Троицкого больничного монастыря, чтобы отдать под школу занимаемое ими место. Из актов же того времени видно, что Могила, будучи еще архимандритом, назначил под предполагаемую школу место с садом и огородом по одну сторону главных ворот, на которых находилась больничная церковь, между тем как госпиталь с больничными монахами находился на другой стороне от ворот. Таким образом, не было никакой необходимости Могиле выгонять монахов для постройки школы. Притом же, сам Могила заботился о госпитале и содержал его на свой счет.
Назначение Петра Могилы митрополитом в Киеве произвело чрезвычайный восторг. Ученики братского училища сочиняли ему гимны и панегирики. «Если бы ты вздумал, — говорилось в приветствии ему, — отправиться от Киева до Вильно и до пределов русских и литовских, с какою радостью встретили бы тебя те, которыми наполнены суды, темницы и подземелья за непорочную веру восточную?» Типографщики поднесли напечатанную ими стихотворную брошюру под названием «Евфония веселобремячая», а киевские мещане, заодно с казаками и православными духовными, в порыве восторга бросились отнимать у униатов древнюю святыню русскую — Софийский собор. Униатский митрополит Иосиф Вильямин Руцкий жил не в Киеве, а в Вильне. Софийский собор стоял пустой; богослужение в нем не отправлялось; а ключи находились у шляхтича Корсака. Место, где находится Софийский собор, было тогда за городом и отделялось от жилой части Старого города валом. Близ него расположена была небольшая софийская слободка. Там жил Корсак, страж покинутого храма. Киевляне, под предводительством Баляски, Веремиенка и слесаря Быковца, толпою в пятьсот человек бросились на дом Корсака. Пан был в отлучке; в доме оставалась его мать, у которой были в то время гости. Киевляне потребовали ключей от собора. Пани Корсакова не дала ключей. Тогда киевляне объявили, что сами найдут ключи, бросились к собору, отбили колодки, которыми запирался собор, выломали двери, отколотили тех, которые хотели помешать им, забрали ризницу и утварь и отвезли в лавру к митрополиту. Затем толпа вновь вернулась в дом Корсака и начала выгонять из дому пани Корсакову и ее родных, сидевших с доминиканами, которых она нарочно позвала, чтоб они впоследствии на суде могли быть свидетелями. Толпа ругала пани Корсакову, прицеливалась ружьями в форточку окна и кричала: «Выволочемо ее на двор и расстреляймо!» На другой день киевляне вывели пани Корсакову и ее родных из дому и обязали слобожан повиноваться православному митрополиту. Вместе с церковью Св. Софии киевляне тогда же овладели деревянною церковью Св. Николая, на месте Десятинной, и древними стенами церкви Св. Василия, построенной Св. Владимиром на Перуновом холме.
Первым делом митрополита было привести церковь Св. Софии в благолепный вид и освятить ее для богослужения; он называл ее «единственным украшением православного народа, главою и матерью всех церквей». Петр Могила старался восстановить древнюю святыню Киева и вместе с тем оживить в народе воспоминание древности. Таким образом, он возобновил церковь Св. Василия; из развалин Десятинной церкви состроил новую каменную церковь, причем, во время производства работ, нашел в земле гроб Св. Владимира и поставил голову его в Печерском монастыре для поклонения, возобновил также древнюю церковь Спаса на Берестове. С особенною любовью относился он к Софийскому собору, хотя жил постоянно в Печерской лавре, оставаясь ее архимандритом.
Ему приписывают сооружение пристроек к ярославовой стене, укрепление их контрфорсами, закладку куполов на хорах, сооружение над ними других куполов на кровле и даже размалевку стен, которою закрыты были старые Ярославовы фрески. Но с этим нельзя согласиться. Архитектура пристроек и особенно двухглавые орлы указывают на более позднее время. Сверх того, существуют рисунки, составленные после Могилы, на которых Софийский собор не в том виде, в каком теперь. В «Триоди», изданной во Львове, в 1642 году, в посвящении Петру Могиле говорится о возобновлении Св. Софии в таком виде: «Церковь Св. Софии в богоспасаемом граде Киеве негдысь от святые памяти княжати и самодержца всея России Ярослава сбудованую и на приклад всему свету выставленную, преосвященство ваше в руинах уже будучую знову реставровал и до першей оздобы коштом своим старанем своим привел, а до того и внутрь розмаитыми иноками святых Божиих и апаратами церковными дивно ириоздобил».
Петр Могила обратил внимание на то, что в церковных богослужебных книгах, бывших в употреблении в южной и западной Руси, вкрались неправильности и разноречия. Они были в то время тем неуместнее, что противники православия указывали на это обстоятельство, как на слабую сторону, и утверждали, что в православном богослужении нет единообразия: в одной книге попадаются об одном и том же предмете совсем иные выражения, чем в другой, и каждый священник может употреблять тот или другой способ. Этим противники силились доказать, что церковь, не имея единого главы, не в силах удержать правильности в своих богослужебных книгах, а тем самым указывали на необходимость подчинения единому главе в образе папы. Могила постановил, чтобы вперед богослужебные книги не выходили в печать без пересмотра и сличения с греческими подлинниками и без его благословения; сам он лично трудился над их пересмотром. В 1629 году Петр Могила издал «Служебник», одобренный на киевском соборе митрополитом Иовом Борецким и южнорусскими епископами. Этот «Служебник» отличался от прежних тем, что в нем приложено догматическое и обрядовое объяснение литургии, написанное одним из учеников Могилы, Тарасием Земкою. Таким образом, русские священнослужители получили впервые единообразное руководство для совершения литургии, а вместе с тем могли понимать то, что совершали. Через десять лет, в 1639 году, Могила, уже будучи митрополитом, издал вторым изданием свой «Служебник», значительно умноженный ектениями и молитвами, сочиненными на разные случаи жизни.