Дмитрий Траханиот написал в Новгороде два сочинения: «О трегубой алиллуйе» и «О летах седьмой тыщи». Николай Булев перевел сочинение марокканского еврея Самоила «Учителя Самоила Евреина на богоотступные жидове обличительно пророческими речами». Он также перевел на русский язык знаменитый лечебник под названием «Доброхотный ветроград» и медицинский трактат «Травник», который надолго станет настольной книгой русских врачей, а также астрологический альманах Штофлера.
Самым плодовитым автором был Дмитрий Герасимов, который также не ограничивался религиозной тематикой. Переведя книгу «Против иудейского безверия» Николая де Лириа, он сделал доступной для русского читателя «Троянскую историю» де Колумна, популярную на западе народную энциклопедию «Златой бисер», «Географию Помпония Мелы».
Съездив по поручению владыки Геннадия в Рим, Герасимов привез сюжет «Сказания о белом клобуке». Повесть пересказывает легенду о том, как царю Константину явились во сне святые апостолы Петр и Павел и показали ему форму, по которой должен быть сшит белый клобук папе в знак его церковного главенства; Константин велел сшить клобук и возложил его на главу папе Сильвестру, после чего, не желая царствовать в том же месте, где правит наместники Божий, он перенес свою столицу из Рима в Константинополь. Но преемники Сильвестра не почитали клобука и им пришлось переслать этот символ власти в Константинополь. Вскоре патриарху явился ночью «юноша светлый и велел отправить клобук в Великий Новгород со словами: «и да будет там носим на главе Василия архиепископа». С тех пор белый клобук утвердился на главах святых архиепископов Великого Новгорода».
«Сказание о белом клобуке» пользовалось огромной популярностью среди русских книжников, особенно у старообрядцев. Сохранилось более трехсот списков повести. Со временем белый клобук превратился в мистический символ Третьего Рима. После установления в 1589 году в России патриаршества белый клобук стали носить патриархи московские. Но в 1667 году повесть подверглась осуждению Московским поместным собором как написанная Дмитрием Толмачом «от ветра главы своея». Собор усмотрел в ней пресловутый новгородский сепаратизм, хотя на самом деле «Белый клобук» — это настоящий гимн нарождающейся России: «Ветхий Рим отпаде славы и от веры Христовой своею волею; в новом же Риме, еже есть в Константинограде насилием агарянским также христианская вера погибает. На Третьем же Риме, еже есть на русской земле, благодать святаго Духа воссияет!»
В финале повести устами папы римского Сильвестра Дмитрий Герасимов предрекает наступление времени, когда «царя русского возвеличит Господь над многими языками, и под властию его мнозии цари будут и от иноязычных, и патриаршеский великий чин от царствующего сего града такожде дан будет русской земле во времена свои, и страна та наречется светлая Россия!» (Между прочим, именно Герасимов один из первых стал называть Московию Россией.)
Таким образом, «новгородские попики», как снисходительно называли поздние исследователи Геннадиеву дружину, внесли огромный вклад в развитие русской религиозной и светской мысли. В противовес еретикам они сумели соединить веру и разум, достижения науки и христианские догматы.
В этом блестящем окружении с неожиданной стороны раскрылся и сам архиепископ Геннадий, о котором у многих историков сложилось мнение, что он был человеком чисто практического склада. Владыке не давали покоя разговоры о «несостоявшемся светопреставлении», и он задумал сочинение, в котором собирался дать ответ еретикам от лица Русской православной церкви. Непосредственным толчком для этого труда стала книга «Диалог жизни со смертью», которую привез с собой в Новгород Бартоломей Готан. «Диалог» был переведен в Геннадиевом кружке и вскоре стал здесь одним из наиболее читаемых произведений.
В 1495 году из-под пера Гонзова вышло «Сказание о седьмой тысяче лет». В этом труде он предстает не «князем церкви», но глубоким философом-богословом, способным побеждать своих оппонентов силой мысли. Геннадий точно уловил главный посыл еретиков. Отрицание ими кончины мира означало и отрицание его начала. Вселенная была и будет всегда, утверждали Федор Курицын и его единомышленники. Мир нескончаем, ибо он является неизменным: «Мир сей недвижим пребывает. С тех пор как стали умирать отцы, от начала творения все остается так же».
Эти рассуждения Геннадий характеризовал как «плотское мудрование», то есть грубый материализм. При этом он ссылался на слова апостола Павла: «Те, кто утверждает незыблемость мира — не веруют в Бога и Божественный промысел, управляющий Вселенной». Действительно, извечность Вселенной делает Бога просто лишним.
Никто не ведает сроков конца мира, утверждал Геннадий, и тем не менее мир конечен, ибо он меняется. Тайну своего промысла Бог скрыл от «ругателей» — еретиков, поскольку они «не боголюбезной совестью ищут благочестия, но величавою мыслью некасаемых касаются». В определении «величавою мыслию» звучит насмешка над теми, кто возомнил себя способным понять промысел Божий. О «Шестокрыле», который еретики выдвигали своим главным аргументом, Геннадий пишет, что «оный взят от астрономии, как капля от моря».
Православный владыка оказался глубже и прозорливее своих прозападных оппонентов. Современная наука вновь возвращается к признанию конечности Вселенной, в чем всегда была убеждена религия. Прозрения святых отцов получают подтверждение астрофизиков, изучающих Вселенную с помощью космических телескопов. Теория Большого Взрыва подтверждает вывод о том, что у Вселенной было начало и, следовательно, будет конец. Человечество тревожно ищет признаки надвигающегося Апокалипсиса в угрозах ядерной войны и необратимых изменениях климата.
Тем временем работа над славянской Библией близилась к финалу, и в 1499 году этот выдающийся труд был завершен. Были впервые переведены две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Ниэмии, Товита, Юдифь, Соломонова премудрость, Притчи, Маккавейские книги. Русская паства получила первый полный свод библейских книг.
По своему исполнению Геннадиева Библия представляла собой настоящий шедевр рукописной книги. Она написана полууставом на 1002 листах высококачественной бумаги форматом 33 × 23,5 см и украшена искуснейшими мастерами-орнаменталистами. Писцами книги были новгородские дьяки Василий Иерусалимский, Гридя Исповедницкий и Климент Архангельский, а также выдающийся каллиграф Тимофей Вениаминов. Новгородский купец Демьян Фрязин обеспечивал книжников высокосортной бумагой. Через 80 лет с появлением книгопечатания именно Геннадиева Библия была издана в Остроге (1580–1582 гг.) как первопечатная церковнославянская Библия, опередившая этим своим появлением весь православный Восток.
Пока писцы и переводчики работали над Библией, рядом, в иконописной владычной мастерской столь же напряженно трудились знаменитые новгородские иконописцы. Их ответом на иконоборчество «жидовствующих» стали изумительные новгородские «таблетки», стиль которых органично соединил новгородскую и московскую школы. Восемнадцать изящных икон на тоненьких дощечках предназначались для того, чтобы класть их на аналой в дни церковных праздников либо в день поминовения тех святых, которые были изображены на святцах. На аналое они сменяли друг друга соответственно ходу церковного календаря и были доступнее для поклонения, чем большие иконы, входившие в состав иконостаса и рассчитанные на восприятие издалека. В самом факте их появления дает знать более интимное отношение к религии: икона приближается к верующему, между ними устанавливается более прямая и непосредственная связь.
Софийские иконы-святцы оказали сильное влияние на новгородскую иконопись, став каноническими образцами для многих поколений иконописцев. Но в то же время в них можно увидеть и прямую полемику с ересью «жидовствующих». На таблетке, изображающей редкий для русской иконописи сюжет «Приведение Христа на судилище к Понтию Пилату», появляется новая деталь: рядом с Пилатом на троне иконописец изобразил иудейских первосвященников Каиафу и Анну, что являлось отступлением от канона, тем самым подчеркивал вину иудеев за казнь Спасителя, а заодно и опасность обнаруженной в Новгороде ереси «жидовствующих». Причем на иконе видно, кто в действительности решил судьбу Иисуса. Пилат умывает руки, обратившись к первосвященникам Анне и Каиафе, как бы слагая ответственность за казнь Христа с себя на еврейский народ.
Увы, не сбылись надежды архиепископа Геннадия на открытие в Новгороде первой русской типографии. Бартоломей Готан трагически погиб поздней осенью 1494 года во время разгрома новгородской ганзейской конторы. Причины и обстоятельства его гибели до конца не выяснены. Возможно, Готана погубило то, что он был родом из немецкого города Любека, который был столицей Ганзы. То есть печатник, грубо говоря, просто «попал под раздачу». Но существует и более интригующая версия. Дело в том, что Бартоломей Готан был тайным агентом Москвы. В 1492 году его имя упоминается в документах московского посольства к императору Священной Римской империи Максимилиану. В инструкции великого князя посольству есть следующая запись: «Ивану же Волку дати Бартоломею Любечанину, печатнику книжному от великого князя камка, а молвити так: государь вси России тебе жалует камка. А дати ему как придет на подворье к послам, к Юрью и к Михаилу, а к нему Вожу на подворье не ходити».