Затем он вновь воюет в Туркестане, в Фергане, под командованием генерала М.Д. Скобелева. Командуя штурмовой колонной в ночном бою под Уч-Курганом капитан Куропаткин первым взобрался на крепостную стену, за что был удостоен ордена Святого Георгия 4-й степени. В ходе войны за освобождение Болгарии от османского ига участвовал в сражениях под Ловчей и Плевной, в переходе через Балканы, был ранен и получил тяжелую контузию.
Затем А.Н. Куропаткин в третий раз оказывается в Туркестане. Командует Туркестанской стрелковой бригадой в Кульджинском походе. За штурм крепости Геок-Тепе удостоился ордена Святого Георгия 3-й степени. Восемь лет был начальником Закаспийского края, основал там несколько городов, проложил немало дорог и способствовал расширению посевов хлопчатника.
В 1898 году по высочайшему указу А.Н. Куропаткин, имевший хороший послужной список, был назначен военным министром Российской империи. Его деятельность на этом высоком государственном посту была сопряжена с попытками реформирования русской армии, которые, как правило, воспринимались в правящих кругах с большой настороженностью и непониманием.
У Алексея Николаевича Куропаткина, как государственного и военного деятеля, было свое видение роли России на Дальнем Востоке, в Коре и Маньчжурии, в частности. Суть его он изложил в докладных записках государю-императору. В "Японском дневнике" А.Н. Куропаткина со всем откровением говорится следующее:
"Безобразов все старается об организации эксплуатации богатств Маньчжурии. Но стоит ли это дело ставить для России превыше всего? Наша Россия, Кавказ, Сибирь еще полны огромными естественными богатствами, и все это лежит пока без движения за недостатком знания, энергии и капитала. Мы недостаточно культурны, чтобы воспользоваться богатствами, лежащими у нас под носом, а нас призывают отвоевывать у иностранцев богатства в Маньчжурии. Кому это нужно? России? Совсем нет. России много дела и у себя дома и много задач предстоит решить, и задач тяжких, кои много важнее "лесного предприятия на р. Ялу". Кому же тогда пойдут на пользу эти предприятия? Небольшой кучке людей, которые будут основывать эти предприятия или на казенные, или на иностранные деньги. Работать будут иностранцы. Некоторые предприятия окажутся дутыми. Разорят много людей. Многие второстепенные и третьестепенные агенты наживут состояния... за все заплатит или русский мужик, или иностранец. Русский капиталист на эти неверные дела не пойдет. И вот из-за таких сомнительных для России выгод мы должны быть готовы к разрыву не только с Япониею, но с Европою".
Став главой Военного ведомства, генерал от инфантерии
А.Н. Куропаткин не мог не видеть обострения для России внешнеполитической ситуации на Дальнем Востоке, на тихоокеанской окраине империи. Когда в стране Восходящего Солнца весной 1903 года началась сильная антирусская кампания, император Николай II решил отправить в Японию военного министра с миссией, целью которой было ознакомление с ситуацией на месте и выявление готовности Токио к войне с Россией. Такое царское повеление А.Н. Куропаткин получил во время своей инспекционной поездки по Дальнему Востоку, когда находился в городе Никольске-Уссурийском (современном Уссурийске Приморского края). В полученной царской депеше говорилось:
"Вполне рассчитываю на Вашу опытность, знание дела и испытанную преданность Престолу и Отечеству для выполнения этого поручения, которому придаю первостепенное государственное значение".
Заинтересованные в окончательном прояснении целей и планов России на берегах Тихого океана, японские правящие круги согласились принять эмиссара Николая II. Российский военный министр посетил Японские острова с официальным визитом в июне 1903 года. Высокому гостю позволили ознакомиться с императорской армией. А.Н. Куропаткин присутствовал на параде войск столичного гарнизона, посетил Центральную кадетскую школу и военное училище в Токио.
Японская военная администрация стремилась представить свою боевую мощь. От внимательного и вполне компетентного взгляда военного министра России не укрылись как недостатки, так и несомненные достоинства японской императорской армии. Для российского военного ведомства визит генерала от инфантерии А.Н. Куропаткина в Токио был полезен во всех отношения, а император Николай II получил от своего доверенного лица вполне объективную информацию скорее не дипломатического, а разведывательного характера.
Японские газеты, поместив на своих страницах биографию русского военного министра, широко и подробно освещали его визит. Так, подчеркивая значение визита, газета "Осаки Асахи" 28 мая отмечала, что "в ряду русских министров генерал Куропаткин стоит наравне с Витте... проекты генерала Куропаткина... исполняются как законы, взгляды его на внешнюю политику имеют большое значение". Газета "Кокуми" 30 мая писала: "Если министр подробно ознакомится с Японией, то он увидит, что она желает мира".
Однако в японской прессе были публикации и совсем иного рода. Так, газета "Чиува Симбун" 31 мая писала: "Говорят, будто бы русский военный министр приехал с особым поручением в Японию, но это неправда. Он просто приехал, чтобы все разведать и посмотреть наших министров. Россия уже завладела Маньчжурией, теперь хочет забрать и Корею. Может ли Япония противиться этому - это вопрос? Россия похожа на змею, которая без конца глотает лягушек".
Подводя итоги визита генерала от инфантерии А.Н. Куропаткина, газета "Химедщи Симбун" писала 14 июня: "Вообще полагают, что приезд русского военного министра не имел полномочий для ведения политических переговоров. Если он хотел заключить японо-русское соглашение, то напрасно, ибо наше правительство не имеет намерения нарушать англо-японский союз".
В конце XX столетия военные ведомства всех ведущих стран мира стали придавать большое значение военной разведке. Резко выросла роль агентурной разведки, увеличилось число объектов ее воздействия и расширились способы ее ведения. Появилась необходимость в более совершенной организации сбора и обработки полученных разведывательных данных.
Между тем к началу войны с Японией агентурная разведка Российской империи уже во многом не отвечала требованиям времени. Ею по-прежнему занимались военные атташе, дипломаты, представители министерства финансов за рубежом и штабы военных округов. Разведка велась бессистемно и при отсутствии общей программы. В военных кругах наблюдался определенный сепаратизм, и они зачастую не считали необходимым делиться с Главным штабом добытой разведывательной информацией.
На работе военной разведки накануне русско-японской войны отрицательно сказался и недостаток финансовых ассигнований - с 90-х годов по инициативе министра финансов С.Ю. Витте началось резкое сокращение всех военных расходов. Перед войной Главному штабу по смете на "негласные расходы по разведке" ежегодно отчислялась сумма в 56 тысяч рублей, распределявшаяся между военными округами. А Япония, готовясь к войне, затратила только на подготовку военной агентуры около 12 миллионов рублей золотом.
Необычайно остро стояла кадровая проблема. Офицеры русской армии, занимавшиеся агентурной разведкой, не получали никакой специальной подготовки. Курс военной разведки был введен в императорской академии Генерального штаба лишь после завершения русско-японской войны.
Среди лучших тайных агентов России в Японии в тот период был французский журналист Бале. Он отлично владел японским языком, в совершенстве знал культуру и быт японцев и доставлял русскому командованию весьма ценную информацию. Разведывательные службы союзных государств иногда оказывали услуги русской разведке. Так, в тесном контакте с русской разведкой в Японии работал французский военный атташе барон Корвизар. В июле 1903 года по ходатайству русского военного агента в Японии полковника В.К. Самойлова он был представлен к награждению орденом Святого Станислава 2-й степени.
Но в целом сбор разведданных в Японии был организован плохо. Главную роль здесь сыграла недооценка ее как сильного и опасного противника. Японской армии серьезного значения не придавали. Вплоть до начала войны на Японских островах отсутствовала сеть тайной агентуры русской военной разведки. Ее агенты не знали японского языка, не было надежных переводчиков в российском посольстве в Токио. Переводчики же, предоставляемые в распоряжение военного агента России (военного атташе) местными властями, были абсолютно все информаторами японской контрразведки.
Разведка в Японии затруднялась и спецификой этой страны. Военный агент в Европе помимо негласных источников мог почерпнуть нужную информацию из прессы и военной литературы, а в Китае продажные сановники чуть ли не сами предлагали свои шпионские услуги. В стране Восходящего Солнца все официальные издания, доступные иностранцам, содержали лишь тонко подобранную дезинформацию, а императорские чиновники были спаяны железной дисциплиной и фанатичной преданностью божественному микадо.