Допросы тянулись в течение всей зимы 1308 г., когда Климент совершенно неожиданно прервал их; он прекратил власть инквизиторов и епископов Франции и присвоил себе все дело, ссылаясь на то, что неожиданность ареста, произведенного без его ведома, хотя он был так близко и его так легко было спросить, возбуждает в нем серьезные подозрения; эти подозрения не были уничтожены допросами, протоколы которых доставлены ему и которые могут только возбудить к себе недоверие.
Филипп написал папе полное негодования письмо: папа совершил великий грех; даже сами папы могут впадать в ересь. Климент виноват перед всеми прелатами и инквизиторами Франции; он дал тамплиерам такие надежды, что они отказываются от своих сознаний. Король решил укрепить свою независимость и отстоять свою юрисдикцию; он запросил мнение университета. Но богословский факультет дал 25 марта 1308 г. ответ, что светский суд имеет право рассматривать преступление ереси только по просьбе Церкви и только после того, как она выдала ему еретика; светская власть имеет право арестовать еретика, но только для того, чтобы выдать его духовному суду; тамплиеры, хотя и воины, были тем не менее монахами и, как таковые, не были подсудны светскому суду; если некоторые из них не произнесли еще формально обетов, то, действительно, они еще не монахи, но установить это может только одна Церковь; подозрений, которые породили свидетельские показания против всей конгрегации, достаточно, чтобы оправдать следствие над орденом; так как против всех членов имелись серьезные подозрения, то следует принять меры, чтобы братья, не доведенные еще до признания, не могли совратить других; следует хранить имущество тамплиеров, чтобы употребить его на те цели, для которых оно дано ордену. Следует принять тот способ управления имуществом ордена, который лучше будет отвечать этим целям.
Филипп решил оказать давление на Климента. Он обратился с воззванием к послушным ему епископам и созвал в Туре на 15 апреля народное собрание, чтобы решить совместно с ним вопрос о тамплиерах. В пригласительных грамотах Филипп перечислил преступления тамплиеров как факт уже установленный. Почти единодушным было мнение собрания, что тамплиеры заслуживают смерти. 25 мая вызвали Молэ и других четырех главных лиц ордена явиться пред собранием, в котором заседали инквизитор Франции, ректор университета и другие духовные сановники. Молэ от имени своих товарищей повторил признание относительно обычая отрекаться от Христа и плевать на крест; тогда его заставили подписать и скрепить своей печатью письмо, адресованное всем тамплиерам Франции; он освобождал их от обязанности сохранять тайну и приказывал им, в силу обета послушания, сказать всю правду инквизитору или епископским судьям.
После этого Молэ просил отпущения грехов, прощения и снисхождения для себя и для своих товарищей, обещая подчиниться всякому духовному наказанию, которое наложат на него, и повиноваться всем приказаниям Церкви. Укрепив свое положение в этом деле, Филипп в конце мая отправился к Клименту в Пуатье. Переговоры по поводу дела были долгие. Филипп утверждал, что тамплиеры были признаны виновными и что их необходимо тотчас же наказать; Климент возмущался, что столь серьезное дело, зависящее исключительно от Св. Престола, было начато не по его инициативе. Конгрегация, подобная ордену тамплиеров, имела повсюду в Европе могущественных друзей, влияние которых в курии было очень сильно. Но в глазах всей Европы он бесповоротно связал себя буллой от 22 ноября; единственным вопросом был вопрос об условиях, на которых он предоставит делу идти своим порядком во Франции, возвратив инквизиции отнятую от нее власть. Климент сохранил за собою право окончательного приговора. Поэтому из тюрем Парижа было извлечено семьдесят два тамплиера, чтобы подвергнуться допросу самого папы и коллегии кардиналов и чтобы старейшины Церкви могли утверждать, что они лично признали обвиняемых виновными. С 28 июня по 1 июля тамплиеры подверглись торжественному допросу пяти кардиналов, друзей Филиппа, назначенных вести это дело и подтвердили показания, данные ими перед инквизицией. Затем 2 июля это повторилось перед папой.
Таким образом, папская юрисдикция была признана, и в своих последующих буллах Климент мог утверждать, что обвиняемые добровольно и без всякого принуждения сознались в своих заблуждениях и смиренно просили отпущения грехов и воссоединения с Церковью. Климент и Филипп договорились: тамплиеры должны быть выданы папе, но от имени последнего их должен держать под стражей король; дело их должно быть рассмотрено епископами разных епархий, к которым будут присоединены инквизиторы; но Молэ и наставники Востока, Нормандии, Пуату и Прованса будут предоставлены суду папы; конфискованное имущество должно быть выдано комиссарам, назначенным папой и епископами; к этим комиссарам король тайно добавит избранных им уполномоченных; но Филипп должен дать письменное удостоверение, что употребит эти имущества исключительно на нужды Св. Земли. Климент объявил, что осуждение ордена как духовной конгрегации является настолько серьезным вопросом, что решить его невозможно без участия Вселенского собора; этот собор решено было созвать в октябре 1310 г. Климент 5 июля вернул инквизиторам и епископам права суда в этом деле. Каждому епископу Франции было приказано начать дело тамплиеров епархии; причем инквизиторам было позволено принять участие в деле; но было запрещено предпринимать какие-либо меры против ордена в целом; всем гражданам было приказано под страхом отлучения от Церкви арестовывать тамплиеров и выдавать их инквизиторам или епископским чиновникам.
17 августа и в последующие дни три кардинала допросили гроссмейстера Молэ, магистра Кипра, визитора Франции и наставников Нормандии и Пуату. Обвиняемые подтвердили свои прежние показания и смиренно просили отпущения грехов и воссоединения с Церковью, которое и было дано им: к королю обратились с просьбой простить их. 12 августа Климент выпустил целую серию булл, устанавливавших характер судопроизводства, которое следовало применить в данном случае. Булла «Творя милосердие» повелевала прелатам присоединиться к инквизиторским комиссарам, назначенным папой, вызвать к себе тамплиеров и начать розыск против них. Затем должны быть созваны провинциальные соборы для установления личной виновности или невиновности отдельных рыцарей, местные инквизиторы имеют право участвовать во всем делопроизводстве. Результат розысков должен быть переслан папе. Булла «Царствующий на небесах», обращенная к князьям и прелатам, предписывала созыв Вселенского собора в Вьенне.
1 октября 1310 г.; он должен решить участь ордена, обсудить вопрос об освобождении Св. Земли и принять необходимые меры для реформы Церкви. Во второй булле «Творя милосердие» от 8 августа папа формально вызывал тамплиеров явиться на собор лично или выслать своих доверенных, чтобы дать ответ по поводу обвинений, возведенных на орден; кардиналу Палестрины было приказано привести на собор Молэ и наставников Франции, Нормандии, Пуату, Аквитании и Прованса, чтобы они лично услышали решение. Эта серия булл была дополнена 30 декабря новой; в ней папа объявлял тамплиеров подозреваемыми в ереси, приказывал поэтому арестовывать их и передавать епископским судьям, запрещал князьям и прелатам давать им убежище и оказывать им помощь или покровительство под угрозой отлучения от Церкви и интердикта. Еще одна булла к князьям христианского мира приказывала схватить всех еще не арестованных тамплиеров. Папа оставлял за собой суд над магистрами Англии и Германии.
По всей Европе было предпринято преследование тамплиеров. Большое число специальных инквизиторов, которых потребовалось назначить, в сущности, были избраны королем. Во Франции после шести месяцев отсрочки тамплиеров перевели из инквизиторских в епископские суды, организованные Климентом. Папа уполномочил епископов действовать даже вне пределов их епархий; единственной целью было вырвать у обвиняемых признания, достаточные для созыва провинциальных соборов, которые должны были принять окончательные решения. Обвиняемых предупреждали, что тот, кто отречется от признаний, будет сожжен, как еретик-рецидивист. С теми, кто отказался сознаться, поступали по усмотрению епископов и их помощников. Например, клермонский епископ допросил шестьдесят девять тамплиеров; из них сорок сознались, а остальные двадцать девять отказались признать существование в ордене какого-либо порока. Упорствующие заявили, что они настаивают на своих словах, и если они позднее сознаются под страхом пытки или тюрьмы, или другого какого-либо наказания, просили не верить их словам и не обвинять их в этом; после этого их не вынуждали сознаться.
Других спросили, имеют ли они сказать что-либо в свою защиту или готовы выслушать приговор по их делу; они ответили, что не хотят защищаться и не желают слушать приговор, но предают себя милосердию Церкви. Почти всегда невозможно различить действие епископских судов от действия судов инквизиторов, и если обвиняемый перед епископским судом пытался отказаться от признаний, вырванных судом инквизиции, ему грозили пыткой и заставляли подтвердить прежние признания.
