Подготовка новой экспедиции проходила в строжайшей тайне. 13 декабря 1577 года Дрейк с флотилией из пяти кораблей, которые назывались "Пеликан", "Елизавета", "Мэриголд", "Сван" и "Кристофер" и имели команду численностью 164 человека, вышел из Плимута в море. Его флагманский корабль "Пеликан" имел всего 26 м в длину, 7 м в ширину и водоизмещение в 200 т.
Перед входом в Магелланов пролив Дрейк оставил оба корабля снабжения — "Сван" и "Кристофер",— подверг капитальному осмотру "Пеликана" и переименовал его в "Золотую лань". С тремя кораблями Дрейк прошел через пролив и 6 сентября 1578 года достиг Тихого океана. Перед этим, подобно Магеллану, он был вынужден подавить бунт на борту корабля. Зачинщиком был один из его спутников. Дрейк сам назначил судей и присудил мятежника к смертной казни.
Во время сильного шторма у западного побережья Южной Америки корабль "Мэриголд" пошел ко дну, а "Елизавета" была отнесена настолько далеко, что ее капитан на свой страх и риск возвратился в Англию. Да и "Золотая лань", единственный из оставшихся у Дрейка кораблей, буря в течение месяца отгоняла к югу. При этом Дрейк сделал открытие: он обнаружил, что южнее Магелланова пролива находился лишь кусочек суши, который, очевидно, принадлежал к Американскому континенту. Никакого Южного континента ему здесь обнаружить не удалось. Теперь Дрейк приступил к выполнению второй части своей задачи. На "Золотой лани" он поплыл в северном направлении до Вальпараисо, зашел в порт и подверг опустошению город и ограбил церкви. Когда были пополнены запасы провианта и воды, а корабль тщательно осмотрен, Дрейк направился далее на север, грабя по пути прибрежные поселения. 13 февраля 1579 года "Золотая лань", вошла в гавань Лимы. Находившиеся там 12 испанских кораблей не были готовы к бою. Весь такелаж находился на берегу. Испанцы чувствовали себя на западном побережье в полной безопасности. В результате этого их корабли, а также собранные в Лиме сокровища стали добычей Дрейка. В Лиме англичане услышали об испанском корабле "Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон", груженном сокровищами, который находился по пути в Панаму. Этот корабль за свое тяжелое вооружение прозванный "Изрыгателем искр", ежегодно плавал вдоль побережья в северном направлении и в различных портах брал на борт продукцию серебряных рудников, а также награбленные испанцами золото и другие ценности. Этот груз доставлялся к Панамскому перешейку. Дрейк приказал немедленно поднять паруса и поспешил навстречу "Изрыгателю". 1 марта он обнаружил испанский галеон чуть севернее экватора. После короткой перестрелки Дрейку удалось взять корабль на абордаж. Добыча составила 26 т серебра, 80 фунтов золота и 13 сундуков с деньгами, украшениями и другими ценностями на общую сумму около 200 тыс. английских фунтов. Говорят, когда все это перегружалось на "Золотую лань", один британский матрос произнес: "Теперь "Изрыгатель искр" превратился в "Изрыгателя серебра"".
Продолжая плыть на север, Дрейк захватил большой купеческий корабль, а также парусник, на борту которого были два лоцмана, имевшие морские карты и инструкции по плаванию на парусах через Тихий океан. 15 апреля 1579 года Дрейк зашел в Гуаталко, в Мексике, бывший последним испанским портом, который он посетил на западном побережье Америки. Сообщают, что к этому времени "Золотая лань" была так нагружена ценностями, что при новых грабежах команда забирала только золото и жемчуг, а серебро с презрением отбрасывала.
Совершенно очевидно, что Дрейк намеревался, идя дальше на север, поискать на северо-востоке проход из Тихого в Атлантический океан, чтобы таким путем вернуться на родину. Однако, достигнув 48° северной широты, из-за плохой погоды он снова повернул на юг и бросил якорь в небольшом заливе, названном его именем: "Бухта Дрейка". После тщательного обследования "Золотой лани" Дрейк снова отправился в плавание и пошел по пути, которым шли корабли Магеллана. Через три месяца он достиг Молуккских островов, где взял на борт ценный груз пряностей. Обогнув мыс Доброй Надежды, 26 сентября 1580 года, через три года после ухода в плавание, Дрейк снова вошел в Плимут.
Возмущение действиями Дрейка было в Испании столь же велико, сколь и восхищение в Англии подвигами героя Дрейка. Королева, повелев доставить "Золотую лань" под охраной в Детфорд, хотела выиграть время, так как испанский посланник неоднократно требовал наказания Дрейка.
Однако решение королевы было твердым. По истечении нескольких месяцев она прибыла в Детфорд, где стояла "Золотая лань", и поднялась на борт корабля. На юте она произвела Фрэнсиса Дрейка в рыцари и назначила его вице-адмиралом своего флота.
За это королева получила половину добычи, оцененной в 2 миллиона 250 тысяч фунтов золотом. И тем не менее барыш остальных акционеров составил 4700 процентов их вкладов.
Первая задача, которая была поставлена перед Дрейком, заключалась в борьбе с пиратами в английских водах. Затем в ответ на закрытие испанских портов для английских кораблей Дрейк по приказу Елизаветы в 1585 году с 25 кораблями и командой из 2300 человек вновь отправился в Вест-Индию и опустошал испанские поселения. Среди добычи, захваченной в этом плавании, имелись диадема и крест, которые королева демонстрировала всем под Новый год.
В 1587 году Дрейк проник в порт Кадис, сжег и потопил 33 испанских корабля, угрожал Лиссабону, захватил корабль, шедший из португальской Ост-Индии с грузом на сумму 100 тыс. фунтов, и у берегов Испании охотился за кораблями испанского короля. Действуя таким образом, Дрейк, как он сам хвастался, "подпаливал бороду католическому королю...".
Большое плавание Дрейка было повторено менее известным английским пиратским капитаном Томасом Кавендишем. Очевидно, он подробно изучил опыт плавания Дрейка, в то время как испанцы не сделали для себя никаких выводов. Кавендиш избрал тот же маршрут, что и Дрейк, использовал те же стоянки и места ремонта кораблей и после пиратской экспедиции, продолжавшейся два года, возвратился в Плимут на последнем из трех своих кораблей с не меньшей добычей, чем та, которую привез Дрейк десять лет назад.
Об этом испанский посланник сообщал Филиппу II следующее: "В эти дни капитан Кавендиш возвратился из Перу. Он устроил для королевы банкет на своем корабле и долго распространялся по поводу своих подвигов. Он привез, несомненно, большую добычу, так как его кают-компания была отделана золотым и серебряным шитьем. У каждого матроса на шее висела золотая цепь. Паруса были из камчатой ткани, а штандарты украшены богатой вышивкой. Так плавала, вероятно, Клеопатра! Королева якобы заявила: "Испанский король — это собака, которая лает, но не кусает. Пока он нагружает для меня свои корабли золотом и серебром, он меня не интересует".
Чаша была полна. Официальное объявление войны Испанией более чем назрело. В июне 1588 года "Непобедимая Армада" вышла в море, была потрепана сильной бурей и... разбита! Не последнюю роль в этом деле сыграло морское искусство пирата Дрейка. Фрэнсис Дрейк, будучи вице-адмиралом, быстро переоснастил торговые корабли, объединил их в боевой отряд и с его помощью нанес испанцам значительные потери.
В 1595 году Дрейк и Хоукинс совершили свое последнее Плавание в Вест-Индию. Хоукинсу, который был произведен в вице-адмиралы и казначеи английского флота, было тогда 63 года, Дрейку — 55 лет. В состав их сильного флота входили 6 королевских кораблей и еще 21 судно. Они располагали также специальной командой численностью 2500 человек. Дрейк и Хоукинс намеревались напасть на порт Сан-Хуан на острове Пуэрто-Рико и захватить у испанцев собранные в городах сокровища, состоявшие в основном из серебра.
Однако горький опыт заставил испанцев стать осторожными. Испанский адмирал Тельо захватил один из английских кораблей и из показаний пленных узнал о планах английской эскадры. Он блокировал порт своими кораблями и подготовил город к обороне. Прежде чем англичане достигли Пуэрто-Рико, Хоукинс скончался в открытом море 12 ноября. Во время атаки порта Дрейку, правда, удалось поджечь пять испанских кораблей, однако прорвать блокаду он не смог. После этого англичане направились в Рио-де-ла-Ача, портовый город на северном берегу Южноамериканского континента, прославившийся добычей жемчуга. За сохранение города Дрейку был предложен жемчуг на сумму 21 тыс. дукатов. Однако он отклонил это предложение и приказал опустошить город. Затем он ограбил Тапию, захватил город Санта-Марту, где заключил под стражу испанского коменданта города, и наконец овладел сильно укрепленным портом Номбре-де-Диос. Отсюда он направил один отряд из 750 человек к Панаме, чтобы захватить перевозимое из Перу серебро. Однако испанцы, извлекшие уроки из нападений англичан, дали им жестокий отпор.
