Раздача поместий не привела к уравниванию аристократии и рядового дворянства. Знать получила в дополнение к вотчинам крупные поместья, во много раз превышавшие поместья уездных детей боярских, для которых поместье нередко оставалось единственным источником доходов.
Необходимым условием распространения поместной системы на центральные уезды Московского государства было создание там крупного фонда государственных земель. Казна пополняла этот фонд за счет «черных» волостей, светских вотчин и пр. Иван III и Василий III издали «уложения» (закон или практические распоряжения) о том, чтобы вотчинники Твери, Рязани, Оболенска, Белоозера не продавали свои вотчины «иногородним» и «в монастыри без докладу (особого разрешения монарха) не давали». Членам трех крупнейших княжеских домов — Суздальского, Ярославского и Стародубского запрещалось продавать наследственные вотчины кому бы то ни было «без великого князя ведома». Приобрести княжескую вотчину могли только прямые наследники умершего князя. Полагают, что «уложения» Ивана III и его сына были направлены «на консервацию пережитков удельной старины» (В. Б. Кобрин). Но с этим трудно согласиться. Запрет землевладельцам продавать вотчины «без доклада» и ограничение круга покупателей вотчин ставили сделки на землю под контроль монарха. Любое нарушение процедуры «доклада» государю вело к отчуждению вотчины в казну. В центральных уездах государство обошлось без массовых конфискаций боярских вотчин, но вторжение власти в сферу частной (вотчинной) собственности началось. Казна задалась целью утвердить свое исключительное право на наследие удельной старины — богатейшие княжеские и боярские вотчины.
Иван III начал, а Василий III завершил формирование поместной системы в России. Основой системы служила государственная земельная собственность. Насилие как характерная черта московской политической культуры и создание колоссального фонда государственных земель резко усилили самодержавные тенденции монархии. Австрийский посол С. Герберштейн дал новым русским порядкам уничтожающую оценку. Василий III, по утверждению посла, властью далеко превосходит всех монархов мира, всех своих подданных он одинаково гнетет жестоким рабством, у князей и прочей знати он отобрал все крепости.
В отношении удельных князей Василий III проводил ту же политику, что и Иван III. Старший из удельных князей Андрей Большой Углицкий был уморен в тюрьме в 1494 г. Василий III не только не освободил своих двоюродных братьев — детей Андрея Большого, но держал их много лет «скованными» в переяславской тюрьме. Василий III отнял удел и взял под стражу князя Дмитрия Шемячича, владетеля Новгород-Северского княжества. Самодержец неоднократно отбирал уделы у Воротынских, Вольских, Глинского.
Следуя традиции, московский государь пополнял свою думу представителями самых аристократических фамилий. Но права удельной и прочей аристократии неуклонно ограничивались. Право отъезда, опиравшееся на многовековую традицию, было окончательно уничтожено не законодательным актом, а практикой государевых опал и крестоцеловальных записей. Князья, заподозренные в намерении покинуть Россию, под клятвой обещали верно служить государю и выставляли многочисленных поручителей.
Узурпировав власть вопреки воле Боярской думы, Василий III на всю жизнь сохранил недоверие к могущественной московской аристократии. Он не проявлял снисхождения даже к родне, заподозренной в измене или недостаточно покорной. При Иване III Данила Холмский, происходивший из удельных тверских князей, стяжал славу победителя Ахмат-хана. Его сын Василий Холмский женился в 1500 г. на сестре Василия III, которая однако же вскоре умерла. По родству с великокняжеской семьей и заслугам отца князь Василий мог претендовать на высший пост в думе. Однако родство со свергнутой тверской ветвью династии внушало подозрение самодержцу. В 1509 г. в тюрьме был умерщвлен Дмитрий-внук. За год до этого В. Холмский был арестован и сослан на Белоозеро, где вскоре умер.
Василий III питал доверие к младшему из братьев Андрею. С ним он совершил псковский поход. Старшие братья Юрий, Дмитрий и Семен получили приказ оставаться в своих уделах и таким образом лишились повода требовать участия в разделе завоеванной земли. Брат Семен в 1511 г. готовился бежать в Литву, и лишь заступничество митрополита спасло его от опалы и тюрьмы.
Иван III сватал наследнику Василию датскую принцессу Елизавету, просил о помощи в выборе невесты дочь — великую княгиню Литовскую. Хлопоты не принесли успеха. Православные царства на Балканах были уничтожены турецким завоеванием, а брак с иноверкой считался нежелательным. В конце концов греки из окружения Софьи подсказали княжичу выход, сославшись на примеры из истории византийского императорского дома. Они посоветовали провести перепись невест по всему государству и на смотринах избрать невесту для наследника и соправителя Ивана III. Ходили слухи, что советник Василия Ю. Траханиот надеялся сосватать ему собственную дочь. Брак с нею окончательно превратил бы московскую династию в «греческую», что едва ли прибавило ей популярность. Вопрос о браке решался в то время, когда Иван III был разбит параличом, а сторонники Дмитрия-внука не оставляли намерений вернуть ему московскую корону.
Летом 1505 г. писцы «нача избирати княжны и боярыни». Для участия в смотринах в Москву свезли 500 девиц. Василий III остановил свой выбор на Соломонии Сабуровой. Сабуровы были известны Василию благодаря службе в его новгородском уделе. Отец невесты Ю. К. Сабуров служил наместником Корелы, входившей в состав новгородского удела Василия III. Растеряв наследственные вотчины, Сабуровы целым гнездом перешли на поместья в Новгород. Родня невесты не принадлежала к аристократии, а потому и не могла претендовать на боярский титул. По некоторым сведениям, отец Соломонии носил чин окольничего.
Брак оказался неудачным, у супругов не было детей. По праву старшинства трон после смерти бездетного Василия должен был занять удельный князь Юрий. Притязания Юрия вызывали растущее беспокойство в великокняжеской семье. В 1523 г. Василий III впервые стал «думать» с боярами о своем разводе с бесплодной женой.
Развод противоречил московским традициям, и духовенство не скрывало своего неодобрения действиями монарха. Последнему пришлось обратиться за благословением к ученым афонским монахам. Но монахи высказались против подготовлявшегося развода. Заручившись поддержкой митрополита Даниила, Василий III 23 ноября. 1525 г. приказал начать розыск о колдовстве Соломонии. Брат великой княгини дал показания, что та держала у себя ворожею и прыскала заговоренной водой «порты» мужа, очевидно, чтобы вернуть его любовь. Неделю спустя виновную насильно постригли в монашки и отправили в Покровский девичий монастырь в Суздале.
После развода монарх женился на княжне Елене Глинской. По наблюдению А. А. Зимина, второй брак разделил жизнь Василия III на два периода. В период брака с Соломонией, символизировавшего определенную политическую программу, государь опирался на круг старомосковских бояр, «выражавших интересы широких кругов дворянства». Брак с Глинской принес с собой крутой поворот в политической линии Василия III, приведший к возвышению княжеской аристократии. При всем значении браков в великокняжеской семье их влияние на политическое развитие не следует преувеличивать. Невзирая на княжеский титул, Глинская не принадлежала к кругу правящей аристократии России. Она была сиротой, а ее дядя М. Глинский был осужден на пожизненное заключение за государственную измену. После свадьбы Василия III и Глинской ее дядя еще 1 год находился под арестом и надзором.
Вслед за разводом Василий III приказал составить список невест, но при этом произвести сыск их родства, «чтоб которой девке не было племени Щенятевых и Плещеевых». Запрет на участие в смотринах распространялся на семьи, принадлежавшие к первостатейной московской знати. По отцу Щенятев происходил из рода Патрикеевых, а по матери — князей Суздальских. Плещеевы выделялись среди старомосковской нетитулованной знати. Круг родства этих двух фамилий был весьма широк. Таким образом уже на первом этапе смотрин выявилось отношение государя к своей знати. Не удается подтвердить фактами тезис об усилении аристократии в конце жизни Василия III. «Московский государь, — писал в своих Записках австрийский посол С. Герберштейн, — не доверяет своей знати и делает исключение лишь для детей боярских, т. е. знатных лиц с более скромным достатком, таких лиц, придавленных своей бедностью, он обыкновенно ежегодно принимает к себе и содержит, назначив жалование». Широкая раздача поместий помогла преодолеть кризис, вызванный процессом дробления боярщин и обнищанием детей боярских — низшего слоя землевладельцев. Развитие фонда государственных поместных земель оставалось стержнем политики Василия III на протяжении всей его жизни.