Органами Госбезопасности Литовской ССР была перехвачена листовка Литовского информационного бюро в Берлине от 19 марта 1941 г., в которой население Литвы призывалось к подготовке вооруженного восстания против существовавшего в тот период государственно-правового режима. В документе говорилось: «Час освобождения Литвы уже близок. Когда начнется поход с Запада, Вы в этот же момент будете информированы… В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия (предатели будут только тогда помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)… Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тыл будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им… Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых Вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь. Уже сейчас «информируйте» евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало».
В это же время в Каунасе был запеленгован выход в эфир нелегальной радиостанции с позывным «Йфа». Передача велась на г. Штеттин, где в то время располагался ACT «Штеттин». Этот разведорган был организован для обучения разведчиков-диверсантов и радистов и их последующей заброски на территории Прибалтики и Белоруссии. В процессе обучения (до 6 месяцев) агенты изучали разведывательное дело, структуру, строение, вооружение и снаряжение Красной Армии, географию СССР, топографию, радиодело, шифры, тайнопись, фото- и подрывное дело, обучались методам ведения бактериологической войны, — забрасываемой агентуре ставились задачи по созданию в советском тылу сети нелегальных радиостанций для связи в военное время, установке ориентиров для немецких бомбардировщиков, подготовке кадров сигнальщиков и опорных баз для приема десантов. Для связи с «Альма матер» агенты снабжались портативными радиостанциями. Первая заброска была произведена в феврале 1941 г. В мае 1941 г. радист и три агента были арестованы. Один из них, бывший лейтенант литовской армии Друктейнис Эдмунтас, показал: «Резидентура германской разведки, возглавляемая мною, должна была сообщать в Германию дислокацию частей Красной Армии, расположенных на территории Литовской республики, их количество, нумерацию, фамилии командного состава, данные о вооружении и оснащении боевой техникой и из каких военных округов прибыли и будут прибывать воинские части в Литовскую ССР… Согласно заданию Клауса резидентура должна была собирать сведения о типах самолетов, их боевых качествах, об охране аэродромов и их расположении, в каком состоянии находится зенитная артиллерия и где. В мои обязанности также входило передавать информацию о состоянии железнодорожного транспорта, особенно в случае внезапного изменения движения поездов». Впоследствии арестованных включили в радиоигру, продолжавшуюся до нападения Германии на СССР.
Органами Госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями «Диверсанты» и «Гвардия». В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА. Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.
О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения «Бранденбург-800»:
«Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам * не доведен. Они получают общие указания по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев — «Дюнкирхен», для латышей — «Деберитц», для эстонцев — «Мюнхен». Однако имеются сомнения, что эти пароли везде и до всех доведены. Кроме этих паролей особо обученные специалисты по саботажу получили специальный опознавательный знак в виде ржаво-красного куска ткани размером с носовой платок с желтым круглым пятном в центре, который они должны предъявить представителям войск…
По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы».
С первых же минут немецкого вторжения в СССР вступило в действие литовское подполье. Его группы, вооруженные лишь легким оружием, нападали на отдельные подразделения РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию.
С первых минут войны излюбленной мишенью литовских коллаборационистов стало еврейское население.
Из донесения командира айнзатцгруппы А бригаденфюрера СС В. Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и в Прибалтике становится ясным механизм раскрутки еврейских погромов руками литовских коллаборационистов. На языке вышеупомянутого карателя это называлось «возбуждением действий по самоочищению». С истинно тевтонской коварностью немцы не стали напрямую приказывать литовцам произвести погром, все было обставлено иначе: «Для этой цели был использован Климайтис, руководитель партизанского отряда, который преуспел в возбуждении погрома только после совета, данного ему небольшим отрядом, действовавшим в Ковно, и сделал это таким образом, что извне не было заметно никакого германского руководства или подстрекательства. В течение первого погрома (в ночь на 26 июня) в Литве уничтожили более чем 1500 евреев, сожгли несколько синагог, разрушили и сожгли еврейский квартал, где было примерно 60 домов. В течение последующих ночей примерно 2300 евреев было обезврежено подобным же путем. В других частях Литвы имели место такие же действия по примеру Ковно, хотя менее значительные и направленные против оставшихся в тылу коммунистов.
Эти самоочистительные действия проходили гладко, поскольку армейские власти, которые были информированы обо всем, помогали в этой процедуре».
Местом массовых экзекуций евреев гитлеровцами и их литовскими пособниками были избраны форты Каунаса, а также специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри), где только за один день в апреле 1943 г. было уничтожено два эшелона советских граждан в количестве около 5 тыс. человек. В понеряйских расстрелах принимал активное участие литовский батальон под общим руководством сотрудников Гестапо. В девятом каунасском форте было расстреляно 80 тыс. человек, в шестом — 35 тыс., в седьмом — 8 тыс. В октябре 1941 г. немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тыс. человек евреев и уничтожили их.
Штандартенфюрер СС Егер докладывал в своем отчете от 1 декабря 1941 г.: «… Литовскими партизанами и оперкомандами айнзатцгруппы А было уничтожено с 2 июля 1941 г. 99 804 еврея и коммуниста…»
Провоцируя литовское население к расправе над евреями и коммунистами, немецкие спецслужбы собирали компрометирующие литовцев материалы, которые впоследствии могли быть использованы против националистов, в случае если они станут выдвигать перед оккупантами политические требования.
Органами СМЕРШа 3-го Белорусского фронта после освобождения в 1944 г. Литвы было установлено, что практически все еврейское население Литвы было уничтожено гитлеровцами и их литовскими пособниками.
24 июня 1941 г. в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре ее переименуют в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом. Тогда же началось формирование «Батальонов охраны национального труда» (сокр. «ТДА», от литовского «Tautas darbo apsaugas batalionas»).
В первые же дни была образована литовская полиция безопасности, начальником которой стал бывший литовский полицейский Денаускас, а также 40 бывших служащих литовской полиции, большинство из которых было выпущено из тюрем. Сходным образом была создана литовская полиция в Вильнюсе и Шяуляе. В местах проживания польского населения была создана польская вспомогательная полиция, но из-за вражды между поляками и литовцами последние могли производить аресты только под немецкой охраной. Вскоре польскую полицию распустили.
