Ускорению разрыва союза Григорьева с большевиками способствовало решение идеологов мировой революции в лице большевистского руководства направить отряды атамана на спасение революции в советской Венгрии, оказавшейся в блокаде, а также разжечь пламя пролетарской революции в Европе. Для этого требовалось разгромить Румынию, освободить Бессарабию, Буковину. Однако перспектива проливать свою кровь на чужой земле не устраивала украинских крестьян — мировая пролетарская революция их не интересовала. В то же время нарастало недовольство крестьян продовольственной политикой военного коммунизма в их родных селах, попытками проведения массовой коллективизации в сжатые сроки, произволом продотрядов и органов ЧК. Продразверстка в украинских селах проводилась бесконтрольно и вылилась в реквизицию продовольствия, обрекая крестьянские семьи на голод. Помещичья земля передавалась не крестьянам, а создаваемым колхозам, совхозам, госхозам, государственным сахарным заводам. Крестьянин, который проливал кровь в борьбе за землю и волю, для которого собственная земля была главной мечтой, оказался обманут Советским государством. Вместо выборных Советов в селах Украины насаждались ревкомы и комитеты бедноты во главе с коммунистами, которых народ не избирал.
Выжидая и не отказываясь от наступления на Румынию и Венгрию, Григорьев получил у советского командования три недели для переформирования частей перед дальним походом и на отдых для своей дивизии в родных краях. В конце апреля 1919 г. григорьевцы ушли в район Елизаветграда (нынешний Кировоград) — Александрию, большая их часть была распущена по домам. Появление григорьевцев в селах, где хозяйничали продотрядовцы и чекисты, резко изменило обстановку на Херсонщине. Бойцы Григорьева открыто призывали к погромам, резне коммунистов и изгнанию русских с Украины. В первые же дни начались кровавые конфликты на Елизаветградщине, сопровождаемые убийствами коммунистов, чекистов и красноармейцев.
3 мая 1919 г. начался первый из еврейских погромов, устроенных григорьевцами, — на станции Знаменка. 4—6 мая они совершили погромы в Елизаветграде, Александрии, на станции Долинская, во время погромов григорьевцы избивали, убивали коммунистов, чекистов, комиссаров. 7 мая командующий 3-й украинской советской армией Н.А. Худяков приказал Григорьеву в течение 24-х часов прекратить безобразия со стороны солдат его дивизии. В противном случае он должен был прибыть в штаб армии в Одессу и сложить с себя полномочия комдива. Приказ-ультиматум командарма не оставлял атаману шансов. К тому же в тот же день, когда Григорьев получил приказ-ультиматум, его пытались арестовать чекисты особого отдела фронта, но неудачно. Григорьевцы расстреляли чекистов, арестовали всех коммунистов-политработников дивизии. Примечательно что за несколько дней до указанного приказа в дивизии Григорьева закончила работу Высшая военная инспекция. В отчете инспекции говорилось о необходимости скорейшего увольнения Григорьева и его штабистов с командных должностей и предания их суду. Легитимную возможность для этого давал декрет об отмене принципа выборности командного состава, изданный в конце апреля 1919 г.
7 мая 1919 г. комдив Григорьев получил приказ советского командования сосредоточиться вдоль реки Днестр, на румынской границе. Однако Григорьев отказался выполнить приказ о перемещении 6-й дивизии на Румынский фронт. Опираясь на недовольство крестьянства юга Украины продразверсткой, он поднял восстание в тылу Красной армии против большевистской диктатуры. Подражая гетманам эпохи Хмельницкого и Мазепы, 8 мая 1919 г. атаман выпустил знаменитый «Универсал» «К украинскому народу {Его начало}» — политический манифест мятежников, который всколыхнул в мае 1919 г. всю Украину: украинский народ призывался восстать против коммуны, чрезвычайки и комиссаров. Григорьев объявил мобилизацию в трехдневный срок всех, кто способен владеть оружием.
Повстанцы выдвинули лозунги: «Власть Советам народа Украины без коммунистов!», «Украина для украинцев!», «Свободная торговля хлебом!» Текст «Универсала» противопоставил партийную диктатуру диктатуре трудового народа «правам трудящегося люда». Крестьянство призывалось к немедленной организации народной власти. В каждом селе предлагалось выбрать крестьянский совет, в каждой волости — волостной совет, в каждой губернии — губернский совет. В совет имели право быть избранными представители всех партий на советской платформе, беспартийные, поддерживающие советскую власть. Устанавливалось национально-пропорциональное представительство в Советах: 80% для украинцев, 15% для русских, 5% для евреев. Высшим народным органом объявлялся Всеукраинский съезд Советов, назначающий правительство. Преступными деяниями определялись убийства без народного суда, мародерство, бесчинства, «вторжения в чужое хозяйство», незаконные реквизиции, агитация против отдельных национальностей, которые подлежали наказанию «на месте силой оружия». «Универсал», подписанный «атаманом партизан Херсонщины и Таврии» Н. Григорьевым, распространялся в частях 6-й стрелковой дивизии и среди населения Елизаветградщины. Идеологом григорьевского «Универсала» являлся Юрий Тютюнник. Высокопарные обращения к трудовому народу («народ украинский, от тебя зависит судьба твоя» и т.п.) и призывы к установлению народной власти на Украине в первые же дни восстания оказались опровергнуты на практике, а также в последующих «универсалах» атамана.
Невежество и антисемитизм Григорьева и его соратников воплотились в серии жестоких и кровавых еврейских погромов, в ходе которых погибло около 5 тыс. человек. Повстанцы, подогретые антисемитской пропагандой, срывали свою ненависть к диктатуре коммунистов на евреях, которых считали большевиками и виновниками всех своих несчастий. 15 мая в Елизаветграде было уничтожено более трех тысяч евреев; вчерашние красноармейцы убивали женщин, детей, стариков. Среди убитых был младший брат будущего руководителя Коминтерна Григория Зиновьева, местный анархист Миша Злой. Погром коснулся и так называемых «пришельцев с Севера» — русских, несколько сот которых были зверски убиты. Волна погромов прокатилась также по другим городам: Умани, Кременчугу, Черкассам, Екатеринославу. В очередном «универсале» Григорьев обрушился на «горбоносых комиссаров» и призвал грабить Одессу — город с большим еврейским населением — до тех пор, пока оно не станет маленьким.
По свидетельству очевидца событий Ивана Бунина, изложенному в «Окаянных днях», в мае 1919 г. григорьевщиной была охвачена почти вся Малороссия. Григорьевщина распространилась на большей территории Херсонской и Екатеринославской губерний.
9 мая Григорьев начал наступление из района Знаменка — Александрия по нескольким направлениям: на Екатеринослав (ныне Днепропетровск) двигалась группа начальника штаба Тютюнника, на Киев — во главе с командиром бригады Павловым, на Черкассы — во главе с казачьим атаманом Уваровым. Елизаветградом овладела группа под командованием атамана Горбенко. В городе были разогнаны Совет и ЧК, обезоружены воинские части, производились расстрелы коммунистов. Власть в уездном городе оказалась в руках григорьевского ревкома. Повстанцы захватили Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Елизаветград, Херсон, Николаев и другие города.
Первоначально военные силы повстанцев имели 16 тыс. штыков, 52 орудия, 7 бронепоездов и около 500 пулеметов. С развитием восстания количество повстанцев превысило 20 тыс. человек. В середине мая успех сопутствовал восставшим: их поддерживало крестьянство центра Украины и часть красноармейцев, преимущественно украинского происхождения. Перед крестьянами Григорьев выступал как защитник православной веры и украинского народа. Появилась реальная опасность перехода всех украинских советских армий на сторону Григорьева. В своем очередном «универсале» атаман поспешил объявить, что коммунисты уже разбиты на всех фронтах, а ленинское правительство бежит за границу через Полтавщину.
Восстание Григорьева произошло в период ожесточенных сражений красного Южного фронта с наступающими армиями Деникина— этим и объясняются первоначальные успехи атамана. Для борьбы с восстанием советскому военному командованию пришлось срочно высвобождать с фронта воинские части. 10 мая 1919 г. Григорьев был объявлен вне закона. 14 мая три группы советских войск общим количеством 30 тыс. солдат начали наступление из Киева, Полтавы и Одессы. 15 мая группа АЛ. Пархоменко отбила у григорьевцев Екатеринослав, причем город трижды переходил из рук в руки. 16 мая 1919 г. в бронированном поезде на Украину прибыл председатель РВСР Л.Д. Троцкий. Каждый десятый пленный повстанец был расстрелян.
Стремясь сохранить инициативу в своих руках, Григорьев использовал тактику «молниеносной эшелонной войны». Посадив большую часть своих войск в эшелоны, он двинул их на Полтаву, Киев, Екатеринослав. Однако «эшелонная война» выявила роковую для атамана перспективу: вооруженная сила повстанцев распылилась без определения направления главного удара, растворилась в огромном пространстве Украины. Повстанцы наводнили огромный регион от Днестра до Днепра, от Черного моря до окрестностей Киева. Григорьев переоценил собственные возможности стратега и политика. Он оказался бездарным полководцем и политиком, не сумевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий. Через пять дней его наступление выдохлось. Среди повстанцев Григорьева нарастал процесс внутреннего разложения.
