Помещики толпами бежали со своих новых земель на юго-востоке, а по всей стране распространялась паника. Тем временем небольшой польский отряд под командованием прославленного Жолкевского искал встречи с казаками. Наливайко стал отступать на юг, в сторону Умани, а потом повернул на север, надеясь соединиться с Лободой у Белой Церкви. Здесь казаки устроили табор — лагерь из повозок, за которыми они установили множество пушек, и Жолкевский после небольшой стычки вынужден был отступить навстречу приближавшемуся подкреплению.
Однако Наливайко и Лобода не нашли у местного населения той поддержки, какую они имели в Подолии и Волыни. Местные казаки, в основном относившиеся к числу «реестровых», решили не присоединяться к восставшим.
Наливайко и Лобода перешли на левую сторону Днепра и вступили в Переяславскую землю. Жолкевский гнался за ними. Местные крестьяне, опасаясь мести поляков, ушли вместе с казаками в степь, расстроив их боевые порядки и замедлив движение. Около 12 тысяч человек, включая женщин и детей, покинули свои дома, куда им было уже не суждено вернуться.
Жолкевский догнал казаков на реке Солонице, около Лубен, и окружил их лагерь, где разразился голод из-за огромного количества лишних ртов. Между Наливайко и Лободой вспыхнула ссора, в которой Лобода был убит. Запорожцы, желая отомстить за его смерть, согласились сдаться на условиях, предложенных Жолкевским. Они обещали выдать полякам Наливайко и всю его артиллерию, с тем чтобы оставшимся казакам разрешено было идти куда глаза глядят. Однако, получив 20 пушек и гетманский жезл (булаву), поляки набросились на сдавшихся украинцев и устроили резню. Погибло около 4 тысяч казаков и еще больше беглецов, ушедших за ними в степь, включая женщин и детей. Только 1500 казаков добрались до Сечи. Наливайко доставили в Варшаву и подвергли пыткам. Одна украинская легенда гласит, что его зажарили внутри медного быка, а другая утверждает, что его усадили на раскаленного добела железного коня. На самом деле его четвертовали во время заседания сейма в 1597 г.
На том же самом сейме, на котором Наливайко приговорили к казни, поляки решили раз и навсегда покончить с казаками. Их объявили «врагами государства», и литовскому гетману Жолкевскому было поручено их уничтожить. Однако этот опытный военачальник отказался от такого задания, поскольку понимал, какие опасности и трудности таит в себе война с Сечью. Он считал, что надо успокоить «реестровых» казаков, которые и сами горели желанием доказать свою преданность. Они заявили, что не поддерживали никаких отношений с лидерами недавнего восстания, и пообещали, что сами уничтожат восставших. Это обещание оправдывало отказ Жолкевского вмешиваться в дела Сечи, которая, по указу сейма, считалась распущенной. Однако эта политика привела лишь к тому, что число «нереестровых» казаков, принимавших участие в восстаниях за порогами, сильно возросло, а когда появился бывший ее атаман Самойло Кишка (Кошка), очень популярный среди запорожцев, которому удалось бежать из многолетнего турецкого плена, на Сечи началась новая жизнь.
Не успел Польский сейм принять решение о роспуске казаков, как трудности, с которыми столкнулся король Сигизмунд III Ваза в Европе, заставили его искать помощи у запорожцев. В 1598 г. Сигизмунд попытался предъявить свои права на шведский престол, но был с позором изгнан из Швеции протестантами, которые хотели видеть на троне его кузена, Карла, герцога Зюдермании. Так была утеряна возможность объединения Польши и Швеции под властью короля Сигизмунда III, наследника одновременно Ягеллонов и Ваза. Сигизмунд надеялся, что, став королем Швеции, сумеет создать в Восточной Европе союз Швеции и Польши, который станет доминировать в этом регионе и проложит в Скандинавию дорогу контрреформации. Однако этого не случилось; Швеция и Польша завязли в войнах, в результате которых Московия превратилась в балтийскую и черноморскую державу.
Династическая война между польскими и шведскими представителями династии Ваза оказала решающее влияние на внутренние неурядицы в России, где в 1603 г. началась Смута. Если бы шведы и поляки объединились под властью одного из представителей дома Ваза, им удалось бы уничтожить Московское государство, но так получилось, что Швеция и Польша в российской гражданской войне осуществляли разные задачи. Польские католики поддерживали Лжедмитриев, а позже — Владислава Вазу в его попытке осуществить заветную мечту Витовта и установить польское владычество над всей Русской равниной. Протестантские шведы, захватившие ненадолго Новгород, «на мгновение поверили в возможность создания трансбалтийской державы, протягивающейся от озера Ильмень до Архангельска и далее на восток до Вологды», и стали поддерживать Василия Шуйского.
В 1600 г., когда Сигизмунд III был занят войной со шведами, великий канцлер Польши Ян Замойский преследовал свои собственные интересы, поддержав требования своего кузена Иеремии Мовилы на молдавский трон. И на Балтике, и в Молдавии потребовалась поддержка казаков, главным образом потому, что польское войско содержалось в основном на личные средства короля или крупных военачальников вроде Замойского, Жолкевского и Ходкевича. Выбить деньги из сейма на нужды армии оказалось очень трудно, и это ограничило число солдат, служивших короне, — даже в годы войны их было не более 20–30 тысяч. Поэтому поляки предпочитали призывать под свои знамена казаков, которые сражались «из чистой любви к войне» и надежды обогатиться.
В 1600 г. Ян Замойский обратился к сечевикам с просьбой помочь ему в Молдавии, но Самойло Кишка убедил их не помогать тем, кто объявил их вне закона. Король прислал Кишке письмо, написанное им собственноручно, но и оно его не тронуло. Кишка потребовал, чтобы все несправедливые законы против казаков были отменены, а их прежние привилегии восстановлены. Король прислал письмо со всяческими уверениями и пообещал, что на следующем заседании сейма все меры против казаков будут официально отменены. Тогда к Замойскому в Молдавию пришло четырехтысячное войско, но только после того, как на заседании сейма в 1601 г. все обещания короля были выполнены, казаки двинулись на север, в Ливонию, на помощь Ходкевичу. Здесь их ждала очень тяжелая, но победоносная кампания 1601–1602 гг. Кишка был убит под стенами Феллина.
Гражданская война в России вспыхнула из-за того, что в 1603 г. в Польше появился человек, называвший себя младшим сыном Ивана Грозного «царевичем Дмитрием», которого на самом деле убили в 1591 г., предположительно по приказу Бориса Годунова. Кандидатуру Лжедмитрия одобрили русско-литовские магнаты: Острожские, Вишневецкие и Сапеги. Однако дело оказалось весьма непростым. Сам Сигизмунд III сильно сомневался в том, стоит ли участвовать в авантюре, которая могла погубить польскую монархию (что в действительности и произошло), но его сын Владислав мечтал о создании империи и имел для этого все данные. Иезуиты, в свою очередь, надеялись с помощью Владислава и одаренного молодого человека, вошедшего в историю под именем Лжедмитрий I, установить латинско-польскую власть в Московии и добиться объединения Русской православной церкви с католической. В то же самое время Смута впервые показала ужасную анархическую мощь русского народа, которая нашла свое выражение сначала в поддержке первого Лжедмитрия, которого простые люди считали защитником бедных, а потом — во всенародном восстании против иноземных захватчиков.
Совершенно естественно, что буйное и воинственное население Польской Украины приняло самое активное участие в русской Смуте, пролив немало крови. Многие польские, русско-литовские и украинские дворяне решили поискать счастья в войске Лжедмитрия I. Вместе с ними отправилось большое число «реестровых» казаков, а еще больше слетелось в армию «царевича» всяких авантюристов и безземельных крестьян, называвших себя казаками. В разгроме армии Бориса Годунова под Новгородом-Северским участвовало 12 тысяч «запорожцев», большинство которых и близко Сечи не видали. В битве под Кромами на стороне Лжедмитрия сражались донские казаки. Их явилось 6 тысяч, чтобы «посадить его на трон». В последующие годы число вооруженных людей, уходивших с Украины воевать в Московию, росло вместе с разрастанием анархии. Около 30 тысяч воевали под польскими знаменами под Смоленском, и примерно столько же рассеялось по русским землям в виде небольших отрядов, которые грабили города, богатые монастыри и разоряли поместья бояр. За период между правлением Ивана III и Бориса Годунова Московия накопила огромные богатства, и в Смутное время все это было разграблено. Значительная часть сокровищ увезли на Украину и Дон. Чтобы отличать украинцев от донских казаков, московиты называли их «запорожскими черкассами».
Смута на Руси и слухи об огромной добыче, захваченной казаками, способствовали быстрому росту числа «нереестровых» казаков и возрастанию военного и политического значения Сечи. За десять последующих после 1606 г. лет запорожские казаки в ряде смелых набегов на Крымский полуостров и побережье Малой Азии перехватили у крымских татар и турок боевую инициативу.
