Однако роялисты продолжали контролировать большую часть страны, в том числе Верхнее Перу. Напротив, освободительная армия, бойцы которой страдали от непривычного климата и инфекций, быстро теряла боеспособность. Сан-Мартин понимал, что не в состоянии завершить освобождение Перу собственными силами, и стремился заручиться помощью Колумбии. Переговоры с глазу на глаз между Сан-Мартином и Боливаром состоялись 26–27 июля 1822 г. в Гуаякиле. Видимо, главным вопросом стали совместные действия в Перу. По до конца не ясным причинам, Сан-Мартин решил отойти от политики.
20 сентября 1822 г. Сан-Мартин сложил свои полномочия перед учредительным конгрессом в Лиме. Спустя два дня конгресс передал власть Верховной правительственной хунте. 16 декабря были приняты «Основы политической конституции Перуанской республики», утверждавшие представительную форму правления и декларировавшие демократические свободы. Однако новое правительство не смогло обеспечить успешное ведение боевых операций против роялистов. Войска, направленные им в южные районы Перу, были разгромлены испанцами, которые в середине июня 1823 г. сумели также овладеть Лимой. Перуанский конгресс, временно перенесший свое местопребывание в порт Кальяо, обратился к Боливару с просьбой взять на себя руководство военными действиями. Тем временем роялисты под натиском патриотов вынуждены были оставить Лиму, куда в начале сентября прибыл Боливар. 10 сентября конгресс провозгласил его «Освободителем», возложил на него верховное командование перуанскими вооруженными силами и предоставил чрезвычайные полномочия. Таким образом, фактически в Перу была установлена диктатура Боливара, хотя формально главой исполнительной власти считался президент республики маркиз де Торре Тагле (1779–1825).
Однако «Освободитель» не располагал достаточными ресурсами для разгрома испанских войск в Перу. Кроме того, он столкнулся с противодействием влиятельных креолов — сторонников старого порядка. В связи с роялистским мятежом в Кальяо и захватом порта мятежниками (начало февраля 1824 г.) над Лимой нависла реальная угроза. В этой критической обстановке перуанский конгресс 10 февраля официально назначил Боливара диктатором, вручив ему неограниченную военную и гражданскую власть. Но удержать Лиму было уже невозможно. Войска и многие жители оставили город, вскоре занятый испанцами. Большая часть Перу вновь оказалась под контролем роялистов.
К тому времени испанское господство было ликвидировано почти на всем Американском континенте. В Новой Испании, где после разгрома главных сил инсургентов к концу 1815 г. была в основном восстановлена власть колониальной администрации, патриоты не прекращали вооруженную борьбу. В различных районах действовали партизанские отряды, а в апреле 1817 г. на побережье Новой Испании высадился разношерстный отряд добровольцев во главе с испанским революционером Франсиско Хавьером Миной (1789–1817). Однако в 1818–1819 гг. освободительное движение было почти повсеместно подавлено. Только на юге страны не сложил оружия достойный преемник Идальго и Морелоса Висенте Герреро (1782–1831).
Лишь под влиянием событий 1820 г. в метрополии и успехов борьбы за свободу южноамериканских колоний в Новой Испании стал нарастать новый революционный подъем. В этой ситуации землевладельческая знать, богатые купцы, высшее духовенство, военно-бюрократическая верхушка взяли курс на отделение от Испании, надеясь таким путем препятствовать дальнейшему развитию революции и сохранить свое господство и привилегии. Их политической платформой был «план Игуала», опубликованный в феврале 1821 г. полковником Агустином де Итурбиде (1783–1824). Провозглашая независимость Новой Испании, этот документ предусматривал установление конституционной монархии (причем монархом объявлялся Фердинад VII), равенство всех мексиканцев, независимо от их расы и происхождения (а значит — и гарантии интересов уроженцев Испании), сохранение привилегий католической церкви. Хотя он означал явный шаг назад по сравнению с программами Идальго и Морелоса, содержавшаяся в нем идея независимости обеспечила «плану Игуала» широкую поддержку. Поскольку демократические силы были к тому времени ослаблены, руководство движением оказалось в руках наиболее консервативных элементов.
Армия Итурбиде в течение нескольких месяцев заняла почти все крупные центры и вступила в Мехико, где 28 сентября 1821 г. был обнародован акт о независимости Мексиканской империи. В мае 1822 г. национальный конгресс объявил Итурбиде императором под именем Агустина I. Однако империя оказалась недолговечной. В стране нарастало вооруженное республиканское движение, завершившееся в марте 1823 г. крахом монархии.
4 октября 1824 г. была обнародована республиканская конституция Мексиканских Соединенных Штатов, которая провозглашала федеративное устройство государства (президент избирался законодательными собраниями штатов), равенство граждан перед законом, демократические свободы. Хотя католическая церковь объявлялась официальной, а иные конфессии запрещались, священники лишались монополии в области народного образования.
Достижение независимости рядом испанских колоний оживило революционное движение в Гватемале. 15 сентября 1821 г. собрание представителей населения столицы генерал-капитанства приняло декларацию независимости. Однако под давлением правительства Итурбиде власти Гватемалы
5 января 1822 г. объявили о присоединении к Мексиканской империи. С ее крушением Учредительное собрание провинций объявило в июне 1823 г. об образовании республики Соединенных провинций Центральной Америки.
В конце 1821 г. вспыхнуло восстание в Санто-Доминго. 1 декабря было провозглашено Независимое государство испанской части Гаити. Созданная патриотами Временная правительственная хунта объявила о своем стремлении объединиться с Колумбией, но, пользуясь ситуацией, правительство соседнего Гаити в январе 1822 г. аннексировало Санто-Доминго — вплоть до образования в 1844 г. независимой Доминиканской республики весь остров Гаити оставался единым государством.
Итак, к началу 1824 г. последним оплотом испанского владычества на американском континенте оставалось Перу. Для освобождения обширного пространства этого прибрежного вице-королевства Боливар и его соратники прилагали энергичные усилия к созданию боеспособной армии. С этой целью, чтобы привлечь на свою сторону перуанских индейцев, общинные земли были переданы в их личную собственность и отменена подушная подать. Большое внимание уделялось вооружению и снаряжению войск, их боевой подготовке и укреплению воинской дисциплины. Дабы обеспечить армию патриотов всем необходимым, были конфискованы имущество роялистов и даже драгоценная церковная утварь. Тем не менее испанские войска, сосредоточенные преимущественно в высокогорных районах, обладали внушительным численным перевесом, вследствие чего патриоты не спешили переходить в наступление. Вскоре, однако, положение изменилось: в январе 1824 г. командующий роялистскими войсками в Верхнем Перу генерал Педро Антонио Оланьета (1770–1825) поднял мятеж против вице-короля. Испанская армия оказалась между двух огней, чем не преминул воспользоваться Боливар. Пройдя через горные хребты Анд, он 6 августа нанес противнику сокрушительный удар на равнине Хунин, а затем направился к тихоокеанскому побережью и в первых числах декабря занял Лиму.
Между тем главные силы патриотов, командование которыми Боливар на время своего отсутствия возложил на генерала Сукре, умелыми действиями избежав угрозы окружения, 9 декабря одержали блестящую победу на высокогорном плато Аякучо. Так была разгромлена последняя крупная группировка испанских войск в Новом Свете. В руках роялистов оставались лишь Верхнее Перу, крепость Кальяо, остров Чилоэ (близ южного побережья Чили), а также островная крепость Сан-Хуан-де-Улуа в Мексиканском заливе.
В конце декабря 1824 г. армия Сукре двинулась в Верхнее Перу и в начале февраля следующего года заняла его главный город Ла-Пас. 6 августа 1825 г. Учредительное собрание провинций Верхнего Перу провозгласило независимость, вручив верховную власть Боливару. В его честь новое государство получило название Боливии.
В конце года «Освободитель» выехал в Перу и в феврале 1826 г. возвратился в Лиму, где разработал проект боливийской конституции. Видя угрозу распада социальной и политической ткани Испанской Америки, Боливар дополнил три ветви власти четвертой, «избирательной» (по одному представителю от 10 граждан), по сути сделав выборы непрямыми, предусмотрел пожизненные полномочия избираемого парламентом президента (с правом предлагать преемника!) и три палаты парламента, причем третья — палата цензоров — также избиралась пожизненно. Одновременно отменялось рабство и провозглашались демократические права, в частности свобода вероисповедания.