Мятежники, лишившись ногайской помощи, потеряв Мамич-Бердея, должны были выдержать нападения боярина Петра Морозова; последний весною 1556 года с детьми боярскими, козаками, стрельцами, новокрещеными инородцами выступил к Чалымскому городку и сжег его, повоевавши и побивши многих людей, которые встретили его на реке Меше и потерпели совершенное поражение; после этого Морозов воевал десять дней, опустошил все арские места, побил многих людей, пленных вывел бесчисленное множество. Это было в мае; в июне Морозов вместе с воеводою Феодором Солтыковым выступил в новый поход, за 50 верст только не дошел до Вятки; ратники его брали в плен одних женщин и детей, мужчин всех побивали. Кроме того, князь Петр Шуйский из Казани отпускал еще другие отряды, вследствие чего Арская и Побережная стороны опустошены были вконец; спасшиеся от меча и плена пришли в Казань и добили челом. Весною следующего года князь Петр Шуйский велел арским и побережным людям поставить на Каме город Лаишев, который должен был служить обороною против ногаев; в городе посажены были новокрещены и стрельцы, у которых головами были дети боярские; новокрещенам воевода велел тут пашню пахать, также у Казани по пустым селам велел всем пахать пашни - и русским людям и новокрещенам. Но в то же самое время луговые люди продолжали волноваться: под начальством богатыря Ахметека они напали на Горную сторону, но были поражены князем Ковровым, и Ахметек попался в плен; другие толпы луговых, приходившие на арские места, были также побиты, а между тем из Казани, Свияжска и Чебоксар ежедневно выходили русские отряды опустошать Луговую сторону. Наконец в мае государь получил известие, что луговые прислали бить челом о своих винах; Иоанн послал в Казань и на Свиягу стряпчего Ярцева приводить луговых к присяге. Ярцев возвратился с известием, что вся Казанская земля успокоилась.
Таким образом, после взятия Казани нужно было еще пять лет опустошительной войны, чтоб усмирить все народы, от нее прежде зависевшие. В борьбе этих народов против Москвы, так же как и в последней борьбе самой Казани, принимают деятельное участие ногаи, с которыми до тех пор не было у Москвы явно враждебных столкновений. Послы и купцы ногайские часто приезжали в Москву, приводя с собою на продажу большие табуны лошадей, станы этих кочевников раскидывались под Симоновым на берегу и в других подгородных местах. Купцы ногайские при удобном случае не могли удержаться от хищных привычек, из людей торговых становились разбойниками; так, московское правительство жаловалось князьям ногайским, что гости их, идя по русским украйнам, много вреда наделали, деревни грабили, жгли, людей головами брали и в плен вели. Надобно было поддерживать дружеские сношения с ногайскими князьями, посылать им подарки, чтоб они не мешались в дела казанские, не соединялись с Крымом. Нам не нужно следить в подробности за сношениями московского правительства с ногайскими князьями по однообразию этих сношений: потомки Едигея обыкновенно так писали к белому князю московскому: "Ты бы прислал нам те деньги, которые обещал; доведешь нам свою правду - и мы Казани не пособляем, а от Крыма бережем, потому что крымский хан - нам недруг. Деньги пришли, а не пришлешь, то правда на твоей шее. Большого моего посла ты сухо отпустил, а меньшому послу мало поминков дал; и если бы ты нам друг был, то ты так ли бы делал? Ты всякий год нам лжешь. Если назовешь нас себе друзьями, то пришли те куны, которые посулил. А казанский царь ежедневно присылает нас звать, чтоб мы с ним Москву воевали". Иоанн приказывал отвечать на это: "В грамоте к нам писал ты многие непригожие слова, и за такими словами непригоже в дружбе быть. Если же вперед станешь к нам дружбу свою делать, то пришлешь к нам большого посла, а мы с ним пошлем к тебе своего боярина, и что у нас случится, то мы к тебе пошлем". Хотя за непригожие слова и не следовало быть в дружбе, однако вражда была опасна, и обещались подарки, если придет большой посол. За подарки ногаи готовы были писать Иоанну: "Я твой козак и твоих ворот человек; братству моему знамя то: захотят младшие мои братьи или дети в вашу сторону войною идти, то я, если смогу их унять, уйму; если же не смогу их унять, то к тебе весть пошлю". Но мы видели, какое важное значение имела Казань для всей Средней Азии и для всего магометанского мира, который теперь благодаря турецкому оружию был не менее могуществен, как и во времена первых калифов. Еще при отце Иоанновом крымский хан обратил внимание султана на унижение, какому подвергается магометанский мир, оставляя Казань в зависимости от христианских государей Москвы; еще при отце Иоанновом посол турецкий объявлял в Москве, что Казань есть юрт султанов; в малолетство Иоанново крымский хан необходимым условием мира поставлял то, чтоб Москва отказалась от притязаний своих на Казань. Когда Иоанн, возмужав, показал ясно, что нисколько не думает отказаться от этих притязаний, в Бакчисарае и Стамбуле не могли оставаться равнодушными: крымскому хану по причине отдаления и неудобства сообщений нельзя было непосредственно помогать Казани, защищать ее от русских; он мог только нападением на московские украйны отвлекать царя от Казани, что он и попытался сделать; поэтому султан писал к ногайским князьям, чтоб они, заключив союз с крымским ханом, защищали Казань. По донесениям наших послов, султан так писал к ногайским князьям: "В наших бусурманских книгах пишется, что русского царя Ивана лета пришли, рука его над бусурманами высока. Уже и мне от него обиды великие: поле все и реки у меня поотнимал, Дон у меня отнял, в Азове поотнимал всю волю, козаки его с Азова оброк берут, воды из Дону пить не дадут. А крымскому царю также обиду делают великую: Перекоп воевали. Русские же козаки Астрахань взяли, оба берега Волги отняли и ваши улусы воюют; как вы за это стоять не умеете? Казань теперь как воюют! А в Казани ведь наша же вера, бусурманская. И мы все, бусурманы, сговорились: станем от русского царя борониться заодно". Ногаи исполнили султанову волю - посадили в Казани царем астраханского царевича Едигера; защищали ее сколько могли, боролись с русскими и после ее падения. Но главною причиною слабости их при этой борьбе, главною причиною успеха русских в Казани с самого начала, потом в Астрахани и между самими ногаями была постоянная усобица владетелей; усилится один из них и обнаружит враждебное расположение к Москве - Москва могла быть уверена, что найдет себе союзников и даже подданных в других князьях, враждебных ему родичах. В то время как один астраханский царевич Едигер бился с русскими насмерть в Казани, родственник его, также астраханский царевич, Шиг-Алей находился в русском стане, другой царевич, Куйбула, владел Юрьевом, изгнанный из Астрахани царь Дербыш-Алей жил в Звенигороде. Незадолго перед тем преемник Дербыша, астраханский царь Ямгурчей, присылал в Москву бить челом государю, чтоб пожаловал, велел ему себе служить и с юртом; когда же вследствие похода Иоаннова на Казань началось между магометанами движение для ее защиты, то Ямгурчею трудно было держаться в Астрахани в качестве союзника московского, и он обнаружил свою вражду к Иоанну тем, что ограбил его посла. Один ногайский князь, Юсуф, тесть Сафа-Гирея, не ладил с Москвою и благоприятно слушал предложения султана, ограбил в 1551 году московского посла, много делал ему докук и бесчестья, много слов говорил жестоких и хвастливых, но другой князь, Измаил, постоянно держался Москвы и говорил Юсуфу: "Твои люди ходят торговать в Бухару, а мои ходят к Москве; и только мне завоеваться с Москвою, то и самому мне ходить нагому, да и мертвым не на что будет саванов шить". Этот Измаил еще до взятия Казани предлагал царю овладеть Астраханью, выгнать оттуда Ямгурчея и на его место посадить Дербыша; после взятия Казани предложение возобновилось. В октябре 1553 года пришли к Иоанну послы от ногаев, от мурзы Измаила и других мурз с челобитьем, чтоб царь и великий князь пожаловал их, оборонил от астраханского царя Ямгурчея, послал бы рать свою на него и посадил бы в Астрахани на его место царя Дербыша, а Измаил и другие мурзы будут исполнять государеву волю. Царь велел Адашеву расспросить хорошенько ногайских послов, чего они хотят, и уговориться, как действовать вместе с ними против Астрахани. Уговорились, что царь пошлет к Астрахани воевод Волгою на судах с пушками, а Измаил будет помогать им сухим путем или детей и племянников своих пришлет к Астрахани; если воеводы Астраханский юрт возьмут, то посадят здесь царем Дербыша, Измаил же после этого должен идти войною на брата своего, князя Юсуфа, который царю и великому князю не прямит, послов его бесчестит.
Предложение Измаила было как нельзя выгоднее для Москвы, которая получала возможность утвердить свою власть над Астраханью, всегда столь важною для русской торговли, и, кроме того, могла обессилить враждебных ногайских князей, столь опасных теперь для нее по союзу с казанскими мятежниками. Но любопытно, как в летописи выставлены причины, которые заставили Иоанна вооружиться против Астрахани: он вооружился, во-первых, за свою обиду, потому что Ямгурчей-царь присылал сначала послов бить челом, а потом изменил и царского посла ограбил. При этом вспомнил царь о своем древнем отечестве: когда святой Владимир делил волости детям своим, то эту, Астрахань, называвшуюся тогда Тмутараканом, отдал сыну своему Мстиславу, здесь был построен храм Пречистыя, здесь владели многие государи христианские, потомки святого Владимира, сродники царя Ивана Васильевича, а потом вследствие междоусобных браней русских государей перешла Астрахань в руки царей нечестивых ордынских. И умыслил царь и великий князь послать рать свою на Астрахань.