После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, к власти пришли просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. В 1944–1946 гг. в Синьцзяне действовала оперативная группа наркомата госбезопасности СССР во главе с начальником отдела специальных заданий генерал-майором Владимиром Егнаровым, его заместителем был начальник 4-го отдела 1-го (разведывательного) управления НКГБ генерал-лейтенант Александр Лангфанг.
* * *
Именно в этом неспокойном районе в 1946 году специальным решением Сталина Эйтингону было поручено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности Компартии Китая в подавлении сепаратистского движения уйгуров, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и английская разведка.
Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под общим командованием сотрудника разведки Героя Советского Союза полковника Николая Прокопюка. Деятельность советских спецслужб по организации противодействия мятежникам успешно завершилась, К 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели поражение.
Эйтингон к началу 1947 года вернулся в Москву.
В Синьцзяне дальнейшие события развивались следующим образом.
К середине 1949 года, к моменту вооруженной победы китайских коммунистов в гражданской войне, позиция СССР изменилась. Москва опасалась создания в Синьцзяне исламского государства, под влиянием Англии и США. Еще ранее под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синцзяна и допускал лишь его автономию. Тем не менее политические силы, выступавшие за суверенный Восточный Туркестан, сохраняли влияние.
В ходе переговоров было принято решение о направлении делегации Синьцзяна на заседание Политического консультативного совета для обсуждения и принятия совместной программы. Выехавшая для участия в конференции в Пекине 27 августа 1949 года из Кульджи в Алма-Ату возглавляемая бывшим президентом ВТР, заместителем председателя коалиционного правительства Ахметжаном Касими (имеются данные о его пребывании в тюремном заключении в СССР в конце 1930-х годах, после чего он был завербован НКВД и переправлен в Синьцзян) делегация Синьцзяна погибла в авиационном катастрофе на самолете ИЛ-12 в районе Иркутска. В делегацию также входили генералы Исхак-бек и Далельхан, бывший вице-президент ВТР Абдукерим Аббасов (по мнению уйгурских историков, сотрудник советской разведки под псевдонимом «Иран»), переводчик А. Иминов, адъютант Г. Керимов, племянник Касими и советский вице-консул в Кульдже Василий Борисов, которого уйгурские историки считают резидентом НКВД в Синьцзяне. Существует версия, принятая некоторыми уйгурскими историками, что на самом деле члены делегации были доставлены в Москву и там убиты.
По словам Сайфудина Азизи, через несколько дней после отъезда делегации из Кульджи советский консул сообщил ему, что делегация из Алма-Аты вылетела в Новосибирск; затем поступило сообщение о прибытии делегации в Иркутск. Вплоть до 3 сентября никакой информации не было. 3 сентября советский консул вызвал С. Азизи и сообщил полученную из Москвы срочную телеграмму следующего содержания:
«Самолет с находящейся на его борту возглавляемой Ахметжаном Касими делегацией вылетел из Иркутска и в скором времени упал в районе Забайкальских гор, из-за отвратительной погоды натолкнувшись, к несчастью, на гору; все находящиеся на борту 17 человек потерпели крушение».
Когда делегация ВТР в составе Сайфудина Азизи, Сюй Чжи и Алимжана, выехавшая из Кульджи 8 сентября, прибыла в Иркутск, Азизи встретился с двумя советскими офицерами (полковник и подполковник) «по их просьбе». Как рассказали эти офицеры, самолет с делегацией в течение трех дней находился в Иркутске; на третий день, когда погода улучшилась, он вылетел, но над озером Байкал не смог набрать необходимую высоту из-за сильного урагана и получил приказ вернуться на аэродром. Самолет начал разворот, развернулся на 60 градусов, и связь с ним неожиданно прекратилась. На место предполагаемой катастрофы вылетели поисковые самолеты и в одной из глубоких расщелин обнаружили участок с обгоревшими деревьями. По приказу из Москвы в этот район был направлен поисковый отряд альпинистов, который в течение недели пытался добраться до места гибели самолета, но безуспешно. По словам полковника, они организовали второй поисковый отряд и в ближайшие дни направят его. Как вспоминает Сайфудин, когда они пролетали над этим районом, он видел в бинокль место аварии и «возможно, трупы», лежащие «в значительном удалении от обломков самолета».
На основании этих свидетельств другая часть уйгурских историков считает версию о том, что делегация Касими побывала в Москве, не подтверждаемой никакими свидетельствами. Различные источники, приводимые ими, указывают совершенно разные даты трагедии.
Как бы то ни было, серьезных противников присоединения к Китаю в Синьцзяне не осталось. По соглашению с советским руководством ЦК Компартии Китая принял решение об освобождении Синьцзяна не к середине 1950 года, как планировалось раньше, а к концу 1949 года. 20 октября 1949 года войска Народно-освободительной армии Китая заняли Урумчи. 17 декабря было сформировано Синьцзянское провинциальное народное правительство, в состав которого вошли 9 уйгуров, 3 казаха, 4 китайца, 2 дунгана и по одному представителю от всех других народов. Возглавил правительство Бурхан Шахиди, а его заместителями стали Сайфуддин Азизи и Гао Цзиньчунь (китаец). В 1955 году ВТР прекратила свое существование как независимое государство и стало китайской провинцией — Синьцзяно-Уйгурским автономным районом. Так в середине 1950-х годов, после смерти Сталина, завершился период советского влияния в Синьцзяне. Это совпало с выводом, по решению Хрущева, Советских войск из Маньчжурии и передачей всех баз сухопутных войск и военно-морского флота СССР Китаю.
Неспокойно было и на Западе. С 1944 по 1956 годы не прекращалась партизанская война в Литве. Главной силой была Литовская освободительная армия (ЛЛА), руководимая Верховным комитетом освобождения Литвы.
В 1940–1941 годах эта организация действовала в подполье. С приходом немцев националисты легализовались, надеясь на восстановление былой независимости с помощью Германии. Но в 1943 году германские оккупационные власти запретили все политические партии в Литве.!
С возвращением Красной Армии Литовская освободительная армия организовывала вооруженные выступления местного населения против вновь образованных органов Советской власти, некоторых частей и подразделений Красной Армии и войск НКВД. В республике началось массовое неповиновение, зачастую выливавшееся в убийства «промосковских» активистов, террор и насилие. Националистов поддерживали немецкие спецслужбы, забрасывая в тыл действующей Красной Армии диверсионно-подрывные группы.
В июле-августе 1944 году вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов на территорию Литвы вступили части войск НКВД. В республике были развернуты 7 пограничных полков. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов, пособников противника.
В приказах главного штаба Литовской освободительной армии в декабре 1944 году перед ее командирами ставились задачи объединить все вооруженные формирования, действующие в Литве, а уже объединенными силами вести активную подпольную работу против большевистского террора. В дальнейшем, при падении «оккупационного режима» и разгроме Красной Армии перейти в открытую борьбу, мобилизуя для этой цели весь народ.
Следуя этим указаниям, формирования Литовской освободительной армии быстро пополняли свои ряды. Весной 1945 года общая численность повстанцев достигла 30 тыс. человек. В целом в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70–80 тыс. человек. Вся их борьба выражалась в форме террористических актов по отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. Не случайно, что с 1944 года до окончательного подавления сопротивления в Литве (в 1956 г.) из 25 тыс. человек убитых повстанцами более 23 тыс. человек были их соотечественники — литовцы.
Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 года был образован штаб главного руководства, который координировал деятельность по этим вопросам с командованием соединений и частей Красной Армии, дислоцировавшихся в республике.
