В свою очередь Нассау-Зиген 10 октября предложил Потемкину свой план нападения на Очаков с моря. Он намеревался огнем тяжелых орудий подавить приморские батареи, турецкие суда и пробить бреши в стенах со стороны моря. Но светлейший, видимо, начал ревновать к славе принца. Чиновник для особых поручений при Потемкине B. C. Попов вспоминал, что во время одного из военных советов «…сказал принц Нассау, что, если подкрепят его надлежащим образом, он надеется в крепости произвесть такой пролом, в который целый полк войти может. Потемкин досадовал, что чужестранец снимает на себя дела русского… почему, уповая на свой разум и мужество… вопросил у принца с едкостью: много ли он таких проломов сделал в Гибралтаре? Нетрудно угадать, что вопрос неожидаемый остался без ответа. Нассау писал к Императрице просьбу об отъезде его в Петербург и получил дозволение приехать». Очевидно, столкнулись амбиции Потемкина и Нассау. Светлейший не терпел соперников, и принцу пришлось оставить Черное море. 14 октября князь вызвал Мордвинова к Очакову для принятия командования гребной и парусной эскадрами, а капитану Ахматову приказал принять после отбытия принца Нассау флотилию гребных судов.
Турки исправили канонерские лодки, поврежденные в предыдущем сражении. Потемкин приказал их взять или уничтожить Нассау-Зигену. Тот дважды пробовал, но неудачно. 17 октября князь писал: «И он, отведав трудность, под предтекстом болезни уехал в Варшаву. Сии суда чрез два дни после того ушли из Очакова к своему флоту мимо флотилии и спящего адмирала Пауля Жонса, который пред тем пропустил в день под носом у себя три судна турецких в Очаков, из коих самое большое село на мель. Я ему приказал его сжечь, но он два раза пытался и все ворочался назад, боялся турецких пушек. Дал я ему ордер, чтобы сие предприятие оставить, а приказал запорожцам. Полковник Головатый с 50 казаками тотчас сжег, несмотря на канонаду, и подорвал судно порохом, в нем находившимся».
21 октября капудан-паша вновь подвез в Очаков продовольствие и полторы тысячи человек подкрепления, но 4 ноября ушел на зимовку к югу. Пользуясь этим, казаки при поддержке фрегатов и канонерских лодок 7 ноября овладели Березанью и взяли многочисленные трофеи. 8 ноября вновь турецкие суда были замечены между Тендрой и Старооскольским редутом. Несколько дней они оставались на месте. К зиме турецкий флот удалился в свои порты, а 6 декабря после штурма пал Очаков.
Нассау-Зиген о падении крепости узнал в Гродно, по пути в Санкт-Петербург. 22 декабря 1788 года героя Лимана радушно приняла Екатерина II. Об этом принц писал жене:
«Не могу выразить вам, принцесса, что испытывал я, представляясь, в воскресение, ея величеству. Она была в тронной зале. Меня ввел обер-камергер, тотчас же удалившийся. Невозможно передать в письме всех милостивых выражений, которыми осыпала меня Императрица, ни тех преувеличенных похвал, вполне, по ее словам, мною заслуженных. Князя Потемкина ожидают со дня на день. Императрица читала мне его письма к ней, где он говорит о моем „геройстве“, и сама, где только могла, называла меня „героем“».
Из Санкт-Петербурга принца направили тайным агентом во Францию и Испанию, чтобы вести разговор о заключении договора с этими двумя странами и Австрией. Нассау-Зиген не собирался задерживаться за границей, ибо Императрица намекнула ему, что если он успеет вернуться, то его ожидают дела вроде тех, что происходили летом. Моряк рассчитывал на командование галерным флотом с десятитысячным корпусом. И надежды оправдались. Принц вернулся в Россию, где ему предстояло в войне со Швецией испытать счастье победы и горечь поражения.
К началу русско-шведской войны 1788–1790 годов Российский галерный флот переживал период преобразования. Гребную флотилию в кампании 1788 года представлял на Балтике лишь небольшой отряд. К весне 1789 года спешно сооружали суда разных классов и типов. Высочайшим указом Адмиралтейств-коллегии от 6 мая 1789 года Императрица назначила главным начальником гребной флотилии против шведов Нассау-Зигена:
«После одержанных в прошлом году морским нашим ополчением в Лимане над неприятельским многочисленным корабельным и гребным флотом побед, командовавшему гребною нашею эскадрою принцу Нассау-Зигену, в разсуждение оказанного им усердия к службе нашей и отличнаго мужества, позволили Мы поднять флаг вице-адмиральский. Вследствие сего повелеваем нашей Адмиралтейств-коллегии помянутого принца Нассау-Зигена считать вице-адмиралом галерного флота нашего со дня присвоения ему флага по тому чину, т. е. с 24 июня 1788 года и по оному производить жалованье. Сему вице-адмиралу препоручаем в командование гребной флот наш против неприятеля нашего короля шведского вооруженный, с тем, чтоб он вступил тотчас в сие начальство и чтоб приготовление и вооружение гребного флота производимо было под его наблюдением и попечением, а Адмиралтейств-коллегия долженствует ему всемерно в том пособствовать. По военным действиям имеет он состоять под ведением предводительствующего армиею нашею в Финляндии генерала графа Мусина-Пушкина. На стол с 1 числа сего месяца, покуда он при сем начальстве останется, производить ему по 300 руб. в месяц из суммы на чрезвычайные расходы по гребному флоту назначаемой, а на снаряжение себя потребным к походу пожаловали Мы ему 5000 руб. из кабинета».
Принц имел разрешение сноситься с самой Екатериной II. В помощь принцу по службе назначили капитана генерал-майорского ранга графа Литта; мальтиец был хорошо знаком с гребным флотом.
17 мая стало известно из донесения В. П. Мусина-Пушкина о том, что шведские суда появились у границы. Встревоженная Императрица в тот же день писала вице-президенту Адмиралтейств-коллегии графу И. Г. Чернышеву:
«Граф Иван Григорьевич! Ради бога поспешите вооружение галер и гребной флотилии, понеже уже шведские суда, в числе сорока, находятся в море и приходят к границам».
18 мая высочайший указ предписывал графу В. П. Мусину-Пушкину выделить войска для флотилии. На судах, отправляемых из Петербурга, команды укомплектовали войсками гвардии и столичного гарнизона, а находившиеся в Выборге суда Слизова — солдатами финляндской армии. Рескрипт 19 мая определял численность выделенных в распоряжение принца сил и задачу готовиться к боевым действиям.
Гавань у Петербургских верфей очистилась ото льда только 17 мая, и на следующий день начали спускать на воду гребные суда. Строили их нередко по неиспытанным образцам, из сырого леса. Команды набирали из людей, мало знакомых с морем; иные из так называемых «водоходцев» никогда не бывали ни на каких судах. Когда происходили неувязки и путаницы в управлении, по просьбе Нассау-Зигена Императрице приходилось вмешиваться. Например, часть флотилии под командованием графа Литта главный командир Кронштадтского порта П. И. Пущин намеревался отправить в море без ведома командующего. Императрица по этому случаю возмущенно писала 31 мая И. Г. Чернышеву:
«Я удивляюсь, что графу Литту пропозиция сделана: идти вперед без ведома вице-адмирала принца Нассау, которому от меня поручена команда над гребным флотом. Ему же от меня приказано не идти, не имея всего того, в чем его флотилия нужду имеет, и не оставить ни единого судна, которое в его роспись назначено; ему от меня рескрипт и команда не для бобов даны».
31 мая Нассау-Зиген собрал флотилию у Кронштадта и готовился к выходу в море. Ему помогали П. И. Пущин и И. П. Балле. Для примирения присутствовал секретарь Императрицы генерал-майор П. И. Турчанинов. Позднее он принял участие во всех основных действиях гребной флотилии. Принц засыпал Императрицу жалобами на нехватку материалов, людей, оружия. Та обычно удовлетворяла все его претензии. 4 июня оона писала:
«Господин вице-адмирал принц Нассау-Зиген! Я получила вчера письмо ваше, с Кронштадтского рейда от 3-го июня, которым вы извещаете меня о сделанном вами осмотре судов, состоящих под вашим начальством, о сделанных вами переменах в командирах галер, о введенном вами на эскадре порядке и о заботах ваших по скорейшему окончанию полнаго вооружения различных судов. Всем этим я вполне довольна. Мусин-Пушкин содействует вам во всем, и я выразила ему за это свое удовольствие. Желаю, чтоб ветер и великое счастие содействовали усердию, которое вы опять столь убедительно доказываете мне. Прощайте, желаю вам доброго пути и успеха».
8 июня гребная флотилия выступила и, преодолевая неблагоприятные ветры, к началу июля достигла Выборгского залива, где Нассау-Зиген встретился с командовавшим войсками в Финляндии В. П. Мусиным-Пушкиным. Тот неоднократно писал о том, что не может действовать без галерного флота, хотя и не был в восторге от его возможностей и медлительности. Еще 23 июня он сообщал Императрице, что вынужден приказать Нассау-Зигену высадить войска для прикрытия Выборга. 26 июня принц жаловался Императрице:
