Передислокация подводных лодок в районе Нарвика во внутреннюю часть фьордов привела к тому, что они получили возможности для ведения стрельбы, однако при 50–75 % отказов торпед лодки вследствие сильной обороны в тесных фьордах находились в опасности. Освещенность даже ночью в северных широтах и тихая ясная вода фьордов очень ограничивали возможность использования лодок. Непрерывная эффективная охота противника за субмаринами не давала лодкам возможности заряжать батареи. Согласно сообщению, поступившему от U-47, господствовали «условия обороны, как перед английскими основными опорными пунктами». И все же в ночь с 15 на 16 апреля в Ваагс-фьорде у Бигдена U-47 (капитан-лейтенант Прин) смогла на самом благоприятном удалении выпустить дважды по 4 торпеды по стоящим на якоре крейсерам и большим транспортным судам; тем не менее это было безрезультатно. Командующий подводными лодками не мог больше обеспечить субмаринам бесполезное и опасное пребывание во фьордах и 15 апреля приказал стоящим в Вест-фьорде подводным лодкам стать перед входом в гавань. 16 апреля соответствующие приказы получили лодки, стоящие в Ваагс-фьорде, Анд-фьорде и Ромсдаль-фьорде, а 18 апреля, наконец, и лодки, стоящие в Намсус-фьорде.
19 апреля U-47 во время отхода юго-западнее Вест-фьорда натолкнулась на английский линкор «Уорспит», шедший в сопровождении двух эсминцев. Нападение на удалении 900 м, совершенное двумя торпедами, снова оказалось безуспешным. Стало очевидным, что причиной продолжающихся неудач были серьезные дефекты в конструкции торпед. Из 31 атаки, которая была проведена подводными лодками в регионе Северного моря (севернее 62°30′), 20 должны были с уверенностью привести к пробоинам.
20 апреля особый торпедный комитет, собравшийся по приказу главнокомандующего военно-морским флотом, после подробных исследований установил, что в северных широтах на зажигание от магнето воздействовало непредусмотренное магнитное влияние, что по меньшей мере в одном случае («Уорспит») собственная магнитная защита цели противодействовала зажиганию торпеды от магнето и что значительные технические недостатки также были обнаружены во взрывателе ударного действия и механизме управления глубиной хода торпеды, не прошедшем достаточных военных испытаний. По результатам проверки в своем журнале боевых действий от 15 мая 1940 года командующий подводным флотом сделал следующее замечание: «Можно было ожидать, что после двадцатилетней работы в мирных условиях у нас будет торпеда более совершенная, чем торпеда прошлой войны… Я не думаю, что когда-либо в военной истории солдат с таким непригодным оружием посылали на врага».
Между тем командующий подводным флотом должен был сделать оперативные выводы. После того как переход от торпед с зажиганием от магнето к ударному взрывателю также не привел к лучшим результатам, а 13 апреля U-64 была поражена авиабомбой во внутреннем Нарвик-фьорде и 16 апреля U-49 — в Ваагс-фьорде, 19 и 20 апреля все подводные лодки, стоявшие перед Нарвиком и Тронхеймом, получили приказ отправляться в район Шетландских островов. 20 апреля четыре лодки этой группы стали охотиться за шедшим на север английским конвоем с сильной охраной, но по приказу командующего подводным флотом его преследование не было продолжено. На этом использование подводных лодок в норвежской операции было прекращено.
9-я группа подводных лодок стояла с 17 апреля в зоне восточнее Пентленд-Ферта, не вступая в сражения с противником. Оперирующая в районе Ставангер — Линдеснес учебная флотилия (U-1, U-2, U-3, U-4, U-5, U-6) была безуспешно использована при попытке помешать вражеским операциям по постановке мин перед Скудеснесом, а также для борьбы с подводными лодками в том же самом морском районе. При этом U-4 10 апреля уничтожила английскую подводную лодку «Фисл», в то время как 16 апреля по U-1 торпедный удар нанесла английская подводная лодка «Попэс». Днем позже эти лодки по приказу военно-морского командования были отозваны для продолжения подготовки экипажей субмарины. Согласно распоряжению командования ВМФ от 27 апреля, в дальнейшем подводные лодки в основном должны были использоваться в Атлантическом океане. После сообщения об освобождении Нарвика союзниками 8 июня пять подводных лодок получили приказ полным ходом идти в морской район Шетландских — Фарерских островов, чтобы атаковать возвращающиеся из Нарвика английские транспорты. Успехов эти лодки так и не достигли.
Чтобы сохранить момент неожиданности при высадке на берег, быстроходные военные корабли, которые должны были отправляться главным образом в порты, расположенные на севере, перевозили войска, необходимые для захвата. Они могли быть погружены на суда только со своим ручным оружием, в то время как военное имущество, тяжелое вооружение и продовольствие с 3 апреля отправлялись в порты назначения предварительным транспортом на судах снабжения эшелона — в качестве цели-прикрытия был указан Мурманск. Из семи пароходов эшелона снабжения прибыли только «Бэренфельс» 10 апреля в Берген и «Леванте» 13 апреля утром в Тронхейм; из приблизительно 11 600 тонн оборудования пропали 7000 тонн.
Предназначенный в Тронхейм пароход «Сан-Паулу» должен был 7 апреля прийти в Кристиансанн, но из-за потери времени изменил направление на Берген. Пароходы «Бэренфельс» и «Майн», которые предназначались в Нарвик и Тронхейм, из-за недостатка лоцманов 8 апреля также еще стояли в Хёугесунне. «Сан-Паулу» наскочил перед Бергеном на мину. «Рауенфельс» достиг 10 апреля Офорд-фьорда перед Нарвиком с опозданием на один день и тем не менее был уничтожен там эсминцем «Хэйвок». Направлявшийся в Ставангер пароход «Рода» был потоплен перед этим портом 9 апреля норвежским эсминцем «Аэгер». Пароход «Альстер» был захвачен 10 апреля в морском районе севернее Бодё английскими военно-морскими силами, пароход «Майн» был потоплен 9 апреля перед Хёугесунном норвежским торпедным катером «Драуг». Следовательно, из шести пароходов, предназначенных для Нарвика и Тронхейма, только один достиг Тронхейма. «Рауенфельс» и «Альстер» пришли бы в Нарвик своевременно, если бы время прихода было рассчитано не слишком плотно. «Бэренфельс» изменил направление на Берген и был потоплен там 14 апреля в результате воздушного налета.
Первый эшелон транспортировки войск (1-й морской транспортный эшелон, 15 пароходов) вышел 6 и 7 апреля из Штеттина. 10 пароходов (52 296 брутто-регистровых тонн были заняты частями военной авиации (экипажами, боеприпасами, продовольствием). Отправление морских транспортов вменялось в обязанность командиру группы тральщиков «Восток» и его штабу; охрану осуществлял командующий группами ВМС Балтийского моря. Из пятнадцати пароходов одиннадцать достигли портов-назначения. За исключением парохода «Крит», предназначенные для Кристиансанна корабли прибыли, везя на борту треть 163-й дивизии. Часть еще одной, 63-й, дивизии была доставлена по плану в Стазангер, в то время как в Берген прибыло только судно «Мария Леонард» с усиленной пятой ротой 159-го пехотного полка. Пароход «Куритиба», который опоздал из-за соприкосновения с грунтом в четырех морских милях к северу от Хельсингборга, вынужден был изменить направление на Осло. Пароход «Рио-де-Жанейро» 8 апреля был потоплен перед южнонорвежским побережьем у Лиллесанна польской подводной лодкой «Орел», которая выпустила две торпеды. Наличного состава смогли спастись до 16 человек. 10 апреля английская подводная лодка торпедировала в проливе Каттегат пароход «Антарес», с которого спаслись примерно 150 человек. Пароходы «Крит» и «Иония» были торпедированы 9 апреля в Каттегате и у входа в Осло-фьорд. «Крит» смог прийти после высадки с судна войск, «Иония», после удаления личного состава, перевернулся и затонул 12 апреля.
Из эшелона танкеров только «Ян Веллем», оборудованный как корабль снабжения подводных лодок, достиг места назначения — Нарвика; танкер «Каттегат» затопил себя сам на виду у норвежского вспомогательного судна «Нордкап» перед Нарвиком. Предназначенный для Тронхейма танкер «Скагеррак» был остановлен 14 апреля английским крейсером и затоплен своим экипажем. Другой маленький танкер «Моонзунд» был уничтожен 12 апреля артиллерией английской подводной лодки «Снэппер» у Ларвика. Из эшелона танкеров военной авиации (четыре маленьких танкера, всего 1769 брутто-регистровых тонн, с авиационным топливом для Осло, Ставангера, Бергена и Тронхейма) 8 апреля у Ставернера английской подводной лодкой «Трайдент» был потоплен «Штединген». Три корабля службы безопасности полетов «Ролсховен», «Тширшки» и «Майер» использовались также для транспортировки авиационного бензина и авиа-бомб для Ставангера и Бергена.
2-й морской транспортный эшелон перевез на одиннадцати пароходах часть 196-й пехотной дивизии из Готенхафена в Осло. Из этого медленно двигавшегося конвоя вечером 10 апреля в проливе Каттегат английской подводной лодкой были потоплены пароходы «Фриденау» (5200 брутто-регистровых тонн), «Вигберт» (3600 брутто-регистровых тонн) и катер 1507.
