Для начала новый царь поспешил как можно скорее дискредитировать своего предшественника на троне. По всей стране в церквах зачитывали обращения бояр, царицы Марфы и самого Василия, в которых Лжедмитрий уличался в самозванстве, а Шуйский возвеличивался как спаситель Церкви и Отечества. Были обнародованы переписка расстриги с папским двором о намечавшейся церковной унии и документы, свидетельствующие о его намерении передать польской короне Смоленск и Северскую землю. Бывшие клевреты Григория Отрепьева принародно каялись в пособничестве узурпатору царского престола и уличали его во всех действительных и мнимых преступлениях. Чтобы окончательно закрыть эту щекотливую тему, Шуйский организовал «обретение нетленных мощей» царевича Дмитрия и их перемещение в Архангельский собор Московского Кремля, усыпальницу московских великих князей.
Историки называют Василия Шуйского боярским царем, а ведь это не так. Бояре всего лишь не противились его вступлению на престол, но ни о какой широкой поддержке с их стороны не может быть и речи, как не может быть речи и о чрезмерных льготах и милостях, которыми он «осыпал» боярскую олигархию. Признавая заслуги Василия в свержении самозванца, они тем не менее не считали его достойным «помазанником божьим», что даже не пытались скрывать, позволяя себе поступки, на которые никогда бы не решились не то что при Иване Грозном, а и при Борисе Годунове. Все наблюдатели отмечали: бояре при Василии были большими царями, чем он сам.
Не стал, да и не мог стать, Шуйский царем дворянским, потому что те ждали от него новых поместий и денег. Но самозванец оставил казну пустой, так что царю на неотложные государственные нужды на первых порах пришлось занимать у монастырей и богатых купцов, а поместий не было из-за отказа самого же Василия Ивановича от массовых репрессий в отношении своих прежних недоброжелателей. Единственное, что он сделал для дворян и детей боярских, да и то лишь после того, как рязанское и тульское дворянское ополчение покинуло стан мятежного Болотникова, состоящий из беглых холопов, так это окончательно закрепостил крестьян. Соборным Уложением от 9 марта 1607 года он установил полную крепостную зависимость холопов от своих господ: «…крестьянин крепок тому, за кем записан в писцовой книге; крестьянский “выход” впредь вовсе запрещается, и тот, кто принял чужого крестьянина, платит не только убытки владельцу вышедшего, но и высокий штраф… на Царя Государя». Понятно, что эта мера никак не может свидетельствовать о расположении царя и к «подлому» сословию. Так кому же благодетельствовал Шуйский? А получается, что никому. Этот, с точки зрения критиков (причем западников и космополитически настроенных россиян), недостойный государь имел, похоже, одну заботу: заботу о благе России. Но его показная беспристрастность, умеренность, граничащая с робостью, нерешительность по отношению к явным врагам Отечества были не самыми лучшими качествами для правителя страны. Страны, в которой народ за год с небольшим видел уже четвертого самодержца, пережил два цареубийства и, «не наблюдая общего согласия по поводу последнего царя, проявлял необыкновенное своевольство и смятение в умах».
Вместо того чтобы лишить власти и влияния всех приспешников прежнего режима, разослав их по ссылкам, тюрьмам и монастырям, он их всего лишь убрал из Москвы с глаз долой, направив воеводами и наместниками в окраинные города: князя Рубец-Масальского — в Корелу, Михаила Салтыкова — в Иван-город, Богдана Бельского — в Казань, Афанасия Власьева — в Уфу, Григория Шаховского — в Путивль. Так крамола волею самого царя переместилась из центра на окраины и ее опасность для государства, как мы увидим в дальнейшем, только усилилась. Наиболее ярко это проявилось в случае с последним назначенцем.
Князь Григорий Шаховской, более двадцати лет прослуживший на военной службе, начиная с Ивана Грозного, и недовольный своим положением, при первом же столкновении с отрядами Лжедмитрия I перешел на его сторону и стал одним из ближайших помощников самозванца, рассчитывая на еще больший карьерный рост. Однако смерть Отрепьева спутала его карты, и он, как бы на всякий случай, выкрал в царском дворце государственную печать, рассчитывая на ее возможное применение в дальнейшем. «Выкрикнутый царь», не особенно доверявший Шаховскому, вскоре по восшествии на престол отправил его на воеводство в Путивль, являвшийся в то время сильнейшей крепостью Северской земли, присоединенной к Московскому царству еще в 1500 году. Положение военного форпоста на пути крымских и литовских набегов обусловило и состав населения края. Коренные жители этих мест — севрюки отличались предприимчивостью и способностью выживать в условиях дикого поля. После присоединения Путивля к Московскому царству в его окрестностях стали селиться как «вольные люди» и беглые холопы, так и проштрафившиеся дети боярские, а также осужденные, но помилованные преступники. Это вполне соответствовало политике Москвы — заселять вновь приобретаемые земли людьми, способными постоять за себя, а значит, и за Русь Православную. Если же учесть, что Путивль со своим воеводой Рубец-Масальским одним из первых в 1604 году присягнул Григорию Отрепьеву, то можно себе представить, какую ошибку совершал Шуйский этим назначением.
Последствия не заставили себя долго ждать. Сразу же по прибытии в Путивль Шаховской собрал жителей и объявил, что царь Дмитрий жив и что «выкрикнутый царь» незаконно занимает царский престол. Жители города-крепости тут же восстали против Шуйского. Нужно полагать, Шаховской действовал согласованно со сбежавшим из Москвы в ночь торжества Шуйского над Лжедмитрием «чернокнижником» и интриганом Михаилом Молчановым — убийцей Марии и Федора Годуновых. Укрывшись в Самборе у матери Марины Мнишек, Молчанов распускал слухи о спасении царя, будоража тем самым умы польских искателей приключений и провоцируя недовольных россиян на вооруженную борьбу с правительством Шуйского. Одно время он даже себя пытался выдавать за спасшегося Дмитрия, но, боясь разоблачения, появляться в этой личине перед россиянами не решался.
Восстанию же был нужен вождь, и он явился в лице Ивана Болотникова, бывшего наемного ратника личной дружины князя Телятевского. Военная судьба этого человека сложилась неудачно: был взят в плен татарами и несколько лет проплавал галерным рабом на турецком судне. Обстоятельства его освобождения из неволи неизвестны, известно лишь, что, получив свободу, он какое-то время жил в Венеции. Во время описываемых событий Болотников как раз пробирался к себе на родину через европейские страны. В Польше его задержали и представили Молчанову как Дмитрию — царю московскому. Тот разглядел в Иване качества, необходимые для того, чтобы повести за собой недовольное население, и счел возможным направить его в Путивль с письмом к Григорию Шаховскому. Князь принял посланника как царского представителя и, оценив его умение держаться и, нужно полагать, военные навыки, дал под его начало часть своего войска. В Путивле Болотников развернул активную деятельность. От имени царя Дмитрия он обратился к жителям прилегающих сел и городов, к казакам и всем «гулящим людям» с призывом встать под его знамена, обещая волю, богатство и почести. В ответ поднялась вся Северская земля. Движение против Шуйского каким-то невероятным образом очень быстро переросло в крестьянскую войну. Дома и поместья господ подвергались разорению и разграблению, мужчины — уничтожению, а женщины — насилию. Несмотря на это, в рядах повстанцев оказалось большое число бояр и дворян, в том числе и весь воинский гарнизон во главе с князем Телятевским, бывшим хозяином холопа Болотникова.
Увещевательные меры, предпринятые правительством Шуйского, ожидаемых результатов не дали, и тогда против восставших были направлены войска. Многое зависело от результатов первых боев. Победи Шуйский — тогда колеблющееся население приняло бы его сторону и восстание, возможно, было бы подавлено в зародыше. Но рядом с мятежным городом Кромы 5-тысячное царское войско под командованием князя Трубецкого потерпело поражение от значительно меньших сил Болотникова. Это стало своеобразным сигналом к повсеместному восстанию во всех южных областях Московского царства. Сотник Истома Пашков возмутил Тулу, Венев и Каширу, Григорий Сунбулов и Прокофий Ляпунов — древнюю Рязанскую землю. На сторону еще не объявившегося «Дмитрия Иоанновича» перешли двадцать городов Орловской, Калужской и Смоленской областей. Волнения коснулись Вятки, Перми, Нижнего Новгорода. В Астрахани за Дмитрия встала не чернь, а воевода князь Хворостинин.
После победы под Кромами крестьянская армия, пополнившись дворянскими дружинами Ляпунова и Пашкова, переправилась через Оку, разграбила по пути Коломну и устремилась на Москву. В 70 верстах от столицы у села Троицкого произошла встреча Болотникова с основными силами, выставленными против него Шуйским. Бой закончился полным поражением царских войск. Преследуя отступающих, повстанцы в середине октября 1606 года достигли Москвы и остановились в селе Коломенском. Казалось бы, падение Шуйского предрешено, так как на тот момент у него не было ни верных помощников, ни надежного войска, ни денег, ни продовольствия. Но судьба еще хранила Василия Ивановича. Под Москвой с особой отчетливостью проявилась социальная несовместимость повстанческого войска. Базой, на которую хотел опираться и опирался Болотников, были холопы, беглые крестьяне и преступники. Именно к ним он обращался в своих воззваниях, направляя их против московских бояр, чиновников, купцов. Это не устраивало вождей рязанского дворянского ополчения Ляпунова и Сунбулова, в связи с чем они сочли для себя, что «большее зло» в этой междоусобице представляет Болотников, и перешли на сторону «зла меньшего». Они были прощены Шуйским, более того — Ляпунов удостоился звания думского дворянина. Активную и достаточно мощную поддержку получил Шуйский от Твери и Смоленска. Но если в Твери основную роль играл архиепископ Феоктист, то в Смоленске движение приобрело поистине народный характер. Смоляне по своему опыту уже знали все прелести польского владычества. В ноябре смоленские и тверские отряды, освобождая по пути города от сторонников Лжедмитрия, двинулись к Москве.
