Главным воеводой царских войск был татарский князь Урусов. Царских войск было 100 000, у Болотникова — 20 000. Болотников предпочитал иметь дело со вторым самозванцем, нежели с царевичем терских казаков, Петром, и послал в Польшу посыльных для розыска самозванца. Войско также требовало спасшегося Димитрии, а Шаховского как интригана посадили под надзор. Но в московском лагере тоже начались неурядицы. Князь Урусов отделился от Шуйского и со своими мурзами ушел в Крым. В войске нашелся, однако, хитродеец, родом ив Мурома и предложил Шуйскому затопить Тулу. Шуйский обрадовался и обещал его наградить. Муромец построил через р. Упу плот и приказал наполнять его землей, наполненный он пошел на дно, перегородил течение реки и вода пошла по улицам города. Мятежники сдались на обещание Шуйского всех помиловать.
Обещании Шуйский не выполнил. Болотников и атаман Нагиба, состоявший первым лицом при царевиче, были отправлены в Каргополь, где в скором времени их уничтожили. Шаховский был отправлен на Кубенское озеро, все пленные подвергались страшной расправе: их бросали в реки. Самозванный царевич Петр был повешен в Москве. На все окраины государства были посланы карательные отряды и с населением тоже производились расправы, все крестьянство было закрепощено. Окончание этого периода Смутного Времени характерно полным господством боярства и его насилием. Однако, Смута на этом не кончилась. Она продолжалась, приняв новые формы.
ВТОРОЙ ЛЖЕДМИТРИЙ, ИЛИ ТУШИНСКИЙ ВОР, И ПРОДОЛЖЕНИЕ СМУТЫ
На юге появился второй Лжедимитрий, и под его знамена потянулись все средние классы против боярства и в борьбу вступают полностью донские казаки. Шуйский был ненавидим всей страной. После победы над Болотниковым, он женился на молодой княжне, наслаждался семейной жизнью и не думал о государственных делах. Личность второго Лжедимитрия еще менее известна, нежели первого. По сведениям иезуитов, он был крещеный еврей и при первом Лжедимитрий состоял в качестве составителя писем на русском языке. Он убежал после смерти первого Лжедимитрия и скрывался в Киеве у какого-то протопопа, но провинился и был изгнан из дому. Деятельшюсть его началась в Стародубе. Первым признал его Заруцкий. Он признал в нем спасшегося царевича Димитрия и затем был признан польскими воеводами и гетманом Маховецким, Вацлавским и Тышкевичем. Затем к Лжедимитрию явились воеводы Хмелевский и Адам Вишневецкий.
В начинавшемся движении приняли участие поляки. После внутренних беспорядков, или «рокоша» в Польше оказалось много лиц под угрозой мести короля и они направились на московские земли. Главным претендентом на московские земли был Роман Рожинский, но у него находилось не больше 4 тыс. войска. С этими частями Рожинский подошел к Орлу, где соединился с отрядом Маховецкого и был избран гетманом. К нему прибыли 3 тыс. запорожцев. Рожинский предложил второму Лжедимитрию свою службу. Заруцкий еще раньше отправился на Дон и привел 5 тыс. донских казаков. (Костомаров. «Смутное время», стр. 129, вторая часть). Против поднимавшегося мятежа весной было отправлено московское войско под начальством брата царя Димитрия Шуйского к Болохову. Узнав, что московские войска двинулись к Болохову, поляки во главе с Рожинским двинулись в том же направлении, и в 10 верстах от города произошло сражение, московское войско потерпело жестокое поражение. Ружинский с войсками двинулся в сторону Москвы. При войсках находится Самозванец. Повсюду народ встречал Димитрия с хлебом и солью и колокольным звоном. Войска Рожинского подошли 1 июня к Москве и остановились в селе Тушино, в сет верстах от Москвы. Для обороны против тушинских воров Шуйский между Москвой и Тушино устроил «обоз», или укрепленный лагерь и поместил в нем часть московского гарнизона. Попытка Рожинского овладеть неожиданным нападением лагерем не удалась и он решил устроить Москве блокакаду, отрезав все пути подвоза продовольствия. Польские войска все время пополнялись. Через Смоленск с полтысячью войск двигался к Москве Сапега. С юга шел Лисовский с отрядом в 30 тыс. человек, собранных им людей отряда Болотникова, и занял Коломну, где захватил коломенского воеводу Долгорукова и владыку Иосафа и с ними двинулся к Москве. Из Москвы против него было выслано войско под начальством Куракина. Войска встретились между Москвой и Коломною и отряд Лисовского был разбит. Было взято много пленных. Лисовский бежал в Тушино. Коломна была укреплена, как пункт для сообщения Москвы с юго-востоком.
Сапега с 15-тысячным отрядом решил занять Троицко-Сергиевскую лавру, двинулся против нее и осадил ее. Осажденными в Троицко-Сергиевской лавре командовал князь Долгоруков-Голохвастов. Неудачные приступы заставили поляков перейти к осаде. Сопротивление Лавры служило примером жертвенности и национального долга. Но в это время, когда Лавра оказывала полякам упорное сопротивление, Москва оказалась в осаде. Все пути сообщения с северо-востоком, откуда Москва получала средства, еще не разоренным войной, были заняты отдельными польскими отрядами, которые заняли все Замосковье и перекрыли все пути, ведущие в Москву. Все города от Тушино до Суздаля и Владимира подчинились Самозванцу. Московским войскам удалось удержать только Коломну и через нее Москва получала средства из Рязанской области.
Осаждавшие Лавру отряды Сапеги и Лисовского-распространились до Волги и даже переправились на восточный ее берег. Сапега послал Лисовского занять с четырьмя ротами и 2 тыс. запорожцев Ростов-Северский и Ярославль. В Ярославле митрополитом был Филарет Романов. Заняв город, поляки вывели митрополита из собора, сняли с него ризы, одели сермягу, посадили в телегу «с женкой» и отправили в Тушино. Самозванец принял Филарета с честью и поставил его патриархом. Во Владимирской области свирепствовали запорожские казаки с атаманом Наливайко. По всей стране господами являлись иноземцы и, по выражению Карамзина: «Россия казалась пустыней». Островами сопротивления являлись Троицкая лавра, Коломна, Переяславль-Рязанский, Нижний Новгород, Казань, Смоленск и Новгород, вся остальная часть страны принадлежала к царству беззакония. «Казалось, — пишет Карамзин, — что России не имела отечества, ни души, ни веры. Государство, зараженное язвой нравственного упадка, в страшных судорогах кончалось». (Карамзин. Истории Государства Российского, том 12, стр. 124).
Сапега продолжал осаду Лавры, но защитники отражали все приступы. Из Польши в Москву было прислано посольство с целью переговоров о содержавшихся в Москве поляках, семьи Мнишек, Марины и заложников. 23 июля было заключено перемирие на три года и одиннадцать месяцев. Князь Мнишек, дочь его Марина и все другие задержанные отпускались в Польшу. Для сопровождения их был назначен отряд в 1 тыс. человек под начальством князя Долгорукова. Но покинув Москву, они были захвачены тушинцами и отправлены в Тушино.
Договор Москвы с Польшей не имел никакого значении для польских вождей, осаждавших Москву. Под властью Второго Лжедимитрия объединились против Шуйского все русские города и при нем образовалось придворное окружение. Патриархом был поставлен Филарет Романов, семья бояр Салтыковых, кн. Масальский, Иван Годунов и другие. Возглавителем придворного окружении был патриарх Филарет. В Тушино находилось 18 тыс. польской конницы, 2 тыс. пехоты, до 30 тыс. мятежных войск, собранных по всей московской земле и 15 тыс. донских казаков. Часть донских казаков была в отряде Сапеги, осаждавшего Троицкую лавру. Чтобы поднять престиж Второго Лжедимитрия, окружением его решено было использовать Марину Мнишек, бывшую жену Первого Лжедимитрия. Ее убедили, что ее муж жив и она в полной уверенности ехала в Тушино с ним на свидание. Но один из сопровождавших ее русских открыл ей глаза, она поняла возникшую вокруг нее интригу и, прибыв в Тушино, категорически отказалась играть позорную роль, но после долгих увещаний отца и Рожинского согласилась объявить себя его женой без супружеских обязанностей. Шведский король предложил Шуйскому помощь и для переговоров из Москвы в Швецию был послан князь Скопин-Шуйский. Со Швецией был заключен договор и Скопину был дан отряд в 5 тыс. человек под начальством Делягарди. Отряд был пополнен русскими и начал освобождать северо-западные земли от ляхов. Продвигаясь на северо-восток, отряд освободил все северные области. При появлении отрядов Скопина народ повсюду присоединялся к нему, и страна очищалась от польско-тушинских отрядов, разбросанных по всей стране, они загонялись в Тушино. По договору с Польшей, заключенному в Москве, Шуйский требовал, чтобы польский король, Сигизмунд, вывел из Тушино польские войска. Но польские вожди, Рожинский, Сапега и другие потребовали за уход из Тушино миллион злотых, иначе они отказывались подчиниться распоряжениям короля. Освободив северные области, Скопин стал призывать русский народ создавать ополчения для освобождения русской земли.