Царь и боярин затронули в переписке множество тем, но главной среди них была судьба империи. По аналогии со Святоримской империей Габсбургов Курбский именовал Россию «империей Святорусской».
И Иван Грозный, и Андрей Курбский отстаивали по существу один и тот же идеал Московского царства, последнего оплота православной веры. Бывшие друзья яростно спорили между собой, кто остался верен этому идеалу, а кто изменил ему, вступив в союз с Антихристом. Упреки Курбского заключали страшную угрозу трону. Присяга царю, вступившему в союз с Антихристом, утрачивала законную силу. Всяк пострадавший в борьбе с троном превращался в мученика, а пролитая им кровь становилась святой. Предсказания Курбского носили почти апокалиптический характер. Пример крушения Рима и Константинополя был перед глазами. Святорусское царство, по мнению князя, держалось на боярах. Избиение благочестивых и храбрых бояр — «сильных во Израиле» — грозило гибелью самому «новому Израилю».
Отвечая на упреки Курбского, Иван IV утверждал, что государству грозит погибель из-за измены и «самовольства» бояр. Ссылаясь на священное писание и историю древних царств, Иван IV доказывал, что без крепкой самодержавной власти Российское царство (империя) тотчас распадется от беспорядков и междоусобных браней. Власть богоизбранного царя неограниченна, и он волен подвластных «жаловати и казнити». В сочинениях Грозного титул самодержец получил новое содержание. Иван IV отстаивал принцип неограниченной монархии. Послание царя Курбскому звучало как подлинный манифест самодержавия. Доказывая свою правоту, Грозный много раз ссылался на послание апостола Павла римлянам, цитируя его слова: «ибо нет власти, что не от бога». Курбский искал опоры в послании Иоакима и Иоанна. Его схема взаимоотношений между человеком, властью и Богом позволяла ему надеяться выиграть тяжбу с царем на Божьем суде. Грозный следовал другой схеме: царь поставлен Богом и только ему подсуден, подданные не могут тягаться с ним даже на Божьем суде.
Курбский во всеуслышание объявил, что в окружении царя уже появился Антихрист, подучивший царя лить боярскую кровь. Им был А. Д. Басманов, сын которого (по словам Курбского) стал интимным фаворитом Ивана IV. Возвышение Басмановых, вдохновителей начавшихся репрессий, вызвало возмущение не у одного Курбского. В Москве знатный дворянин Д. Овчина в ссоре упрекал младшего Басманова за разврат с государем. Оскорбленный Иван IV приказал убить Овчину. В послании Курбскому царь выражал уверенность, что, кроме сообщников беглого боярина (по заговору), нет на Руси людей, которые не были бы послушны своему государю. Но он вскоре убедился в своей ошибке. После беззаконной расправы с Овчиной новый митрополит и руководители думы заявили протест и настойчиво просили царя прекратить казни. Ивана IV более всего поразило то, что в демарше участвовали лояльные ему бояре и глава церкви Афанасий, который много лет был духовником монарха.
Раздор царя со знатью разрастался со дня на день и в конце концов вылился в кровавую опричнину.
Введению опричнины предшествовали драматические события. С наступлением зимы 1564 г. царь Иван стал готовиться к отъезду из Москвы. Он посещал столичные церкви и монастыри и усердно молился в них. К величайшему неудовольствию церковных властей он велел собрать и свезти в Кремль самые почитаемые иконы и прочую «святость». В воскресенье, 3 декабря, Грозный присутствовал на богослужении в кремлевском Успенском соборе. После окончания службы он трогательно простился с митрополитом, членами Боярской думы, дьяками, дворянами и столичными гостями. На площади перед Кремлем уже стояли вереницы нагруженных повозок под охраной нескольких сот вооруженных дворян. Царская семья покинула столицу, увозя с собой всю московскую «святость» и всю государственную казну. Церковные сокровища и казна стали своего рода залогом в руках Грозного.
Царский выезд был необычен. Ближние люди, сопровождавшие Грозного, получили приказ забрать с собой семьи. Оставшиеся в Москве бояре и духовенство находились в полном неведении о замыслах царя и «в недоумении и во унынии быша, такому государьскому великому необычному подъему, и путного его шествия не ведамо куды бяша».
Царский «поезд» скитался в окрестностях Москвы в течение нескольких недель, пока не достиг укрепленной Александровской слободы. Отсюда в начале января царь известил митрополита и думу о том, что «от великие жалости сердца» он оставил свое государство и решил поселиться там, где «его, государя, Бог наставит». Как можно предположить, в дни «скитаний» царь составил черновик своего завещания, в котором весьма откровенно объяснял причины отъезда из Москвы. А что по множеству беззаконий моих Божий гнев на меня распростерся, писал Иван, «изгнан есмь от бояр, самовольства их ради, от своего достояния и скитаюся по странам, а може Бог когда не оставит». Царское завещание заключало в себе пространное «исповедание», полное горьких признаний. Иван каялся во всевозможных грехах и заканчивал свое покаяние поразительными словами: «Аще и жив, но Богу скаредными своими делы паче мертвеца смраднейший и гнуснейший… сего ради всеми ненавидим есмь…». Царь говорил о себе то, чего не смели произнести вслух его подданные.
В письме к Боярской думе Иван IV четко объяснил причины своего отречения. Он покинул трон из-за раздора со знатью, боярами. В то время как члены думы и епископы сошлись на митрополичьем дворе и выслушали известие о царской на них опале, дьяки собрали на площади большую толпу и объявили ей об отречении Грозного. В прокламации к горожанам царь просил, чтобы «они себе никоторого сумнения не держали, гневу на них и опалы никоторые нет». Объявляя об опале на власть имущих, царь как бы апеллировал к народу в своем споре с боярами. Он, не стесняясь, говорил о притеснениях и обидах, причиненных народу изменниками-боярами.
Среди членов Боярской думы были противники Грозного, пользовавшиеся большим влиянием. Но из-за общего негодования на «изменников» никто из них не осмелился поднять голос. Толпа на дворцовой площади прибывала час от часу, а ее поведение становилось все более угрожающим. Допущенные в митрополичьи покои представители купцов и горожан заявили, что останутся верны старой присяге, будут просить у царя защиты «от рук сильных» и готовы сами «потребить» всех государевых изменников.
Под давлением обстоятельств Боярская дума не только не приняла отречение Грозного, но и вынуждена была обратиться к нему с верноподданническим ходатайством. Представители митрополита и бояре, не теряя времени, выехали в слободу. Царь допустил к себе духовных лиц и в переговорах с ними заявил, что его решение окончательно. Но потом он «уступил» слезным молениям близкого приятеля чудовского архимандрита Левкия и новгородского архиепископа Пимена. Затем в слободу допущены были руководители думы. Слобода производила впечатление военного лагеря. Бояр привели во дворец под сильной охраной как явных врагов. Вожди думы просили царя сложить с них гнев и править государством, как ему «годно».
В ответ Иван IV под предлогом якобы раскрытого им заговора потребовал от бояр предоставления ему неограниченной власти, на что они ответили согласием. На подготовку указа об опричнине ушло более месяца. В середине февраля царь вернулся в Москву и объявил думе и священному собору текст указа об опричнине.
В речи к думе Иван сказал, что для «охранения» своей жизни намерен «учинить» на своем государстве «опришнину» с двором, армией и территорией. Далее он заявил о передаче Московского государства (земщины) под управление Боярской думы и о присвоении себе неограниченных полномочий — права без совета с думой «опаляться» на «непослушных» бояр, права казнить их и отбирать в казну «животы» и «статки» опальных. При этом царь особенно настаивал на необходимости покончить со злоупотреблениями властей и прочими несправедливостями. В этом «тезисе» заключался, как это ни парадоксально, один из главнейших аргументов в пользу опричнины.
Члены думы связали себя обещаниями в дни династического кризиса. Теперь им оставалось лишь верноподданнически поблагодарить царя за заботу о государстве.
Распри с боярами завершились тем, что Иван IV взял несколько городов и уездов в личное владение и сформировал там охранный корпус — опричное войско, образовал отдельное правительство и стал управлять страной без совета с высшим государственным органом — Боярской думой, в которой заседала аристократия. Провинции, не попавшие в опричнину, получили название «земли» — «земщины». Они остались под управлением «земских» правителей — бояр.
Вскоре после издания указа об опричнине власти вызвали в Москву всех дворян из Вяземского, Можайского, Суздальского и нескольких мелких уездов. Опричная дума во главе с Басмановым придирчиво допрашивала каждого о его происхождении, о родословной жены и дружеских связях. В опричнину отбирали худородных дворян, не знавшихся с боярами. Аристократия взирала на «новодельных» опричных господ с презрением. Их называли не иначе как «нищими и косолапыми мужиками» и «скверными человеками». Сам царь, находившийся во власти аристократических предрассудков, горько сетовал на то, что вынужден приближать мужиков и холопов. Впавшему впоследствии в немилость опричнику Василию Грязнову он писал: «…по грехом моим учинилось, и нам того как утаити, что отца нашего князья и бояре нам учали изменяти, и мы и вас, страдников, приближали, хотячи от вас службы и правды». При зачислении в государев удел каждый опричник клятвенно обещал разоблачать опасные замыслы, грозившие царю, и не молчать обо всем дурном, что узнает. Опричникам запрещалось общаться с земщиной. Они носили черную одежду, сшитую из грубых тканей, привязывали к поясу некое подобие метлы. Этот их отличительный знак символизировал стремление «вымести» из страны измену.
