Начался сезон дождей, и противники временно прекратили боевые действия. Но после прибытия подкрепления из Йемена Ахмед Грань, не дожидаясь окончания сезона дождей, 28 августа 1542 г. напал на христианский лагерь в Анасе. Не выдержав натиска янычар, эфиопы обратились в бегство. Португальцы, поддавшись панике, бросились за ними, бросив своих раненых и убитых, всего около 200 человек. Поражение было полным. Криштован да Гама был ранен, взят в плен и казнен янычарами.
А тем временем дон Эштеван да Гама пытался установить с братом связь. Весной 1542 г. он направил в Красное море небольшую эскадру под командованием Энрике де Васконселлуша. Но турки не дали ему высадить десант в Массауа и Суакине, и эскадра была вынуждена вернуться в Индию.
После разгрома эфиопо-португальских войск Ахмед Грань отпустил основную часть янычар и йеменских всадников, оставив себе лишь 200 турок. Примерно столько же человек оставалось и у Клавдия после битвы при Анасе. Война в Эфиопии продолжалась. 22 февраля 1543 г. в битве у озера Тана Клавдий разбил афро-сомалийские войска. Ахмед Грань и 40 янычар погибли в этом бою. После этой победы Клавдий начал быстро возвращать себе одну провинцию за другой.
А португальцы тем временем решили начать переговоры с Портой. Они требовали признания своей гегемонии в Индийском океане. Видимо, по совету испанцев, искавших перемирия на Западном Средиземноморье, в 1544 г. португальцы отправили посольство в Константинополь.
Послы предлагали султану заключить мир на 10 лет, обязуясь при этом доставлять в Порту (в Басру) 127 тыс. кг перца, а турки в обмен должны были поставлять 20 тыс. четвертей пшеницы (около 2,5 тыс. центнеров). Еще португальцы требовали, чтобы Порта не перепродавала получаемый перец и не закупала его в других местах. Свободная торговля пряностями запрещалась. Поэтому португальцы настаивали на праве контролировать Баб-эль-Мандебский пролив с правом досматривать все суда. От Порты требовалось разоружить свой красноморский флот и заморозить численность своих войск в Адене, признать за португальцами полную свободу мореплавания у берегов Аравии, в частности в Адене, Забиде и Джидде. Торговые же турецкие суда должны были получать у португальцев лицензии с выплатой за них пошлин, иначе португальцы оставляли за собой право досматривать эти суда и конфисковывать грузы. Турецкому султану запрещалось строить новые военные корабли и производить вооружения, которые могли бы создать опасность для португальского судоходства в Индийском океане. Еще Порта в случае необходимости должна была поставить Португалии 10 тыс. четвертей пшеницы по рыночным ценам.
Подобные условия мира были, естественно, неприемлемы для Константинополя, и Сулейман Великолепный их отклонил. Война в регионе продолжалась. К середине XVI века португальцы укрепили свои позиции в Эфиопии, постепенно туда стали приезжать миссионеры и переселенцы из Европы. Началось строительство католических церквей. Негус Клавдий разрешил местным крестьянам переходить в католичество. При нем католическое духовенство заняло ведущее место в общественно-политической жизни страны, сделав ее надежной опорой португальской политики на Востоке.
Марш янычар, вдохновлявший воинов перед битвойИзменения, происходившие в Эфиопии, сильно изменили обстановку в регионе. Положение мусульман постоянно ухудшалось из-за частых поражений османского флота, который был не в состоянии поколебать морского могущества Португалии.
В таких условиях Сулейман II решил занять Судан. Это лишило бы возможности португальцам утвердиться за пределами береговой линии и гарантировало бы африканских мусульман от вторжения со стороны Эфиопии. Предложил этот план бывший йеменский наместник султана Оздемир-паша, хорошо знакомый с ситуацией в Африке. В 1555 г. Сулейман II одобрил этот план и назначил Оздемир-пашу бейлербеем вновь создаваемого эйалета Хабеш (Абиссиния).
Оздемир-паша сформировал в Египте 30-тысячную армию, в которую, помимо мамлюков, входили боснийские войска и другие контингенты на Румелии и азиатских провинций Порты. В 1556 г. армия двинулась в поход вверх по Нилу. Оздемир-паша захватил Асуан, Ибрим, Сай и установил контроль над всей территорией Нижней Нубии. С частью войск он отправился дальше — на Суакин. Но вскоре, из-за трудности преодоления Нубийской пустыни, Оздемир-паша изменил первоначальный план и вернулся в Египет, откуда на следующий год морем достиг Суакина. Оттуда Оздемир-паша двинулся на юг и при поддержке флота занял Массауа и Зейлу, таким образом оккупировав все Красноморское побережье Африки. К 1557 г. власть османского султана распространилась на всей северо-восточной части Африки.
Столицей нового эйалета стал город-порт Массауа, превращенный в мощный плацдарм для дальнейших боевых действий. Положение христиан в этом регионе резко ухудшилось. Установив свою власть на берегах Баб-эль-Мандебского пролива, мусульмане практически закрыли его для португальцев. В 1556 г. португальцы в последний раз пытались напасть на Суакин и Суэц.
В Эфиопии при поддержке турок мусульмане вновь пошли в наступление. Беджа-арабские ополчения хадарибских эмиров возобновили налеты на Тигре и другие северные районы Эфиопии. В Адале Оздемир-паша наладил контакт с племянником Ахмеда Граня Hyp ад-Дином ибн Муджахидом, а позже и с его преемником, возглавлявшим борьбу против эфиопских христиан. В 1558—1559 гг. турки при поддержке Hyp ад-Дина ибн Муджахида совершили несколько походов вглубь страны и установили свой контроль над всей территорией между Массауа и Дыбароа, то есть над всей Северной Эфиопией.
23 марта 1559 г. войска Hyp ад-Дина ибн Муджахида разбили армию Клавдия, который погиб в этом бою. Голову негуса выставили на столбе у городских ворот Харэра.
Эта тридцатилетняя война истощила силы обеих сторон. Эфиопия была разорена, особенно мусульманские районы, а в середине XVI века в страну вторглись кочевые орды галла. В таких условиях продолжать войну было невозможно, и в 1559 г. обе стороны согласились заключить мир. За 30 лет войны соотношение сил в стране практически не изменилось. Харэрский султанат продолжал владеть восточной частью Эфиопского нагорья, а Эфиопская империя занимала западную его часть. Такое положение сохранялось вплоть до 1887 г.
Зато Эретрея и Судан окончательно перешли под власть мусульман, и о прежнем владычестве здесь христиан напоминали лишь заброшенные кладбища.
Говоря о противостоянии османов и португальцев в Индийском океане, нельзя не упомянуть о военно-политическом союзе османов и султаната Аче. В 1520 г. султан Али-Мугхайат-шах провозгласил независимость небольшого государства на севере острова Суматра (современная Индонезия). В 1526 г. Али Мугхайат-шах начал борьбу против португальцев. В правление его сына Ала ад-дина ал-Каххара султанат Аче стал серьезным соперником Малакки. В 1537 г. и 1547 г. его флот осаждал этот город. В 1564 г. Аче разгромил Малаккский султанат Джохор. Сын ал-Каххара, Хусайн Али, также дважды — в 1568 г. и а 1575 г. — пытался овладеть Малаккой. Во время последней кампании ему удалось захватить на полуострове Малакка малайский султанат Перак.
В 1539 г. между султаном Аче Ала ад-дином ал-Каххаром и подданным османов бейлербеем Египта от имени падишаха Сулеймана Великолепного был подписан договор о сотрудничестве, соглашение о так называемой «новой лиге».
С 1539 г. известно о прибытии в Аче османских специалистов — артиллеристов и военных инженеров, — чтобы помочь обороняться от нападений португальцев.
Для обслуживания османских купцов в Аче была выдела специальная таможня в Пареме, а племянник османского бейлербея Египта стал адмиралом военного флота Аче и отправился с военной экспедицией в Теватери (Сиам). В Аче проживали несколько тысяч выходцев из Османской империи — турки, арабы, абиссинцы. Они жили в своих отдельных кварталах со своими мечетями, школами и базарами. Их потомки, смешанные с местным населением, так называемые «хаджи турки», и сейчас проживают в Суматре.
Несмотря на ряд побед португальцев над турками на море, захват османами азиатского и африканского побережья Красного моря нанес тяжелый удар претензиям португальцев на монополию торговли экзотическими товарами в Индийском океане. «Древний путь пряностей» был возрожден турками в 1550—1570 гг. Вся Западная Европа, за исключением Испании, Португалии и западных провинций Франции снова стала снабжаться пряностями из стран Арабского Востока, теперь уже ставших частью Османской империи. Французский историк Ф. Бродель писал: «Через Красное море поступало столько перца и пряностей, сколько их ранее никогда не поступало». Так, в 1554— 1564 гг. турки через свои красноморские порты ввозили в Европу по 20-40 тысяч центнеров пряностей в год. В 1554 г. только Венеция закупила в Александрии 6 тысяч центнеров, а в 1560—1564 гг. закупала уже по 12 тысяч центнеров в год. И лишь в 70-х годах XVI века португальцы смогли несколько улучшить свое положение.