Жестоким преследованиям подвергались и молокане. Основателем секты молокан был крестьянин села Уварово Борисоглебского уезда Тамбовской губернии Семён Уклеин. Молокане отрицательно относились к крепостничеству, но не к царской власти. Они считали, что все зло идёт от чиновников и духовенства. Они признавали свободу человеческой природы и равенство всех, независимо от состояния, выступали против церковных обрядов и духовенства. Молоканство получило широкое распространение особенно в среде государственных и помещичьих крестьян, а также среди городских элементов. В 30-х годах XIX в., по официальным данным, их насчитывалось около 200 тысяч. Карательными действиями против молокан отличался тамбовский епископ Арсений. Он заточал упорствующих сектантов в монастыри, закрывал их школы, разрушал семьи, содействовал массовому выселению в Закавказье. Молоканам не разрешалось иметь в услужении православных, равно как самим служить у православных, им не давали паспортов для поездок по торговым и иным делам. Этими мерами правительство и церковь пытались ограничить распространение сектантства. С другой стороны, в XIX в. вожаками сектантства становились буржуазные элементы, влияние секты на крестьянские массы уменьшилось, сами сектанты становились более лояльными по отношению к самодержавию.
В некоторых сектах отразилось недовольство крестьян грабительской крестьянской реформой 1861 г. Эти секты возникли вскоре после того, как правительство подавило активный протест крестьян против их ограбления, выразившийся в массовых крестьянских восстаниях. Так, в 1866 г. среди крестьян Пермской губернии широкую известность получила секта, основанная крестьянином Адрианом Пушкиным. Он призывал крестьян не платить выкупные платежи за землю, что, естественно, нашло горячую поддержку. Секта была разгромлена, многие крестьяне подверглись суровым наказаниям, а ее основатель был сослан в Соловецкий монастырь, где пробыл с 1866 по 1882 г.
В 1868 г. среди крестьян ряда деревень Сарапульского уезда была популярной секта иконоборцев. Наряду с. отказом поклоняться иконам и исполнять церковные обряды сторонники этой секты отказались платить выкупные платежи и другие повинности. Как доносил вятский епископ, они «неблагоговейно и злочестиво выражались о царе». При содействии епископа секта была разгромлена, в острог попало свыше двухсот ее сторонников34. Духовенство разогнало также братство людей божиих, возникшее в 1868г. Последователи этой секты требовали земельного передела и справедливого раздела земли.
Подрыв православной веры, русской народности и самодержавия церковь и правительство усматривали и в секте штундистов. Штундисты не признавали царя за помазанника божия, а власть считали злом, уклонялись от военной службы, агитировали за имущественное равенство. Представители церкви обвиняли последователей секты в том, что они воспитывают народ в духе неповиновения властям, подрывают веру в божественное происхождение царской власти, сеют недовольство церковью и духовенством. Штундистов ссылали на каторгу, в ссылку, отбирали у них детей и помещали в монастыри для воспитания в «православном духе»35.
В качестве примера расправы с этой сектой приведём такой эпизод, о котором сообщалось на орловском миссионерском съезде в 1901 г. В 80-х годах XIX в. по настоянию местного священника штундистов заперли в церкви, принесли стол, покрыли скатертью, поставили икону и стали подводить к ней. Тех, кто отказывался приложиться, пороли тут же, в церкви36. Одобряя эти меры, духовные власти считали, что карательные действия помогают казённой церкви укреплять ее господство над народом. Многим сектантам запрещалось отлучаться с места жительства, приобретать и арендовать земельные участии, их лишали права выбора в сельские общества. Сектантов выселяли в административном порядке, ссылали в Сибирь и Закавказье, а наиболее опасных заключали в монастырские тюрьмы.
На третьем миссионерском съезде, состоявшемся в Москве в 1897 г., духовенство потребовало учинить над сектантами вторую Варфоломеевскую ночь и применить к ним «сильные средства» — отбирать детей, конфисковывать имущество, лишать гражданских прав закрывать школы, где учатся их дети. Миссионеры настаивали, чтобы на фабриках и заводах производилась регистрация отношения рабочих к религии.
С такой же непримиримостью выступали священники - миссионеры на епархиальных съездах. Присутствовавший на орловском миссионерском съезде в 1901 г. редактор журнала «Миссионерское обозрение» В. М. Скворцов подчёркивал, что вопросы веры и церкви тесно связаны с интересами государственной власти. Он называл сектантов «паразитами» и доказывал, что среди сектантов якобы развиваются антигосударственные идеи, что они подрывают основы религии. Для ограждения «свободы» официальной церкви Скворцов настаивал на физической расправе с сектантами37. Участник съезда киевский миссионер С. М. Потехин восхвалял полицейские методы борьбы с сектантством. «Мы благословляем государственную власть в России, — говорил он, — которая, начиная с помазанника божия и кончая слугами его, всеми этими губернаторами, судьями, исправниками, становыми и урядниками… идёт на помощь церкви, препятствует свободе отпадения и совращения»38. Так же и воронежский миссионер Рождественский говорил о необходимости беспощадно использовать для борьбы с сектантством во имя «свободы» православия государственный меч.
Духовные власти и церковная печать жаловались вместе с тем на всеобщее падение религиозности народа, его «благочестия», говорили, что прежнее чувство почтительности к духовенству сменилось прямой враждой и озлоблением к нему. Многим священникам объявляли бойкот, требовали прекращения контрреволюционной пропаганды, их часто удаляли силой как дармоедов и прислужников помещиков и капиталистов. Само правительство устами председателя совета министров С. Витте должно было признать, что духовенство из духовных пастырей превратилось в агентов полицейского надзора и потеряло всякое доверие народа. «Глохнет, замирает церковная жизнь в деревне, с горечью признавал холмский епископ Евлогий, — заменяется фабрично - заводским легкомыслием и равнодушием к церкви».
Хотя крестьянство в 1905г. не было однородным и в его среде имелись глубокие классовые противоречия, недовольство помещичьим и церковным землевладением было единодушным. Крестьяне теряли веру в царя, в начальство, в старые порядки, якобы заведённые богом, в духовенство и религию. С первых шагов революционной борьбы крестьян против помещиков и правительства возникли также массовые выступления против церкви и духовенства. Крестьяне под влиянием большевистской агитации требовали конфискации наряду с помещичьими церковных и монастырских земель, захватывали их революционным путём, настаивали на отделении церкви от государства и школы от церкви, на отстранении духовенства от обучения и воспитания детей. На развитие антицерковных и атеистических идей большое влияние оказывала большевистская литература, получившая среди рабочих и крестьян широкое распространение. Особенное внимание обращалось на воспитание молодого поколения. Большевистская печать разъясняла, что молодым рабочим взамен религиозного воспитания необходимо знание общественной жизни и классовой борьбы39.
Отход масс от религии и церкви, бурно протекавший в годы первой русской революции, хотя и замедлился, но не прекратился и в годы массового террора. А в годы нового революционного подъёма он принял ещё большие размеры. Интересен с этой точки зрения отчёт обер-прокурора Синода за 1911-1912 гг. «Как черная туча надвигается на родную церковь… неверие, — писал он. — Наряду с неверием под вековые устои церкви подкапывается социализм, отрицающий бога и церковь и вместо благ небесных сулящий блага земные. Везде, где успела сложиться крупная промышленность, социализм пленяет себе в послушание множество трудящихся. Не ограничиваясь классом фабричных рабочих, социалисты стремятся оторвать от церкви и крестьянство»40.
Приведя далее отзывы епархиальных архиереев о распространении в ряде губерний «тлетворного духа отрицания», обер - прокурор говорит о том, что православие «находится в положении враждебных и дерзких нападений». Особенно пугало церковное начальство падение религиозности среди молодёжи, которая индифферентно относилась к вопросам религии, проявляла неуважение и кощунство к духовенству и религиозным обрядам и «открыто идёт в самый бесшабашный атеизм».
Одним из средств борьбы против развивающегося атеизма духовные власти считали усиление борьбы с социализмом. С этой целью в рабочих районах открывались специальные общества и миссии, где пропагандировались христианские взгляды на свободу и равенство, причём в угоду времени к интересам религии приспосабливалось даже учение об эволюции.
