Рейх отреагировал незамедлительно. Летом 1940 года по заданию немецко-фашистской разведки в Литву нелегально прибыл бывший посол буржуазной Литвы в Германии полковник Казимир Шкирпа. Этот визит положил начало деятельности организованного контрреволюционного подполья.
Общая граница, хорошо налаженные связи дали возможность Германии основательно внедриться в экономику Литвы. К моменту прихода частей Красной Армии в Литве имелось около 300 немецких предприятий, в том числе 49 мастерских и фабрик, лесопильные и кирпичные заводы, электростанции, автомобильные базы, 88 торговых точек и т. п. Когда в Литву вошли войска Красной Армии, часть немецких предприятий стала использоваться спецслужбами фашистской Германии как базы для конспиративной разведывательной работы.
Учитывая, что далеко не все местные жители были в восторге от вхождения Литвы в состав СССР, националисты имели неплохую базу для пополнения своих рядов. В ноябре 1940 году под руководством и при активном участии германских спецслужб была создана подпольная организация «Фронт литовских активистов», которая объединяла таутининков, христианских демократов, шаулисов. Во главе Фронта стал полковник Шкирпа.
Из инструкций Фронта.
Указания по разоружению Литвы:
«…разоружать по всей стране красную милицию, сотрудников ГПУ, арестовывать их и ликвидировать:
— арестовать всех комиссаров, политруков и прочих, на кого опирается советский режим;
— уничтожить центр и отделы компартии, арестовать всех активных членов этой партии и ее подразделений;
— заставить евреев бежать из Литвы;
— занять важнейшие учреждения в центре и в провинции — предприятия, ж. д. станции, центральный почто-телеграф, крупные склады;
— устраивать всевозможные препятствия для отступающей Красной Армии, нападать из-за угла и разоружать эти части».
21 мая 1941 года в документах Восточно-прусского управления германской военной разведки (Абвер-2) отмечалось: «Восстания в странах Прибалтики подготовлены, и на них можно надежно положиться. Подпольное повстанческое движение в своем развитии прогрессирует настолько, что доставляет известные трудности удержать его участников от преждевременных акций. Им направлено распоряжение начать действия только тогда, когда немецкие войска, продвигаясь вперед, приблизятся к соответствующей местности с тем, чтобы русские войска не могли участников восстания обезвредить».
Из документов органов госбезопасности об антисоветском подполье в Литовской ССР:
«…C первых дней установления советской власти в Литве все националистические организации ушли в глубокое подполье, откуда продолжали активно вести антисоветскую работу. За время с июля 1940 года по май 1941 года НКГБ Литовской ССР вскрыто 75 нелегальных организаций и групп.
«Пенктойи колона» (Пятая колонна) — фашистская организация литовских националистов, созданная в конце 1940 года немецкой разведкой. Руководители — немец Патас (репатриировался в марте 1941 года в Германию) и отставной капитан бывшей литовской армии Жадвидас Освальдас (скрылся). Состав — бывшие шаулисы, отставные офицеры литовской армии, полицейские, кулаки. «Цель — подготовка вооруженного восстания в момент начала войны Германии с СССР, совершение диверсионных актов на наиболее важных в стратегическом отношении объектах и захват их в руки организации. При аресте изъяты боевые винтовки, гранаты, взрывчатые вещества, патроны, листовки».
Сохранился перевод одной из этих листовок.
«Литовское информационное бюро в Берлине.
19.03. 1941 года.
Борись!.. Час освобождения Литвы уже близок. Когда начнется поход с Запада, Вы в этот же момент будете информированы… В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия (предатели будут только тогда помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)… Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тылу будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им… Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых Вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь… Уже сейчас «информируйте» евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало».
Но пока «убираться из Литвы» пришлось не евреям, а той части населения, которая не имела местных корней. В соответствии с советско-германским соглашением от 10 января 1941 года из Литовской ССР по каналу репатриации в период с 3 февраля по 25 марта было передано в Германию 50 260 человек немцев, литовцев, поляков, латышей и эстонцев. Это несколько стабилизировало ситуацию, но не решило проблему националистического подполья коренным образом.
Из докладной записки Народного комиссара государственной безопасности ЛССР от 12 мая 1941 года:
«За последние месяцы в республике значительно растет активная враждебная деятельность. Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов.
За февраль — март — апрель 1941 года органами НКГБ в Литве арестовано 262 человека.
Следственным путем установлено, что повстанческие ячейки в уездах республики создаются немцами через так называемый «Литовский комитет», откуда непосредственно исходит руководство, директивы, материальная помощь и снабжение оружием. В распространяемых листовках намечаются даты восстания, приуроченные к военным действиям между Германией и СССР».
В условиях надвигавшейся военной угрозы ЦК ВКП(б) и СНК СССР приняли постановление об очистке республик Прибалтики от неблагонадежных элементов. В ночь с 13 на 14 июня 1941 года силами органов государственной безопасности были произведены аресты и высылка участников контрреволюционного движения и членов их семей. Депортация 14 июня 1941 года имела выраженные черты деформаций, присущих периоду культа личности И. Сталина. Она проводилась на основании оперативных материалов органов госбезопасности без законного судебного производства.
Из материалов докладной записки НКГБ СССР № 2288/М в ЦК ВКП(б), СНК СССР и НКВД СССР об итогах операции по изъятию антисоветского, уголовного и социально опасного элемента в Литве, Латвии и Эстонии от 17 июня 1941 года:
«Подведены окончательные итоги операции по аресту и выселению антисоветского, уголовного и социально опасного элемента из Литовской, Латвийской и Эстонской ССР.
По Литве: арестовано 5664 человека, выселено 10 187 человек, всего репрессирован 15 851 человек».
Среди высланных — не только лидеры националистических формирований, представители госаппарата, промышленники, офицеры литовской армии, полицейские, жандармы, тюремщики, в отношении которых имелись компрометирующие материалы, но и уголовники, проститутки.
Странная получилась ситуация. За неделю до войны в глубокий тыл отправили, как сегодня говорят либеральные политики, «цвет литовского народа», а заодно и уголовников. Но ведь тем самым абсолютному большинству из них сохранили жизнь. А те, кто остался на родине, на себе испытали прелести уже не красного, а фашистского террора. Тем не менее эти чрезвычайные меры позволили пресечь деятельность таких крупных профашистских организаций, как Шаулиский батальон смерти, Фронт активистов Литвы, Гвардия обороны Литвы, Культурфербанд и других. Однако некоторая часть глубоко законспирированных и умело маскировавших свою враждебную деятельность групп продолжала оставаться базой для германских разведывательно-диверсионных центров.
Вместе с созданием разветвленной сети подрывных структур на территории Литвы, в самой Германии по указанию Гитлера уже разрабатывалась программа колонизации и «онемечивания» восточного пространства.
Непосредственной подготовкой Генерального плана «Ост» занималось Главное управление имперской безопасности (РСХА), подчиненное непосредственно Генриху Гиммлеру. В осуществлении плана активная роль принадлежала созданному в июле 1941 года имперскому министерству по делам оккупированных восточных территорий («восточное министерство»), которое возглавлял Розенберг.
Из письма рейхсляйтера А. Розенберга рейхскомиссару X. Лозе:
Берлин В-35 11 июля 1941 года.
Секретно
«…Вам направляются первые инструкции для рейхскомиссариата Остланд… Цель — формирование рейхспротектората, а затем превращение этой территории в часть великогерманского рейха путем привлечения к сотрудничеству полноценных с расовой точки зрения элементов и мер по переселению».