Третье гетманство Юрася Хмельницкого проходило под надзором султана. Его участие в военных битвах на стороне турок против объединенного казацкого и русского войск не было победным. Но разорение края турками и татарами было просто ужасающим. Злобность характера младшего Хмельницкого, его варварское отношение к единоплеменникам вызывало отвращение даже у турок. Кончилось это в 1681 году, когда он был отозван самим султаном и, по сведениям некоторых историков, был убит. После гибели Хмельницкого султан присоединил Правобережную Украину к владениям молдавского господаря Дуки. Господарь проводил активную колонизаторскую деятельность, создавая условия для массового перехода жителей с левобережной Украины и вызывая резкие возражения как у поляков, так и у гетмана Самойловича. С 1684 года власть на Правобережье переходит к казацкому полковнику Сулиме, действовавшему от имени султана, а затем к гетману Самченко. Однако, «турецкие гетманы» не могли рассчитывать на народное доверие, да и сам султан разочаровался такой формой управления. Эксперименты с правобережными гетманами закончились тем, что султан передал право управления правобережной Украиной крымскому хану.
Гетман Самойлович.
После того, как Дорошенко сложил свои полномочия и принял присягу на верность царю Федору Алексеевичу (Алексей Михайлович умер в феврале 1676 года) гетман Самойлович объявил себя гетманом обеих сторон Днепра. Во время натиска турок и Юрася Хмельницкого Самойлович силой заставлял переселяться жителей Правобережья на левобережные земли, усугубляя трагедию Правобережья. Но вековая украинская мечта – объединить все украинские земли пусть даже под протекторатом сильной державы – владела и им. Однако, и на этот раз этим мечтам не суждено было сбыться. В 1681 году во время царствования Федора Иоановича Россия заключила с Турцией Бахчисарайский мир, по которому правобережная Украина переходила под власть султана, а военные действия прекращались на двадцать лет. В 1683 году Турция предприняла военный поход против Польши. Однако объединенное войско, в которое входили помимо поляков, немцы и украинцы, проживающие на территории Польши, нанесла сокрушительное поражение туркам, после чего правобережные земли вновь отошли Речи Посполитой. Логическим продолжением польского успеха явилось заключение с Польшей «Вечного мира», подтвердившего условия Андрусовского перемирия. Это случилось при правлении царевны Софьи, дочери Алексея Михайловича, опекунше малолетних царей Петра и Ивана. Одновременно с этим Россия нарушила условия Бахчисарайского мира и предприняла поход против султана. Однако крайне плохая организация этого похода, которая была поручена фавориту Софьи князю Голицыну, и тяжелые погодные условия привели к полному провалу этой акции. Огромное стотысячное войско и 50 тысяч казаков были вынуждены бесславно повернуть обратно, неся большие потери и даже не вступив в бои с противником. Воспользовавшись моментом, часть украинских полковников обвинило в неудаче гетмана Самойловича, что было на руку Софье и Голицыну, нуждавшихся в «козле отпущения». Гетман был вызван в Москву, допрошен и в 1687 году сослан в Сибирь.
Переход киевской митрополии под юрисдикцию Москвы.
Распад киевской митрополии начался с приходом гетмана Ивана Самойловича. В тот период после ранней смерти царя Федора Россией правили при общем изумлении всей Европы братья-цари Петр и Иван, а также их регентша – сестра царевна Софья. Осенью 1683 года с разрешения этого триумвирата монахами лавры печерским архимандритом был избран Варлаам Ясинский. Но он не согласился принять посвящение от московского патриарха и был рукоположен черниговским епископом. Однако после того, как на должность архимандрита Киевско-Печерской лавры стал претендовать львовский униатский епископ Иосиф Шумлянский, Варлаам Ясинский направил свою делегацию в Москву за благословенной грамотой, которая и была незамедлительно получена. Проблема переподчинения всей киевской митрополии московской патриархии стала важнейшей целью Москвы. Следует сказать, что гетман Иван Самойлович вместе с Московским патриархом Иоакимом сыграли решающую роль в процессе переподчинения Киевской митрополии. Иоаким, между прочим, до патриаршества был монахом киевского Межгорского монастыря и прекрасно знал церковную жизнь Украины. Однако, этот исторический шаг невозможно было решить без Константинопольского патриарха Иакова.
В том же 1684 году царь константинопольскому патриарху была направлена царская грамота, в которой содержалась просьба передать право посвящения в киевского митрополита Московской патриархии. Просьба была подкреплена дорогими подарками. Не дождавшись ответа Иоакима, который просил времени для согласования ответа с другими восточными патриархами и с великим визирем (!), царское правительство рекомендовало гетману Самойловичу провести выборы митрополита и рукоположить его в Москве. Наилучшим кандидатом в митрополиты с точки зрения гетмана был луцкий епископ Гедеон, князь Святополк-Четверинский, который был известен как непримиримый борец за православие, сторонник единения с Россией и, кроме того, его сын был женат на дочери Самойловича.
В июле 1685 года Гедеон был избран Киевским митрополитом, и он согласился принять посвящение от Московского патриарха. Это вызвало неприятие довольно значительной части украинских православных иерархов, поскольку они расценили поступок Гедеона как клятвопреступление. Ведь раньше он находился под церковной юрисдикцией Константинопольского патриарха, то есть фактически присягал ему. В октябре 1685 года митрополит Гедеон прибыл в Москву, где в ноябре и был посвящен. Справедливости ради следует сказать, что гетман Самойлович на этом этапе ратовал за сохранение за Киевской митрополией древних прав и привилегий, в частности, право свободного избрания митрополита мирянами и духовенством. При посвящении Гедеону были вручены две грамоты: царская и патриаршья. Однако, они различались между собой. Так, в царской грамоте подтверждались старинные права Киевской митрополии, а в патриаршьей об этом ничего не говорилось. Одновременно с этим сменилась титулатура Киевского митрополита: он стал именоваться «митрополитом Киевским, Галицким и Малыя Руси», вместо «всея Руси», как это было раньше.
Но проблема одобрения восточными патриархами оставалась, вследствие чего в Константинополь были направлены послы с тремя грамотами: от царей (Петра, Ивана и Софьи), Московского патриарха и Украинского гетмана. Дальше события разворачивались как в приключенческом сюжете. По дороге в Константинополь послы встретились с Иерусалимским патриархом Досифеем, который расценил переход Киевской митрополии в Московскую патриархию как неканонический акт, как раскол восточной церкви. Пока послы добирались до Константинополя, кафедру константинопольского патриарха занял Дионисий, но и он был в отлучке. Тогда послы предприняли попытку уговорить турецкого великого визиря, чтобы он убедил патриарха дать киевскому митрополиту отпускную грамоту. Да, политика всегда была не очень чистым делом. Для овладения Киевской митрополией не стало преградой даже обращение за помощью к иноверцу. Но у Турции были в то время свои резоны; она не желала военного союза России с Польшей и Австрией и поэтому довольно легко согласилась оказать давление на Дионисия. Для Константинопольского патриарха того времени мнение визиря было весомей, чем догматические рассуждения о каноничности перехода. И Дионисий был вынужден вручить послам соответствующие патриаршьи грамоты, обязав лишь во время богослужения первым упоминать Константинопольского патриарха, а потом Московского. Интересны и подробности этого акта: патриарх получил подарок – 200 золотых и 120 соболей.
Подчинение Киевской митрополии Московскому патриархату и согласие на это Константинополя далеко неоднозначно было воспринято рядовым духовенством. Но все складывалось в пользу московских политиков. Даже Речь Посполитая после заключения в 1686 году российско-польского «Вечного мира» признала подчинение православных епархий, расположенных в ее пределах, Киевской митрополии, подчиненной уже Москве.
С 1686 года центром православных церквей становится Москва, вследствие чего в Украине усилились центростремительные тенденции. Украинские православные епархии ( а их было шесть) начали постепенно, одна за другой переходить под сильную руку Московского патриарха. В 1688 году Черниговский епископ обратился с просьбой подчинить его епархию Московскому патриарху. Затем от Киевской митрополии стали отпадать правобережные епархии, часть из которых перешла в унию. Процесс распада закончился тем, что к началу XVIII века в Киевской митрополии осталась только одна епархия – Киевская же. Но и там было не все мирно. В 1687 году под церковную юрисдикцию Московского патриарха перешел Межгорский монастырь, а годом позже – Киевско-Печерская лавра.