Опасения насчет будущего, могшего быть очень близким, должно было сдерживать и людей, которым не нравилось направление, господствовавшее в компании царевича; царь и Меншиков не знали об этом направлении; Петр не предполагал ни в ком из окружавших сына его враждебного для себя влияния; он боялся одного: связей с Суздалем, влияния матери, и в эту сторону обращены были все подозрения, все предосторожности. В 1708 году царевна Наталья Алексеевна дала знать брату, что царевич тайно виделся с матерью. Отец вызвал его в Жолкву и оттуда отправил в Смоленск для приготовления провианта и сбора рекрут; у царевича и при отце были приятели, как видно из письма его к духовнику: «Получил я письмо от батюшки из Тикотина, изволил писать, чтоб мне ехать к нему в Минск, и оттуда пишут ко мне друзья мои, чтоб ехать без всякого опасения». Гнев действительно прошел, и царевич осенью приехал в Москву с новым значением, значением правителя. Между прочим, молодой правитель должен был наблюдать за укреплениями Москвы на случай прихода шведов; но как он относился к этому отцовскому распоряжению, как считал его бесполезным, видно из письма его к духовнику, писанному еще до приезда в Москву: «Король шведский намерен идти к Москве, и от батюшки послан к вам Иван Мусин, чтоб город крепить для неприятеля, и будет, войска наши при батюшке сущия, его не удержат, вам нечем его удержать; сие изволь про себя держать и иным не объявлять до времени и изволь смотреть места, куда б выехать, когда сие будет». Царевич — правитель; но известно, как царь был требователен к людям, занимавшим правительственные должности, особенно в такой страшный год, как 1708, в конце года грозное письмо от отца к сыну: «Оставив дело, ходишь за бездельем». Царевич в испуге обратился к заступничеству двух женщин, близких к Петру: «Катерина Алексеевна и Анисья Кирилловна, здравствуйте! Прошу вас, пожалуйте, осведомясь, отпишите, за что на меня есть государя батюшки гнев: понеже изволит писать, что я, оставя дело, хожу за бездельем, отчего ныне я в великом сумнении и печали». Екатерина Алексеевна любила или считала для себя нужным заступаться у «хозяина» за всех, кто к ней обращался. Вслед за приведенным письмом два новых письма к ней от царевича: «За вашу ко мне явленную любовь всеусердно благодарствую и впредь прошу, пожалуй, не остави меня в каких прилучившихся случаях, в чем надеюсь на вашу милость». Другое: «Зело благодарствую за милость вашу к себе, что получил чрез ваше ходатайство милостивое писание государя батюшки».
Царевич — правитель; но царь видит, что он еще недостаточно приготовлен, и знает по собственному опыту, что учиться никогда не поздно. Никифор Вяземский доносил царю 14 января 1708 года: «Сын твой начал учиться немецкого языка чтением истории, писать и атласа росказанием, в котором владении знаменитые есть города и реки, и больше твердил в склонениях, которого рода и падежа. И учитель говорит: недели две будет твердить одного немецкого языка, чтоб склонениям в твердость было, и потом будет учить французского языка и арифметики. В канцелярию в положенные три дни в неделю ездит и по пунктам городовое и прочие дела управляет; а учение бывает по все дни». Таким образом, на царевича наложена была двойная обязанность, не в уровень его нравственным и физическим силам: осьмнадцатилетний молодой человек вместе с правительственною деятельностию должен был твердить склонения, усиленно заниматься математикою, фортификациею, к чему, как видно, он не имел склонности по природе. Когда отец спрашивал у него, какую книгу прислать ему для перевода, то он отвечал: «Учиться фортификации по указу твоему зачал, также и лечиться. А что изволил писать о книжке, какую мне для переводу прислать, и я прошу о истории какой, а иной не чаю себе перевести».
Это было писано в мае 1709 года. Царевич учился фортификации и вместе лечился. Лечение было необходимо, потому что в январе 1709 года царевич, отводя новонабранные полки к отцу в Сумы, простудился и выдержал злую лихорадку. Вероятно, слабость царевича после болезни и лечения была причиною, что Алексей оставался в Москве во время Полтавской битвы. Но в конце лета царевич должен был выехать из Москвы, и надолго: отец отправлял его за границу с двойною целию: окончить хорошенько учение и жениться на какой-нибудь иностранной принцессе. Наказ от отца сыну заключался в следующем письме: «Зоон! объявляем вам, что по прибытии к вам господина князя Меншикова ехать в Дрезден, который вас туда отправит и кому с вами ехать прикажет. Между тем приказываем вам, чтобы вы, будучи там, честно жили и прилежали больше учению, а именно языкам, которые уже учишь — немецкий и французский, так геометрии и фортификации, также отчасти и политических дел. А когда геометрию и фортификацию окончишь, отпиши к нам. За сим управи бог путь ваш». Князь Меншиков приказал ехать с царевичем князю Юрью Юрьевичу Трубецкому и графу Александру Гавриловичу Головкину, одному из сыновей канцлера, в которых видел, по его собственному выражению, «честных и обученных господ, способных хранить и исполнять все то, что относится к славе государственной и к особенному интересу его величества».
Поездкою царевича за границу была разорвана его компания: главный член ее духовник Яков Игнатьев остался в Москве, но царевич вел с ним постоянную переписку. Не надеясь скоро возвратиться в Россию, царевич поручил духовнику распорядиться продажею и раздачею оставшихся после него вещей, приказывая делать это как можно тайнее, чтоб вышние , будучи в Москве, не проведали. Так как внимание вышних было обращено к Суздалю, то царевич уговаривал духовника быть особенно осторожным в этом отношении. «В Володимир, мне мнится, — писал Алексей, — не надлежит вам exaть, понеже смотрельщиков за вами много, чтоб из сей твоей поездки и мне не случилось какое зло, понеже ныне многие ведают, в каком ты у меня состоянии и что все мое тебе вверено, а помнят, что нечто и туды повез. Для бога не езди, понеже уже с 30 лет там не был; и великое терпел, малого ли не стерпишь… Еще прошу для бога: берегися общения с Авраамом Федоровичем, и в дом его не езди, и к себе не пускай, понеже сам ты известен о сем, что сие нам и вам не польза, а наипаче вред, того ради надобно сего храниться весьма; только о сем не сумневайся; я так для опасения писал, понеже и прежде сего я вам о сем говаривал на Москве многожды, чего ради и в намеренный путь вам возбранил ехать, опасаяся впредь какого случая, а ныне о сем благодатию божиею ничего нет; только, пожалуй, хранись, понеже любовь между нами мнозии видят, того ради подобает хранитися». Зная, что отец после преславной виктории, закрепившей Петербург за Россиею, хочет непременно перенести столицу из Москвы в «парадиз», царевич писал духовнику, чтоб он не строил (не поправлял) дворца его в Москве. Яков Игнатьев не мог ехать за границу, и это ставило царевича в большое затруднение: просить о присылке другого духовника с докладом отцу — могут прислать человека очень неудобного. Царевич для избежания этого неудобства решался на всякие другие: так, в Лейпциге он исповедался у греческого священника через толмача, который разговаривал со священником по-латыни. Наконец, Алексей написал такое письмо в Москву Якову Игнатьеву: «Священника мы при себе не имеем и взять негде, а без докладу писать явно в Москву не без опасения; прошу вашей святыни, приищи священника (кому мочно тайну сию поверить) не старого и чтоб незнаемый был всеми. И изволь ему сие объявить, чтоб он поехал ко мне тайно, сложа священнические признаки, то есть обрил бороду и усы, такожде и гуменца заростить, или всю голову обрить и надеть волосы накладные, и, немецкое платье надев, отправь его ко мне курьером (такого сыщи, чтоб мог верховую нужду понесть); и вели ему сказываться моим денщиком, а священником бы отнюдь не назывался, а хорошо б безженной, а у меня он будет за служителя, и, кроме меня и Никифора (Вяземского), сия тайны ведать никто не будет. А на Москве, как возможно, сие тайно держи; и не брал бы ничего с собою надлежащего иерею, ни требника, только б несколько частиц причастных, а книги я все имею. Пожалуй, пожалуй, яви милосердие к души моей, не даждь умрети без покаяния! Мне он не для чего иного, только для смертного случая, такожде и здоровому для исповеди тайной. А бритие бороды не сомневался бы он: лучше малое преступить, нежели души наши погубити без покаяния; а будет не благоволити сего сочинити, души наши бог взыщет на вас, аще без покаяния от жития сего отлучатся».
Царевич выполнял наказ отцовский, учился в Дрездене — как, мы не знаем; по крайней мере Трубецкой и Головкин писали Меншикову из Дрездена 30 декабря 1710 года: «Государь царевич обретается в добром здравии и в наказанных науках прилежно обращается, сверх тех геометрических частей (о которых 7 сего декабря мы доносили) выучил еще профондиметрию и стереометрию и так с божиею помощью геометрию всю окончил».