Ф.М. Апраксин руководил развитием Азовского флота почти самостоятельно. Адмирал Ф.А. Головин, загруженный внешнеполитическими вопросами, давал общие указания. Чаще писал и приезжал Петр I, но его интересы устремлялись к Балтике.
22 февраля 1707 года, после смерти Головина, царь назначил Ф.М. Апраксина адмиралом и президентом адмиралтейства.
Основные дела президента были на Балтике. Но не раз адмирала отправляли на юг, где возникала необходимость в его способностях и твердой руке. Он организовал оборону Воронежских верфей в дни восстания на Дону и вторжения шведских войск в Россию. В 1709 году флот готовился для поддержки армии, наступавшей к Дунаю. Неудача похода 1711 года и Прутский мир стали причиной гибели Азовского флота. По договору Азов вернули туркам, а Таганрог превратили в руины. Корабли, лишившиеся баз, частью пришлось продать туркам, частью уничтожить. Апраксину досталась тяжкая обязанность истреблять то, что он ранее создавал. Моряк не спешил выполнять турецкие требования, пока договор не был утвержден, а затем вернулся на Балтику и сосредоточил основное внимание на борьбе со шведами.
В командование Балтийским флотом Апраксин вступил еще весной 1707 года. На следующий год он возглавил и морские, и сухопутные силы в обороне Санкт?Петербурга. Весной 1708 года адмирал вывел в море флот, который вместе с батареями Котлина и Кроншлота преградил подступы к столице с моря. Эскадра под командованием К. Крюйса одним присутствием сдерживала неприятеля. Сам же Апраксин принял руководство на суше.
Начиная вторжение в Россию, Карл XII поставил задачу группам войск из Эстляндии и Финляндии с двух сторон напасть на Санкт?Петербург и вернуть берег Балтийского моря. Однако Апраксин с помощью партизанских отрядов остановил продвижение войска Либекера, шедшего от Выборга, разгромил двигавшийся с запада корпус. Страдавшим от недостатка продовольствия войскам Либекера не оставалось ничего иного, как эвакуироваться морем.
За спасение столицы царь возвел Ф.М. Апраксина в графское достоинство, произвел в действительные тайные советники и приказал выплачивать жалованье как генерал?фельдмаршалу. Ф.Ф. Веселаго считал, что именно с этого момента появился чин генерал?адмирала, равный генерал?фельдмаршальскому.
В 1710 году Апраксин руководил осадой Выборга. Русские войска под его командованием по тающему льду пересекли Финский залив и осадили крепость; когда же флот доставил подкрепления, Выборг пал. За ликвидацию постоянной угрозы Санкт?Петербургу генерал?адмирал получил орден Святого Андрея Первозванного и золотую шпагу, усыпанную бриллиантами. Но это были только первые шаги генерал?адмирала к славе. Ему пришлось строить крепость на Котлине — будущий Кронштадт, казармы, Толбухин маяк. Укрепив подступы к столице, можно было развивать наступательные действия.
Первоначально Петр I рассчитывал совместно с союзниками провести высадку в Швеции и принудить ее к миру. Так как датчане не торопились выполнять обязательства, царь решил самостоятельно воздействовать на шведов через Финляндию. В 1712 году Ф.М. Апраксин из Выборга довел войска до пограничной реки Кюмени, встретил сильные укрепления и осенью вернулся, ограничившись демонстрацией.
В результате этого похода родилась мысль, что укрепленную линию на реке можно обойти по морю. Весной следующего года основные силы Апраксин расположил на галерной флотилии, которая высаживала войска на берега, тогда как конница двигалась по суше. В эту кампанию удалось овладеть Гельсингфорсом (Хельсинки), Або и большей частью Финляндии. Шведы, разбитые войсками Апраксина при реке Пялкяня, отошли на север. Для нанесения удара по Швеции следовало провести в Ботнический залив галерную флотилию. Но в кампанию 1713 года галеры не пропустил королевский флот, стоявший у мыса Гангут. Корабельный флот России еще не обладал необходимым опытом, чтобы сразиться со шведским. Гребному флоту следовало прорываться в Ботнический залив без поддержки корабельного. Но когда Апраксин привел свои галеры к Гангуту в 1714 году, он вновь встретил там стоявший с весны шведский флот, который преградил проход через Гангутский плес.
Апраксин рассчитывал, что появление корабельного флота заставит противника освободить проход для гребных судов под берегом. Именно на таком плане настаивал царь. Но у генерал?адмирала появилась другая идея: в штиль попробовать на веслах со стороны моря обогнуть неприятеля. Прибывший к Гангуту Петр первоначально решил построить переволоку, чтобы по суше преодолеть перешеек. Однако шведский адмирал Ватранг выслал к другому концу переволоки шхерную эскадру шаутбенахта Эреншильда, а эскадру Лиллие направил для атаки галерного флота. Наступивший штиль позволил привести в исполнение план Апраксина: пока Лиллие не вернулся, две группы галер прорвались мимо Ватранга со стороны моря и заблокировали Эреншильда, а когда шведские эскадры соединились и стали мористее, следующим утром в штиль и туман под берегом прошли остальные галеры; только одна из 99 села на мель и досталась шведам. Прорвавшиеся суда в жарком бою взяли в плен суда Эреншильда. Галеры прошли на запад, овладели Аландскими островами, и шведам пришлось отойти, чтобы защитить подступы к столице. Флот получил возможность угрожать неприятельским берегам.
Апраксину приходилось, оправдывая высокое звание генерал?адмирала, то руководить корабельным флотом, то вести галеры. Все больше адмирал становился не только администратором, но и флотоводцем. В 1715 году он командовал корабельным флотом, плававшим в Финском заливе, следующим летом водил гребную флотилию, которая набегами на шведские берега отвлекала неприятеля от намеченного союзниками десанта в Швецию.
Высадка не состоялась, и приходилось рассчитывать на свои силы. Отечественный флот постепенно обретал силу и опыт. Уже в 1715–1716 годах посланные Апраксиным отряды каперов захватывали неприятельские суда. Длительные крейсерства всего флота под флагом генерал?адмирала в 1717–1718 годах помогли морякам набраться знаний, мужества, научили стремлению добиваться победы. Первой победой молодого русского корабельного флота в открытом море стало Эзельское сражение 24 мая 1719 года, в котором эскадра Н.А. Синявина захватила все три шведских боевых корабля.
С усилением флота потребовалось реорганизовать его управление. В 1717 году была основана Адмиралтейств?коллегия, составленная из опытных флагманов. Ее президентом заслуженно стал Ф.М. Апраксин. В 1720 году он вновь водил галерный флот в Ботнический залив. Русские гребные суда совершали набеги на берега Швеции, тогда как флот корабельный продолжал крейсировать и высадил десант на остров Эланд. Англия, встревоженная усилением российского флота, прислала в Балтийское море сильную эскадру, но та не смогла воспрепятствовать русским демонстрациям. Так же произошло и в следующем году, только сам генерал?адмирал не ходил с галерами, а командовал корабельным флотом.
Лишившись надежды на союзников?англичан и способности к сопротивлению, под ударами русских десантов, разрушавших порты и заводы, теряя десятки судов, которые захватывали каперы, шведы пошли на переговоры и 30 августа 1721 года подписали Ништадтский мир, утвердивший Россию на берегах Балтики. Так как Ф.М. Апраксин заслужил уже все возможные награды, за огромные заслуги царь присвоил ему кайзер?флаг высшего морского должностного лица. Флотоводец впервые поднял этот флаг в 1722 году, когда командовал Каспийской флотилией в Персидском походе. Стареющему моряку не раз приходилось попадать в шторм. По возвращении с юга генерал?адмирал оставался во главе флота и часто выводил его в море для учений и демонстраций. После смерти Петра Великого он старался сохранить морскую силу России. Апраксин был близок к императрице и ее любимцу А.Д. Меншикову, получил орден Святого Александра Невского, а в 1726 году стал членом Верховного тайного совета, к которому перешла реальная власть в России. Придворные интриги мало занимали его. Ему вполне хватало дел на флоте. Когда из?за неосторожных шагов правительства возникла опасность войны с Англией, генерал?адмирал вел переговоры с командующим английским флотом, стоявшим у Ревеля, и готовил корабли. Его гибкая, но твердая позиция помогла избежать столкновения России с европейской коалицией.
Апраксин, последний из тех, кто начинал с Петром Великим создание российского флота, умер 10 ноября 1728 года. Похоронили генерал?адмирала в московском Златоустовском монастыре, где покоились его предки. Апраксин в свое время одаривал монастырь, в том числе трофеями, взятыми в Финляндии. До наших дней могила не сохранилась: в 1930?х годах храм разрушили, на его месте воздвигли жилые и административные здания. Ни памятник, ни табличка не напоминают о месте последнего упокоения одного из создателей российского флота, победителя на суше и на море, единственного, кто в полной мере оправдал звание генерал?адмирала.
