В результате отвода по приказу командования СОР с плацдарма на Северной стороне 79-й МСБр, 138-й и 142-й стрелковых бригад противник полностью овладел Северной стороной и получил возможность, не опасаясь удара во фланг, начать беспрепятственную подготовку к форсированию Главной (Северной) бухты и высадке на Корабельной стороне. Отвод этих бригад стал еще одной из многих ошибок командования СОР, которые привели к падению Севастополя во время его третьего штурма войсками 11-й немецкой армии.
Последние бои на Северной стороне 21–22 июня 1942 года из числа крупных частей морской пехоты вели Местный стрелковый полк и 178-й морской инженерный батальон.
Местный стрелковый полк в количестве порядка 900 человек занял позицию в опорном пункте в районе Инженерной пристани, которая была создана с использованием бетонных казематов и укрепленных казарм дореволюционной 4-й береговой батареи. Перед началом боев на этой территории командир полка успел послать неполную стрелковую роту (60 человек) в качестве подкрепления защитникам Северного укрепления.
Опираясь на бетонные сооружения 4-й береговой батареи, при поддержке одной 122-мм гаубицы (по другим источникам – 122-мм гаубицы и 152-мм орудия), остатки Местного стрелкового полка нанесли противнику значительные потери в живой силе и уничтожили два его танка. Затем оставшиеся в живых бойцы полка были переправлены через бухту на Корабельную сторону, где принимали участие в боях 29–30 июня 1942 года.
Ожесточенные бои на территории так называемого «Саперного городка» (Северное укрепление или Северный форт) вел 20–22 июня 178-й морской инженерный батальон вместе с примкнувшими к нему остатками подразделений нескольких стрелковых частей и личным составом бывшей 365-й и при огневой поддержке 366-й зенитной батарей под командованием лейтенанта Самойлова.
Защитники Северного укрепления все до одного погибли в этих боях, выведя из строя убитыми и ранеными практически весь личный состав штурмовых инженерных батальонов 11-й немецкой армии.
В период 23–28 июня 8-я БрМП вела бои в районе высоты Сахарная головка – деревни Новые Шули (Штурмовое)59.
В связи с отходом 28 июня 1942 года 3-го ПМП и 25-й СД 8-я бригада морской пехоты была вынуждена оставить свои прежние позиции и отойти на гребень Сапун-горы. Там в период 28–30 июня 1942 года ее линия обороны проходила от Каменоломенного оврага до нынешнего поселка «3-й гидроузел». Слева от нее оборонялась 138-я стрелковая бригада, справа – 386-я стрелковая дивизия.
В ходе боев 29 июня 1942 года основные силы 8-й бригады морской пехоты были окружены в районе Суздальских высот, но в ночь с 29-го на 30 июня прорвали кольцо окружения и отошли на мыс Херсонес.
Захватив Северную сторону, войска 11-й армии после пятидневной передышки рано утром 29 июня начали форсирование Главной бухты на участке Корабельной стороны. Одновременно они начали штурм Сапун-горы на всем ее протяжении. Ожесточенные бои на Сапун-горе шли на линии обороны 79-й МСБр, части сил 8-й БрМП, 2-го Перекопского ПМП, 386-й СД, 388-й СД, 7-й БрМП.
29–30 июня 8-я БрМП вела бои на Киленбалочном плато Сапун-Горы и горы Суздальской. Вечером 30 июня последний батальон 8-й БрМП, оборонявшийся на Суздальской горе, прорвав кольцо окружения, ушел в центральную часть города, а затем на мыс Херсонес.
7-я БрМП, после того как соседние с ней части 386-й и 388-й СД отступили с гребня Сапун-горы, обнажив ее левый фланг, отошла к Английскому кладбищу на плато Сапун-горы, где весь день 30 июня вела ожесточенные бои.
В последний день организованной обороны Севастополя, 30 июня 1942 года, слева от Малахова кургана упорно сражались остатки 79-й морской стрелковой бригады, а также 2-го и 3-го полков морской пехоты. Перед Малаховым курганом на Камчатском люнете геройски дрался батальон морской пехоты, сформированный незадолго перед этим из состава Черноморского флотского экипажа, и остатки личного состава 54-й зенитной батареи.
На самом Малаховом кургане стояли насмерть артиллеристы 701-й батареи 177-го Отдельного артдивизиона ЧФ под руководством командира этого дивизиона майора В. М. Моздалевского и командира 701-й береговой батареи капитан-лейтенанта А. П. Матюхина. Они задержали противника на сутки и затем прорвали кольцо его окружения, выйдя на соединение со своими силами в район железнодорожного вокзала.
9-я БрМП 28 июня отошла с Семякиных высот на высоты Горная и Безымянная. Утром 29 июня 1942 года 170-я немецкая пехотная дивизия начала штурм Караньских высот. Выйдя на седловину между высотами Горная и Карагач, дивизия попала под перекрестный огонь 705-й и 19-й береговых батарей, 76-мм орудий 388-й стрелковой дивизии и 9-й бригады морской пехоты. Понеся потери, немецкая дивизия откатилась на исходные позиции. К концу дня 30 июня 9-я БрМП вместе со 109-й СД отошла на «Французский вал», где вела бои 1 июля.
Вот как описывает боевые действия 9-й бригады морской пехоты за этот день, 30 июня 1942 года, ее командир полковник Н. В. Благовещенский в своем отчете от 4 июля 1942 года, который был составлен им в Новороссийске: «На рассвете 30 июня 1942 года противник силами до пехотного полка с танками повел наступление вдоль северных скатов Карагачских высот, одновременно обходя левый фланг 4-го батальона в районе Хомутовой балки. Прорвавшись на фронте хутора Максимова – высота 101.6, противник повел наступление на рубеже высот 114.4 и 113.7 с северного направления, зайдя в тыл 2-го батальона, расположенного вдоль Балаклавского шоссе. 2-й батальон, вырываясь из окружения, с боем начал отход на юго-запад к 109-й стрелковой дивизии. С 8 часов связь со всеми батальонами, проводная и по радио, была потеряна. Оба батальона понесли огромные потери и начали отход в направлении Юхариной балки. К 11 часам противник передовыми частями стал подходить к рубежу хутора Кальфа. Поддерживающий бригаду 953-й артполк расстрелял пехоту и танки противника и в связи с отсутствием боеприпасов подрывал материальную часть. В 13 часов мой КП, находившийся в штольне Юхариной балки, был обойден противником с двух сторон. Не имея прикрытия, отошел к Молочной ферме. Связь между батальонами не была восстановлена, и только в 22 часа в районе 35-й береговой батареи мною была обнаружена группа командира батальона товарища Никульшина».
Одновременно с этими боями в тылу формировались новые части морской пехоты. Во второй половине дня 29 июня 1942 года в районе Казачьей бухты из личного состава 20-й морской авиабазы был сформирован батальон морской пехоты ВВС ЧФ под командованием лейтенанта И. П. Михайлика. В этот же день в Камышовой бухте был сформирован из состава химических и спецчастей флота второй батальон морской пехоты в качестве резерва. На Корабельной стороне Севастополя был сформирован третий батальон морской пехоты из личного состава Черноморского флотского экипажа.
Одновременно с этим в Приморской армии были сформированы три батальона резерва на базе курсов младших лейтенантов, 191-го запасного полка и из зенитных частей на базе зенитно-пулеметного батальона. Это был последний резерв командующего Приморской армией; он занял оборону в районе Турецкого вала и на подходе к Камышовой бухте.
На следующий день, во второй половине дня 30 июня, также в районе Камышовой бухты, из остатков личного состава некоторых частей морской пехоты был сформирован «полк береговой обороны» численностью до 1500 человек.
Последним днем организованной обороны Севастополя стало 30 июня 1942 года. В этот день командир 109-й СД генерал-майор Новиков был назначен приказом командующего Приморской армией генерал-майора И. Е. Петрова на период 30 июня – 1 июля 1942 года начальником группировки войск прикрытия эвакуации. С собой командование Приморской армии и ЧФ забрали все командование стрелковых дивизий и бригад морской пехоты, в результате чего они к утру 1 июля 1942 года прекратили свое организованное существование.
В период 1–2 июля 1942 года, после фактического распада прежних частей из-за эвакуации их высшего командного состава на Кавказ 30 июня 1942 года, морская пехота Черноморского флота на последних рубежах обороны в районе мыса Херсонес была представлена следующими частями: Местный стрелковый полк во главе со своим командиром полковником Барановым, Сводный батальон ЧФ, Сводный батальон ВВС ЧФ, зенитно-пулеметный батальон, который был создан на базе зенитно-пулеметной роты 35-й береговой батареи.
Кроме того, в заключительных боях второй обороны Севастополя принимали непосредственное участие в качестве морской пехоты инженерные части ЧФ в лице 178-го отдельного инженерного батальона, 95-го отдельного строительного батальона, 5-й и 9-й отдельных аэродромных строительных рот.
После эвакуации в ночь с 1-го на 2 июля 1942 годда генерал-майора Новикова с частью командования 109-й СД на Кавказ организованное сопротивление войск бывшей Приморской армии на мысе Херсонес прекратилось. Боевые действия до 10 июля 1942 года вели отдельные группы военнослужащих, возглавляемые сержантами, старшинами и офицерами в звании до полковника.
