Урожай 1604 г. прекратил голод, но продолжалось другое зло. В голодные годы толпы народа для спасения себя от смерти составляли шайки и добывали себе пропитание разбоем. Главную роль в этих шайках играли прогнанные своими господами во время голода холопы. Богатые люди этим путем избавлялись от лишних нахлебников, но не давали им отпускных грамот, чтобы при удобном случае иметь право вернуть их обратно на законном основании как своих холопов. Борис приказывал таким холопам выдавать из Холопьего приказа отпускные, освобождавшие их от холопства, но и это немного помогало, потому что и в свободном состоянии они не могли нигде пристроиться. Число этих голодных и беглых холопов пополнялось свободными голодавшими людьми, которых бескормица заставляла примыкать к холопьим шайкам и разбойничать. Ни одна область Руси не была свободна от разбойников. Они бродили даже около Москвы, и против одной такой шайки Хлопка Борису пришлось выставить крупную военную силу, и то с трудом удалось одолеть эту толпу разбойников.
С 1601 г. замутился и политический горизонт. Еще в 1600 или 1601 г., как сообщает Маржерет, явился слух, что царевич Дмитрий жив. Все историки более или менее согласились в том, что в деле появления самозванца активную роль сыграло московское боярство, враждебное Борису. На это есть намеки и в наших сказаниях: в одном из них прямо говорится, что Борис «навел на себя негодование чиноначальников», что и «погубило доброцветущую царства его красоту». Буссов несколько раз повторяет, что Лжедмитрий был поставлен боярами, что об этом знал сам Годунов и прямо в лицо говорил это боярам. В соединении с этими известиями получает цену и указание летописцев на то, что Григорий Отрепьев бывал и жил во дворце у Романовых и Черкасских, а также рассказ о том, что Василий Иванович Шуйский впоследствии не обинуясь говорил, что признали самозванца только для того, чтобы избавиться от Бориса. В том, что самозванец был плодом русской интриги, убеждают нас и следующие обстоятельства: во-первых, по сказаниям очевидцев, названный Дмитрий был великороссиянин и грамотей, бойко объяснявшийся по-русски, тогда как польская цивилизация ему давалась плохо; во-вторых, иезуиты, которые должны были стоять в центре интриги, если бы она была польской, за Лжедмитрия ухватились только тогда, когда он уже был готов, и, как видно из послания папы Павла V к сандомирскому воеводе, даже в католичество обратили его не иезуиты, а францисканцы, и, в-третьих, наконец, польское общество относилось с недоверием к царскому происхождению самозванца, презрительно о нем отзывалось, а к делу его относилось с сомнением.
На основании этих данных возможно понимать дело так, что в лице самозванца московское боярство еще раз попробовало напасть на Бориса. При Федоре Ивановиче, нападая открыто, оно постоянно терпело поражения, и Борис все усиливался и возвышался. Боярство не могло помешать ему занять престол, потому что, помимо популярности Бориса, права его на царство были в глазах народа серьезнее прав всякого другого лица благодаря родству Бориса с угасшей династией. С Борисом-царем нельзя было открыто бороться боярству потому, что он был сильнее боярства; сильнее же и выше Бориса для народа была лишь династия Калиты. Свергнуть Бориса можно было только во имя ее. С этой точки зрения вполне целесообразно было популяризировать слух об убийстве Дмитрия, совершенном Борисом, и воскресить этого Дмитрия. Перед этим боярство и не остановилось.
О замысле бояр, должно быть, Борис узнал еще в 1600 г., и в связи с этим, вероятно, стоят опалы Бориса. Первая опала постигла Богдана Бельского. Он был сослан при Федоре, но потом прощен, так что ему позволили было вернуться в Москву. Около 1600 г. Борис отправил его в степь строить на реке Северном Донце городок Царев-Борисов. Бельский очень ласкал там рабочих людей, кормил их, искал их расположения и показался опасным Борису. О том, за что он именно пострадал, передают различно, но его внезапно постигла опала, мучения и ссылка. Вообще, это дело Бельского очень темно. Несколько больше мы знаем о деле Романовых. После Бельского пришел их черед. Романовых было пять братьев Никитичей: Федор, Александр, Михаил, Иван и Василий. Из них особенной любовью и популярностью в Москве пользовался красивый и приветливый Федор Никитич. Он был первым московским щеголем и удальцом. (Примеряя кому-либо платье, если хотели сказать комплимент платью и хозяину его, выражались, что оно сидит «как на Федоре Никитиче».) В 1601 г. все Романовы были сосланы со своими семьями в разные места, и только двое из них (Федор и Иван) пережили свою ссылку, остальные же в ней умерли, хотя и не по вине Бориса. Вместе с Романовыми были сосланы и их родственники: князья Черкасские, Сицкие, Шестуновы, Репнины, Карповы. Летописец повествует, что Романовы пострадали из-за ложного доноса их человека Второго Бартенева, который по уговору с Семеном Годуновым обвинил их в том, что у них было на Бориса «коренье». До нас дошло любопытное дело о ссылке Романовых; в нем имеются инструкции царя, чтобы со ссыльными боярами обращались мягко и не притесняли их. Этот документ отлично оправдывает Бориса от излишних обвинений в жестокости во время его царствования, хотя необходимо сознаться, что при его опалах было много пыток, пострадало много людей и развелись доносы, многочисленные даже в сравнении с эпохой Грозного. В опалах, следовавших за ссылкой Романовых, Борис почти не прибегал к казни, хотя для него дело стояло и очень серьезно: преследуя бояр, не пропуская никого за польскую границу, он, очевидно, с тревогой искал нитей того заговора, который мог его погубить призраком Дмитрия, и не находил этих нитей. Они от него ускользают, а через несколько времени в Польше является человек, который выдает себя за спасенного царевича Дмитрия.
Неизвестно, кто он был на самом деле, хотя о его личности делалось много разысканий и высказано много догадок. Московское правительство объявило его галицким боярским сыном Гришкой Отрепьевым только в январе 1605 года. Раньше в Москве, вероятно, не знали, кем счесть и как назвать самозванца. Достоверность этого официального показания принимали на веру все старые наши историки, принимал и СМ. Соловьев, который держался, однако, того убеждения, что обман самозванца с его стороны был неумышленный и что Отрепьев сам верил в свое царственное происхождение. В 1864 г. явилось прекрасное исследование Костомарова относительно личности первого самозванца. В этом труде он доказывает, во-первых, что Лжедмитрий и Отрепьев два разных лица, во-вторых, что названный Дмитрий не был царевичем, но верил в свое царское происхождение, и, в-третьих, что самозванец был делом боярских рук. Виднейшим деятелем этой интриги он считает Богдана Бельского. В том же 1864 году появилась статья Вицына («День», 1864, № 51 и 52, и «Русский архив» 1886 г.: «Правда о Лжедмитрии»). Бицын (псевдоним Павлова) старается доказать, что в Москве к самозванству готовили именно Григория Отрепьева, но что царствовал будто бы не он: в Польше Отрепьева заменили каким-то другим неизвестным лицом, подставленным иезуитами. Но в статье Бицына есть один недостаток: в ней нет второй половины биографии Отрепьева (после его бегства в Литву) и первой половины биографии неизвестного самозванца (до его вступления в роль царевича). В 1865 г. появился еще труд о Лжедмитрии В. С. Иконникова. В своей статье «Кто был первый Лжедмитрий» («Киевские университетские известия», февраль 1864 г.) Иконников берет в основу своего исследования точку зрения Маржерета и некоторых других современников, что Лжедмитрий есть истинный царевич, спасенный вовремя от убийц. Затем является в 1866 г. статья Добротворского («Вестник Западной России», 1865–1866 гг., кн. 6 и 7), которому удалось найти документ, гласящий, по его мнению, что Лжедмитрий был не кто иной, как Отрепьев. Документ этот – надпись на одной из книг библиотеки Загоровского монастыря (Волынской губернии). В книге «Василия Великого о постничестве» внизу по листам отмечено: «Лета от сотворения мира 7110 (1602), месяца августа в четырнадцатый день, сию книгу… дал нам, иноку Григорию, царевичу московскому с братией, с Варлаамом да Мисаилом, Константин Константинович… княже Острожское, воевода Киевский». Из этой надписи видно, что Отрепьев с Варлаамом и Мисаилом был в Киеве и получил эту книгу от князя Острожского. Часть надписи, однако, со словами «иноку Григорию» сделана иной рукой, чем остальная надпись. Добротворский сличал этот почерк с документом, на котором была подпись Лжедмитрия, и почерки ему показались тождественными. Из позднейшей литературы о самозванце упомянем: «Исследование о личности первого Лжедмитрия», принадлежащее г. Казанскому и помещенное в «Русском вестнике» за 1877 г. (Казанский видит в самозванце Отрепьева); затем ряд изысканий отца Павла Пирлинга («Rome et Demetrius» и др.), который воздерживается от категорических заключений о происхождении самозванца, но всего скорее думает об Отрепьеве; далее «Смутное время Московского государства» г. Иловайского, суждения которого, напротив, более категоричны, чем вероятны; затем труд Александра Гиршберга во Львове «Dymitr Sazwaniec» и Е. Н. Щепкина «Wer war Pseudo-Demetrius I?» (в Archiv’e Ягича). Особенно ценно изданное о. Пирлингом facsimile письма самозванца к папе. Знатоки польских рукописей XVI–XVII вв., гг. И.А. Бодуэн де Куртенэ и С.Л. Пташицкий, склонны думать, что манускрипт писан по-польски русским (и даже московским) человеком.