Со временем инквизиторы присвоили себе право давать разрешение на возведение построек на проклятых участках и извлекали из этого крупные доходы.
Самая суровая кара, которую могли наложить сами инквизиторы, было тюремное заключение. Согласно учению инквизиции, это, в сущности, не было наказанием, но средством для кающегося, подвергнув себя посту на воде и хлебе, получить отпущение своих прегрешений. Разумеется, это духовное наказание налагалось только на обратившихся. Еретик, упорствовавший в своем непослушании, упрямо отказывавшийся сознаться в ереси и твердивший о своей невиновности, не мог быть подвергнут этому духовному наказанию: его передавали в руки светской власти, т. е. в руки палача.
В силу буллы Григория IX «Отлучение от Церкви» от 1229 г. всех, которые отказывались от заблуждений из страха смерти, следовало подвергать пожизненному заключению. То же предписал и Тулузский собор, добавив, что нужно помешать обратившимся против воли совращать других. Равеннский эдикт Фридриха II 1232 г. надолго узаконил это правило. Арльский собор 1234 г. обращал внимание на постоянное возвращение к ереси обращенных силой и предлагал епископам строго наблюдать за тем, чтобы к ним применялось пожизненное тюремное заключение. В то время еретики-рецидивисты не считались еще погибшими безвозвратно; их не передавали светской власти, но пожизненно заключали в тюрьму. Инквизиция это правило применяла с неумолимой энергией, объявляя его особой милостью по отношению к людям, потерявшим всякое право на снисхождение. Исключений здесь не допускалось. Нарбоннский собор 1244 г. точно объявил, что, если нет особой папской индульгенции, не следует никогда мужа щадить ради жены, жену ради мужа, отца ради детей, единственным кормильцем которых он был; ни возраст, ни болезнь не должны были влиять на смягчение приговора. Всякий, кто не являлся в течение срока милосердия, чтобы сознаться и выдать своих единомышленников, должен был подвергнуться этому наказанию, которое всегда должно быть пожизненным. Ввиду широкого распространения ереси в Лангедоке в самом начале XIII в. толпа пропустивших срок милосердия стала так велика, что епископы заявили о невозможности кормить такую массу заключенных и даже о невозможности найти достаточно камней и извести для сооружения тюрем. Тогда было предписано инквизиторам отсрочить до решения папы заключение обращенных, кроме предупреждения случаев закоснелости в грехах, вероотступничества и бегства. Но уже в 1246 г. собор в Безье предписал заключать в тюрьму всех, пропустивших срок, советуя, впрочем, смягчать наказание в тех случаях, когда оно грозило смертью родителям или детям. Таким образом, тюрьма сделалась обычным наказанием для всех, за исключением упорствующих еретиков, которых сжигали. Только одним решением, объявленным в Тулузе 19 февраля 1287 г., было приговорено к этому наказанию от двадцати до тридцати кающихся, которых пришлось временно запереть в частные дома, пока не освободились для них места в тюрьме. Тулузская инквизиция с 1246 по 1248 г. осудила сто двадцать семь лиц на пожизненное тюремное заключение, шесть на десять лет, шестнадцать на неопределенный срок, как пожелает Церковь; несколько позднее, согласно решению Нарбоннского собора, стали приговаривать к тюрьме всегда пожизненно.
Было два вида тюремного заключения: строгое и смягченное. Но в обоих случаях заключенный получал только хлеб и воду, содержался в одиночной камере и не мог ни с кем иметь сношений из боязни, чтобы его не совратили другие или он других. Заключенный в карцер содержался в ножных оковах в узкой и темной камере; часто он был прикован еще к стене. Это наказание налагалось на тех, преступные деяния которых носили характер соблазна, или на тех, кто нарушал присягу, дав неполное признание; но это всецело зависело от усмотрения инквизитора. Если виновные принадлежали к монашескому ордену, то обычно наказание хранилось в тайне, и осужденный заключался в тюрьму монастыря своего ордена; для этого при монастырях обычно имелись одиночные камеры, в которые никто не должен был входить, никто не должен был видеть заключенных, пищу ему передавали через специальную форточку. Это была могила живых. Лишь после 1350 г. было предписано настоятелю монастыря два раза в месяц навещать и утешать заключенного; последнему же предоставлялось право просить, чтобы два раза в месяц его навещали монахи.
Тюремное начальство не заботилось о том, чтобы облегчить участь заключенных. Для еретиков добиться лучшего обращения было почти невозможно, так как имущество их было конфисковано и было опасно всякое малейшее проявление участия к ним.
Огромное число узников вследствие энергичных действий инквизиции уже в начале XIII в. выдвинуло трудный вопрос о постройке и содержании новых тюрем. В 1254 г. собор в Альби решил, чтобы владельцы конфискованных имений выделяли средства на помещение в тюрьмы и содержание там своих предшественников по владению, а если еретики окажутся без средств, то города или сеньоры, на земле которых они были захвачены, были обязаны под страхом отлучения от Церкви нести расходы по содержанию «своих» еретиков в тюрьме. Святой Людовик, король Франции, извлекавший большие доходы от конфискаций, в 1233 г. взял на себя содержание тюрем в Тулузе, Каркассоне и Безье. В 1246 г. он приказал своему сенешалю передать в распоряжение инквизиторов подходящие тюрьмы в Каркассоне и Безье и доставлять заключенным их ежедневную порцию хлеба и воды. В 1258 г. он предписал своему каркассонскому сенешалю немедленно окончить постройку тюрем. В 1304 г. субсидия от короля на пищу каждого заключенного была три денье в день.
При постройке тюрем, естественно, старались сократить расходы и сэкономить место, нисколько не заботясь о здоровье и удобствах их подневольных жильцов. Папские инструкции гласили, что они должны состоять из маленьких одиночных камер без воздуха и света. В течение долгих лет в них находились несчастные кающиеся, участь которых оказывалась гораздо хуже, чем короткая агония костра. Они были предоставлены всецело на произвол тюремщиков; жалоб их никто никогда не слушал; если заключенный жаловался на какой-либо акт насилия, то его даже клятвенное показание устраняли с пренебрежением, тогда как всякое слово тюремных служителей принималось на веру.
Конец страданиям заключенных приносила смерть, вызываемая ужасной грязью, в которой им приходилось гнить. Смертность в этих тюрьмах была огромна. В аутодафе часто объявлялись приговоры по делам заключенных, умерших до окончания процесса. На ауто в 1300 г. упоминается десять лиц, умерших уже после того, как они созналась в ереси, но раньше решения их дела; в ауто 1319 г. было восемь подобных случаев. В ауто 1326 г. имеются приговоры по делу четырех умерших; к ауто 1328 г. пяти. Тюрьма, вполне естественно, была мерой наказания, которую чаще всего применяли инквизиторы.
Нужно еще отметить одну особенность инквизиторских приговоров: они всегда оканчивались стереотипным выражением, оставлявшим за инквизитором право по произволу изменять, смягчать, увеличивать и возобновлять наказание. Уже в 1241 г. Нарбоннский собор предписал инквизиторам оставлять всегда за собой это право, и с течением времени это вошло в неизменное правило. В 1245 г. Иннокентий IV предоставил инквизиторам, действовавшим совместно с епископами, право изменять наложенное наказание. Однако ни епископ, ни инквизитор не мог отменить наказание; эта привилегия принадлежала одному только папе: ересь была таким неизгладимым преступлением, что только представитель Бога обладал властью снять это пятно.
Право смягчения наказания применялось часто; им пользовались, чтобы добиться от кающихся более точных показаний как доказательства их чистосердечного раскаяния, а, возможно, также и для того, чтобы чрезмерно не наполнять тюрем. В 1.328 г. одним постановлением были освобождены двадцать три заключенных в Каркассоне; тюрьма была заменена им ношением крестов, паломничествами, бичеванием и другими духовными подвигами. При подобных условиях жизнь на свободе была невыносимой и смерть являлась освободительницей.
Как в приговорах обвинительных, так и в смягчающих наказание за инквизитором оставлялось право изменения и восстановления наказания с указанием или без указания оснований к тому. Инквизиция никогда не выносила помилования. Собор в Безье 1246 г. и Иннокентий IV в 1247 г. объявили инквизиторам, что в тех случаях, когда они освобождали заключенного, они должны были предупредить его, что при первом поводе к подозрению он будет наказан без всякой жалости, и должны были оставить за собою право заключить его снова в тюрьму без всякого суда и следствия, если этого требовали интересы Церкви. Эти условия сохранялись в обрядниках и предписывались руководствами. Кающийся должен был знать, что свобода, предоставленная ему, всецело зависит от усмотрения и произвола судьи, который во всякое время мог опять заключить его в тюрьму и заковать в цепи; в своем клятвенном отречении он ручался своею личностью и всем своим имуществом, что явится по первому зову.
