Протестантские реформаторы были убеждены, что Библию читателю нужно понимать — и в литературном, и в историческом планах — независимо от авторитетных церковных интерпретаций. Эта доктрина, sola scriptura (только одно Писание), показалась опасной католической церкви, которая теряла влияние по мере распространения Реформации по Европе. Католическая цензура сосредоточилась на множившихся вариантах протестантских переводов Библии: особое внимание привлекали переводы Мартина Лютера в Германии, Уильяма Тиндейла в Англии и Робера Этьена во Франции. Протестанты также не пренебрегали цензурой в том, что касалось Книги: они запрещали книги, написанные протестантами-отступниками, наравне с католическими. Правда, их цензура была замкнута внутри политических границ протестантских государств. Раздробленность протестантской Европы не позволяла цензуре реформаторов достичь всеохватности цензурных институтов католической церкви.
Особенно преследовался перевод Тиндейла; он первым перевел Библию на английский язык с языков оригинала — иврита и греческого, и первым опубликовал перевод. Его перевод Нового Завета, напечатанный в Кельне и Вормсе в Германии в 1524–1526 годах, был тайно ввезен в Англию, где был запрещен церковью и публично сожжен. Его переводы Пятикнижия (1530), книги Ионы (1531) и исправленный перевод Нового Завета (1534) также были запрещены и сожжены. Однако, несмотря на запреты, множество переизданий переводов Тиндейла контрабандой проникало в страну и распространялось.
В результате заговора, организованного английскими властями, Тиндейл был арестован в Бельгии, в Антверпене, осужден за ересь, задушен и сожжен на костре неподалеку от Брюсселя в 1536 году — вместе с экземплярами своего перевода Библии. Тем не менее репрессии не помешали переводу Тиндейла пережить своего автора и послужить основой для значительного числа последующих переводов Библии, в их числе «Официальный вариант» или Библия короля Якова, опубликованная в 1611 году.
Майлс Кавердейл, коллега Тиндейла, в 1535 году закончил полную версию английской Библии. Поскольку ее нельзя было опубликовать в Англии, книгу напечатали в Германии. Но поскольку на Библию в Англии имелся значительный спрос, а пресекать ее публикацию становилось все сложнее, король Генрих VIII выбрал авторитетную версию, «Мэтьюсову Библию», основанную на работе Тиндейла и Кавердейла. Она вышла в 1537 году с предисловием и комментариями Джона Роджерса, который скрывался за псевдонимом «Джон Мэтью». Роджерс был католическим священником, перешедшим в протестантизм, другом Тиндейла. «Мэтьюсова Библия» стала первой разрешенной правительством Библией на английском языке. Однако по восшествии на престол католической королевы Марии I, Роджерс оказался среди первых трехсот мучеников, заключенных в тюрьму и сожженных как еретики в 1554 году.
География запретов на новые версии Библии Англией не ограничивалась. В 1539 году Генрих VIII выпустил свою собственную «Большую Библию» — исправленный вариант ранней работы Кавердейла, — он должен был стать официальным в недавно реформированной англиканской церкви. Когда стало известно, что король хочет напечатать свою Библию в Париже, власти приняли меры к предотвращению публикации. Рено, известного парижского книгопечатника, выпускающего английские книги, инквизиция арестовала и бросила в тюрьму. Страницы «Большой Библии» были тайно вывезены из Франции под шляпами и отправлены во все церкви Англии вместе с указанием короля: каждому толковать Священное Писание самостоятельно.
В 1546 году доктора теологии в Сорбонне добились осуждения в «Лувенском индексе» запрещенных книг издания Библии, выпущенного известным гуманистом Робером Этьеном, собственным издателем короля Франциска I. Король ответил запрещением печатания и обращения во Франции «Лувенского индекса» и приказал отменить запрет на Библию Этьена. Однако со смертью короля в 1547 году запрещение было восстановлено и Этьену пришлось перевезти печатный станок в Женеву. Но протестантскую Женеву, находившуюся под властью реформатора Жана Кальвина, сложно было назвать оплотом религиозной терпимости: кальвинисты тоже запретили Библию Этьена.
В Испании времен инквизиции боролись с изданиями Библии, испытавшими влияние протестантизма. В 1551 году «Индекс Вальядолида» включал 103 издания, осужденных за ошибки и ереси к запрещению, исправлению или уничтожению.
Восстановление авторитета папы, церковных судов и законов против ереси в Англии в правление католической королевы Марии I позволило вновь утвердить запрет на протестантские Библии. В 1555 году королевский указ провозглашал: «никому не дозволяется проносить в это государство любые рукописи, книги, бумаги…, написанные Мартином Лютером, Жаном Кальвином, Майлсом Кавердейлом, Эразмом, Тиндейлом…, или любые подобные книги, содержащие ложные доктрины противные католической вере». Английские протестанты, которые нашли убежище во Франкфурте и Женеве, издали в 1560 году кальвинистскую Библию. И хотя в английских церквах был объявлен запрет на ее использование, между 1560 и 1644 годами вышло 140 ее изданий.
В 1546 году Трентский Собор католической церкви объявил латинскую Вульгату святого Иеронима единственным каноническим текстом Библии. Наперекор протестантским реформаторам собор постановил, что догматы передаются через учение церкви (чей авторитет равен авторитету Библии), и запретил чтение любых неутвержденных переводов. Первой версией на английском языке, одобренной католиками, стал перевод Нового Завета из Вульгаты, выполненный церковными учеными и опубликованный в Реймсе в 1582 году. Он был напечатан в 1610 году вместе с принятым переводом Ветхого Завета в составе Реймс-Дуэйской Библии.
В 1631 году в издании Библии, опубликованном в Англии Р. Баркером тысячным тиражом, в седьмой заповеди «Не прелюбодействуй» было по недосмотру пропущено слово «не». Издателей оштрафовали на огромные суммы, а само издание, известное как «испорченная Библия», уничтожали с таким рвением, что сохранилось всего лишь несколько экземпляров.
Поскольку права на «Официальный вариант» (короля Якова) принадлежали британской короне, публиковать его в Англии в XVII веке могли только королевские печатники. (Исключение составляли университеты Оксфорда и Кембриджа.) Поэтому в американских колониях издания разрешенных вариантов Библии не могли предприниматься до получения ими независимости. Первой Библией, опубликованной в Америке, стала не Библия короля Якова, а «Up-Biblum God» — перевод Библии для индейцев алгонкинов, выполненный Джоном Элиотом и опубликованный в 1661–1663 годах. Вероятно, впервые Библия была опубликована в США в 1782 году, в Филадельфии, однако историки располагают некоторыми свидетельствами в пользу того, что Библия могла тайно печататься в Бостоне уже около 1752 года.
Ханжество викторианского периода в Англии и в Соединенных Штатах породило новый вид цензуры Библии — публикацию изданий с лакунами. «Библия, новый перевод» Джона Беллами, последователя Сведенборга, была опубликована в 1818 году. Заявив, что ни один важный библейский персонаж не мог совершить действий, которые представляются ему неприемлемыми, Беллами решил: переводы с иврита ошибочны, — и исправил отрывки, которые посчитал неприличными. «Новая семейная Библия и улучшенная версия» доктора Бенджамена Бутройда, конгрегационалиста, решившего обойти «многие оскорбительные и неделикатные выражения» в Библии, был опубликован в 1824 году и неоднократно переиздавался. В том же 1824 году в книге «Библия, составленная и адаптированная для семейного чтения» Джон Уотсон, мирянин-англиканец, заменил оскорбительные отрывки пассажами собственного сочинения. Кроме того, он не следовал традиционной нумерации глав и стихов, поэтому читателям было сложно определить, что именно было вырезано. В 1828 году Уильям Александр, издатель-квакер, опубликовал «Библию, главным образом предназначенную для облегчения чтения вслух и светского чтения Священных Писаний». Он изменил слова и отрывки «не соответствующие взглядам и духу нашего изящного века».
Первое американское издание Библии было опубликовано с купюрами в 1833 году лексикографом Ноем Вебстером, который внес тысячи исправлений в материал, который считал неприличным. Однако, несмотря на то, что в 1835 году эта Библия была принята в штате Коннектикут, одобрена Йельским университетом и на протяжении двадцати лет широко использовалась на церковных кафедрах, желание Вебстера отредактировать даже «приличные» части Библии встретило критику. Третье издание, вышедшее в 1841 году, стало последним.
Государственная цензура Библии в XX веке была особенно широко распространена в странах социалистического лагеря. В 1926 году Советское правительство приказало изъять из библиотек СССР всю литературу религиозного содержания, включая Библию. Священное Писание было доступно только в крупнейших библиотеках страны. Ввоз Библии был также запрещен, а новое издание текста появилось лишь в 1956 году. В Китае эпохи культурной революции 1960–1970-х годов — в ходе кампании по борьбе с «четырьмя пережитками прошлого» (то есть культурой, мышлением, привычками и обычаями) — Библии были сожжены, а христианские храмы закрыты.
