Давно уже жаловались, что Сенат обременен судными делами по апелляциям и не имеет времени заниматься государственными делами. Ив. Ив. Шувалов предлагал императрице Елисавете: «В Москве учредить в Сенатской конторе несколько сенаторов, придав к ним достойных членов, дабы апелляционных челобитчиков дела вершались, а Сенату оставили время для дел государственных». Теперь эту мысль поспешили привесть в исполнение, учредили особый департамент, только не в Москве, а в Петербурге. 29 января Сенат слушал именной указ: «Его импер. величеству известно, что в Сенате, Юстиц— и Вотчинной коллегии и в Судном приказе нерешенных дел умножилось: так, для лучшего порядка и скорейшего решения указов как в Сенате для решения юстицких, вотчинных и всяких апелляционных дел учинить особый департамент, так и в Юстиц— и Вотчинной коллегиях, и в Судном приказе учредить для челобитчиковых дел в каждом месте по три департамента; в Сенате быть из сенаторов трем или четырем особам, а в коллегиях и приказе — из членов тех мест, и правление дел в этих департаментах расписать по губерниям; когда же департаментам чего-либо решить собою нельзя будет, с такими делами приходить в полное собрание». В тот же день последовал указ: конференции не быть и дела из нее принять в Сенат и в Иностранную коллегию; но мы видели, что 20 мая учреждено было что-то безымянное, чтоб намерения императора «наилучше и скорее в действо произведены быть могли». В члены этого безымянного учреждения из сенаторов вошли только двое: канцлер граф Воронцов и фельдмаршал князь Никита Юр. Трубецкой. Сенат в это время состоял из 13 членов кроме генерал-прокурора; эти члены были: граф Михаил Лар. Воронцов, граф Роман Лар. Воронцов, князь Никита Юр. Трубецкой, князь Петр Никитич Трубецкой, князь Мих. Мих. Голицын, кн. Алексей Дмитр. Голицын, граф Александр Шувалов, князь Ив. Вас. Одоевский, Ив. Ив. Неплюев, Александр Борис. Бутурлин, Александр Григ. Жеребцов, Петр Спиридон. Сумароков, Ив. Ив. Кастюрин.
Сенат спешил окончить дело, тянувшееся с 1757 года, — дело о церковных имениях. 7 января он пересмотрел дело и решил иметь с Синодом общую конференцию, приняв те основания соглашения, чтоб монастырские крестьяне платили по 50 копеек в казну и по 50 копеек в монастырь или архиерейский дом, которым принадлежали. 17 января сам император приказал Сенату иметь конференцию с Синодом о крестьянах на положенном основании. Но это намерение было отклонено; сочли нужным повернуть дело покруче, и 16 февраля дан был именной указ: «Как ее величество государыня императрица Елисавета Петровна, соединяя благочестие с пользою отечества и премудро различая вкравшиеся злоупотребления и предубеждения от прямых догматов веры и истинных оснований православныя восточныя церкви, за потребно нашла монашествующих, яко сего временного жития отрекшихся, освободить от житейских и мирских попечений и вследствие того, присутствуя своею особою в тогдашней конференции, а именно 30 сентября 1757 года, сама такое полезное всему государству о управлении архиерейских и монастырских вотчин узаконение положить изволила, которое одно независимо от прочих великих ее импер. величества дел и благодеяний своему отечеству достаточно было бы учинить славную ее память бессмертною: но хотя его императ. величество, присутствуя недавно сам в Сенате, и повелели помянутое узаконение немедленно и обще с Синодом в действительное исполнение привести, однако же как в рассуждении важности сей материи, так и дабы паки в бесплодных порешенных толь справедливо и предусмотрительно делу советованиях и сношениях не тратить напрасно время восхотели его импер. величество чрез сие точнее Сенату повелеть, чтобы вышеизображенное узаконение императрицы Елисаветы Петровны как наискоряе по точному и прямому содержанию без всякого изъятия самым делом в действо произведено и непременно навсегда исполняемо было. За потребно еще его импер. величество находит указ императора Петра Великого о непострижении в монастыри без особливых именных указов подтвердить чрез сие во всем его содержании и силе». По этому указу должна была выполниться и первоначальная мысль Елисаветы, чтоб монастырские имения управлялись не монастырскими служками, но отставными штаб— и обер-офицерами, и Сенат приказали: 1) для управления всех синодальных, архиерейских, монастырских и к церквам приписанных вотчин быть коллегии Экономии, в которую определить президента с членами и прокурора наравне с другими коллегиями, и состоять ей под ведомством Сената; 2) крестьянам платить рубль, причем отдать им землю, которую они прежде пахали на архиереев, монастыри и церкви; 3) доход собирать весь на монастыри, но употреблять из него в расход только то, что по штатам положено, а остальное хранить так, чтоб, всегда зная о числе сберегаемой суммы, раздавать из нее на монастырское строение. Коллегии Экономии стараться всем монастырям и пустыням, располагая их по классам, сочинить штаты, после чего платить: монахам денег по 6 рублей, хлеба по 5 четвертей, дьяконам по 8 рублей и хлеба по 7 четвертей, казначею 18 рублей и 8 четвертей, наместнику 24 рубля и 8 четвертей, проповеднику 30 рублей и 30 четвертей, игумену 50 рублей и 8 четвертей, архимандриту 100 рублей и 8 четвертей; второго класса монастыри получают половинное против этого содержание. Находящихся в монастырях отставных офицеров и рядовых, которых всех 1358 человек, содержать коллегии на прежде определенном жалованье. Президентом в коллегию Экономии определен тайный советник князь Василий Оболенский. Во всенародное известие это распоряжение объявлено было в указе 21 марта: здесь троим архиереям — московскому, новгородскому и с.-петербургскому — определено годовое содержание в 5000 рублей, остальным архиереям — в 3000 да на содержание семинарий — по 3000 рублей; архимандритам: «первого класса ставропигиальным десяти монастырям — по 500 рублей, а прочим половине второго класса — по 200 рублей, а последним — третьего класса — по 150 рублей каждому в год, против того ж на три класса все монастырские в штате определенные расходы расположены быть имеют». Но когда еще не было ничего сделано для того, чтоб новое учреждение получило правильное движение, когда монастыри еще не были распределены на классы, не были окончательно составлены штаты, 4 апреля Сенату был объявлен именной указ: «Со времени высочайших указов 16 февраля и 21 марта (с какого же именно времени?) все собранные денежные суммы возвратить и содержать впредь на определенные тем епархиям по тому указу расходы; а с крестьян во всех тех епархиях никаких сборов не чинить и посланных от них (т.е. от епархий) для того взыскания из тех вотчин выслать».
Волков в своем оправдательном письме говорит: «Что ж до внутренних дел надлежит, то главные моих трудов суть три: 1) о монастырских вотчинах; 2) о Тайной канцелярии и 3) пространный указ о коммерции. На первый поступал я тем охотнее, что и дело казалось мне справедливое, и рад я был случаю воздать должную хвалу памяти покойной государыни императрицы. Но по несчастью, перепорчена в Сенате совсем вся сия история». Каким образом, однако, история перепорчена была в Сенате, об этом Волков не говорит и мы не знаем. Мы знаем, что Сенат должен был 1 июня поднести императору доклад: положенный с архиерейских и монастырских крестьян годовой оброк по рублю с души высочайше повелено начать сбирать со второй половины этого года, который «сбор не иначе как в исходе этого года начат будет, а между тем на монастырские и жалованные монашествующим и отставным дачи производить не из чего; а как те вотчины из владения архиереев и монастырских властей выбыли почти с начала этого года, т.е. от марта месяца, к тому ж и земли крестьянам отданы, то не соизволит ли ваше импер. величество указать с архиерейских и монастырских крестьян оклад по рубелю взять на весь нынешний 1762 год при наступлении первого платежа подушных денег?». Император конфирмовал доклад.
Соперник Волкова по участию в главных трудах, по сочинению манифестов генерал-прокурор Глебов 29 января объявил Сенату именной указ, что государь позволяет бежавшим в Польшу и другие заграничные страны раскольникам возвратиться в Россию и поселиться в Сибири, в Барабинской степи и других подобных местах, причем им не должно делать никакого препятствия в содержании закона по их обыкновению и старопечатным книгам, ибо «внутри Всероссийской империи и иноверные, яко магометане и идолопоклонники, состоят, а те раскольники — христиане, точию в едином застарелом суеверии и упрямстве состоят, что отвращать должно не принуждением и огорчением их, от которого они, бегая за границу, в том же состоянии множественным числом проживают бесполезно». Вслед за тем Сенат дал указ разведать, нет ли где раскольнических для сожжения своего сборищ, и если такие богомерзкие сборища где окажутся, то немедленно посылать туда достойных людей и велеть им всячески стараться чрез увещания от такого пагубного намерения удерживать и спрашивать их, для чего они хотят это делать; если будут показывать, что такое намерение приняли они от притеснений и забирания под караул, то уверить их, что производимые о них следствия уже велено уничтожить, и действительно их теперь оставить, и содержащихся под караулом тотчас отпустить по домам, и вновь никого не забирать. В Петербург явился Афанасий Иванов, поверенный записных раскольников, разных лесов келейных жителей Нижегородской губернии, Балахонского и Юрьевецкого уездов. Иванов подал в Сенат просьбу, в которой раскольники жаловались, что терпят притеснения от духовных правлений из-за взяток; что в 1716 году в Нижегородской губернии по переписи было раскольников обоего пола до 40000 душ, в том числе келейных жителей до 8000; но от притеснений принуждены они были разойтись врознь, и теперь осталось не более 5000 душ; раскольники просили, чтобы положенные на них деньги платить прямо в Раскольническую контору, а для защиты от обид приписать их к железному Верхисетскому заводу графа Романа Лар. Воронцова навеки. Сенат приказал для защиты этих раскольников назначить из отставных обер-офицеров опеку — на человека достойного, на которого в этом деле можно было бы положиться, и деньги за раскол платить им прямо в Раскольничью контору.
