29 июня 1941 г. в директиве Совнаркома и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей содержалось указание о развертывании подпольного и партизанского движения. 18 июля вышло специальное постановление ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу немецких войск». Постановление осуждало тех руководителей партийных и советских организаций, которые бросали свои посты, бежали в тыл, и требовало незамедлительно приступить к формированию партизанских отрядов и диверсионных групп из числа преданных советской власти коммунистов и беспартийных.
3 июля 1941 г. из речи Сталина, прозвучавшей по радио, стали известны призывы партии и правительства к развертыванию партизанского движения.
Однако ни в секретных директивах, ни в речи Сталина еще не затрагивались вопросы практической организации партизанского движения, обеспечения борьбы в тылу противника вооружением, средствами связи, взаимодействия партизанских отрядов и подполья с Красной Армией. Партизаны действовали на этом этапе чаще всего самостоятельно, сообразуясь с обстановкой. Среди организаторов первых партизанских отрядов были в Белоруссии — Г. Бумажков, В. Корж; на Украине — И. Боровик, С. Ковпак; в Карелии — П. Столяренко, В. Тиден и многие другие. Отряды возникали стихийно и укреплялись благодаря поддержке местного населения. Только в результате этой поддержки борьба против опытного, хорошо вооруженного врага за сравнительно короткий срок из отдельных очагов сопротивления приобрела характер массового народного движения.
В июле 1941 г. Ставка Верховного Главнокомандования, Генеральный штаб, Главное политическое управление РККА обязали военные советы и политические управления фронтов оказывать всемерную поддержку республиканским и областным комитетам партии в создании, вооружении и обучении партизанских отрядов и диверсионных групп, а также в переводе их за линию фронта в тыл противника и установлении с ними связи. К этой работе были привлечены органы внутренних дел и государственной безопасности. Большую роль в организации и становлении партизанских отрядов сыграли также советские военнослужащие, попавшие в окружение, но избежавшие плена или бежавшие из него. Среди партизан Ленинградской области в 1941 г. их численность составляла 18 %, в Орловской области — 10 %, в Литовской ССР — 22 %, в Белоруссии — более 10 %. Они привносили в партизанские отряды дисциплину, знание оружия и боевой техники. Опираясь на их боевой опыт, партизаны более уверенно решали свои задачи. К концу 1941 г. на оккупированной врагом территории удалось закрепиться и развернуть борьбу почти 5500 партизанским отрядам и группам, насчитывавшим около 90 тыс. человек.
Партизаны наносили противнику все более чувствительные удары. Со времени Московской битвы они начали взаимодействовать с регулярными войсками Красной Армии. Во время контрнаступления под Москвой партизаны дезорганизовали снабжение немецкой группы армий «Центр», разрушив в ее тылу участки железных дорог, мостов, устраивая завалы и засады на шоссейных и грунтовых дорогах. Командующий группой армий фельдмаршал Ф. Бок видел в их деятельности одну из причин поражения немецких войск. В своем дневнике 7 декабря 1941 г. он отметил: «Русские, разрушив почти все сооружения на главных магистралях, сумели так увеличить наши транспортные трудности, что фронту не хватает самого необходимого для существования и боев… Сегодня у нас нет никакой возможности для значительного маневра».
В январе — феврале 1942 г. партизаны Смоленской области освободили в тылу группы армий «Центр» 40 сел и деревень, где сразу же десантировались советские воздушно-десантные войска. Они отбили у противника Дорогобуж и объединились с соединениями Красной Армии, совершавшими рейды в тылу немецких войск. Входе этих боев была освобождена территория около 10 тыс. кв. км. Немецкое командование было вынуждено бросить на борьбу с партизанами семь дивизий.
30 мая 1942 г. состоялось решение Государственного Комитета Обороны о создании Центрального штаба партизанского движения. Начальником ЦШПД был назначен первый секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. Пономаренко. Одновременно при военных советах фронтов были созданы штабы по руководству партизанским движением: Карело-Финский, Ленинградский, Калининский, Западный, Брянский, Украинский. В результате этих мер существенно улучшилась организация борьбы в тылу врага, обеспечение партизанских отрядов средствами связи, боеприпасами, взрывчаткой. Повысились размах и эффективность боевых действий.
Слета 1942 г. задача борьбы с партизанами была поставлена перед главным командованием сухопутных войск Германии. Для этого использовалось до 10 % немецких дивизий, находившихся на советско-германском фронте. В 1943 г. против партизан действовало 25 армейских дивизий, а также немало специальных и полицейских формирований, в том числе состоявших из перешедших на службу врагу перебежчиков. Эти «добровольцы» с приближением конца Третьего рейха, пытаясь загладить вину перед Родиной, нередко целыми частями с оружием переходили на сторону партизан.
Несмотря на потери, численность партизан постоянно росла. К концу 1942 г. в тылу врага действовало 1770 партизанских отрядов и бригад, в которых насчитывалось 125 тыс. человек. В 1943 г. начался бурный рост партизанских сил. К концу этого года они увеличились вдвое, достигнув 250 тыс. человек.
Деятельность партизан имела широкий спектр. Они нарушали коммуникации противника, совершали боевые рейды в его глубокий тыл, обеспечивали командование Красной Армии важными разведывательными сведениями, которые способствовали успеху наступательных операций, и т. д.
Наиболее крупной в 1943 г. была проведенная партизанами операция «Рельсовая война», которая явилась составной частью битвы под Курском. Центральный штаб партизанского движения привлек к участию в этой операции более 160 партизанских бригад и отдельных отрядов (около 100 тыс. человек). За первую ночь операции (14 июля 1943 г.) было взорвано 42 тыс. рельсов. Всего в ходе операции было взорвано 215 тыс. рельсов. Только в Белоруссии партизаны пустили под откос 836 эшелонов и 3 бронепоезда. Некоторые железнодорожные магистрали были выведены из строя на длительный срок, что создало серьезные препятствия для отступавших немецких войск.
Свидетельством силы и размаха народной войны были партизанские края — большие территории, отвоеванные у оккупантов и долгое время удерживаемые партизанами. Первый партизанский край возник в октябре 1942 г. в Ленинградской области. На его территории в 11 тыс. кв. км находилось 400 деревень. Затем партизанские края возникли в Калининской, Смоленской, Орловской, Курской областях, в Белоруссии, на севере Украины, в Крыму и т. д. Летом 1943 г. партизаны стали полными хозяевами шестой части всей оккупированной территории. Здесь трудились в интересах победы над врагом и жили по советским законам, по неполным данным, около 4 млн. граждан, работали восстановленные органы советской власти. Отсюда переправлялись через линию фронта на Большую землю призывники для службы в Красной Армии, подростки — для обучения в ремесленных училищах, дети-сироты — в детские дома. Эти края ограничивали полосы отхода врага, затрудняли маневр и перегруппировку его войск, размещение резервов, баз снабжения, командных пунктов.
Партизаны немало сделали, чтобы воспрепятствовать массовому угону советских людей оккупантами на принудительные работы в Германию. В конце 1943 — начале 1944 г. до 40 % принудительно вывозимых оккупантами граждан освобождалось партизанами и наступавшей Красной Армией.
В годы войны во вражеском тылу действовало коммунистическое подполье и созданные под его руководством в городах и поселках боевые антифашистские, комсомольско-молодежные организации. Подпольщики распространяли среди населения газеты и листовки, которые получали с Большой земли или издавали своими силами. В них содержалась информация о положении на фронте и в советском тылу, разоблачался нацистский оккупационный режим и его пропаганда. Важной функцией подполья было обеспечение партизан разведывательной информацией, снабжение их медикаментами, оружием, боеприпасами. В сентябре 1943 г. подпольщики казнили наместника Гитлера в Белоруссии гауляйтера В. Кубе, виновного в уничтожении многих тысяч советских граждан. С помощью подполья легендарный советский разведчик Н. Кузнецов ликвидировал заместителя рейхскомиссара Украины Г. Кнута и ряд других немецких военных преступников.
Важное место в деятельности подпольщиков занимала организация саботажа и диверсий на захваченных советских промышленных предприятиях. Эта форма борьбы активно развивалась благодаря участию в ней рабочих. В октябре 1941 г. начальник диверсионной службы вермахта на южном участке советско-германского фронта Г. Оберлендер доносил в Берлин: «Гораздо большей опасностью, чем активное сопротивление партизан, является пассивное сопротивление — трудовой саботаж, в преодолении которого мы имеем еще меньше шансов на успех». Промышленные гиганты, построенные до войны на Украине, так и не были введены в строй оккупантами, а шахты Донецкого бассейна бездействовали. Германское руководство так и не смогло использовать многие советские фабрики и заводы для обеспечения собственных военно-экономических нужд.