В 1833 году старая колокольня немного наклонилась, а по стенам церкви пошли трещины. Храму потребовалась перестройка. Колокольня и трапезная были разобраны, и на их месте возведены в формах московского ампира новые по проекту архитектора Ф.М. Шестакова. В трапезной было устроено два симметричных придела. Западный фасад выступил за красную линию, из-за чего усилилось доминирующее положение храма в застройке переулка. Внутри трапезная была отделана искусственным мрамором, который прекрасно сочетался с золочеными резными иконостасами и лепными карнизами. Настенная живопись тогда полностью отсутствовала. В церкви по-прежнему было три престола: главный Сошествия Святого Духа и два придельных – Святителя Николая и Покровский. На освящении Никольского придела присутствовал митрополит Московский Филарет, который произнес знаменитую проповедь «О пребывании благодати Божией в Церкви Христовой неотступно до скончания века»: «Провидение так управляет ходом происшествий, что и земные учреждения споспешествуют миру или безопасности Церкви… Церковь сама есть многолюдство верующих, но в пустыню наипаче внутреннюю, – все далее от мира, все ближе к Богу, ибо свое место для Церкви есть близость к Богу и соединение с Ним. А сие и значит то, что благодать Божия не отъемлется от Церкви и в самые опасные времена должна пребыть с нею неразлучна, даже до скончания века»[143].
Вскоре проявились недостатки искусственного мрамора, и в течение нескольких лет приходилось заниматься его вычинкой. В 1839 году забелили своды, а позже их покрыли живописью. Перестройка храма по проекту 1833 года завершилась лишь в 1858 году, когда в главном храме Сошествия Святого Духа растесали окна и двери, разобрали алтарь XVII века и на его фундаменте возвели новые апсиды с более высокими сводами. Стены и купол церкви были заново расписаны, и установлен новый пятиярусный золоченый иконостас – точная копия предыдущего. Особенно прихожанам нравилась роспись западной стены – сцена изгнания торговцев из храма. Спаситель имел настолько скорбный и грозный вид, что всякий, находящийся в храме, и помыслить не мог вести себя непристойно. Новая стройная трехъярусная колокольня, возвышаясь над низенькими домами, сделалась одной из архитектурных доминант Замоскворечья, наряду с «большой московской свечой» и церковью Климента, папы римского.
В середине XIX века в приходе церкви Николы в Толмачах жили известные и богатые купцы: Булочкины, Козлинины, Медынцевы, Страховы, Чижовы, Шестовы. Благодаря их пожертвованиям храм непрерывно богател, ризница пополнялась дорогой утварью, драгоценными окладами и красивыми облачениями. В 1851 году прихожанином церкви стал П.М. Третьяков, семья которого купила усадьбу в Лаврушинском переулке. Третьяковы были очень религиозными людьми. Они не только ходили в церковь, но и стали главными жертвователями. До самой смерти Павел Михайлович прожил в своем доме и ходил в храм Николы в Толмачах. Он сделал специальную калитку, через которую можно было пройти в церковь прямо из усадьбы. Третьяковы были связаны с Николаем Чудотворцем: дед Павла Михайловича жил когда-то в приходе храма Святителя Николая в Голутвине. В семье была традиция собираться вместе в день Николы зимнего и поминать добрым словом всех умерших родственников.
В 1860-х годах вновь пришлось чинить искусственный мрамор, обновлять живопись, ремонтировать фасады, менять полы в главной церкви. Семья Третьяковых неизменно во всем помогала своему храму. Прекрасные слова о Павле Михайловиче сказал старец Смоленской Зосимовой пустыни, преподобный Алексий: «Мне пришлось долгое время служить в Николо-Толмачевском приходе, куда ходил Павел Михайлович Третьяков. В моем сознании при воспоминании о нем встает образ человека, служившего примером трезвенной, сосредоточенной, воздержанной жизни, исполненной благой энергии и трудов, и, главное, образ человека, сочетавшего владение богатством внешним – материальным – с нищетой духовной. Это проявлялось в его смиренной молитве. Он обычно становился перед местной иконой преподобного Алексия, человека Божия… Ни разговоров, ни озираний вокруг никогда не допускал он себе, вошедши в храм и углубившись в великое дело молитвы. Никаких послаблений и облегчений неподвижного предстояния не позволял он себе, как бы долго ни длилась служба…»[144] Теперь место, где молился Третьяков, отмечено мемориальной доской.
Во второй половине XIX века служил в церкви Николы в Толмачах дьякон Федор Алексеевич Соловьев – будущий старец Алексий Зосимовский. Он отличался скромностью, отзывчивостью, почтительным отношением к старшим, благоговейным служением и великолепным бархатным голосом. Прихожане очень любили своего дьякона. В 1872 году скончалась его горячо любимая жена. Это стало страшным ударом для отца Федора, иногда он запирался у себя в комнате и безутешно плакал. На помощь пришел настоятель храма отец Василий. Он нагрузил Федора Алексеевича работой в журнале «Душеполезное чтение», издававшемся при храме. Дьякон написал краткую историю церкви и другие литературные труды. И работа действительно спасла его от скорби. Отец Федор всегда приходил в храм самым первым, а уходил последним, не забывая помолиться перед каждой иконой и проследить, все ли в порядке.
Он имел обыкновение, здороваясь со знакомыми, снимать шапку. Но так как почти весь приход он знал лично, то практически всегда ходил с непокрытой головой. Историограф церкви О.С. Четверухина заметила: «Одна старушка, которая тогда была еще десятилетней девочкой, впоследствии вспоминала, что особенно любила с ним встречаться, т. к. отец дьякон «уж очень хорошо здоровается»[145]. После ранней обедни Федор Алексеевич обычно раздавал милостыню, которая в день получения им жалованья была особенно щедрой. Ему даже выдавали деньги по частям, чтобы он не раздавал все сразу. Дьякон с охотой помогал всем нищим в округе, часто приглашал их к себе домой на обед. Однажды, не имея с собой денег, он отдал дрожащему от холода нищему свою рясу. Все, что с ним случалось, он принимал с величайшим смирением. Именно на таких ревностных священнослужителях и держался приход церкви Николы в Толмачах в те времена. В 1895 году отец Федор был рукоположен во пресвитера Успенского собора Московского Кремля – главного собора России. Через три года он был пострижен в иеромонахи с именем Алексий. Сейчас он известен всем как преподобный Алексий Зосимовский – один из самых славных и почитаемых старцев ХХ века.
В 1910 году произошло последнее обновление храма. После революции 1917 года люди перестали ходить в церковь. Молодой священник Илья Николаевич Четверухин, друг отца П.А. Флоренского и духовное чадо старца Алексия, приложил все усилия, чтобы сохранить церковь Николы в Толмачах. В 1922 году из храма было изъято более девяти пудов золотых и серебряных изделий. Отец Илья был прекрасным рисовальщиком и любителем живописи и, так как нужно было чем-то зарабатывать на жизнь, устроился научным сотрудником в Третьяковскую галерею. Вскоре его попросили выбрать между Третьяковкой и храмом. Конечно, он выбрал служение Богу. Начались тяжелые времена. Вот как описывает жизнь отца Ильи в те годы О.С. Четверухина: «Отец Илья совершал службы в искрящемся от инея храме, чудом находилось вино для причастия и мука для просфор, не хватало на самые насущные нужды: у детей, да и у матушки не было обуви, одежда перешивалась из всякого старья. Семья ложилась спать, не зная, чем они будут питаться завтра, по принципу «будет день, будет пища»[146].
Несмотря на все трудности, священник с усердием продолжал начатое дело. Немногочисленные прихожане любили проповеди отца Ильи, посвященные любви к Богу и ближним. Постепенно вокруг него сложилась община глубоко верующих и знающих Священное Писание прихожан, а храм Николы в Толмачах стали называть «Толмачевской академией». На Пасху 1929 года церковь была закрыта. Сотрудники Третьяковской галереи потребовали отдать им здание храма под хранилище. Священник и прихожане сделали все, чтобы отстоять храм, но их усилия оказались тщетными. Приход во второй раз в истории приписали к церкви Святителя Григория Неокесарийского на Полянке. В 1930 году отец Илья был арестован за «контрреволюционную агитацию и подготовку к восстанию» и через два года погиб во время пожара в лагерном клубе в поселке Красная Вишера.
В 1931 году началась перестройка церкви под хранилище Третьяковской галереи. Главы были сняты, верхние ярусы колокольни разобраны, внутреннее пространство разделено на этажи. Храм лишился иконостасов и ограды XIX века. Сложно сказать, повезло ли церкви Николы в Толмачах, что ее передали Третьяковке. По крайней мере, здание не разрушили полностью. Когда началась масштабная реконструкция галереи, планировалось в Никольской церкви устроить концертный зал. К 1990 году были восстановлены главы и колокольня. К счастью, никаких концертов в храме не проводилось. В 1993 году приняли неожиданное решение сделать церковь домовой при Третьяковской галерее. Службы в храме возобновились 8 сентября 1996 года, в праздник Владимирской иконы Богоматери. Патриарх Алексий II освятил главный престол Сошествия Святого Духа. Именно тогда произошло знаменательное событие: впервые в церковь Николы в Толмачах была принесена знаменитая чудотворная икона Владимирской Божией Матери – хранительница и заступница земли Русской.