Самодержцу гетман не нужен. Выиграв информационную войну со шведами и победив противника на поле битвы, царь Петр довольно скоро сменил свое отношение к украинской правящей верхушке. Измена Мазепы надолго поселила в умах и сердцах русских предвзятое отношение к малороссам. Та же часть украинской старшины, которая пошла за Петром I, считала себя вправе претендовать на обещанные льготы. После избрания гетманом Ивана Скоропадского царь приставил к нему великоросса Андрея Измайлова, которому было велено управлять всеми делами наравне с гетманом и следить за тем, чтобы гетман не сносился самостоятельно с иными державами. В июле 1709 года гетман Скоропадский обратился по этому поводу к царю, но получил отказ практически по всем пунктам. Недавние события обе стороны расценивали по-разному. Царь считал, что малорусский народ должен быть обязан Великороссии за освобождение от шведского нашествия, Скоропадский же считал, что именно участие широких украинских масс в войне против шведов помогло русским одержать победу.
Что же просил Скоропадский у царя? Чтобы во время военных походов малороссийские войска не подчинялись великорусским воеводам и генералам, чтобы казаки на несколько лет были освобождены от служб. Гетман просил вернуть орудия, отнятые у изменников, в войсковое достояние, просил разрешения торговать с запорожцами (что строго запрещалось царским правительством). Но вместо желаемых послаблений и льгот царь ужесточил свои требования к управлению делами в Малороссии. В 1715 году Петр указал гетману, чтобы полковая старшина назначалась им исключительно при участии великорусского чиновника, находящегося при гетмане. Освободив казаков только на одно лето от государевой службы, царь приказал направить несколько тысяч казаков на строительство канала, соединяющего Волгу с Доном.
В 1717 году Скоропадский вновь обратился к царю с новыми просьбами о льготах и облегчениях, царь ответил (но только через два года) в том смысле, что малороссийский народ несравненно меньше несет тяготы военного времени, чем великорусский. А в 1720 году последовали новые ущемления украинского самоуправления: были ограничены права Генерального судьи и писаря. В том же году произошло новое событие, свидетельствующее о намерениях царя окончательно считать Малороссию как неотъемлемую часть России. Царь приказал послать 12 тысяч казаков на строительство Ладожского канала. Скоропадский выполнил и это указание, за время этого строительства (1721 – 1724 г.г.) на канальных работах в условиях чужого и гибельного для украинцев климата погибли тысячи казаков. Руководили отправкой казаков черниговский полковник Павло Полуботок, лубенский полковник Андрей Маркович и Генеральный хорунжий Иван Сулима.
В 1721 году, наконец, закончилась Северная война, и в городке Ниештадте был подписан мир, по которому Россия получала выход к Балтийскому побережью от Выборга до Риги. Россия становилась великой Европейской державой, а Петр приобрел полное право называться императором. Гетман Скоропадский с ближайшим окружением прибыл в Москву для поздравления царя с новым титулом, он был принят с почетом и лаской, был посажен рядом с императором на торжественном приеме. Ожидая по такому знаменательному событию милостей, Скоропадский подал прошение о выводе за пределы Украины великорусского войска. Но Петр отказал, а на прошение об утверждении прав и вольностей Украины последовал императорский манифест об основании Малороссийской коллегии, состоящей из шести великорусских штаб-офицеров во главе с президентом бригадиром Степаном Вельяминовым. По статусу коллегия была выше гетмана, последний обладал лишь правом совета. Коллегия вводилась под благовидным предлогом защиты простого народа от своеволия гетманской старшины. Конечно, это имело место, поскольку вся старшина владела множеством земель и крепостных, но русские помещики ничем не отличались в этом смысле от украинских. Поэтому введение Малороссийской коллегии преследовало, прежде всего, только одну, главную цель – навечно включить Украину в сферу российских интересов. Причем коллегия должна располагаться не в Петербурге или Москве, а в казацкой столице – Глухове. Этот манифест стал для гетмана Скоропадского настоящим ударом, от которого он не смог оправиться.
В 1722 году император активизировал дипломатическую и военную деятельность на Восточном направлении. Для развивающейся российской промышленности требовалось сырье, для чего в сфере геополитических интересов Петра оказались Средняя Азия и Кавказ. По императорскому указу 12 тысяч казаков во главе с миргородским полковником Даниилом Апостолом приняли участие в успешном Персидском походе. Во время этого похода в июне 1722 года в Глухове умер гетман Скоропадский, назначивший, по казацкой традиции, наказным гетманом черниговского полковника Павла Полуботка. Для получения разрешения избрать нового гетмана в конце 1722 года в Петербург была направлена делегация, но Сенат отправил казаков в Астрахань дожидаться императора, который готовился к Персидскому походу. В Астрахани Петр принял делегацию, благодарил Полуботка за верную службу и отпустил посланцев с обещанием разрешить после похода избрать настоящего гетмана. Но вместо обещанных льгот Петр именным указом ввел в Малороссии новый налог на пчельники и табачное производство. А в начале 1723 года последовало очередное «новшество» – император объявил казакам, что в их полки могут назначаться великорусские полковники. Правда, уже имелся такой прецедент: нежинским полковником был назначен зять Скоропадского – Толстой, а в Стародубском полку казаки сами добились смещения неугодного им полковника Журавку, вследствие чего полковником и был назначен великоросс Кокошкин.
После возвращения Петра из Персидского похода Полуботок вновь направил императору челобитную, в которой просил назначить выборы гетмана. Заканчивалась челобитная следующими словами: «… с дозволенным нашим челобитствием раболепное приносим прошение, причем скипетрдержавную Вашего Величества монаршую духом лобызаем десницу». Реакция Петра была скорой, – он прислал в Генеральную канцелярию указ, в котором объявил всех украинских гетманов от Хмельницкого до Скоропадского изменниками, от чего, по его мнению, страдало все государство и в первую очередь сама Малороссия. Заканчивался указ туманным обещанием найти надежного кандидата в гетманы, а до той поры не докучать просьбами об избрании. При этом последовали новые ограничения: российское правительство назначило трех новых великорусских комендантов в Чернигов, Перяславль и Стародуб, и обязывало полковников подчиняться назначенным комендантам. Кроме того, были посланы инструкции, направленные на ужесточение налоговой системы в пользу центральной власти.
Тем временем в Глухов прибыла Малороссийская коллегия с президентом бригадиром Степаном Вельяминовым, который сразу же занял враждебную позицию по отношению к казацкой старшине. Вельяминов точно понял и исполнял замысел Петра: рассматривать Украину как неотъемлемую часть Российской империи без всяких особенных льгот и привилегий. В одной из стычек с наказным гетманом Вельяминов в гневе проговорился: « … ваши давние права отменить велено, а с вами – поступать по новому!» После этого последовало новое обращение в Сенат с жалобой на президента Малороссийской коллегии, в которой содержалась традиционная просьба о возврате прежних свобод. Но Малороссийская коллегия в свою очередь тоже пожаловалась на Полуботка и старшину в нарушении императорских указаний. Дело в том, что введением Малороссийской коллегии царское правительство разрешало всем слоям населения жаловаться на деятельность наказного гетмана и всей казацкой верхушки. И поток жалоб не заставил себя ждать. И не просто жалоб, а прямых выступлений против злоупотреблений новых, теперь уже украинских, панов. Полуботок направлял универсалы, направленные на успокоение хлопов и призывал повиноваться своим помещикам, что вызывало резкое возражение Малороссийской коллегии, считавшей такие действия противоправными.
Так что император имел все основания начать расследование малороссийского конфликта, для чего он вызвал в Петербург самого Полуботка, генерального писаря Семена Савича и генерального судьи Ивана Чарныша. Сохранились протоколы допросов вызванных, анализ которых показывает, что обвиняемые старались опровергнуть нападки коллегии и доказать, что действовали вполне в соответствии, как бы сейчас сказали, с действующим законодательством. Но дело повернулось совершенно неожиданным образом. Еще ранее в августе 1723 года в Тайную канцелярию поступил донос псковского епископа, украинца по происхождению Феофана Прокоповича на Полуботка, в котором наказной гетман обвинялся в государственной измене. Речь шла о том периоде, когда «гетман в изгнании» Филипп Орлик с крымскими татарами вошел в пределы Украины и искал контактов с влиятельным Полуботком. По этому поводу царь в то время распорядился провести расследование, которое не было завершено. Во время допросов в Тайной канцелярии подъячие проговорились задержанным малороссам о тайном деле против Полуботка. Тому удалось отправить в Украину доверенного человека с инструкциями старшине как отвечать в случае нового дознания по старому делу. В те же дни Петру была вручена челобитная жалоба якобы от всего украинского казачества о ликвидации Малороссийской коллегии и о выборах нового гетмана. Эта челобитная была, действительно, написана казаками, которых в целях предосторожности вывел в степь начальник российских войск в Украине князь Голицын после отъезда Полуботка в Петербург. Император, узнав об утечке информации в Тайной канцелярии и, получив челобитную, в гневе распорядился препроводить арестованных в Петропавловскую крепость, что и было сделано в ноябре 1723 года.
