Подойдя 6 июня к Трапезунду, С.А. Пустошкин после неудавшейся попытки вступить в переговоры с местными властями действовал крайне нерешительно. Эскадра бомбардировала Трапезунд и соседний с ним город Платану, но попытка высадить десант не удалась. Было взято одно купеческое судно и потоплено другое. Между тем засвежевший северо-западный ветер со шквалами мешал успешному действию артиллерии, а грунт рейда оказался до того нехорош, что якоря не держали, и суда дрейфовали. Такая опасная якорная стоянка и недостаток пресной воды заставили эскадру перейти в Феодосию, а затем 10 июля возвратиться в Севастополь.
Этой неудачной экспедицией начальник ее С.А. Пустошкин навлек на себя «особенное неудовольствие» начальства и, как видно по дальнейшей его службе, лишился доверия, которым до того времени пользовался.
В 1807 году Черноморский флот не встречался с турецким флотом, действовавшим против эскадры Д.Н. Сенявина у Дарданелл.
25 июня 1807 г был заключен Тильзитский мир между Россией и Францией. Турция лишилась своего могущественного союзника. Успешные действия эскадры Д.Н. Сенявина и Дунайской армии вынудили Турцию вступить в переговоры с Россией. 12 августа в Слободзее между Россией и Турцией было заключено перемирие с августа 1807 по март 1808 года, в действительности продолжавшееся, по политическим обстоятельствам, еще целый год. Военные действия возобновились только весной 1809 года, когда Турция, заключившая союзный трактат с Англией, в надежде на значительную ее помощь, получила полную уверенность в успехе. Но надежды эти не оправдались.
Несмотря на перемирие, с ранней весны 1808 г. Черноморский корабельный флот, под начальством контр-адмирала И.Л. Трескина, находился в готовности к выходу в море, и главному командиру маркизу И.И. де Траверсе было дано министром право «распоряжаться движением флота по востребованию надобности». Флот пополнился тремя судами, построенными в Херсоне — 74-пушечные линейные корабли «Анапа» и «Мария» и 36-пушечный фрегат «Лилия».
Мирная деятельность флота ограничивалась тем, что в продолжение всего лета команды судов обучались управлению парусами и действию артиллерией, а на Севастопольском рейде стояли в готовности линейный корабль и фрегат, сменявшиеся через две недели; отряды мелких судов также по очереди высылались в крейсерство к Сулинским гирлам Дуная.
После возобновления в 1809 году военных действий, в Севастополе, под начальством того же контр-адмирала И.Л. Трескина, в полной готовности к выходу в море находилось 7 линейных кораблей, 7 фрегатов и 8 мелких судов (3 брига, 1 шхуна, 1 требака и 3 брандера). В ожидании нападения турецко-английского флота укреплялись наиболее нуждавшиеся в защите порты, особенно Севастополь. Для защиты Одессы были отправлены 5 канонерских лодок, а к Очакову — 10 лодок и 3 плавучие батареи. Отряды же из фрегатов и мелких судов посменно крейсировали близ устьев Дуная.
Для занятия уже успевшей отстроиться крепости Анапы был направлен отряд под начальством капитан-лейтенанта А.И. Перхурова (линейные корабли «Варахаил» и «Победа», фрегаты «Лилия» и «Назарет», бомбардирское судно «Евлампий», военный 26-пушечный транспорт и требака) с десантом в 1170 человек. 15 июня крепость была обстреляна, после чего занята без сопротивления. Оставив в крепости русский гарнизон, отряд 23 июня вернулся в Севастополь.
Получив сведения о занятии нашими войсками приморских городов Кюстенджи и Мангалии, к румелийскому берегу 22 сентября 1809 г. был направлен отряд — фрегаты «Назарет», «Лилия», «Воин» и бриг «Алексей» под командованием капитан-лейтенанта С.И. Стулли, которому предписывалось «прикрывать берега, занятые нашими войсками, наносить по всей возможности вред неприятелям, истреблять их суда и распространять страх на них около самой Варны». Но, к сожалению, энергичная деятельность ограничилась только предписанием. Небольшой русский отряд не мог выполнить поставленную задачу. Увидев турецкую эскадру из 33 вымпелов (1 корабль, 2 фрегата, 1 корвет и 29 мелких судов), С.И. Стулли отправил в Севастополь бриг с известием о появлении турок и продолжал держаться около Варны, где 3 октября встретил неприятельский отряд из 5 кораблей, в числе которых было два 100-пушечных. Но турки почему-то на наши суда не обратили внимания и к вечеру скрылись из вида.
Один только 36-пушечный фрегат «Назарет», входивший в отряд С.И. Стулли, не разобрав поднятого флагманом сигнала о повороте, отделился от отряда и с рассветом 4 октября оказался среди неприятельских судов. Два корабля (один из них 100-пушечный), пройдя с подветренной стороны фрегата, сделали по нему несколько выстрелов, но, не продолжая боя, дали ему возможность удалиться. В донесении командира фрегата «Назарет» лейтенанта П.И. Ланге этот случай представлен таким подвигом, каким впоследствии прославился бриг «Меркурий». На самом же деле раскрытые следствием подробности этого случая доказали растерянность командира и готовность его сдаться неприятелю, отсутствие на фрегате должной дисциплины, ссоры и интриги, бывшие между П.И. Ланге, начальником отряда С.И. Стулли и также между офицерами фрегата. После разбора дела генерал-аудиториат присудил командира фрегата и четырех офицеров разжаловать в матросы, но впоследствии офицеры были помилованы и разжалован только один командир.
На помощь отряду С.И. Стулли из Севастополя 9 октября вышли два линейных корабля «Анапа» и «Правый» и требака «Константин». Прибыв 16 октября к Варне, они не обнаружили ни турок, ни первого отряда и 26 октября возвратились в Севастополь.
Дело затянулось, из Севастополя 23 октября был послан к Варне еще отряд под командованием капитана 1-го ранга П.М. Макшеева (линейные корабли «Ратный» и «Мария», фрегаты «Воин» и «Лилия», бриги «Алексей» и «Елизавета», шхуна «Экспедицион»). Обнаружив в Варне 6 турецких линейных кораблей, П.М. Макшеев не решился атаковать сильнейшую турецкую эскадру, ушел к Одессе, а затем вернулся в Севастополь.
В июне 1809 г. адмирал П.В. Чичагов оставил пост морского министра и на его место был назначен главный командир Черноморского флота и портов адмирал маркиз И.И. де Траверсе, а исправляющим должность последнего — вице-адмирал Н.Л. Языков. На характере боевых действий флота это никак не отразилось.
В начале 1810 г флот приказано было держать в такой готовности, «чтобы он мог выйти в море через три дня по получении о том повеления»; но в случае соединения турок с англичанами предписывалось соблюдать такую осторожность, «что не только флот наш, но даже корабля или фрегата и других судов не отваживать». Несмотря на это чрезмерно осторожное распоряжение, необходимость заставила высылать в крейсерство фрегаты, корветы и мелкие суда к Дунаю, также для обозрения румелийского и анатолийского берегов, и фрегаты в крейсерство к восточному берегу, особенно к Сухум-кале и Судасук-кале (Новороссийск), для захвата и уничтожения турецких судов, доставлявших горцам порох и оружие.
На кавказском берегу особенное опасение вызывал Сухум-кале. Хотя он находился в Абхазии, принявшей подданство России, но в нем заперлись восставшие, убившие своего прежнего владетеля, преданного русским властям. Абхазцев поддерживали турки. Вышедший из Севастополя 19 июня отряд из 6 судов (линейный корабль «Варахаил», фрегаты «Воин» и «Назарет», требака и 2 канонерские лодки с десантом в 860 человек) под командованием капитан-лейтенанта П.А. де Додта 7 июля прибыл к Сухум-кале. Подойдя 9 июля к укреплениям Сухума на ружейный выстрел, отряд бомбардировал их всю ночь. Утром был свезен десант, который после упорного кровопролитного боя овладел крепостью, потеряв убитыми и ранеными 109 человек. Потери турок — 300 убитых, 78 пленных. В крепости взято 62 пушки и более тысячи пудов пороха. Разрушив крепость, отряд 5 августа вернулся в Севастополь. Это была единственная успешная операция флота в 1810 году.
В конце мая 1810 г. было получено известие о выходе из Босфора сильной неприятельской эскадры в числе 13 линейных кораблей и фрегатов. 30 июня на поиск неприятеля была направлена эскадра под командованием контр-адмирала A.A. Сарычева (линейные корабли «Ратный», «Полтава», «Ягудиил», «Правый», «Анапа», «Мария» и «Дмитрий Донской», фрегаты «Воин», «Крепкий» и «Лилия», бриг «Алексей», бомбардирский корабль «Евлампий»), Так как по имевшимся сведениям одна часть турецких судов пошла к анатолийскому берегу, а другая к румелийскому, то A.A. Сарычеву предписывалось сначала истребить первый отряд, а потом второй. При осмотре анатолийского берега ни в Синопе, ни в Самсуне неприятельских судов не оказалось. А между тем 11 июля турецкая эскадра, в числе 9 кораблей и 6 фрегатов, подошла на вид Севастополя и, ничего не предпринимая, 13 числа удалилась в море. Но одно только появление турок уже так повлияло на местных татар, что враждебные нам отряды начали собираться в Байдарской долине с целью, в случае высадки десанта, оказывать помощь неприятелю.
