В 1520-х годах вопрос об отчуждении церковных вотчин утратил актуальность. На процессе 1531 года поток обличений обрушился не на Вассиана Патрикеева, а на Максима Грека, еще не успевшего написать послания в поддержку нестяжателей. Раздоры из-за монастырских сел отступили на задний план перед лицом богословских споров, грозивших русской церкви серьезными потрясениями. Взявшись за исправление русских богослужебных книг, Максим Грек посеял сомнение в их святости.
Максим Грек приступил к ученому труду по приказу великого князя. Его работу одобряли Вассиан Патрикеев и греки — архимандрит Савва, Ю. Траханиотов, Марк Грек. Теперь одному Вассиану пришлось ответить за греческую «прелесть». Показания писцов помогли его изобличению. Старец Чудова монастыря Вассиан Рушанин передал следующие слова Патрикеева, обращенные к нему: «Ты слушай мене, Васьяна, да Максима Грека, и, как тебе велит писати или заглаживати Максим Грек, так учини. А здешние книги все лживые, а правила здешние кривила, а не правила». Вассиан без всякого почтения отзывался о неисправных переводах писания, которые на протяжении столетий почитались на Руси как божественное откровение.
Демонстрируя собеседникам неудачно переведенные места, Вассиан не скрывал гнева и возмущения. Показав одному из монахов Иосифо-Волоколамского монастыря строку из Евангелия недельного толкования, он крикнул: «Диаволим, де, духом писано». На суде его слова были истолкованы как хула на Христа.
До поры до времени противники Вассиана не осмелились ставить вопрос о каноничности текста «Новой Кормчей», в работе над которой Вассиану помогал Максим Грек. В целях защиты попранной старины осифляне при участии митрополита взялись за составление своей редакции Кормчей. Еще раньше было принято решение о суде над Вассианом. На суде глава церкви прямо обвинил, что тот развратил «на свой разум» Кормчую, эту «святую великую книгу».
В свое время Иосиф упрекал Вассиана, что он вместе с Нилом «похулиша» великих русских чудотворцев. Вассиан отвечал, что Иосиф лжет. После того, как переводы Максима Грека поставили под сомнение святость старых книг, вопрос об отношении к русским святым приобрел исключительно острый характер. На суде Даниил, обращаясь к Вассиану, заявил: «А чюдотворъцев (русских. — Р.С.) называвши смутотворцами», потому что они «у монастырей села имеют и люди». И обвинитель и обвиняемый не забыли старых споров о нестяжании. Но теперь оба коснулись этой темы как бы вскользь. Не касаясь подробностей дела, Вассиан отвечал своему обвинителю: «Яз писал о селех — во Евангелии писано: не велено сел монастырем держати». Митрополит сослался на тексты из Кормчей и старых святых. На это Патрикеев отвечал: «Те държали села, а пристрастия к ним не имели». Когда же Даниил указал на пример новых чудотворцев, Вассиан отвечал: «Яз того не ведаю, чюдотворци ли то были».
В 1521 году в уделе князя Юрия Дмитровского были открыты мощи старца Макария — основателя монастыря в Калязине, умершего в 1483 году. Даниил, только что получивший митрополичий сан, поспешил признать мощи Макария нетленными и чудотворными. Среди просвещенных людей весть о новом чудотворце была воспринята скептически. В отзывах Вассиана о Макарии слышно раздражение аристократа. «Господи! — говорил он, — что ся за чюдотворцы? Сказывают, в Колязине Макар чюдеса творит, а мужик был селской!».
Судьи пытались использовать сочинения и толкования Вассиана для обвинения его в ереси. Князь-инок мужественно защищался, пуская в ход иронию и блестящее знание богословских сочинений. Вассиан не скрыл от собора своих сомнений по поводу догмата о двойной природе Христа, что имело для него самые неблагоприятные последствия. Согласно ортодоксальной точке зрения, Христос в качестве господа бога обладал божественной природой, однако в своих земных скитаниях выступал как человек с тленной плотью. Митрополит Даниил с гневом обрушился на еретические «мудрствования» Вассиана о том, что «плоть господня до воскресения нетъленна». Вместо покаяния собор услышал твердые слова: «Яз, господине, как дотоле говорил, так и ныне говорю».
Воспользовавшись признанием Вассиана, суд признал его виновным. Старца решено было заточить в Иосифо-Волоколамский монастырь. Среди монахов этого монастыря особым доверием Даниила пользовались старцы Ленковы. Одного из них — Герасима — он сделал игуменом после своего избрания на митрополию. Но Герасим Ленков пробыл на игуменстве всего несколько месяцев. После него тюремщиком Вассиана стал старец Тихон Ленков, до того надзиравший за Максимом Греком. В 1532 году Василий III вызвал Тихона в Москву, дав ему приказ: «Васьяна княж Иванова приказал бы ты, Тихон, беречи Фегносту Ленкову». Осифляне Ленковы, заполучив в свои руки Вассиана, «по мале времени его уморили». Так, по крайней мере, утверждал князь Андрей Курбский.
Чтобы укрепить незыблемость старой веры, противники греческой «прелести» решили устроить новый суд над Максимом Греком. Зловещую роль в судьбе философа и гуманиста сыграл новый любимец Василия III М. Ю. Захарьин. (Его родной брат Роман положил начало роду Романовых.) Захарьины превзошли в усердии митрополита Даниила. М. Ю. Захарьин был единственным из ближайших советников великого князя, решительно поддержавшим его намерение перед смертию постричься в монахи. В дни суда М. Ю. Захарьин выступил с такими обвинениями против Максима Грека, которые четко обнаруживали фанатизм и невежество обвинителя. Захарьин утверждал, будто во время пребывания в Италии Максим и двести других лиц выучились у некоего учителя «любомудрию философскому и всякой премудрости литовстей и витерстей, да уклонилися и отступили в жидовский закон и учение», папа римский велел их сжечь, но Максим спасся, сбежав на Афон.
Если бы Захарьину удалось доказать утверждение насчет перехода Грека в «жидовский закон», еретика можно было послать на костер. Именно так Иосиф Волоцкий расправился с вольнодумцами в 1504 году. Однако Максим Грек написал несколько обличительных посланий против иудаизма, и выступление ближнего боярина не достигло цели. Ввиду очевидной абсурдности подозрений насчет «жидовства» митрополит Даниил не включил этот пункт в свою обвинительную речь.
В 1522 году в Москву прибыл турецкий посол Скандер, грек по крови. Он привез предложение о мире и дружбе с Россией. Максим Грек виделся с земляком, и через десять лет митрополит Даниил обвинил его в изменнических сношениях с турецким послом и кафинским пашой. Обвинения были вымышленными. Максим верил в высокую историческую миссию богохранимой православной державы и надеялся на возрождение Греции под ее эгидой.
Философа обвинили в том, что он добился расположения Василия III посредством волхования — он якобы писал водкой на дланях. Пристав старец Тихон Ленков передал слова Грека: «Ведаю все везде, где что деется». Эти слова также были вменены писателю в вину. Собор увидел в них чародейство: «Ино то волхование еллинское и еретическое».
Инициаторы суда стремились очернить ученого-переводчика как шпиона и колдуна с единственной целью — опорочить его переводы, якобы возводящие хулу на старую веру. Главные обвинения сводились к тому, что Грек не признавал русских священных книг, исказил ряд канонических статей в Кормчей, «заглаживал» (стирал) отдельные строки в Евангелии, хулил русских чудотворцев. Отвечая на последнее обвинение, Максим заявил, что никогда ничего не говорил о митрополитах Петре и Алексее, Сергии Радонежском и Кирилле, а про чудотворца Пафнутия Боровского говорил: «Того для, что он держал села, и на деньги росты имал, и люди и слуги держал, и судил, и кнутьем бил, ино ему чюдотворцем как быти?» Максим не собирался декларировать свою принадлежность к так называемому движению нестяжателей. Он говорил об очевидных вещах. Истинно святую жизнь вели пустынники в скитах, тогда как старцы монастырей были погружены в мирские дела и их жизнь была далека от святости.
Греки из окружения философа, выступавшие на суде как свидетели обвинения, тщетно рассчитывали на милость и снисхождение властей. Все они вместе с русскими писцами, участвовавшими в исправлении русских богослужебных книг, подвергались суровому наказанию. Максима Грека перевели из тюрьмы Иосифо-Волоколамского монастыря в Тверь. «Оковы паки дасте ми, — жаловался страдалец, — и паки аз заточен, и паки затворен и различными озлоблении озлобляем». Келейник Максима Афанасий и старец Чудова монастыря Вассиан Рушанин попали в заточение к митрополиту, Михаил Медоварцев — к коломенскому владыке Вассиану Топоркову, чудовский старец Вассиан Рогатая Вошь — к рязанскому владыке Ионе, архимандрит Савва — в Левкиеву Успенскую пустошь в окрестностях Волоколамска. Писца Исаака Собаку решили заточить в Юрьев монастырь в Новгороде, но затем изменили решение и отослали в митрополичий монастырь в Волосове, под Владимиром.
