Иоанн не отрицает казней, последовавших за открытием движения советников Сильвестра и Адашева в пользу последних. Следовательно, имеем право принять показание Курбского о казни одной вдовы, Марии Магдалины, с пятью сыновьями; вдова эта была родом полька и приняла в Москве православие; по словам Курбского, ее обвиняли в связи с Адашевым и в чародействе; Курбский превозносит ее христианскую жизнь; тогда же казнены были родственники Адашева: брат Данила с двенадцатилетним сыном и тестем Туровым, трое братьев Сатиных, которых сестра была за Алексеем Адашевым, наконец, родственники Адашевых Иван Шишкин с женою и детьми. Мы не можем только ручаться за известия Курбского во всей их полноте: например, не знаем, действительно ли Данила Адашев был казнен вместе с двенадцатилетним сыном. На основании признаний самого Иоанна имеем право принять известие Курбского и других современников о порче нравственности Иоанновой, происшедшей в это время; мы видели, как начало порчи положено было в молодых летах его; брак, впечатление, произведенное пожарами, влияние Сильвестра и Адашева повели к успокоению страстей, к очищению души, но скоро Иоанн опять стал волноваться подозрением и гневом вследствие поведения Сильвестра и советников его во время болезни своей, вследствие образования при дворе двух сторон, вследствие вражды Сильвестра и стороны его к Анастасии; наконец Сильвестр и Адашев удалились, но советники их оставались и действовали для возвращения себе прежнего значения; надобно было действовать против них, употреблять наказания, опять возвращалась страшная эпоха Шуйских, Кубенских и Воронцовых; около Иоанна образовалась пустота: люди, к которым он привык, которых любил и, что всего важнее, которых уважал, исчезли или, что еще хуже, стали поодаль, во враждебном положении, с укором на устах и во взорах; к новым людям, занявшим их место, не чувствовалось уважения; в это время новый удар: Иоанн овдовел, остался совершенно одинок, остался один на один с своими страстями, требовавшими немедленного удовлетворения, а природа Иоанна мешала ему останавливаться при удовлетворении страстей; при впечатлительности, страстности, увлекательности природы Иоанновой переходы от зла к добру и от добра ко злу были очень скоры. Как следствия порчи нравственной выставляют две казни: казнь князя Михайлы Репнина и князя Дмитрия Овчинина. Иоанн, по словам Курбского, призвал Репнина на пир, желая привязать его к себе; когда все общество, развеселившись, надело маски и начало плясать, Репнин стал со слезами говорить Иоанну, что христианскому царю неприлично это делать; Иоанн в ответ надел на него маску, говоря: "Веселись, играй с нами!" Репнин сорвал маску, растоптал ее и сказал: "Чтоб я, боярин, стал так безумствовать и бесчинствовать!" Иоанн рассердился и прогнал его, а чрез несколько дней велел убить его в церкви подле алтаря, во время чтения евангельского; в ту же ночь велел убить князя Юрия Кашина, когда тот шел в церковь к заутрене: убили его на самой церковной паперти. Причины этого последнего убийства Курбский не объявляет. Мы сочли себя вправе упомянуть здесь об этих казнях потому, что Курбский в первом послании своем к царю уже говорит: "Зачем ты святую кровь воевод своих в церквах божиих пролил, зачем мученическою их кровью пороги церковные обагрил?" Иоанн в ответе, не отрицая казней, говорит, однако: "Крови в церквах никакой мы не проливали и порогов церковных кровью не обагряли". Молодой князь Дмитрий Оболенский-Овчинин, племянник любимца великой княгини Елены, казнен был по одному известию за то, что поссорился с молодым Федором Басмановым, любимцем Иоанна, и сказал ему: "Я и предки мои служили всегда с пользою государю, а ты служишь гнусною содомиею". Но молчание Курбского о причине казни Овчинина заподозривает приведенное известие; Курбский также противоречит его автору относительно того, как убит был Овчинин.
Самым близким человеком к Сильвестру и Адашеву из бояр был князь Дмитрий Курлятев; его с женою и дочерьми сослали в монастырь. Курбский говорит, что их всех постригли насильно, дочерей-младенцев, а через несколько лет удавили. Князь Михайла Воротынский с семейством сослан был на Белоозеро; до нас дошли известия, как содержались эти опальные вельможи; в конце 1564 года приставы, отправленные при Воротынских, писали, что в прошлом году не дослано было ссыльным двух осетров свежих, двух севрюг свежих, полпуда ягод винных, полпуда изюму, трех ведер слив; велено было дослать; князь Михаил бил челом, что ему не прислали государева жалованья: ведра романеи, ведра рейнского вина, ведра бастру, 200 лимонов, десяти гривенок перцу, гривенки шафрану, двух гривенок гвоздики, пуда воску, двух труб левашных, пяти лососей свежих; деньгами шло князю, княгине и княжне 50 рублей в год, людям их, которых было 12 человек, 48 рублей 27 алтын. Мы не знаем, в чем обвинялись эти лица, подвергшиеся смертной казни или заключению, но знаем, в чем обвинялись некоторые вельможи, подвергшиеся было опале, но прощенные. В 1561 году взято письменное обещание не отъезжать с князя Василия Михайловича Глинского, который проступил. В 1562 году 29 человек поручились по князе Иване Дмитриевиче Бельском, что ему не отъехать ни в какие государства, ни в уделы, и за этих поручников поручилось еще 120 человек; но в том же году тот же Иван Дмитриевич Бельский уже снова бил челом за свою вину, что "преступил крестное целование и, забыв жалованье государя своего, изменил, с королем Сигизмундом-Августом ссылался, грамоту от него себе опасную взял и хотел бежать от государя своего". Несмотря на это, государь "холопа своего пожаловал, вины ему отдал". В записи Бельский обещается: "Служить мне государю своему и потом сыну его большому, который на государстве будет. А которые дети государя моего на уделах будут, мне к ним не отъехать; также мне к удельным князьям ни к кому не отъехать". В следующем, 1563 году Бельский с шестью другими боярами выручал другого отъезжика, князя Александра Ивановича Воротынского; за поручников поручилось по обыкновению еще 56 человек. В следующем, 1564 году выручен был Иван Васильевич Шереметев также двойным ручательством. Курбский пишет, что Иоанн мучил Шереметева, допытываясь, где его богатство. Шереметев отвечал, что "оно руками нищих перенесено в небесное сокровище, ко Христу". Иоанн умилился, велел снять с него тяжелые оковы и перевести в тюрьму более сносную, но в тот же день велел удавить брата его Никиту. Но известие, особенно о смерти Никиты Шереметева, сомнительно; что же касается до Ивана Шереметева, то известно, что, давши запись, он долго оставался на прежнем месте и потом постригся в Кириллово-Белозерском монастыре; мы видели его советником Шуйских, деятельным участником в свержении князя Ивана Бельского.
Вельможам, находившимся в Москве, трудно было отъехать; легче было сделать это воеводам, находившимся на границах, в Ливонии; этим удобством воспользовался один из самых знаменитых воевод, князь Андрей Михайлович Курбский, и отъехал в Литву, к королю Сигизмунду-Августу, который принял его с честию. Курбский был в числе самых близких советников Сильвестра и Адашева, но, как видно из его собственных показаний, до конца 1559 года пользовался особенным расположением Иоанна; отправляя его в это время вторично в Ливонию, царь говорил ему: "Я принужден или сам идти против ливонцев, или тебя, любимого моего, послать: иди и послужи мне верно". Но эти отношения Курбского к царю должны были скоро перемениться вследствие удаления Сильвестра и Адашева, потом опал и казней родственников и друзей их. По некоторым известиям, неудачная битва Курбского с литовцами под Невелем заставила его опасаться гнева Иоаннова и отъехать. Курбский в письме к Иоанну так говорит о причинах отъезда: "Какого зла и гонения от тебя не претерпел я! Каких бед и напастей на меня не воздвиг ты? Каких презлых лжесплетеней не взвел ты на меня! Приключившихся мне от тебя различных бед нельзя рассказать по порядку за множеством их. Не упросил я тебя умиленными словами, не умолил я тебя многослезным рыданием, не исходатайствовал от тебя никакой милости архиерейскими чинами". Иоанн отвечает ему: "Зачем ты за тело продал душу? Побоялся смерти по ложному слову своих друзей? От этих бесовских слухов наполнился ты на меня яростию! Ты за одно слово мое гневное душу свою погубил". Но в другом месте Иоанн пишет: "Зла и гонений без причины от меня ты не принял, бед и напастей на тебя я не воздвигал; а какое наказание малое и бывало на тебе, так это за твое преступление, потому что ты согласился с нашими изменниками; а ложных обвинений, измен, в которых ты не виноват, я на тебя не взводил, а которые ты проступки делал, мы по тем твоим винам и наказание чинили. Если ты наших опал за множеством их не можешь перечесть, то как вся вселенная может исписать ваши измены?" и проч. Из этого уже видно, что дело пошло не из-за одного слова гневного, что Курбский действительно подвергся опале, претерпел наказание за свою связь с Сильвестром и Адашевым: "потому что ты согласился с нашими изменниками"; в чем могло состоять наказание воеводе неотозванному, продолжавшему начальствовать войсками? Быть может, в отобрании части имущества. Наконец, гневное слово за Невельскую битву могло быть решительным побуждением для Курбского к бегству, ибо из слов Иоанновых видно, что приятели Курбского дали знать ему об этом гневе и дали знать в том смысле, что ему грозит смерть. Из подробностей о бегстве Курбского мы знаем, что он получил два письма: одно - от короля Сигизмунда-Августа, другое - от сенаторов, Николая Радзивилла, гетмана литовского, и Евстафия Воловича, подканцлера литовского. В этих письмах король, гетман и подканцлер приглашали Курбского оставить Московское государство и приехать в Литву. Потом Курбский получил еще от короля и Радзивилла грамоты: король обещал ему свои милости, Радзивилл уверял, что ему дано будет приличное содержание. Курбский отправился в Литву, когда получил от короля опасную грамоту и когда сенаторы присягнули, что король исполнит данные ему обещания. Известный литовский ученый Волан, восхваляя своего благодетеля гетмана Радзивилла, между другими важными заслугами его приводит и то, что по его стараниям Курбский из врага Литвы стал ее знатным обывателем.