15 мая, в Троицын день, Шумлянский служил в соборной церкви, молился усердно, торжественно за царей, за вселенских и за московского патриархов, за царскую палату, за умножение благочестивой веры греческого закона; резидент был в церкви, и все львовское братство «с великим благочинием и рацеями отдавало перед ним великим государям свое доброжелание и рабскую уклонность».
А между тем по-прежнему шла церковная борьба у русских с поляками, по-прежнему поляки не переставали теснить православных. Вот что доносил русский резидент Волков в Москву. 14 мая 1690 года в Варшаве канцлер коронный Эрнст Денгоф судил владимирских мещан с епископом владимирским, отступником от православия, униатом. Епископ хотел обратить в унию две благочестивые церкви, построенные владимирским братством; он выставлял на вид, что все русские церкви теперь в унии и находятся под его паствою; остались только две эти церкви, и священники их ходят по своей воле, а его, епископа, не слушают. Мещане доказывали, что церкви эти исстари благочестивые и потому не следует обращать их в унию, король при избрании своем присягал чтоб вере никакого утеснения не делать. Канцлер произнес такое решение: «Хотя прежде эти церкви в унии и не были, так теперь будут». Но только что он выговорил эти слова, как всем показалось что своды в палате начали трещать и стены колебаться. Все бросились бежать: канцлер в дверях зацепился за что-то своими широкими рукавами и упал, бежавшие за ним попадали на него и чуть не задушили, вынесли его чуть живого. Опомнившись в сенях. канцлер послал верных людей осмотреть, нет ли кого на крыше и отчего своды грозили падением; на крыше никого не нашли. и своды стояли безо всякого повреждения. Несмотря на то, канцлер не решился досуживать суда и больше уже не входил в ту палату. а дело предоставил на королевское решение; король решил в пользу униатов. Сколько было тогда православных в Варшаве при дворе, видно из следующего донесения Волкова. На дворе у резидента была православная церковь, где служил священник из Перемышля. В церковь сходилось множество православного народа, покоевые дворяне королевские и шляхта, священник исправлял требы, исповедовал, приобщал, крестил младенцев, венчал свадьбы. Это сильно не нравилось польскому духовенству, и 20 мая познанский бискуп Витвицкий велел схватить священника на улице и привести к себе. Наговоривши ему о вере благочестивой противных вещей, бискуп велел посадить его под караул у себя на дворе. Но на другой же день умер скоропостижно королевский сокольник. русский человек; товарищи его, сокольники, подали королю просьбу, чтоб позволено было похоронить умершего по православному обряду; король согласился, и по его указу освободили священника из-под епископского караула. Осенью того же года униатский перемышльский епископ Малаховский захватил пять православных церквей, причем униаты отняли у православных священников дворы, разграбили имение. По королевскому указу велено было дворы и пашенную землю священникам отдать; но униаты не послушались, а вдова бывшего коронного подскарбия Андрея Модреевского Урсула, в имении которой находились захваченные церкви, велела поймать одного священника и бить перед собою дубьем: несчастный получил триста ударов, после чего другие православные священники привезли его в Жолкву к королю для осмотра, но не получили никакой управы. Сначала в Львове в школах иезуитских ученье русским людям было свободное; но в девяностых годах иезуиты начали русских принуждать к унии и присяге; кто из русских учеников выучился у них в школах грамматике и риторике, того допускали они слушать философию только год, кто же хотел оставаться долее в школах, тот должен был принять унию.
В 1691 году на смену Волкову отправился в Польшу другой резидент, стольник Борис Михайлов; в Минске явились к нему православные мещане, Демьян Шишка с товарищами, и жаловались, что на них от панов литовских, от гетмана Сапеги и других великое гонение, принуждают их к унии всякими мерами. В мае месяце униатский плебан Салган Юревич, собравшись с католиками и униатами, приезжал в минский Петропавловский монастырь многолюдством, и хотели насильно обратить монастырь в унию. Архимандрит монастыря Петр Пашкович с братиею поостерегся, дал всем православным знать заранее, и православные, собравшись, сидели в монастыре с оружием и каменьями трое суток, положивши оборонять монастырь до самой смерти, католиков и униатов с великою запальчивостию били и сказали им напоследок, что помрут в монастыре все, а кто останется в живых, побегут с женами и детьми в Москву и будут им мстить, как смогут. Тогда осаждающие отступили от монастыря. Гонят православных и всякие налоги и наезды чинят по всей Литве униатский митрополит Киприан Жуховский, виленский епископ Константин Брестовский да плебан Юревич. Татарам и жидам, говорили мещане, больше уважения от панов, нежели благочестивым христианам: татары могут строить новые мечети и жиды кагалы, а православным древних церквей покрывать и починять не позволяют, ведут к тому, чтоб благочестие до конца известь.
Летом 1692 года, будучи в Львове, резидент шел однажды предместьем и за иезуитским костелом встретил старика очень почтенной наружности, который подошел к нему, объявил, что он шляхтич русской веры именем Попара, и попросил позволения поговорить без свидетелей. С тяжелым вздохом начал свою речь Попара, что бывал он в Москве еще при царе Михаиле, не раз целовал у него руку, а при державе царя Алексея Михайловича в продолжение многих лет ссылался обо всяких тайнах с боярином Матвеевым, и будто его службою Киев остался в царской стороне. В те годы всем православным был покой большой, принуждения к унии ни от кого не было, во всем русских людей поляки почитали и ничем обидеть не смели, опасаясь царского гнева. Но когда заключен был вечный мир и иезуитам в Москве веру свою распространять позволено, то сейчас же в Польше началось гонение великое на церкви божии, больше семисот церквей обратили в унию, а теперь и последнюю львовскую епископию принуждают к унии. Поляки хвастаются, будто и в Москве их веру больше любят, чем свою русскую. «Нас, православных, здесь, – продолжал Попара, – поляки ни в чем не слушают и за скотов почитают; нынче призывал меня к себе епископ Иосиф Шумлянский и говорил, что прислан королевский указ о присоединении, к унии. Я один и без братства сказал епископу, чтоб он объявил королю нашу русскую раду: никогда мы добровольно в унии быть не захотим, по милости божией у нас вера добрая, и никогда мы о вере королевскому величеству не докучали; изволил бы король оборонять нас от татар, а не от веры. Я в преклонной старости и кончину свою вижу при дверях, так объявляю для христианской веры самую истину, что львовская епископия в благочестии не устоит, если не в этом году, так все же скоро будет в унии, потому что Шумлянский на епископство возведен силою, обороною и желанием нынешнего короля, когда тот был еще гетманом, и при поставлении обещался непременно приступить к унии; а перемышльского епископа ставил он, Шумлянский, при таком же обещании, и прошлого года перемышльский епископ унию принял. И Шумлянский втайне униат, а явно не присягает, потому что братство крепко стоит. А вся эта слабость сделалась оттого, что позволено быть католикам в Москве, все государство иезуиты вызнали, описали все города и обычаи; и трое французов были недавно в Москве для того же. У папы, цесаря, королей французского и польского положено: если война с турками и у цесаря с французом прекратится, то всем сообща войною и всякими вымыслами внести в Московское государство католическую веру; многие иезуиты, которые в Москве были, предложили к тому способы, и многие охотники собираются о том радеть и присягают, что это дело могут в Московском государстве совершить в короткое время. Нам, православным, от этого великое спасение». Резидент успокоивал старика, что все это нестаточное дело, говорит он о небывалых вещах, не дознавшись подлинно; но Попара настаивал на своем: «Верно знаю, что поляки чрез иезуитов, папу, цесаря и француза уговорили вводить в Москву католическую веру». Русских людей Западной России трудно было успокоить насчет иезуитов, которые являлись для них постоянно главными двигателями гонения, готовыми на все. Могилевское духовенство дало знать резиденту, что приезжали в Могилев из Вильны комиссары пан Вербецкий, пан Шпиловский, Жембоцкий да Ильинич и, по иезуитскому настоянию, с великим надругательством разорили церковь Петра и Павла в селе Езере, в трех милях от Могилева, позволили разорять ее близ живущим татарам; побивши прихожан, которые защищали церковь, татары влезли на крышу, столкнули ногами крест, а потом всю церковь до последнего бревна разметали, иконы покололи ругательски. Место осталось пусто, православные христиане без церкви начали быть в размышлении и многие стали клониться к иезуитскому учению. Когда львовские жители являлись к королю на визит с поздравлениями и подарками, то впереди шли поляки, потом армяне, а уже за армянами русские православные, тогда как прежде русские стояли выше армян. Перемышльский епископ Иннокентий Винницкий, приняв унию, стал жестоким гонителем православия: по его наущению шляхта напала на православную церковь св. Троицы в местечке Коморне, в четырех милях от Львова; в церкви священник Иван Ревенец служил обедню, шляхта хотела вытащить его вон и убить, ни прихожане заперлись в церкви и оборонялись часа с три; но потом, видя, что отсидеться никак нельзя, надели на священника женское платье, выпроводили его тайком и потом отперли церковь. Шляхта, не найдя священника, била прихожан насмерть, а церковь запечатала для отдачи униатам.