В объяснении причины разрыва Никона с Алексеем Михайловичем исследователи несколько расходятся благодаря неполноте фактических данных об этом событии. Одни (Соловьев, митрополит Макарий) объясняют разрыв возмущением царя, с одной стороны, и резкостями в поведении Никона – с другой; у них дело представляется так, что охлаждение между царем и патриархом происходило постепенно и само по себе, незаметно привело к разрыву. Другие (Субботин, Гюббенет и покойный профессор Дерптского университета П.Е. Медовиков, написавший «Историческое значение царствования Алексея Михайловича») полагают, что к разрыву привели наветы и козни бояр, которым они склонны придавать в деле Никона очень существенное значение. Надо заметить, что С.М. Соловьев также не отрицает участия бояр в этом деле, но их интриги и «шептания», как фактор второстепенный, стоят у него на втором плане.
Когда царь не дал должной, по мнению Никона, расправы на Хитрово, обидевшего патриаршего боярина при въезде Теймураза, и перестал посещать патриаршее служение, Никон уехал в свой Воскресенский монастырь, отказавшись от патриаршества на Москве и не дождавшись объяснения с царем. Через несколько дней царь послал Трубецкого и Лопухина спросить у патриарха, как понимать его поведение: совсем ли он отказался от патриаршества или нет? Никон отвечал царю очень сдержанно, что он не считает себя патриархом на Москве, и дал свое благословение на выборы нового патриарха и на передачу патриарших дел во временное заведование Питирима, митрополита крутицкого. Никон затем просил прощения у Алексея Михайловича за свое удаление, и царь простил его. Поселясь в Воскресенском монастыре (от Москвы верстах в сорока на северо-запад), принадлежавшем Никону лично, он занялся хозяйством и постройками и просил Алексея Михайловича не оставлять его обители государевой милостыней. Царь, со своей стороны, милостиво обращался с Никоном, и отношения между ними не походили на ссору. Царю доносили, что Никон решительно не хотел быть в патриархах, и царь заботился об избрании нового патриарха на место Никона. В избрании патриарха тогда и заключался весь вопрос; дело обещало уладиться мирно; но скоро начались неудовольствия. Никон узнал, что светские люди разбирают патриаршие бумаги, оставленные в Москве, обиделся на это и написал по этому поводу государю письмо с массою упреков, жалуясь и на то, между прочим, что из Москвы к Никону никому не позволяют ездить. Затем он стал жаловаться, что его не считают патриархом, и очень рассердился на митрополита Питирима за то, что тот решился заменить собою патриарха в известной церемонии шествия на осляти (весною 1659 года). По этому поводу Никон заявил, что он не желает оставаться патриархом на Москве, но опять не сложил с себя патриаршего сана. Выходило так, что Никон, не будучи патриархом московским, был все же патриархом русской церкви и считал себя вправе вмешиваться в церковные дела; если бы на Москве избрали нового патриарха, то в русской церкви настало бы двупатриаршество. В Москве не знали, что делать, и не решались избирать нового пастыря.
Летом 1659 года Никон неожиданно приехал в Москву, недолго там пробыл, был принят царем с большою честью, но объяснений и примирения между ними не произошло, отношения оставались неопределенными, и дело не распутывалось. Осенью того же 1659 года Никон с позволения царя поехал навестить два других своих монастыря: Иверский (на Валдайском озере) и Крестный (близ Онеги). Только теперь, в долгое отсутствие Никона, решился царь собрать Духовный собор, чтобы обдумать положение дел и решить, что делать. В феврале 1660 года начало свои заседания русское духовенство и по рассмотрении дел определило, что Никон должен быть лишен патриаршества и священства по правилам святых апостолов и Соборов, как пастырь, своею волею оставивший паству. Царь, не вполне доверяя правильности приговора, пригласил на Собор и греческих иерархов, бывших тогда в Москве. Греки подтвердили правильность соборного приговора и нашли ему новые оправдания в церковных правилах. Но ученый киевлянин Епифаний Славеницкий не согласился с приговором Собора и подал царю особое мнение, уличая церковь в неверном толковании церковных правил и доказывая, что у Никона нельзя отнять священства, хотя и должно лишить его патриаршества. Авторитет греков был, таким образом, поколеблен в глазах царя, и он медлил приводить в исполнение соборный приговор, тем более что многие члены Собора (греки) склонны были оказать Никону снисхождение и просили об этом государя. Итак, попытка распутать дело с помощью Собора не удалась, и Москва оставалась без патриарха.
Никон же продолжал считать себя патриархом и высказывал, что в Москве новый патриарх должен быть поставлен им самим. Он возвратился в Воскресенский монастырь, узнал, конечно, о приговоре Собора, о своем низложении и понял, что теперь ему не легко возвратить утраченную власть. Удаляясь из Москвы, он рассчитывал, что его будут умолять о возвращении на патриарший престол, но этого не случилось, а Собор 1660 года показал ему окончательно, что в Москве его просить не будут. Что влияние Никона пало совсем, это увидели и другие: сосед Никона по земле, окольничий Боборыкин, вступил с ним в тяжбу, не уступая куска земли когда-то всесильному патриарху. Недовольный тем, что Боборыкину дали суд на патриарха, Никон пишет царю письмо, полное укоризн и тяжелых обвинений. В то же время он не ладит с Питиримом, мало обращавшим внимания на бывшего патриарха, и даже предает его анафеме. Вообще Никон, не ожидавший невыгодного для себя оборота дела, теряет самообладание и слишком волнуется от тех неприятностей и уколов, какие постигают его, как всякого павшего видного деятеля. Но до 1662 года против Никона не предпринимают ничего решительного, хотя резкие выходки его все больше и больше вооружают против него прежнего друга, царя Алексея.
В 1662 году приехал в Москву отставленный от своей должности газский митрополит Паисий Лигарид, очень образованный грек, много скитавшийся по Востоку и приехавший в Москву с целью лучше себя обеспечить. В XVII веке греческое духовенство очень охотно посещало Москву с подобными намерениями. Ловкий дипломат Паисий скоро успел приобрести в Москве друзей и влияние. Всмотревшись в отношения царя и патриарха, он без труда заметил, что звезда Никона уже померкла, и понял, на чью сторону ему должно стать, – он стал против Никона, хотя сам приехал в Москву по его милостивому и любезному письму. Сперва по приезде своем вступил он в переписку с Никоном, обещал ему награду на небесах за его «неповинные страдания», но уговаривал вместе с тем Никона смириться перед царем. Но уже с первых дней он советовал царю не медлить с патриархом, требовать от него покорности и низложить его, если не покорится и не «воздержится от дел патриарших». Как ученейшему человеку, Лигариду предложили в Москве от имени боярина Стрешнева (врага Никона) до тридцати вопросов о поведении Никона, с тем чтобы Паисий решил, правильно ли поступил патриарх. И Лигарид все вопросы решил не в пользу Никона. Узнав его ответы, Никон около года трудился над возражениями и написал в ответ Лигариду целую книгу страстных и очень метких оправданий.
Очевидно, под влиянием Лигарида, царь Алексей Михайлович в конце 1662 года решил созвать второй Собор о Никоне. Он велел архиепископу рязанскому Иллариону составить для Собора как бы обвинительный акт, «всякие вины» Никона собрать и приказал звать на Собор восточных патриархов.
Никон, подавленный отношением царя к нему, и раньше искал мира, посылая к царю письма и прося его перемениться к нему «Господа ради», теперь же он решил тайком приехать в Москву и приехал ночью (на Рождество 1662 года), чтобы примириться с государем и предотвратить Собор, но тою же ночью уехал обратно, извещенный, вероятно, своими московскими друзьями, что его попытка будет напрасною. Видя, что примирение невозможно, Никон снова переменил поведение. Летом 1663 года он произнес на упомянутого Боборыкина (дело с которым у него продолжалось) такую двусмысленную анафему, что Боборыкин мог ее применить к самому царю с царским семейством, что он и сделал, не преминув донести в Москву. Царь чрезвычайно огорчился этим событием и тем, что на следствии по этому делу Никон вел себя очень заносчиво и наговорил много непристойных речей на царя. Об этом, впрочем, постарались сами следователи, выводя патриарха из себя своими вопросами и своим недоверием к нему. Если царь Алексей Михайлович сохранил еще какое-нибудь расположение к Никону, то после этого случая оно должно было исчезнуть вовсе.
Восточные патриархи, приглашение которым было послано в декабре 1662 года, прислали свои ответы только в мае 1664 года. Сами не поехали в Москву, но очень обстоятельно ответили царю на те вопросы, какие царь послал им о деле Никона одновременно со своим приглашением. Они осудили поведение Никона и признали, что патриарха может судить и Поместный (русский) собор, почему присутствие их в Москве представлялось им излишним. Но царь Алексей Михайлович непременно желал, чтобы в Москву приехали сами патриархи, и отправил им вторичное приглашение. Очень понятно это желание царя разобрать дело Никона с помощью высших авторитетов церкви: он хотел, чтобы в будущем уже не оставалось места сомнениям и не было возможности для Никона протестовать против Собора.
