Отец приехал в Россию прежде сына. В другой раз возвращался Петр из продолжительного заграничного путешествия не на радость себе. В первый раз возвратился он, услыхав, что семя Ивана Михайловича Милославского растет, и поднял страшный стрелецкий розыск. Казалось, вредное семя было вырвано: Софья умерла в монастыре, стрельцы исчезли, вместо них явилось новое войско — полтавское войско и гангутский флот; замыслы астраханских раскольников, донской голутьбы, гетмана Мазепы не удались. Прошло много лет, исполненных великих трудов, страшных бедствий и неожиданной славы. Новое семя, казалось, брошено было на плодоносную почву и обещало богатую жатву. Русский флаг победоносно развевался на Балтийском море; Рига, Ревель, Финляндия были покорены; царь добивал шведа на чужой земле, из Дании устраивал высадку в Швецию, сцена русского дипломатического действия охватила всю Европу, русские интересы переплелись с интересами Германии, Англии, Франции. Кто мог вообразить что-нибудь подобное лет восемь тому назад? И вдруг известие, что семя Ивана Михайловича Милославского выросло опять и теперь выросло в родном сыне царя. Царевич ушел из России, отдался под покровительство чужого государя, жалуясь на тиранство отца, позоря его дела, выставляя в черном свете людей близких. До сих пор по Европе шла слава великого царя, теперь пошло бесславие, семейный недуг открылся перед всеми, сын позвал отца на суд перед Европою. Беглец возвращается; но трудное и страшное дело впереди: как поступить с ним? Об исправлении, перемене думать больше нечего; до бегства было только упрямство, неповиновение, теперь обнаружилась уже вражда, не допускающая примирения; оставить Алексея жить спокойно в деревнях его — значит оставить непримиримого врага своему дому, будущему России, жене и детям. Но это еще не все: мог ли Алексей при его характере решиться один на исполненное им дело? Тут должны быть советники. Кто они? От домашних царевича дело идти не могло: не такие это люди! Должны быть другие. Кто они? Прежде всего мысленные взоры царя обращаются к монастырю, где живет невольная постриженница, инокиня Елена; там должны были знать; но должны были знать и другие, и ограничивался ли умысел одною Россией, не работали ли тут враги внешние? Алексей должен все открыть; должен быть сильный розыск!
Многим становилось страшно при мысли о розыске. Беспокоились, когда узнали, что царевич скрылся; обрадовались, когда узнали, что он у цесаря. Гофмейстерина при детях царевича мадам Рогэн говорила Афанасьеву: «Слава богу, и вы молитесь; как я слышу, царевич в хорошем охранении у цесаря обретается; пишут ко мне, что он отсюда светлейшим князем изгнан; только он ему после заплатит». Иван Нарышкин говорил: «Как сюда царевич приедет, ведь он там не вовсе будет, то он тогда уберет светлейшего князя с прочими; чаю, достанется и учителю (Вяземскому) с роднею, что он его, царевича, продавал князю». Другие разговоры пошли, когда узнали, что царевич возвращается в Россию. Иван Нарышкин говорил: «Иуда Петр Толстой обманул царевича, выманил; и ему не первого кушать». Говорили, что Толстой подпоил царевича. Князь Василий Владимирович Долгорукий говорил князю Богдану Гагарину: «Слышал ты, что дурак царевич сюда идет, потому что отец посулил женить его на Афросинье? Жолв ему не женитьба! Черт его несет! Все его обманывают нарочно». Кикин сильно встревожился, послал за Афанасьевым и начал ему говорить: «Знаешь ли, что царевич сюда едет?» «Не знаю, — отвечал Афанасьев, — только слышал от царицы; когда была у царевичевых детей, говорила, как царевич в Рим пришел и как встречали». «Я тебе подлинно сказываю, что едет, — продолжал Кикин, — только что он над собою сделал? От отца ему быть в беде, а другие будут напрасно страдать». «Буде до меня дойдет, я, что ведаю, скажу», — сказал Афанасьев. «Что ты это сделаешь? — возразил Кикин. — Ведь ты себя умертвишь. Я прошу тебя, и другим служителям, пожалуй, поговори, чтоб они сказали, что я у царевича давно не был. Куда-нибудь скрыться! Поехал бы ты навстречу к царевичу до Риги и сказал бы ему, что отец сердит, хочет суду предавать, того ради в Москве все архиереи собраны». Афанасьев отвечал, что ехать не смеет, боится князя Меншикова. Потом предложил послать брата своего, и Кикин выхлопотал ему подорожную за вице-губернаторскою подписью; но и брата Афанасьев не послал, чтобы в беду не попасть.
Таким образом, царевич не узнал, что ждет его в Москве. 3 февраля, в понедельник, в Кремлевский дворец собралось духовенство и светские вельможи; явился царь, и ввели царевича без шпаги. Отец обратился к нему с выговорами; тот бросился перед ним на колена, признал себя во всем виновным и со слезами просил помилования. Отец обещал ему милость при двух условиях: если откажется от наследства и откроет всех людей, которые присоветовали ему бегство. Царевич на все согласился и тут же написал повинную: «Понеже, узнав свое согрешение пред вами, яко родителем и государем своим, писал повинную и прислал оную из Неаполя, так и ныне оную приношу, что я, забыв должность сыновства и подданства, ушел и поддался под протекцию цесарскую и просил его о своем защищении. В чем прошу милостивого прощения и помилования». Потом царь вышел с сыном в другую комнату, где царевич открыл ему своих сообщников. После этого все пошли в Успенский собор, где царевич перед евангелием отрекся от престола и подписал клятвенное обещание: «Я, нижепоименованный, обещаю пред св. евангелием, что понеже я за преступление мое пред родителем моим и государем, его величеством, изображенное в его грамоте и в повинной моей, лишен наследства российского престола, того ради признаваю то за вину мою и недостоинство заправедно и обещаюсь и клянусь всемогущим в троице славимым богом и судом его той воле родительской во всем повиноваться, и того наследства никогда ни в какое время не искать, и не желать, и не принимать его ни под каким предлогом. И признаваю за истинного наследника брата моего, царевича Петра Петровича. И на том целую св. крест и подписуюсь собственною моею рукою».
В тот же день был обнародован царский манифест, в котором, изложив меры, принятые для приличного воспитания Алексея и описав недостойное поведение последнего и бегство, Петр говорил: «Наши посланные употребляли все способы уговорить его к возвращению, как обнадеживаниями, так и угрозами, что мы его вооруженною рукою будем отыскивать и что цесарь из-за него с нами войны вести не захочет. Но он на все это не посмотрел и не захотел к нам ехать до тех пор, пока, видя его упорство, цесарский вицерой цесарским именем ему представил, чтоб он ехал, ибо цесарь ни по какому праву его удерживать не может и при нынешней с турками и испанцами войне с нами за него в ссору вступать не может. Тогда, опасаясь, чтоб нам не выдали его и против воли, согласился к нам ехать. И хотя он, сын наш, за такие противные поступки, особенно за это перед всем светом нанесенное нам бесчестие чрез побег свой и клеветы, на нас рассеянные, как злоречащий отца своего и сопротивляющийся государю своему, достоин был смерти, однако мы, соболезнуя о нем отеческим сердцем, прощаем его и от всякого наказания освобождаем. Однако в рассуждении его недостоинства не можем по совести своей оставить его после себя наследником престола российского, зная, что он своими непорядочными поступками всю полученную по божией милости и нашими неусыпными трудами славу народа нашего и пользу государственную утратит, которую с таким трудом мы получили и не только отторгнутые от государства нашего провинции возвратили, но и вновь многие знатные города и земли получили, также и народ свой во многих воинских и гражданских науках к пользе государственной и славе обучили — то всем известно. Итак, сожалея о государстве своем и верных подданных, дабы от такого властителя в худшее прежнего состояние не были приведены, мы властию отеческою, по которой по правам государства нашего и каждый подданный наш сына своего волен лишить наследства и другому сыну передать, и, как самодержавный государь, для пользы государственной лишаем сына своего Алексея за те вины и преступления наследства после нас престола нашего всероссийского, хотя б ни единой персоны нашей фамилии по нас не осталось. И определяем и объявляем по нас престола наследником другого сына нашего, Петра, хотя еще и малолетнего, ибо иного возрастного наследника не имеем, и заклинаем сына нашего Алексея родительскою клятвою, дабы того наследства ни в какое время себе не претендовал и не искал. Желаем же от всех верных наших подданных духовного и мирского чина и всего народа всероссийского, дабы по сему нашему изволению и определению от нас назначенного в наследство сына нашего Петра за законного наследника признавали и почитали и обещанием пред св. алтарем, над св. евангелием и целованием креста утвердили. Всех же тех, кто сему нашему изволению в которое-нибудь время противны будут и сына нашего Алексея отныне за наследника почитать и ему в том вспомогать станут и дерзнут, изменниками нам и отечеству объявляем».