Остановка в Желтом море складывалась благоприятно для российского флота. В начале июня закончился ремонт поврежденных эскадренных броненосцев "Цесаревич", "Победа" и "Ретвизан". Они вошли в боевой состав Тихоокеанской эскадры. Неприятельский броненосный Соединенный флот понес ощутимые потери от русского минного оружия. Поэтому контр-адмирал Витгефт решил вывести порт-артурскую эскадру из внутренней гавани крепости в море.
Выход состоялся 10 июня. Сперва вышедший в ночь отряд русских миноносцев под командованием капитана 2-го ранга Е.П. Елисеева вступил в бой с дозорными эскадренными миноносцами противника и заставил их отойти. После этого русские тральщики начали уничтожение плавающих японских мин (их было подорвано 15). Подошедшие 12 японских миноносцев и крейсер "Матсушима" открыли огонь по тральщикам. Вышедший на внешний рейд крейсер "Новик" и русские миноносцы повели огонь по противнику и заставили его отойти в открытое море. Траление внешнего рейда было продолжено.
Вице-адмирал Хейхатиро Того, получив сообщение о начале выхода порт-артурской эскадры (шести броненосцев, пяти крейсеров, двух минных крейсеров-заградителей и шести эскадренных броненосцев) на внешний рейд, тотчас же поспешил с главными силами Соединенного флота к Порт-Артуру. Флотоводец микадо вел под своим флагом 4 эскадренных броненосца, четырех броненосных крейсера и четырех легких крейсера. За этими силами следовал отряд из 4 крейсеров и восемнадцати эскадренных броненосцев. Несколько в стороне к Порт-Артуру спешил еще один японский отряд в составе броненосца "Чинйен", четырех крейсеров и двенадцати миноносцев. Этот отряд имел боевой задачей попытку отрезать русскую эскадру от Квантуна.
К 22 часам русская эскадра вышла на внешний рейд и встала там на якорь. При этом эскадренный броненосец "Севастополь" подорвался на японской мине и получил подводную пробоину. Первоначально контр-адмирал В.К. Витгефт намеревался принять бой, но затем, решив, что противник имеет значительное превосходство в силах над русской эскадрой, особенно в быстроходных миноносцах (30 против 6), приказал повернуть назад во внутреннюю гавань.
Этим воспользовались вражеские эскадренные миноносцы, которые ночью группами по 3-4 корабля провели восемь атак русской эскадры. При этом было выпущено 38 торпед, но ни одна из них не достигла цели, если не считать той торпеды, которая попала в японский миноносец "Чидори". Во время вражеских торпедных атак русские береговые батареи и корабли, еще остававшиеся на внешнем рейде, вели огонь и потопили три японских корабля.
Все же выход Тихоокеанской эскадры в море имел свои положительные результаты, повлиявшие на ход войны в Маньчжурии. В день намеченного японцами наступления под Ляояном - 11 июня командующие императорскими армиями получили из Токио приказ перенести начало наступления на период после окончания сезона дождей, так как вследствие повышения активности русского флота "перевозка морем продовольствия, потребного для соединенных маньчжурских армий, подвергнута опасности".
Перерыв в боевых действиях на Квантунском полуострове продолжался почти месяц. В это время японские тральщики усиленно очищали от мин залив Таллиенван, чтобы сюда перенести промежуточную базу снабжения осадной 3-й армии из порта Дальнего. Для того чтобы обеспечить его безопасность, генерал-полковник Маресукэ Ноги решил захватить наблюдательные и опорные пункты русских на горах Куинсан и Уайцелаза. С них просматривался весь Таллиенванский залив и порт Дальний. Была подготовлена сильная атака этих высот.
Командование обороной Порт-Артура не придало большого тактического значения горе Куинсан. На ее вершине на оборудованном опорном пункте имелась всего одна стрелковая рота с двумя устаревшими артиллерийскими орудиями системы Барановского. Все укрепления высоты состояли из завала камней, прикрытых землей. Бой за гору Куинсан начался с того, что японские корабли вошли в бухту Сяобиндао и начали обстрел русской позиции. Но подошедшие вскоре из Порт-Артура быстроходный крейсер "Новик", канонерские лодки "Отважный" и "Гремящий", отряд миноносцев (этими силами командовал контр-адмирал К.Л. Лещинский) заставили эскадренные миноносцы противника удалиться. После этого русские корабли несколько часов вели огонь по приморским позициям врага, после чего возвратились на базу.
После этих событий в атаку на гору Куинсан пошла 11-я пехотная дивизия неприятельской осадной армии. Сперва она захватила близлежащую гору Уайцелаза, сбив там русский заслон и без промедлений установив на ее вершине две батареи горной артиллерии. Дальнобойность русских 57-миллиметровых орудий, стоявших на Большом перевале, не позволяла вести обстрел горы Уайцелаза, а пушки системы Барановского могли действовать только как противоштурмовые орудия.
При поддержке огня горной артиллерии один из полков 11-й пехотной дивизии начал штурм высоты Куинсан. Два русских орудия были выведены из строя вражеским артиллерийским огнем с соседней Уайцелазы, на который некому было ответить. Вскоре густые цепи японской пехоты подошли к самой вершине горы. Оборонявшаяся за каменным завалом русская стрелковая рота не смогла отстоять свою позицию, и неприятель завладел высотой.
Участник жаркого боя за гору Куинсан японский офицер Тадеучи Сакурай в своей книге "Живые ядра" так описывал те события: "Бой длился несколько часов. Неприятель имел прекрасные орудия и не давал нам двигаться вперед: убитых и раненых у нас было так много, что не хватало заготовленных носилок. Это была отчаянная битва".
Частный бой за высоту Куинсан, которую генерал-полковник Маресуке Ноги вел с целью обезопасить свою тыловую базу в порту Дальнем и заливе Талиенван, имел для защитников Порт-Артура самые неожиданные последствия. Генерал-майор А.В. Фок, а затем и начальник Квантунского укрепленного района генерал-лейтенант А.М. Стессель, опасаясь здесь прорыва японских войск, начали поспешное отступление с передовых позиций к Волчьим горам.
В ночь на 14 июня русские войска отошли на новые оборонительные позиции, которые отличались большим неудобством для боя. Теперь сухопутный фронт Порт-Артурской крепости проходил через гору Юпилаза, перевал Шининцзы, Каменистый (Скалистый) кряж и до бухты Лунвантан. Поскольку противник не предпринимал активных действий, командующий сухопутным фронтом крепости генерал-майор Р.И. Кондратенко приказал отбить высоту Куинсан.
По его просьбе командующий Тихоокеанской эскадрой вы-слал в бухту Тахэ крейсер "Новик", 3 канонерские лодки и 4 миноносца, которые произвели обстрел японских позиций на противоположном берегу бухты Лунвантан. К тому времени японцы успели возвести на горе Куинсан несколько рядов окопов и редут с бруствером. Эту хорошо укрепленную позицию для обороны заняло 7 пехотных батальонов.
Контратакующими действиями русские войска отбили у противника Большой перевал, гору Семафорную и свои прежние позиции на восточном берегу бухты Лунвантан за исключением горы Куинсан. Атака этой высоты началась силами 5 стрелковых рот и сводно-охотничьей команды под общим начальством полковника В. Савицкого. В ряде случаев штурмовые колонны подходили к вражеским позициям на дистанцию в 400 шагов. Однако частый встречный ружейный огонь не позволял сибирским стрелкам ударить в штыки. Не помог и обстрел высоты из полевых орудий, поскольку японские пехотинцы при начале обстрела укрывались в блиндажах. Штурм горы Куинсан, который велся два дня - 20 и 21 июня, закончился для русских безрезультатно. Их потери составили более 700 человек, потери оборонявшихся японцев были примерно вдвое меньше.
После боев за гору Куинсан на Квантунском полуострове до 13 июля вновь установилось затишье. Русские войска за это время сумели обустроить свою новую позицию, однако достроить полевые укрепления они не успели. Японская осадная армия, заметно усилившись численно за счет доставленных морем подкреплений, начала наступление с целью выбить русских с передовых позиций к самому Порт-Артуру.
В 6.30 утра 13 июля японская артиллерия открыла сильный огонь по русским позициям и японская пехота под ее прикрытием устремилась в атаку. К полудню она заняла слабо укрепленный Большой перевал. Теперь противник получал хорошую возможность ударить во фланг позиции на Зеленых горах. Понимая всю опасность сложившейся ситуации, начальник 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майор Р.И. Кондратенко отдал распоряжение начать контратаки и к вечеру японцы были выбиты с Большого перевала.
Рано утром следующего дня японская артиллерия начала обстрел Зеленых гор и затем последовала атака пехоты. Вскоре обстановка на правом фланге русской позиции стала складываться в пользу атакующих. Подошедший из Порт-Артура отряд кораблей повел из бухты Тахэ обстрел фланга наступавшей осадной армии генерал-полковника Маресукэ Ноги, но с подходом крейсеров Соединенного флота был вынужден уйти обратно во внутреннюю гавань. У самого ее входа крейсер "Баян" наткнулся на мину и получил подводную пробоину.
