Зона действий подводных лодок Северного флота, располагавшаяся восточнее о. Медвежий (западнее меридиана 20°00′ в.д. действовали военно-морские силы союзников), делилась на три участка. Участок от Тромсё до о. Магерё (180 миль) изобиловал небольшими скалистыми островами — шхерами. Участок от о. Магерё до Варангер-фьорда (около 100 миль) был открытым, но транспорты здесь следовали, прижимаясь почти вплотную к берегу. Участок, проходивший вдоль побережья Варангер-фьорда до Петсамо (около 60 миль), был открытым. Наиболее благоприятными для действий подводных лодок были второй и третий участки. Действия подводных лодок на первом, шхерном участке были крайне затруднительными.
Начиная войну, противник не придавал большого значения своим северным морским коммуникациям, рассчитывая быстро закончить военные действия в этом районе. Однако план быстрого захвата советского Заполярья провалился.
Уже к октябрю 1941 года линия фронта стабилизировалась и вплоть до 1944 года, когда началось наступление наших войск на Северном театре, не менялась. Гитлеровским частям не удалось продвинуться на мурманском направлении более чем на 30–50 километров. В связи со сложившейся обстановкой для обеспечения снабжения своих войск противник вынужден был усилить морские перевозки.
Подводные силы Северного флота к началу войны организационно были сведены в одну бригаду (командир бригады капитан 1 ранга Н.И.Виноградов, начальник штаба капитан 3 ранга М.П.Августинович), состоявшую из 1, 3 и 4-го дивизионов. 1-й дивизион (командир дивизиона капитан 3 ранга М.И.Гаджиев) насчитывал три большие подводные лодки (К-1, К-2, Д-3), 3-й дивизион (командир капитан 3 ранга И.А.Колышкин) — шесть средних подводных лодок (Щ-401, Щ-402, Щ-403, Щ-404, Щ-421, Щ-422), 4-й дивизион (командир капитан 2 ранга Н.И.Морозов) — шесть малых подводных лодок (М-171, М-172, М-173, М-174, М-175, М-176).
Развертывание подводных лодок для боевых действий началось в первый же день войны. К исходу дня 22 июня в море вышли подводные лодки Щ-421 и Щ-401. Первая направилась в район Варангер-фьорда, вторая — к о. Вардё. 23 июня к мысу Нордкап последовала подводная лодка Д-3. С 10 июля в районе Тана-фьорда начала действовать подводная лодка Щ-402.
Для подводных лодок были нарезаны позиции, примыкавшие к берегу противника и вытянутые в сторону моря. Размеры позиций, определявшиеся в основном географическими условиями районов, были довольно большие, что приближало метод использования лодок к крейсерству в ограниченном районе. Другие же элементы соответствовали хорошо отработанному позиционному методу: взаимодействие между лодками и с другими силами флота не предусматривалось, выход за пределы позиции был запрещен. Позиции разделялись широкими разграничительными полосами.
Таким образом, первое время на коммуникациях противника действовали очень малые силы — две, а затем четыре подводные лодки. Большего Северный флот дать не мог, так как четыре лодки находились в ремонте, а четыре были привлечены к несению дозоров. К осени 1941 года, когда бригада пополнилась новыми подводными лодками (из Ленинграда были переведены К-3, К-21, К-22, К-23, С-101, С-102) и были сняты дозоры у своего побережья, число лодок, действовавших на коммуникациях, было увеличено еще на две единицы.
Заняв назначенные позиции, подводные лодки приступили к поиску транспортов противника. В течение нескольких суток они несли напряженную вахту, но ни одно вражеское судно обнаружить не смогли. Убедившись, что противник избегает открытых путей, лодки стали подходить ближе к берегу. Некоторые из них обследовали места возможных стоянок судов в перископ и даже проникли в гавани.
27 июня 1941 года подводная лодка Щ-401 (командир капитан-лейтенант А.Е.Моисеев, на борту командир дивизиона капитан 3 ранга И.А.Колышкин) направилась к бухте Бутен, прикрытой с моря о. Вардё. Подойдя как можно ближе, командир несколько раз осмотрел бухту в перископ. Со стороны моря ничего, кроме нескольких рыбачьих мотоботов, не было видно. Однако часть бухты оставалась скрытой береговым выступом. Вместе с тем не было заметно и каких-либо противолодочных средств, прикрывавших вход в бухту. Моисеев, посоветовавшись с командиром дивизиона, принял решение пройти в глубь акватории. Маневр не предусматривался планом похода и был опасен. Он осложнялся еще и тем, что на лодке не было подробной карты гавани и командир не знал о местных глубинах.
Вечером того же дня Щ-401 в подводном положении направилась в узкость между островом и берегом. Торпедные аппараты были приготовлены к выстрелу. Войдя в бухту, командир увидел в перископ транспорт, стоявший на якоре бортом к подводной лодке. Следуя малым ходом, Щ-401 направилась к транспорту и, когда дистанция сократилась до 18 кабельтов, выстрелила одной торпедой. Однако взрыва не последовало. Моисеев решил, что торпеда с установленной глубиной хода 5 метров прошла под килем транспорта, имевшего, по-видимому, небольшую осадку. Считая, что дальнейшая стрельба нецелесообразна, командир направил лодку к выходу из залива.
Отойдя мористее, Щ-401 легла на грунт. По приказанию командира была изменена установка глубины хода торпед, находившихся в торпедных аппаратах (для выполнения этой операции нужно было вытаскивать торпеды в отсек, на что уходило несколько часов).
К концу работ емкость аккумуляторной батареи оказалась недостаточной для повторения маневра. Лишь 28 июня Щ-401 вновь вошла в бухту, однако транспорта на месте уже не оказалось.
14 июля 1941 года подводная лодка Щ-402 (командир старший лейтенант Н.Г.Столбов) повторила действия Щ-401, проникнув в гавань Хоннингсвог (о. Магерё). Ее действия оказались более успешными. Обнаружив стоявший на якоре транспорт противника, Щ-402 сблизилась с ним на дистанцию 4 кабельтова и выпустила две торпеды. В перископ хорошо был виден взрыв. Транспорт накренился и вскоре затонул. Не подвергаясь преследованию, лодка вышла из гавани.
За проникновением подводных лодок Щ-401 и Щ-402 на рейд о. Вардё и в гавань Хоннингсвог последовал ряд дерзких прорывов подводных лодок в гавань Линахамари. Первой сюда проникла в начале августа 1941 года подводная лодка М-174 (командир капитан-лейтенант Н.Е.Егоров). К сожалению, в этот раз кораблей противника у причалов порта не оказалось.
Более удачным было проникновение в гавань подводной лодки М-172 (командир капитан-лейтенант И.И.Фисанович, на борту командир дивизиона капитан 2 ранга И.А.Колышкин). Прибыв 19 августа на позицию в Варангер-фьорде (на смену М-174), командир М-172 прошел вдоль берега на расстоянии 8—10 кабельтов от него и произвел разведку подходов к заливу Петсамовуоно. Не обнаружив ничего опасного, Фисанович решил отойти мористее, чтобы зарядить аккумуляторные батареи, а затем осуществить прорыв.
Утром 21 августа М-172 подошла к входу в залив. Здесь она уточнила свое место по береговым ориентирам, после чего, погрузившись на глубину 15 метров, продолжила движение. В 13 часов, когда сигнально-наблюдательный пост у входа в залив остался позади, гидроакустик обнаружил шум винтов малого корабля. Корабль периодически стопорил ход. Можно было предположить, что это дозорный катер, осуществлявший поиск подводных лодок с помощью шумопеленгатора. Фисанович тоже решил двигаться с перерывами: когда шум винтов катера пропадал, он останавливал электромоторы, а когда шум возобновлялся, пускал их снова. Благодаря такому режиму лодка успешно разошлась правым бортом с дозорным катером.
В13 часов 45 минут М-172 вошла в гавань и обнаружила стоявший у северо-западного причала транспорт. Командир начал маневрирование для выхода в торпедную атаку. Сблизившись с судном до 7–8 кабельтов, он прицелился по трубе транспорта и выстрелил одной торпедой. Через 30 секунд в отсеках услышали глухой взрыв. Убедившись, что цель поражена, Фисанович направил лодку к выходу из гавани. В 14 часов 37 минут гидроакустик вновь обнаружил шум винтов дозорного катера. Как и при входе, М-172 разошлась с ним на глубине 15 метров, продвигаясь вперед «толчками». Через 15 минут лодка вышла из залива Петсамовуоно.
В этом же походе М-172 ждал еще один боевой успех. На следующий день, 22 августа, в районе Варангер-фьорда она потопила паровую яхту противника.
Стрельба по цели проводилась в сложных метеорологических условиях, при плохой видимости. Выполняя атаку, Фисанович пользовался данными гидроакустического наблюдения. Это была первая на нашем флоте перископно-акустическая торпедная атака.
Командование дало высокую оценку действиям командира М-172, отметив его смелость и боевое мастерство.
Дважды (13 сентября и 2 октября) в Линахамари совершала прорывы подводная лодка М-171 (командир капитан-лейтенант В.Г.Стариков). К сожалению, оба прорыва успеха не принесли: в первом случае транспортов в гавани не оказалось, во втором — выпущенные торпеды в цель не попали. Кроме того, при втором прорыве подводная лодка наткнулась на противолодочную сеть и подверглась преследованию вражеских кораблей, ей с большим трудом удалось выйти из гавани.