Получив удел, Василий II заехал в Кирилло-Белозерский монастырь. Тамошний игумен без промедления освободил его от присяги Шемяке. Из Кириллова Василий II уехал в Тверь, где заручился союзом с тверским князем. Союз был скреплен помолвкой шестилетнего сына Ивана с тверской княжной Марьей. Дмитрий Шемяка собрал войска и укрепился в Волоколамске, простояв там более месяца. За это время полки его растаяли. Московские бояре и служилые люди почти все отъехали на службу к старому государю. В конце декабря 1446 г. отряды Василия II обошли Волоколамск и при поддержке тверичей заняли Москву.
Русские власти давно пытались упорядочить церковные дела. Князь Дмитрий Шемяка первым отверг традицию, согласно которой русского митрополита избирали не в Москве, а в Константинополе. В 1446 г. епископ Иона привез из Мурома детей свергнутого Василия II, после чего Шемяка «повеле ему идти к Москве и сести на дворе митрополиче». Однако завершил дело лишь Василий II в конце 1448 г. Собор епископов избрал Иону на митрополичий стол, после чего в Успенском соборе «возлагается на плещо его честный амфори посох великой митрополич дается в руце его». Законность поставления митрополита была сомнительной, и даже в Москве нашлись люди, открыто заявившие об этом. Игумен Пафнутий Боровский запретил братии своего монастыря звать Иону митрополитом. Один из самых преданных Василию II московских бояр В. И. Кутуз, по преданию не желал принимать благословение от Ионы. Однако их протест не имел последствий. По настоянию Василия II новый митрополит лично участвовал в последних походах московских войск против мятежников.
В 1450 г. Шемяка бежал в Новгород. Кровавая война продолжалась еще несколько лет. Князь пытался укрепиться в отдаленных северных городах Руси, но потерпел неудачу и вернулся в Новгород. Там его настигла «напрасная смерть».
Невзирая ни крайнее ожесточение и вражду, потомки Дмитрия Донского ни разу не обагрили руки кровью братии. Они твердо помнили притчу о Каине и историю князя Святополка Окаянного, убившего братьев. Святополку судьба уготовила вечные муки в аду, его жертвы, князья Борис и Глеб стали святыми мучениками русской церкви. Василий II первым из наследников Дмитрия нарушил заповедь. По его приказу дьяк, прибывший в Новгород с посольством, нанял убийц и отравил Дмитрия Шемяку. Произошло это в 1453 г.
Смута продолжалась на Руси четверть века и принесла неисчислимые бедствия народу. Традиционная оценка сводится к тому, что феодальная война закончилась победой «прогрессивных» сил, отстоявших политическую централизацию, и поражением сил децентрализации. Олицетворением первых был Василий II, вторых — его удельные противники. В новейших исследованиях старая схема подверглась пересмотру. В удельных князьях А. А. Зимин увидел «людей будущего», «романтиков», свободолюбивых противников московского деспотизма и татарского ига. В их лице Север развивавшийся по «предбуржуазному пути», вступил в конфликт с Центром, которому уготован путь крепостничества. В приведенных концепциях бросается в глаза несоответствие между теоретическими построениями и наличным фактическим материалом. По всей видимости, феодальная война второй четверти XV века была обычной княжеской междоусобицей, ничем другим не отличавшейся от междоусобиц в любой другой земле.
В XV в. рядом с боярской знатью появилась многочисленная прослойка детей боярских, служивших в великокняжеском и удельных дворах. Вместе с тем начала складываться новая иерархическая структура правящего московского боярства. Происшедшие перемены наложили печать на состав и функции соответствующих учреждений — думы и двора в пределах великих и удельных княжеств. Удельные князья не раз занимали московский великокняжеский трон. Но их победа неизменно оборачивалась поражением, едва удельная дума и двор пытались оспорить первенство «великого» московского боярства и тем самым поколебать традиционную боярскую иерархию. Наметились признаки крушения старого порядка наследования престола, при котором государство считалось отчиной всей княжеской семьи, и монарх передавал власть не наследнику сыну, а братьям, и лишь после них право на престол предъявляли сыновья монарха. Архаический порядок престолонаследия служил источником постоянных межкняжеских распрей и неурядиц, подобных войне второй четверти XV в.
Московская смута, полагал А. Е. Пресняков, подорвала и разрушила удельно-вотчинный строй, привела к крушению обычного уклада отношений и воззрений. Смута действительно уничтожила почти все удельные княжества в Московском великом княжестве. Удельные государи получили поражение. Но порядки раздробленности вовсе не были искоренены. Духовное завещание Василия II Темного возродило к жизни систему уделов. Следуя примеру деда, князь передал младшим сыновьям 12 городов. Дмитров, Углич, Руза, Вологда вновь превратились в столицы восставших из пепла удельных княжеств. Почва для новых раздоров была готова.
Иван III (1462-1505) еще при жизни слепого отца стал его соправителем. Бедствия, постигшие князя в юности, закалили его волю. Взойдя на трон, Иван III все силы употребил на то, чтобы расширить свои владения и подчинить себе все русские земли. Для достижения этой цели он использовал любые средства — насилие, деньги, династические браки. Москва поглотила Ярославское и Ростовское княжества, Новгород Великий и, наконец, Тверь.
Ярославль давно попал в орбиту московского влияния. Дьяк Алексей Полуектов настоятельно советовал Василию II отобрать вотчину у ярославских князей. Но Василий II не решился нарушить традицию. И только Иван III последовал совету дьяка и послал его в Ярославль, чтобы довершить дело. Известно, что Полуектов находился в опале в 1467-1473 гг., а значит, его появление в Ярославле следует отнести к более позднему времени, к исходу XV в. Описывая нововведения Полуектова, местный летописец отметил, что все князья ярославские «простилися со всеми своими вотчинами на век, подавали их великому князю Ивану Васильевичу, а князь великий против их отчины подавал им волости и села…». Термин «отчина» имел в устах летописца более широкое и неопределенное значение, чем термин «вотчина» («села»). Передача «отчины» московскому князю означала ликвидацию суверенитета Ярославского княжества (В. Б. Кобрин). Ярославские князья утрачивали традиционные права и статьи дохода в Ярославле, а свои «волости и села» они как бы заново получали из рук нового суверена. Своего рода комментарием к летописному известию может служить письмо Ивана IV к А. М. Курбскому, принадлежавшему к Ярославскому княжескому дому. Царь сетовал, что князья-бояре нарушили закон, «еже деда нашего великого государя уложение: которые вотчины (князей ярославских и других. — Р. С.) взимати (конфисковать в казну. — Р. С.) и которым вотчинам еже несть потреба от нас даятися и те вотчины ветру подобно раздаяли неподобно…» Иван IV описал земельную политику Ивана III достаточно точно. Ликвидация суверенитета Ярославского княжества повлекла за собой передел земель между казной и большими местными суверенами. Закрепление обширных вотчин за князьями было нежелательно («непотребно») с точки зрения интересов казны. Оправдывая собственную политику, Иван IV концентрировал внимание на вопросе о конфискации наследственных родовых земель. Но в XV в. казна должна была оставить во владение местных вотчинников значительные вотчинные богатства.
С давних пор Ярославские князья имели «жеребья» в Ярославле, получали доходы с «черных» земель, торгов и пр. Ликвидация суверенитета означала ликвидацию «жеребьев» в Ярославле и соответствующих статей дохода. Превращение наследников великокняжеского и удельных престолов в «служебных» князей, а затем московских бояр носило достаточно длительный и сложный характер. Но результат этого процесса хорошо известен. К XV в. в Ярославской земле сохранилось гнездо богатых вотчинников из местного княжеского дома, тогда как их обедневшие братья расселились по лицу земли — от Москвы до Новгорода и Пскова.
Присоединение к Москве сопровождалось общим описанием ярославских земель. Руководил московской переписью некто Иван Агафонов: «у кого село добро, ин отнял, а у кого деревня добра, ин отнял да описал на великого князя, а кто будет сам добр, боярин или сын боярский, ин его самого записал». Целью списка было упорядочение службы бояр и детей боярских в пределах Ярославля. «Добрых бояр» и детей боярских записывали в службу, у неслужилых села и деревеньки описывали в казну. Летописец назвал писца Агафонова «сущим созирателем Ярославской земли».
Ростовское княжество лишилось остатков независимости во второй половине XV в. По свидетельству летописи, московские власти употребляли не только насильственные средства в отношении кровной родни. Под 1474 г. летописец записал, что ростовские князья продали Ивану III свою «половину Ростова». Иначе говоря, казна предоставила ростовским князьям денежный выкуп в виде компенсации за «половину Ростова».
