Немецкое флотское соединение было обнаружено уже на выходе из Фрохавета английской подводной лодкой на удалении 83 морских миль. Так как из-за неблагоприятной метеорологической обстановки авиаразведка утром была отменена, флот остался предоставленным только самому себе. Когда наступление не привело к результатам, адмирал Маршалль в 20 часов снова пошел курсом на восток, чтобы возвратиться вдоль побережья в Тронхейм. Его точка зрения, что задача флота на севере ввиду освобождения Нарвика была выполнена и, следовательно, отпала настоящая цель операции, а возвращающиеся конвои имели сильное охранение, была подтверждена в 23 часа 14 минут поступившей радиограммой от командования морской группы «Запад», которая предоставила на усмотрение флота возможность войти в Тронхейм. Авиаразведка обнаружила во второй половине дня и вечером далеко к западу от Тронхейма большое количество тяжелых и легких военно-морских сил, шедших юго-западным курсом, против которых не могли задействовать немецкую боевую группу. 11 июня в 11 часов соединение вновь вошло в Тронхейм.
В 15 часов 23 минуты, по донесению английского самолета-разведчика, произошло нападение двенадцати английских самолетов-бомбардировщиков на рейд в Тронхейм, которое, тем не менее, не нанесло повреждений. 13 июня в 3 часа 2 минуты пятнадцать пикирующих бомбардировщиков с «Арк Ройяла» атаковали якорные стоянки немецких кораблей. Восемь самолетов были сбиты корабельными зенитными пушками и истребителями. Из трех бомб, сброшенных на «Шарнхорст», одна 240-кг бомба упала между IV башней калибра 15 см бэкборта и бортом, покатилась под навес башни, но не взорвалась. Снаряд был сброшен за борт и затонул. Несмотря на продолжавшуюся опасность воздушных налетов и нападения подводных лодок, флот оставался в Тронхейме до тех пор, пока 18 июня вице-адмирал Лютьенс не принял командование флотом. Он заступил на место адмирала Маршалля, состояние здоровья которого из-за разногласий с военно-морским командованием и командованием морской группы «Запад» ухудшилось настолько, что он заболел. 20 июня в 16 часов «Гнейзенау» и «Хиппер» вышли в море под командованием нового командующего флотом, часом позже вышел также и «Шарнхорст» с тремя эсминцами и двумя торпедными катерами. Последнее соединение, после безуспешных английских воздушных налетов и напрасного поиска со стороны тяжелых английских военно-морских сил (что вынудило суда временно зайти в Ставангер), смогло 23 июня вечером войти в Киль.
Напротив, командующий флотом получил задачу вместе с «Гнейзенау» и «Хиппером» наступать в морской район между Исландией — Фарерскими островами — Оркнейскими островами на английский «Северный патруль». Эта операция, задуманная как операция прикрытия для возвращающегося «Шарнхорста», закончилась, когда в 23 часа 40 минут при выходе из шхер в 40 морских милях северо-западнее острова Хальтен «Гнейзенау», который шел со скоростью 14 морских миль, в правый борт попала выпущенная английской подводной лодкой торпеда, которая пробила дыру размером 10×6 метров в обеих сторонах носовой части судна. Важное боевое имущество не было разрушено, не сожалели и о потерях в команде, и все же операцию пришлось прервать. Боеготовность корабля могла быть восстановлена только после длительной стоянки в Тронхейме, таким образом, «Гнейзенау» 25 июля вышел из Тронхейма вместе с «Хиппером», «Нюрнбергом» и четырьмя эсминцами под руководством командующего разведывательными вооруженными силами контрадмирала Шмундта на «Нюрнберге» с превосходной авиаразведкой и охранением и 28 июля в первой половине дня смог пришвартоваться в Кильском порту. Тогда же возвратились последние корабли, вышедшие в море 4 июня. Операция «Юнона» была завершена спустя 8 недель.
Немецкая флотская операция в Северном море в течение летних месяцев 1940 года является типичным примером резкого расхождения между фронтовыми впечатлениями и пониманием ситуации в главных штабах, что негативно сказывалось на возможности изменения ситуации во время проведения операции. Это в большей или меньшей степени определяло всю операцию в Норвегии. При оценке операции «Юнона» необходимо различать три фазы:
1. Исходная ситуация заключалась в затруднительном положении сухопутных войск у Нарвика. Для снятия напряженности было начато продвижение флотов в территориальные воды. До операции дело не дошло, так как командующий флотом не был убежден в успехе такого наступления.
2. С началом передвижений по разминированию Нарвика появились особенно благоприятные надежды на успех в действиях против почти незащищенных английских конвоев. Из-за столкновения с группой «Глориеса» дело до этого не дошло, а повреждение «Шарнхорста» привело затем и к прекращению операции. Еще одна попытка наступления из Тронхейма произошла слишком поздно.
3. Последняя фаза характеризуется возвращением линкоров из Тронхейма в условиях продолжающейся опасности нападения с воздуха и с подводных лодок.
Оценка обстановки командующим флотом в начале операции, как выяснилось позднее, оказалась правильной по причинам, которые еще нельзя было предвидеть при ее планировании. В ночь на 9 июня адмирал Маршалль не нашел никаких целей в Харстаде. Уничтожение авианосца было достойным внимания военным успехом, тем более что корабль этого типа — даже больше, чем тяжелая артиллерия вражеских линкоров, — создавал сложности сухопутным войскам. Особенно благоприятным обстоятельством было долговременное сохранение операции в тайне. Захват Дании также благоприятно отразился на ситуации, так как движение по морскому пути через Большой Бельт стало возможно в любое время. Операция началась под впечатлением от успехов во Франции, господствовала большая уверенность в удаче наступления немецких флотов. Однако несколько конструктивных и технических ошибок обратили на себя внимание. План запоров на линкорах не был продуман достаточно тщательно, и на «Шарнхорсте» при понятной попытке спасти команды, закрытые в волновом туннеле, центральная двигательная установка оказалась под водой и вышла из строя. Новые корабельные двигательные установки горячего пара высокого давления постоянно при длительной нагрузке давали небольшие сбои. Недостающее торпедное армирование линкоров стало заметным при потоплении «Ойлпайонира», как и в заключительной фазе боя с группой «Глориеса». Авиаразведка, которой сильно мешала погода, оставляла командующего флотом в полном неведении о положении противника. Особенно плохо обстояли дела со связью флота с военной авиацией и армией. Так как отсутствовал непосредственный радиообмен между фронтовыми частями вермахта, важные донесения опаздывали на шесть часов и затем становились бесполезными для командования флотом. Определенно это был неповторимый случай, чтобы авианосец позволил тяжелым вооруженным силам, авиаразведка которых была недостаточной, застать себя врасплох. С другой стороны, флот во время боя также не использовал авиаразведку. Разведка на запад через короткое время обнаружила бы «Девоншир».
Вся операция имела один оперативно невыгодный результат. Очевидно, под впечатлением от почти безмятежного возвращения флота из Норвегии на родину в апреле — хотя как раз при этом рассчитывали понести большие потери — при планировании операции «Юнона» на Тронхейм рассчитывали как на базу (хотя только очень условно пригодную), и обратный марш из Тронхейма на родину был поставлен в зависимость от соответствующего развития ситуации. Последовавшие с коротким промежутком повреждения обоих линкоров задержали флот, что было очень нежелательно, на более длительное время в Центральной Норвегии, и это произошло в то время, когда перемирие с Францией открыло далеко идущие оперативные возможности. Занявший три месяца ремонт на верфи обоих линкоров, который продлился до октября 1940 года, не в последнюю очередь повлиял на недоброжелательное отношение военно-морского командования к планам вторжения в Англию (операция «Морской лев»), ведь в его распоряжении больше не было тяжелых военно-морских сил для сковывания вражеских линкоров и диверсии против Шотландии.
Операции «Юнона» был дарован тактический успех, который, тем не менее, не окупил собственно военное использование. На этой операции так же, как и всем походе в Норвегию, отразилась проблема взаимодействия всех родов войск вермахта, которая в этом случае решалась не совсем удовлетворительно. Командование ВМФ стремилось снова и снова застать противника врасплох, держать его в напряжении и, используя надводные вооруженные силы, избавиться от войны с подводными лодками. Дополнительно может возникнуть вопрос, не было ли важнее для общего ведения войны прервать английские действия по разминированию перед французским побережьем, чем наступать в Северном море, для чего флот вышел в море в тот же самый час, в который Дюнкерк был взят армией. Но еще в тот же день войска у Нарвика находились в крайне бедственном положении. Поход во Франции еще не был выигран, успех в Норвегии все еще оставался под сомнением. В июне 1940 года Дюнкерк и Нарвик были двумя конечными точками растянутого германского морского фронта; слишком резко завышенные требования одновременно на обоих флангах возникли к военно-морским силам, ослабленным операцией в Норвегии. Достойным внимания остается непреднамеренное диверсионное действие британской акции в районе Нарвика, которое в последней фазе облегчило разминирование перед Дюнкерком. Наступление флота на Ян-Майен в июне 1940 года явилось окончанием операции в Норвегии. Апогеем операции флота стал артиллерийский бой, который не отличался тактическими формами от боев Первой мировой войны, но происходил в широтах, которые остались недостижимыми для эскадр линейных кораблей кайзеровского морского флота; необходимой предпосылкой для этого было право распоряжаться Бельтом и Тронхеймом как базой.
