Выход советских войск в район Одессы поставил в еще более безнадежное положение группировку противника в Крыму, что способствовало ее разгрому войсками 4-го Украинского фронта и Отдельной Приморской армии.
Освобождение Крыма, предусмотренное по первоначальному плану одновременно с наступлением на Украине, в действительности началось лишь на его завершающей стадии и вылилось в самостоятельную стратегическую операцию.
Особенности географического положения Крымского полуострова делали его важнейшей стратегической позицией на Черном море. Этим объясняется ожесточенный характер борьбы за него на протяжении почти всей войны. Гитлер до последнего пытался удержать Крым как из экономических, так и из политических соображений. Его потеря означала бы резкое падение престижа рейха в странах Юго-Восточной Европы и в Турции. Крым прикрывал балканский стратегический фронт Германии и важные морские коммуникации, идущие через черноморские проливы к портам западного побережья и вверх по Дунаю. Опасаясь за безопасность румынского побережья, против оставления полуострова категорически возражал маршал Антонеску.
Как известно, в мае 1942 года 11-я армия Манштейна вдребезги разгромила Крымский фронт генерала Козлова, уничтожив на Керченском полуострове три советские армии. Еще через месяц немцы штурмом овладели Севастополем, пленив около 95 000 бойцов и командиров. В результате стратегическая обстановка для советских войск на юге резко ухудшилась. Черноморский флот, обеспечивая действия сухопутных войск, понес большие потери и лишился всех своих оборудованных баз. Крым служил также плацдармом для вторжения на территорию советского Кавказа.
К осени 1943 года обстановка в корне изменилась в пользу Красной Армии. В начале октября Южный фронт Толбухина штурмовал Восточный вал на реке Молочная, прикрывавший подступы к Крыму с севера, а Северо-Кавказский фронт генерал-полковника И.Е. Петрова очистил от противника Таманский полуостров и вновь вышел к Керченскому проливу.
В Оперативном управлении Генерального штаба вновь достали карты Крыма. При обсуждений различных вариантов дальнейших действий часть операторов вынесла предложение Крым пока не брать, а изолировать там противника и освободить большую часть высвободившихся войск двух фронтов для действий на других направлениях. Полуостров, узкие подступы к которому легко было запереть, не представлял собой базы, откуда можно было бы нанести удар, да и силы 17-й армии — трех немецких и семи румынских дивизий — были недостаточными и непригодными для ведения подобных наступательных действий.
Однако это был бы несоветский подход, ведь нет таких крепостей, которые не могли бы взять большевики. Поэтому точка зрения «изоляционистов» была забракована в принципе: только штурм. Вопрос следовало рассматривать в единственной плоскости: «каким образом брать полуостров».
22 сентября по запросу Ставки свои соображения на этот счет прислал маршал Василевский. Его замысел состоял в том, чтобы войска Южного фронта одновременно с обходом Мелитополя с юга быстро захватили Сиваш, Перекоп, Джанкой и ворвались бы в Крым на плечах противника. Для этого предлагалось усилить армии Толбухина за счет Северо-Кавказского фронта. Кроме того, в район Джанкоя должны были высаживаться воздушный и морской десанты с целью выхода в тыл противнику, оборонявшему Сиваш, и нанесения удара в северном направлении, навстречу войскам Южного фронта.
Однако перегруппировка целого фронта — дело хлопотное. Вместо массирования сил на одном направлении было принято решение одновременно с прорывом перекопских позиций форсировать Керченский пролив.
12 октября генерал Петров, получив соответствующую директиву Ставки, отдал приказ войскам фронта на проведение совместно с Черноморским флотом и Азовской военной флотилией десантной операции с целью овладения Керченским полуостровом. Поначалу Петров предполагал осуществить высадку двух армий на широком фронте, не только в Керчи, но и в районе Ялты, Алушты или непосредственно в Севастополь, чтобы заставить противника рассредоточить свои войска. Однако это оказалось невозможно ввиду плачевного состояния флота.
Уже опыт проведения Керченско-Феодосийской операции 1941 года показал, что операции такой сложности нашим морским стратегам не по зубам. Тогда в условиях абсолютного советского господства на море и в воздухе погибла почти половина десанта и множество плавсредств, получили повреждения практически все привлеченные к операции боевые корабли. Немецкий автор К. Юон, оценивая тот десант в Крым с точки зрения «противоположного лагеря», пишет: «Флот не располагал мало-мальски пригодными десантными средствами, противовоздушная оборона была слишком слабой. Господство на море было безрезультатным из-за отсутствия хотя бы временного господства в воздухе. Высадка десанта в зимнее время без прикрытия авиации, без метеослужбы, без противотанкового оружия привела к тяжелым потерям. Еще раз советское командование проявило полное равнодушие к человеческим жизням, ограничиваясь высокопарным восхвалением героизма».
Осенью 1943 года возможностей для проведения крупной десантной операции было еще меньше. Полностью отсутствовали транспорты и высадочные средства специальной постройки. За два года войны Черноморский флот понес тяжелые невосполнимые потери: 1 крейсер, 3 лидера, 11 эсминцев, 28 подводных лодок, десятки катеров, сотни вспомогательных судов и вооруженных пароходов. Буквально накануне, 5 октября, три стратега — Кузнецов, Петров и Владимирский — послали отряд в составе лидера «Харьков», эсминцев «Беспощадный» и «Способный» в набег на Ялту. Отработав стрельбу по берегу, в результате которой погибло несколько жителей города и ни одного солдата противника, корабли утром легли на обратный курс. 6 октября на отходе они были настигнуты и уничтожены немецкими пикировщиками.
От такой бессмыслицы Сталин пришел в ярость. Верховный велел от греха подальше все крупные боевые корабли Черноморского флота вывести в резерв Ставки.
Азовская военная флотилия только в августе 1942 года при прорыве в Новороссийск потеряла 107 катеров и вооруженных судов, 14 кораблей были взорваны в базах. Немцы, в свою очередь, оставляя Таманский полуостров, уничтожили или увели в Крым все, что могло держаться на воде. Флотилия создавалась заново.
Таким образом форсировать Керченский пролив было фактически не на чем, об огневой поддержке со стороны боевых кораблей нечего было и заикаться, а большая часть полевой артиллерии до крымского берега не доставала. К тому же надвигался сезон осенних штормов.
Но задача была поставлена, Петрову и курировавшему фронт маршалу Тимошенко предстояло ее выполнять. На подготовку отводилось две недели. Итоговый замысел операции сводился к высадке крупных сил севернее и южнее Керчи. После захвата плацдармов войска должны были ударами по сходящимся направлениям овладеть портами Керчь и Камыш-Бурун, далее развивать наступление на запад и во взаимодействии с войсками Южного фронта освободить Крым.
Это решение предусматривало создание двух отрядов. Первый отряд образовали Азовская флотилия и войска 56-й армии генерал-лейтенанта К.С. Мельника, которые должны были осуществить вторжение в северо-восточную часть Керченского полуострова и овладеть Керчью. Командовал отрядом командующий Азовской флотилией контр-адмирал С. Г. Горшков. Во второй отряд вошли корабли Черноморского флота, сосредоточенные в Новороссийске, и войска 18-й армии генерал-лейтенанта К.Н. Леселидзе. Они должны были осуществить высадку в восточной части полуострова в районе рыбацкого поселка Эльтиген. Этой группой командовал командир Новороссийской ВМБ контрадмирал Г.Н. Холостяков.
На флангах основных десантов предусматривалась выброска двух демонстративных: в районе мыса Тархан, на северо-восточном побережье Керченского полуострова, и в районе горы Опук, юго-западнее Эльтигена.
Для обеспечения высадки создавались 16 отрядов, основу которых составили базовые и речные тральщики, рыбацкие сейнеры, мотоботы, а также гребные баркасы и плоты из пустых железных бочек. Пестрота в типах высадочных средств, различная их вместимость, скорость хода и мореходность усложняли организацию, «тюлькин флот» требовал соответствующего дооборудования для обеспечения быстрейшей погрузки и выгрузки живой силы и техники. Из бронекатеров и морских охотников сформировали два отряда прикрытия и два отряда артиллерийской поддержки. Всего привлекалось 119 катеров различного класса и 159 вспомогательных судов, считая самодельные «понтоны».
На косе Чушка и западной оконечности Таманского полуострова было сосредоточено 667 орудий калибром от 203 до 76 мм и 90 установок PC. Общая численность советских войск составляла 150 000 человек.