Дело Переца между тем приняло нехороший оборот: носились слухи, что преступление совершено было по высшему приказанию. Процесс тянулся более 10 лет. Филипп держал Переца в постоянном страхе, что он выдаст его суду, отбирая у него доказательства собственного участия: наконец, когда он был уже не нужен ему, он действительно его выдал. Перец выдержал несколько пыток, не назвав имени короля. Наконец, когда он увидал, что король отказался от него, он бежал в Арагонию. Арагонские чины хотели защищать его; тогда Филипп послал туда войско под начальством Альбы; они были разбиты, последний юстиц арагонский Лануза был казнен, и с ним пресеклась его должность, напоминавшая средневековые нравы. Перец, однако, нашел средство убежать и оттуда и провел остаток дней своих во Франции и Италии, бегая от преследования подкупленных Филиппом убийц и разоблачая везде тайны Филипповой политики. Эти показания его составляют самый любопытный документ истории (сведения о всем этом можно найти у Мignet в его Don Antonio Perez. Может быть, нигде так, как здесь, не открывается это преобладание гибельных начал политики Макиавелли; видно, что Перец пропитан ими, и они близко знакомы были Филиппу II.
На место Дон Жуана назначен был сын Маргариты Пармской, герцог Александр Фарнезе Пармский, один из замечательнейших полководцев тогдашнего времени. Вообще все величайшие полководцы в Европе в это время были или испанцы, или находились в испанской службе. Если бы личные таланты могли поправить дело Нидерландов, то, конечно, Александр Фарнезе был бы в уровень с требованиями своего положения. Но обстоятельства были такого рода, что о примирении нечего было и думать. Из 17 областей только 3 изъявляли готовность служить Испании; 14 находились в явном восстании. Войска было потеряно более половины, не только в войне, но от недостатка дисциплины. Кроме того, другие державы в Европе начинали принимать участие в этой распре. Эрцгерцог Матвей Австрийский был призван некоторыми областями в штатгальтеры; другие области, говорившие французским языком, призвали герцога Франца Алонсонского и провозгласили его протектором; между ними с неопределенными правами стоял Вильгельм Оранский. Он был душою всего восстания; к нему стекались толпами на службу освобождения Нидерландов. Франц Алонсонский привел с собою значительную часть католического дворянства, желавшего помириться с испанцами. В 1579 году принц Вильгельм, чтоб дать прочность восстанию областей, побудил северные провинции к заключению Утрехтского договора. Акт этот вначале не имел того значения, которое получил впоследствии. Это была договорная грамота, в которой 7 областей положили защищаться против испанского правительства; общие дела положено решать сеймом чинов; во главе их поставлен наместник короля Вильгельм Оранский. Впрочем, окончательного разрыва с Испанией еще не было. Но эта грамота, возникшая тогда из временных потребностей, легла впоследствии в основу всего устройства Соединенных Штатов нидерландских; но не таковы были мысли составителей ее вначале. От 1579 — 1581 война шла нерешительно. Главные интересы сосредоточивались на переписке между Филиппом и Вильгельмом Оранским. Филипп издал манифест, в котором пред лицом всей Европы торжественно уличал Вильгельма в измене и со своей точки зрения действительно указывал на некоторые поступки последнего, которые не соответствовали подданству. Вильгельм, со своей стороны, издал оправдание, где, между прочим, излагал теорию монархической власти, как он понимал ее: это замечательнейший акт. В 1581 году он побудил северные области объявить Филиппа лишенным прав и себя правителем независимым от Испании. Мы не можем здесь входить в военные подробности, тем более. что война состояла из мелких сшибок, где хотело выказать себя военное искусство. В Нидерланды ездили тогда учиться военному искусству под начальством нидерландцев и испанцев, и, действительно, здесь были положены начала новой военной науки. Но Матвей Австрийский скоро был отсюда удален, ибо он был человек бездарный, без влияния. Франц Алонсонский также скоро сошел со сцены вследствие открывшегося коварного его намерения овладеть Антверпеном и другими городами; он удалился во Францию, где умер в 1583 году. Единственным вождем остался Вильгельм Оранский. В 1584 г. он также сошел со сцены.
Мы видели, до какой степени учение Макиавелли пустило корни в умах тогдашней Европы. С этим учением теперь соединилось другое, столь же страшное. Не возводя лишних обвинений, можно сказать, что многие из этих гибельных учений пустил в ход Иезуитский орден, между прочим, следующее правило: можно убивать лиц, вредящих благосостоянию религиозному или гражданскому. На эту тему писались в то время целые трактаты, особенно этого рода мнения изложил со страшною откровенностью некто отец Мариани, испанский иезуит, в своем сочинении о воспитании государей. Это учение было принято и Филиппом II. В 1581 году, когда северные нидерландские области отложились от Испании, Филипп обещал 25000 червонных убийце В. Оранского, прощение всех преступлений и возведение в дворянское достоинство. Охотников нашлось много; Вильгельм постоянно находился в опасности, однажды даже был ранен. Наконец, некто Валтазар Жерар родом из Франш — Конте, воспитанник иезуитов, застрелил Вильгельма в Делфте. Он пал в то самое время, когда нужнее всего был для восставших областей. Жерар был схвачен и казнен; но король испанский исполнил свое обещание: имя Валтазара долго вспоминалось в молитвах в Испании; семейство его получило обещанную денежную награду и возведено в дворянское достоинство. Гибельные учения принялись: через несколько времени мы увидим подобную смерть Генриха III, потом Генриха IV. Это был разврат мысли, поддерживаемый учением Макиавелли и Иезуитским орденом.
Место Вильгельма Оранского занял младший сын его Мориц (старший находился в Испании, где и умер). Но он был еще очень молод: к нему приставлен был совет из 18 членов. Ему предоставлено было право собирать и распускать войско; права же верховного управления, заключение союзов и т. д. присвоены были чинами. Но без Вильгельма трудно было вести войну с таким опасным соперником, каков был Фарнезе. Чины обратились к Англии: Елизавета прислала им помощь под предводительством Лейчестера (1585 г.). Он был принят с таким торжеством, что его тотчас назначили штатгальтером, устранив права Морица. Лейчестер думал даже провозгласить себя королем. Он был искусный царедворец, хитрый и ловкий дипломат, но не воин: в 1587 году он был удален. Англия продолжала помогать Нидерландам деньгами; толпы дворян приезжали сюда, чтоб сражаться против испанцев: Филипп давно уже негодовал на эту помощь Англии: он решился сделать последнее усилие. В 1588 г. он снарядил известный непобедимый флот, состоявший из 139 больших кораблей испанских; на них было 2600 пушек и 18000 десантного войска. Герцог Медина — Сидония должен был принять начальство. План Дона Жуана имел осуществиться после 10 лет, но уже при меньших условиях успеха: Мария была уже казнена. Судьба Непобедимой Армады известна: она была разбита бурею; тяжелые суда не могли действовать с успехом против легких кораблей английских и нидерландских, флот потерпел несколько поражений; Медина — Сидония, собравши его, хотел обогнуть Англию, но был разбит бурею около Шетландских островов: большая часть кораблей и войска погибла. Удар этот был страшен для испанской монархии.
Наконец, вмешательство Филиппа II в дела Франции отвлекло его от Нидерландов; Герцог Фарнезе должен был два раза предпринимать поход во Францию, что отвлекало его силы. В 1592 году он умер. Истощив все усилия, Филипп II видел, что борьба становилась невозможною. Несмотря на свое упрямство, он должен был смириться. Он думал восстановить покорность следующими средствами: он выдал дочь Клару Евгению Изабеллу за эксгерцога Австрийского Альбрехта и назначил его правителем Нидерландов: таким образом управление ими отошло от Испании. Только в случае бездетности их права снова переходили к Испании. Южные провинции Нидерландов согласились на это условие, северные отказались. Там уже выросло целое поколение, воспитанное в ненависти к Испании. Нидерланды понимали, что война эта приносила им более пользы, нежели вреда. И в самом деле в этой борьбе Нидерланды поднялись и выросли. Филипп был самый могущественный государь в начале своего царствования; но в последние годы XVI столетия его средства были уже почти истощены. Мы привыкли давать много важности испанским доходам из американских рудников — в самом деле они были значительны: но не надо забывать, что большая часть этих доходов вследствие плохого управления шла в частные руки и что собственно Нидерланды давали королевству гораздо более дохода. Это обнаружилось особенно в годы 1558 — 1559: Нидерланды внесли такую сумму, какой не давали американские владения, и такой–то провинции лишилась теперь Испания. Далее известно, что Нидерланды занимали первое место в ганзейской и всемирной торговле городов. Несмотря на войны их с Испанией, последняя должна была на значительные деньги покупать товары на нидерландских же рынках. Королевство должно было беспрестанно прибегать к займам. Политико–экономические науки были тогда еще неизвестны правительствам. Прибегали иногда к самым странным средствам для пополнения недочетов: когда Филипп вступил на престол, государственные правители сделали ему следующее предложение: не платить деньги, занятые его отцом. Потом мексиканское королевство предложило платить войску жалованье фальшивой монетой. Наконец, царствование Филиппа было ознаменовано мерою, которая своею странностью превосходила все указанные: Филипп объявил, что он не сможет платить государственных долгов, следовательно, объявил государство банкротом; но для вознаграждения кредиторов он позволил им не платить своих частных долгов.