Омская делегация действовала относительно миролюбиво, а Екатеринбург прислал отряд красногвардейцев, потребовавших поместить Романовых в «Холм», местную тюрьму. И именно в этот напряженный момент появился Яковлев. Он представился как комиссар с чрезвычайными полномочиями, предъявив внушительный мандат, который подтвердил, что он прибыл от большевистского правительства в Москве.
Яковлев показал три документа, из которых следовало, что он наделен чрезвычайными полномочиями вплоть до расстрела не подчиняющихся ему. На бумагах были подписи Янкеля Свердлова, председателя советского Центрального Исполнительного комитета, и главы государства Ленина. Но этого было недостаточно для того, чтобы убедить охрану, смотревшую на внушительные печати с подозрением. Яковлев не стал создавать проблему, и оставил их, пусть подумают.
При второй встрече он убедил приехавших из Екатеринбурга, настроенных агрессивно против бывшего царя, помириться с командой из Омска, и напряженность уменьшилась.
Руководитель екатеринбургской команды резко выражал протест, ссылаясь на то, что в городе распространились слухи о заговорах с целью спасения царя, и покинул собрание. После этого Яковлев встретился с комитетом, образованным охраной и объявил им о цели своей миссии — вывоз Романовых из Тобольска. После его признания, напряженность, казалось, сильно ослабла, и комиссар договорился о встрече с бывшим императором. Разозленный екатеринбургский представитель послал домой сообщение, в котором рассказал о происходившем в Тобольске.
Попав в губернаторский дом, Яковлев поклонился, назвал Николая «ваше величество» и сказал, что он должен быть готов к отъезду ночью. Бывший царь ответил: «Я отказываюсь ехать». Яковлев предупредил его, что он должен или взять его силой или оставить свой пост: «В этом случае комитет пришлет менее гуманного человека для моей замены. Будьте спокойны. Я отвечаю своей жизнью за вашу безопасность. Будьте готовы, мы уезжаем завтра в 4.00».
Яковлев совершенно ясно дал понять, что время является существенным; хотя маленький Алексей чувствовал себя очень плохо для того, чтобы выдержать поездку, Яковлев все же был настроен ехать немедленно вместе с царем, а за царевичем приехать позже. Он поклонился и ушел. Следующие несколько часов императорская семья провела в мучительных обсуждениях, кто должен ехать вместе с бывшим царем, а кто должен бы остаться с Алексеем, все еще прикованным к постели после последнего его кризиса. Их решение сильно зависело от предположения об истинных намерениях Яковлева, и от указаний, данных ему.
Императорская семья пыталась разгадать эту загадку. Кобылинский отметил, что Яковлев сказал, что он вернется за Алексеем, и подсчитал, что путешествие туда и обратно займет около одиннадцати дней, включая остановку в пути к месту предназначения. Предполагалось, что это должна быть Москва. Тем более что Яковлев сам говорил, что его послала Москва. Царица, подозревая, что увоз царя преследует какие-то политические цели, решила поехать с ним, оставив сына на попечение трех его сестер.
В два часа утра внутренний двор губернаторского дома был заполнен лошадьми, которых запрягали, санями, и солдатами, суетившимися с багажом. В половине четвертого царь, царица и их дочь Мария вышли, одетые в меховые шубы, что бы занять места в санях. Царица хотела сесть вместе с мужем, но Яковлев не разрешил. Он настаивал, чтобы Николай сидел непосредственно с ним, а царицу и ее дочь посадил в другие сани. Все время Яковлев вел себя с большим уважением к царю, чем другие комиссары из тех, которых Романовы видели.
Один из сопровождавших царя позднее вспоминал: «Он не только хорошо относился к императору, он был полон внимания и доброты. Когда он увидел, что царь на сильном морозе был одет только в шинель, он воскликнул: «Как! Вы одеты только в шинель?» «Я всегда ношу только шинель», — ответил царь. «Но это не имеет сейчас никакого значения», — ответил Яковлев, и приказал, чтобы его солдаты принесли шубу и постелили ее на скамье в санях». Когда царь занял свое место, Яковлев приветствовал его.
Ехать нужно было до Тюмени, ближайшей железнодорожной станции. Это была тяжелая 24-часовая поездка, почти без остановок и по подтаявшему снегу. Несколько раз менялись лошади, Яковлев двигался так, как будто за ним гнался дьявол. Он действительно имел врага, того самого руководителя из Екатеринбурга, которого он разозлил; не контролируя Яковлева в пути, он становился все более и более подозрительным к его действиям.
В Тюмени его ждал специальный поезд, под парами, готовый ехать. После того, как Яковлев посадил Романовых в поезд, он пошел на телеграф. Он считал, что его перемещение должно быть секретным, и возил с собой собственного телеграфиста. Мы не знаем, с кем он разговаривал, но, можно предположить, что он разговаривал с большевистским руководством в Москве и рассказал об угрозе из Екатеринбурга. Яковлев разговаривал несколько часов, и когда он вернулся на станцию, объявил о намерении ехать в Москву, но не через Екатеринбург, а через Омск. Это требовало отклонения от намеченного маршрута на 500 миль, а затем нужно было свернуть к линии, которая проходила к югу от Екатеринбурга.
Яковлев, конечно, сделал все, чтобы обмануть руководство Екатеринбурга. Когда поезд выехал утром в пять часов, он действительно начал движение в направлении к Екатеринбургу, затем вернулся с полностью погашенными огнями в Тюмень, а потом направился в Омск. Но новость о планах Яковлева с помощью телеграфа быстро достигла Екатеринбурга. Поскольку поезд перемещался в восточном направлении, Екатеринбургский областной совет объявил Яковлева преступником и предателем революции и просил омских товарищей вернуть поезд в Тюмень. Это была гонка за временем, но телеграммы перемещаются быстрее, чем паровозы.
Перед самым Омском Яковлев узнал от железнодорожных рабочих, что враждебный ему комитет уже ждал его. Он остановился, отцепил паровоз, и, оставив Романовых, въехал в Омск, чтобы обсудить ситуацию с местными большевиками, и снова воспользоваться телеграфом. Но к этому времени Яковлев исчерпал весь запас своих хитростей. Перед ним не было никакой альтернативы, кроме как везти семью в Екатеринбург. Поскольку его обвинили в предательстве, ему пришлось приложить максимальные усилия, чтобы спасти свою собственную шею.
Яковлев заявил, что он повиновался приказам, и в доказательство показал телеграфные ленты с записью бесед с советскими руководителями, показывающие, что у него действительно был приказ отвезти бывшего царя в Москву. Председатель Уральского Облсовета Белобородов и военный комиссар Голощекин отнеслись к этому скептически, но они получили то, что хотели. Бывшие царь и царица были заперты в Доме Ипатьева, и Яковлеву разрешили свободно уйти. Через несколько дней он послал краткое сообщение тем членам своего отряда, которые остались в Тобольске: «Собирайте отряд. Уезжайте. Полномочия я сдал. За последствия не отвечаю. Яковлев». Две недели спустя, когда Алексей чувствовал себя достаточно хорошо, чтобы ехать, он и его сестры были привезены, чтобы присоединиться к их родителям в Екатеринбурге.
Яковлев потерпел неудачу, но это была сложная и смелая операция. Он попробовал увезти царя прямо из-под носа его врагов, и проехал много миль, чтобы сделать это. Но что за этим скрывалось и кто такой был Яковлев?
Единственная советская книга пробует объяснить все это, говоря, что Яковлев действительно прибыл как чрезвычайный представитель Москвы, присланный чтобы передать бывшего царя Екатеринбургу. Но нарушил приказ в середине операции и, «зная, что Романовых ждал расстрел, решил спасти их, вывести их к Самаре и спрятать временно в горах…» Другими словами Яковлев превращался в предателя. Признать это было неудобно для большевиков, и советское объяснение уклоняется от ответа на множество вопросов.
Не в последнюю очередь — непонятно, как это Москва рискнула назначить Яковлева ответственным за такую жизненно важную миссию, если он не был на 100 % надежным. А если он был предателем, то почему?
Наиболее популярное объяснение этой загадки, которое дают историки — немецкий сценарий. Предполагается, что кайзер и его правительство были сильно встревожены перспективой международной революции, которая из России могла распространиться на весь мир. Борясь с революцией, Германия готовилась к восстановлению российского императорского дома. Первым шагом германского посла в России было сблизится с большевистскими лидерами и заставить их вывезти царя из опасной Сибири в сравнительно безопасную Москву. По данной гипотезе, Москва, соглашаясь на это, фактически пошла на гигантский обман.
Яковлеву действительно приказали привезти царя в Москву, но в то же время предупредили екатеринбургских большевиков, чтобы помешать выполнению этого плана, так, что Николай оказался бы, в конце концов, в их руках. Тогда Москва была бы в состоянии сказать немцам: «Мы старались изо всех сил», и в то же время убрать царя подальше от Берлина. Яковлев был просто марионеткой.