Торпедные атаки прекратились только 2 декабря: вице-адмирал Хейхатиро Того решил, что русский броненосец получил такие серьезные поврежения (в него попали две торпеды и было затоплено несколько отсеков), что он должен обязательно погибнуть. В ходе минных атак на "Севастополь" японцы выпустили в общей сложности 180 торпед. Однако броненосный корабль с сильной артиллерией остался на плаву и до последнего дня обороны Порт-Артура поддерживал его защитников огнем своих орудий. Перед сдачей Порт-Артура "Севастополь" был отведен из бухты на глубокое место и затоплен своей командой.
В те дни, когда отряды японских эскадренных миноносцев безуспешно пытались торпедировать и пустить на морское дно броненосец "Севастополь", императорский Соединенный флот понес еще одну большую потерю. Несший блокадную службу отряд крейсеров в составе "Акаси" и "Такасаго" оказался на краю выставленного русскими минного заграждения, и оба коробля подорвались. Крейсер "Такасаго" пошел на дно, при этом погибло около 300 человек его команды.
Командующий японской осадной армией, после того как русская Тихоокеанская эскадра перестала существовать как боевая единица, решил больше не предпринимать штурмов, которые обходились такой дорогой ценой. Генерал-полковник Маресукэ Ноги решил взять осажденную крепость измором, минной войной против ее фортов и укреплений, систематическими артиллерийскими бомбардировками. К тому времени у русской крупнокалиберной артиллерии стали подходить к концу запасы снарядов и батареи Порт-Артура все реже и реже отвечали на неприятельский огонь.
В эти дни осажденный русский гарнизон понес тяжелую утрату - погиб начальник сухопутной обороны крепости генерал-майор Роман Исидорович Кондратенко. Это случилось во время посещения им форта № II. Японский 11-дюймовый гаубичный снаряд попал в пробитый еще накануне свод каземата. Вместе с генералом погибли 6 офицеров, в том числе комендант форта инженер-подполковник Рашевский. Гибель Кондратенко произвела крайне удручающее впечатление на порт-артурский гарнизон. Это была невосполнимая утрата, равно как и гибель вице-адмирала С.О. Макарова в самом начале войны. После гибели умелого армейского военачальника активная оборона Порт-Артура фактически прекратилась и сопротивление крепости врагу резко ослабло.
Майор английской королевской армии Норригаард, проведший всю осаду крепости Порт-Артур при японском штабе, в своей книге "Великая осада" без всякого на то преувеличения следующим образом охарактеризовал личность главнокомандующего - "душа обороны" русской крепости:
"Генерал Кондратенко был истинным героем. Совместно с инженер-подполковником Рашевским (С.А. Рашевский погиб вместе с генералом. - А.Ш.) он составил план обороны и неутомимо работал днем и ночью над сооружением и улучшением укреплений. Всегда энергичный, он постоянно бывал на позициях, где шел бой, руководил солдатами, ободрял их, разделял с ними тяжелые лишения, всегда готовый прийти на помощь и умело помешать наступлению японцев... Благодаря сильной воле, широким познаниям и большой личной храбрости он стал душой всей обороны. Кондратенко был кумиром солдат".
Защитники Порт-Артурской крепости из любви к бесстрашному Кондратенко в осадные дни сочиняли о нем стихотворения, в которых прославлялись его героизм и самоотверженность:
Для всех бойцов, измученных борьбою,
Был Кондратенко жизнью, сердцем и душою.
Он дух бойцов примером ободрял.
Он для врага преграды создавал:
Везде, где шумный бой кипел гремящей лавой,
Где дым снарядов вражеских дышал отравой,
Среди бойцов всегда являлся он,
Руководя бесстрашно грозным, смертным боем,
Среди геройских войск он был всегда героем!
Начальник Квантунского укрепленного района генерал-лейтенант А.М. Стессель назначил новым начальником сухопутной обороны генерал-майора А.В. Фока, своего единомышленника. Назначение Фока на место погибшего Кондратенко, не пользовавшегося после боев на Цзиньчжоунской позиции и Волчьих горах доверием порт-артурского гарнизона, было воспринято многими как дурное предзнаменование. Комендант крепости генерал-майор К.Н. Смирнов прямо сказал об этом одному их генералов: "В скором времени вы будете свидетелем быстрой сдачи фортов генералом Фоком".
Действительно, такой прогноз оправдался в самые ближайшие дни. Уже на следующий день был наполовину уменьшен состав гарнизона форта № II. Это было сделано под предлогом того, что японские саперы прекратили здесь работы по сооружению минной галереи и ожидался взрыв. В тот день из 275 человек, составлявших гарнизон форта, в нем осталось всего 77 человек. Казалось, что новый начальник сухопутной обороны жалеет людей, которые могли погибнуть от взрыва, а объективно он разоружал форт, который теперь мог стать легкой добычей противника.
5 декабря в 13.10 японцы взорвали под бруствером форта три мины и бруствер был разрушен, через него образовался проход. Японцы, открыв сильный огонь по соседним укреплениям и окопам вблизи форта, начали его штурм. Гарнизон форта № II отбивался до 23 часов, но к ночи стало ясно, что полуразрушенный форт горстке людей не удержать - в живых оставался только 21 человек. Генерал-майор А.В. Фок мог подкрепить сражавшийся гарнизон крепостного укрепления, но вместо этого он испросил разрешения у своего начальника Стесселя, и такое разрешение сразу же получил. Последние защитники форта № II были отведены в Куропаткинский люнет, перед уходом они сняли замки с орудий и после себя взорвали мины, заложенные в каземате.
Японцы, заняв развалины форта № II, развивать дальше успех не стали. Генерал-полковник Маресукэ Ноги и командиры его дивизий окончательно примирились с мыслью, что любое укрепление осаждаемой русской крепости следует сначала взрывать подведенными под землей минами, а только потом брать его штурмом. Или иначе говоря, командующий осадной 3-й армии решил овладеть Порт-Артурской крепостью по частям.
Неприятельские саперы начали подкапываться под бруствер форта № III и укрепления № 3. Их параллели почти вплотную приблизились к Китайской стенке, Куропаткинскому люнету и литерной батарее "Б". Одновременно по крепости, по ее фортам и укреплениям, городу японская артиллерия продолжала методично вести огонь. Теперь в руках неприятеля было все предполье крепости и он максимально приблизил к Порт-Артуру осадные батареи.
Через десять дней после падения форта № II японцы проделали то же самое и с фортом № III. В подведенные под его бруствер минные галереи их саперы заложили 12 зарядов (свыше 6 тонн взрывчатки). Сильный взрыв поднял в воздух огромный столб земли, камней и обломков, в бруствере образовалось две воронки диаметром в 10-12 метров. От сотрясения оказались разрушенными многие блиндажи, казармы, казематы, в форту вспыхнул пожар.
На момент взрыва гарнизон форта состоял из 240 человек: часть из них погибла, часть оказалась под обломками, часть получила отравление газами. Поэтому японская пехота смогла ворваться внутрь форта, почти не встретив сопротивления его деморализованных взрывом защитников. Остатки гарнизона форта, получив в подкрепление стрелковую роту и полуроту моряков с броненосца "Севастополь" организовали оборону во дворике укрепления, на батарее, а затем в одной из каменных казарм.
Японцы в бою за форт № III потеряли около тысячи человек пехотинцев убитыми и ранеными, но захватить его полностью к ночи так и не смогли. Комендант форта капитан Булгаков начал готовить контратаку, но неожиданно от генерал-лейтенанта
А.М. Стесселя пришел приказ: форт оставить. Защитники его, сняв замки с орудий, унося раненых, отошли в соседние укрепления.
С падением фортов № II и № III оборона Порт-Артурской крепости оказалась по существу взломанной, поскольку японская осадная армия сумела вклиниться в линию крепостных укреплений. Но и в таком случае Порт-Артур был способен держаться. Для обсуждения сложившегося положения был созван Совет обороны. Из 22 его участников 19 высказались за безусловное продолжение активной обороны, за сковывание возможно больших сил противника на еще имеющихся укреплениях. Лишь полковник В.А. Рейс - начальник штаба Квантунского укрепленного района - прямо заявил о том, что дальнейшая оборона бессмысленна и необходимо как можно скорее начать переговоры с японским командованием о сдаче крепости.
При таком общем мнении председательствовавший на Совете обороны генерал-лейтенант А.М. Стессель, подводя итоги заседания, присоединился к мнению большинства генералов и старших офицеров о необходимости дальнейшего продолжения обороны Порт-Артура. На следующий день Стессель отправил на парусной шлюпке посыльного в Чифу, чтобы оттуда отправить телеграмму в Санкт-Петербург. В телеграмме на имя императора Николая II говорилось:
"Сегодня в 10-м часу утра японцы произвели взрыв бруствера форта № III... По занятии этого форта японцы делаются хозяевами всего Северо-Восточного фронта, и крепость продержится лишь несколько дней. Приму меры, чтобы не допустить резни на улицах. Цинга очень валит гарнизон. У меня под ружьем 10-11 тысяч, и они нездоровые..."
