Казалось, шведский флот окончательно заперт в Свеаборге, и С. К. Грейг не собирался его выпускать. Он разрабатывал план решительных действий, но 15 октября скончался от болезни в Ревеле. Его преемники не были так настойчивы и увели эскадру с Балтики ранее, чем море замерзло, что позволило шведскому флоту пройти в Швецию. Следовательно, кампания 1788 года, успешно начатая победой при Гогданде, не была поддержана ни активными действиями на суше, ни окончательной блокадой либо разгромом вражеского флота. Густав III, воспользовавшись вторжением датчан для подъема патриотизма в стране, смог подавить оппозиционные антивоенные силы. Сохранив флот и большую часть армии, освободившись от ненадежных офицеров, он не собирался отказываться от честолюбивых замыслов. Кампанию 1789 года Густав III также начал с наступления. Но попытки продвинуться на суше не увенчались успехом, гребная флотилия задержалась на рейде Роченсальма, а шведский флот вновь после Эландского сражения был заблокирован, теперь в Карлскроне. Однако шведы еще располагали гребной флотилией и шхерными фарватерами, по которым могли снабжать войска в Финляндии. Прекращение этих перевозок в шхерах стало одной из задач, которые предстояло решать А. И. Крузу.
Вице-адмирал мог чувствовать себя обойденным. Екатерина II считала его неудачником и человеком неуживчивым. Действительно, Круз был вспыльчив, вел себя независимо с равными, остро реагировал на попытки задеть его достоинство. Только графу И. Г. Чернышеву по старой дружбе удавалось сохранять с ним добрые отношения и улаживать конфликты между адмиралами. Круз стремился участвовать в боевых действиях, многие моряки считали его наиболее достойным принять командование флотом. Но, несмотря на ходатайства Чернышева и статс-секретаре Императрицы A. B. Храповицкого, Екатерина II и для командования Черноморским флотом, и для командования эскадрами главных сил предпочла других флагманов, более молодых. Крузу она писала 11 мая:
«Господин Вице-Адмирал Крюйз. Усердию вашему к службе я отдаю справедливость и в следствие того при удобном случае не премину употребить вас».
Пока же в 1789 году Крузу вновь предстояло командовать резервной эскадрой. Подготовка кораблей эскадры началась еще осенью 1788 года, но шла медленно, и снабжались они по остаточному принципу, так что снаряжение их пошло быстрее только после выхода из Кронштадта корабельной эскадры и галерной флотилии.
По запросу В. Я. Чичагова 16 июня два корабля и два фрегата из состава резервной эскадры были направлены для смены кораблей главных сил у Поркалаута, и 23 июня заняли этот пост, взяв на себя наблюдение за важным пунктом шхерного фарватера. Но лишь 17 июля Екатерина II подписала указ, который определял задачи резервной эскадры:
«Для охранения берегов Наших, обеспечения подвозов и вообще мореплавания Наших подданных и пособия в действиях гребного флота Нашего, признали Мы за нужное иметь особую резервную эскадру, назначая к составлению ее, сверх двух 66-пушечных кораблей и двух фрегатов, отправленных уже к Ревелю, и сверх тех судов, которые главнокомандующий флотом Нашим в Балтийском море адмирал Чичагов заблагоразсудит оставить при дальнем его отплытии, еще один 100-пушечный корабль, 4 большого рода шебеки, 10 легких судов, построенных на санкт-петербургской городской верфи и в Олонецкой губернии, и 2 катера, купленные по Нашему соизволению генерал-фельдмаршалом князем Потемкиным-Таврическим, повелевая помянутые суда вооружать по мере возможности и как число людей то дозволит и отправлять к той эскадре; на оную назначаются 2 батальона эстляндского егерского корпуса вскоре сюда ожидаемые, також из мушкетер и адмиралтейских потребное число, по сношению Адмиралтейской коллегии вице-президента графа Чернышева с генералом Салтыковым. Начальство над назначенною эскадрою поручаем вице-адмиралу Крузу, которому и дано будет от нас наставление».
Накануне, 16 июля, появился правленный рукой графа A. A. Безбородко проект высочайшего рескрипта Крузу, более детально определяющий задачи резервной эскадры. Кроме охранения берегов и судоходства, эскадра из трех кораблей, двух фрегатов и двух больших шебек должна была служить резервом главных сил. Так как два корабля и два фрегата уже были направлены Чичагову для крейсирования в Финском заливе, вице-адмиралу следовало выйти в море и принять командование. Если бы шведский флот, несмотря на появление Чичагова перед Карлскроной, решился послать корабли и фрегаты в Финский залив, A. И. Крузу предстояло нанести ему поражение, а при успешных действиях русской армии и флота совершать диверсии против противника. Было предписано также учредить пост при Поркалауте и овладеть позицией у Гангута, укрепленной шведами за зиму. По согласованию с B. П. Мусиным-Пушкиным и новым командующим гребной флотилии принцем К.-Г. Нассау-Зигеном следовало поддерживать их с моря, а при наступлении — действовать к Або (Турку), Аландским островам, Ботническому заливу и даже шведским берегам. Вице-адмирал подчинялся адмиралу Чичагову и должен был посылать ему донесения. Но многообразие порученных задач ставило Круза в зависимость и от Нассау-Зигена, что создавало двойственное подчинение. Фактически верховное руководство оставляла за собой Императрица, но ее управление на расстоянии не могло быть эффективным из-за запаздывания приказов, что в дальнейшем вызвало трение равных в чинах Нассау-Зигена и Круза.
Средств для осуществления поставленных задач также оказывалось недостаточно. Первоначально резервную эскадру должны были составить линейные корабли «Святой Николай», «Не тронь меня», «Ианнуарий», «Европа», фрегаты «Патрикий», «Симеон», 2 бомбардирских корабля и прам, 4 шебеки, 10 полушебек, 2 катера и брандвахтенный фрегат «Богемия». Но и эти небольшие силы все более дробились и разбрасывались.
Уже 19 июня записка генерал-провиантмейстера Маврина о появлении у Гогланда судов, идущих из Риги с провизией для армии, и их захвате вызвала тревогу. Ввиду неготовности резервной эскадры, В. Я. Чичагову было предписано выделить фрегаты «Симеон» и «Патрикий» для охраны судоходства. 21 июня, по донесению И. Г. Чернышева, был издан указ об отправке к Гогланду корабля «Не тронь меня» с несколькими судами, пока не будут готовы «Святой Николай» и другие суда эскадры Круза. 27 июня «Не тронь меня» отправился в путь. Сопровождавшая его для посылок новая шебека «Минерва» вскоре вернулась из-за недостатков конструкции. В тот же день последовал высочайший указ о передаче 2 шебек и 4 более мелких судов, предназначавшихся Крузу, в гребную флотилию; на замену им определялся 1 фрегат, а для пополнения экипажей резервной эскадры было предписано нанять в столице 400 водоходцев (вольнонаемных моряков из числа тех, кто ранее служил на речных или морских судах). Императрица торопила снаряжение эскадры, чтобы та по прибытии егерского батальона могла выйти в путь.
Тем временем первые вышедшие в море корабли резервной эскадры заняли боевую позицию. 30 июня В. Я. Чичагов сообщал, что поставил корабли «Ианнуарий», «Европа», фрегат «Святой Марк», катера «Счастливый» и «Летучий» под командование (до прибытия Круза) капитана 1-го ранга Глебова. «Патрикий» и «Симеон» он в соответствии с указом от 21 июня отправил крейсировать между Гогландом и Сескаром.
Пока готовились суда резервной эскадры, прибыла записка Нассау-Зигена от 5 июля о невозможности наступления гребной флотилии. Крузу было приказано, передав Нассау-Зигену все гребные суда, причисленные к резервной эскадре по указу от 17 июня, спешно выходить с наличными кораблями. 7 июля вице-адмирал вышел из Кронштадта с единственным кораблем «Святой Николай» и 10 июля прибыл к Ревелю. По пути он встретил у Гогланда «Не тронь меня» и «Патрикий», а на Ревельском рейде застал «Симеон», готовившийся конвоировать 3 судна с мясом. Здесь Круз получил предписание Чичагова о прекращении передачи сведений от отряда у Поркалаута к Нассау-Зигену, гребная флотилия которого располагалась западнее Фридрихсгама. В Ревеле же вице-адмирал узнал о нападении шведов на галиот «Олонец».
Вечером 8 июля галиот был у Гогланда. Командовавший им подшкипер Федор Пупов увидел в стороне островов Аспэ 2 судна, которые обстреляли и захватили шлюпку, направленную с судна на берег за лоцманом. Пупов встал на якорь, но выстрелами из орудий шведы заставили его обрубить канат и следовать за ними. Однако при движении к островам Аспэ подшкипер заметил, что неприятельские суда ушли вперед, и укрылся за Гогландом до рассвета, после чего взял лоцмана и пришел в Ревель с кораблями Круза.
Донося И. Г. Чернышеву об этом происшествии и о предписании Чичагова, А. И. Круз отметил:
«Из предписания адмирала ваше сиятельство изволите увидеть, что по нужному расположению корабли, фрегаты и прочие годные, мелкие суда оставлены на своих местах и не остается ни одного исполнить оный пункт, не только, чтобы еще предпринять чего к исполнению по силе данной мне инструкции, о которой вашему сиятельству не безызвестно».
